Фосфодиэстераза змеиного яда

B. Исчерпывающий гидролиз фосфодиэстеразой змеиного яда дал единственный нуклеозид — цитидин. Отсюда следует, что олигонуклеотид содержит на 5 -конце цитидин и, таким образом, его структура С(А,и,11-,С)Ср. [c.330]

При расщеплении же с разрывом связей Р—О (О при С-3 ) (с помощью фосфодиэстеразы змеиного яда) аналогичные фрагменты образуются из З -концевого фосфорилированного остатка нуклеотида и 5 -концевого остатка нуклеозида со свободной гидроксильной группой [c.45]

Сильная зависимость хода реакции с карбодиимидом СП от вторичной структуры и ограничение действия нуклеаз после модификации позволяют использовать реакцию с этим карбодиимидом для обнаружения полинуклеотидных участков, на которых происходит разрущение двухцепочечного комплекса при частичной денатурации ДНК 2. После обработки ДНК карбодиимидом СП, а затем панкреатической ДНК-азой и фосфодиэстеразой змеиного яда удается выделить длинные олигонуклеотиды, возникающие из дефектных участков полимера. [c.385]

Ф и г. 4. Применение двумерной хроматографии для изучения последовательности появления различных компонентов при гидролизе олигонуклеотидов фосфодиэстеразой змеиного яда [2]. [c.19]

В ферментативную полимеризацию вводят смесь нуклеозид-5 -трцфосфатов (см. стр. 98), один из компонентов которой содержит радиоактивный фосфор. Образующийся полимер расщепляют далее до мононуклеотидов таким образом, что разрывается связь Р—О (О при С-5 ) для этой цели в случае ДНК используется гидролиз смесью ДНК-азы микрококков и фосфодиэстеразы змеиного яда, в случае РНК — гидролиз щелочью. После такого расщепления радиоактивный фосфат оказывается в составе нуклеозид-З -фосфата, остаток которого в полимерной цепи был соседним с остатком введенного меченого предшественника. Так, например, относительное содержание динуклеотидных последовательностей АрА, GpA, UpA и СрА можно определить, вводя в полимеризацию а- Ф-аденозин-5 -трифосфат и измеряя радиоактивность соответствующих нуклеозид-З -фосфатов после расщепления [c.63]

Таким образом, продвигаясь сверху вниз, по картине относительного сдвига пятен непрерывно удлиняющихся на одно звено фрагментов можно расшифровать всю первичную структуру олигонуклеотида. Здесь надо сделать два дополнительных замечания. Во-первых, мы ничего не узнаем таким образом о природе 5 -концевого нуклеотида, но его легко определить рассмотренными ранее методами ТСХ нуклеотидов. Например, после исчерпывающего гидролиза фосфодиэстеразой змеиного яда только этот нуклеотид будет представлен иуклеозиддифосфатом вида pNp. Во-вторых, метод не позволяет обнаружить модифицированные (минорные) нуклеотиды. Их приходится идентифицировать также методами ТСХ нуклеотидов нли нуклеозидов после исчерпывающего ферментативного гидролиза, как описано выше, где, в частности, приводилась и методика, используемая в цитируемой работе. [c.505]

Это было достигнуто изучением гидролиза ДНК в различных условиях. Ферментативный гидролиз ДНК в присутствии фосфодиэстеразы змеиного яда дает 5 -фосфаты дезоксинуклеозидов (I). Напротив, при кислотном гидролизе ДНК удалось выделить 3, 5 -дифосфаты пирими-динзедоксинуклеозидов (П). [c.247]

Ингибитор щелочной фосфатазы. Субстрат ДНК-зависимой РНК-полимера-зы Е. соН (К 3,8-10 М). Гидрол. фосфодиэстеразой змеиного яда. Не реагирует с гексокиназой. Переносится митохондриальной ATP/ADP-трансло-казой. Мощный ингибитор АТР-на-правляемого транспорта электронов. [c.214]

Лучшие результаты дают ферментативные методы гидролиза, в том числе использование фосфодиэстеразы змеиного яда, рибонуклеазы и других ферментов. Совокупность химических и ферментативных методов однозначно показывает, что и в ДНК, и в РНК поли нуклеотидные цепи построены однотипно за счет 5 3 -фос-фодиэфирных связей межхц каждыми двумя соседними нуклеозид-ными звеньями. [c.307]

Деятельность обоих ферментов различается очень резко, что хорошо видно при сравнении образующихся веществ. Продукт, синтезированный с помощью концевого фермента, был обработан фосфодиэстеразой змеиного яда, последовательно состригающей нуклеотидные звенья с З -гидроксильного конца цепи. За 4 час 97 % включившейся метки перешло в кислоторастворимые соединения, причем эти нуклеотиды составляли лишь 8% всего синтезированного нолинуклеотрща. Отсюда видно, что имело место концевое включение меченого нуклеотида. С другой стороны, из продукта, образовавшегося иод действием ренликационного фермента, за то же время высвобождалось только 55% радиоактивности. Отсюда следует, что значительная часть включившехтся метки не локализована на концевом участке ДНК или возле него. [c.211]

С помощью химического и ферментативного гидролиза было показано, что синтетические полинуклеотиды, как и РНК, состоят из нуклеозид-5 -монофосфатных единиц, связанных между собой 3, 5 -фосфодиэфирными связями (стр. 46). Анализ концевых групп показал, что на конце полипептидной цепи находится фосфатная группа, этерифицированная по С-5 концевого нуклеозида. При гидролизе щелочью, фосфодиэстеразой змеиного яда, фосфодиэстеразой из селезенки или панкреатической рибонуклеазой эти полимеры дают точно такие же продукты, как и РНК. Очоа и его сотрудники воспользовались перечисленными свойствами, чтобы выяснить природу межнуклеотидных связей, образуемых с помощью фермента. Они синтезировали (А, Г, У, Ц)-полимер из смеси нуклеотидов, содержавшей АДФ, меченный по фосфору, и затем гидролизовали его фосфодиэстеразой змеиного яда (фиг. 87). Из полученных после гидролиза четырех нуклеозид-5 -фосфатов меченым оказался только АМФ, и его удельная радиоактивность соответствовала удельной радиоактивности первоначально включенного АМФ. Следовательно, во время синтеза фосфоэфирпая связь АМФ не затрагивалась. Если же синтезированный полимер гидролизовали щелочью или фосфодиэстеразой селезенки, то метку включал каждый из четырех пуклеозид-З -монофосфатов. Значит, в ходе синтеза полинуклеотидфосфорилаза формирует связи А—ф—А, Ц—ф—А, У—ф—А и Г—ф—А. Аналогичные результаты были получены с Р -УДФ. [c.253]

В случае РНК участие 5 -гидроксильной группы остатка рибозы в образовании фосфодиэфирной связи доказано образованием ри-бонуклеозид-5 -фосфатов IX с почти количественным выходом при расщеплении РНК фосфодиэстеразой змеиного яда [c.42]

Практически, однако, дело обстоит несколько сложнее. Расщепление полинуклеотидов с концевой фосфатной группой гладко протекает лишь при использовании химических методов деградации, при расщеплении же под действием ферментов существенным условием быстрого протекания реакции является отсутствие фосфатной группы на З -конце полинуклеотидной цепи в случае фосфодиэстеразы змеиного яда и на 5 -конце—в случае фосфодиэстеразы селезенки (см. стр. 67). По этой причине перед ферментативным расщеплением необходимо удаление концевых фосфатных групп действием фосфомоноэстеразы, что приводит к исчезновению специфического фрагмента, образующегося из фосфорилированного конца цепи. [c.46]

Наиболее общим методом выделения редких компонентов РНК является, по-видимому, метод, предложенный Холлом Он состоит в ферментативном расщеплении РНК до нуклеозидов под действием смеси фосфодиэстеразы змеиного яда и щелочной фосфомоноэстеразы из Es heri hia oli. Смесь нуклеозидов разделяют далее с помощью распределительной хроматографии на целите. Мягкость условий расщепления полимера сочетается здесь с высокой эффективностью разделения мономеров, что и позволило обнаружить целый ряд неизвестных ранее редких компонентов РНК. [c.51]

Фосфодиэфирная связь в фотодимерах динуклеотидов устойчива к действию фосфодиэстеразы змеиного яда При гидролизе этой фосфодиэстеразой УФ-облученной ДНК образуются олигонуклеотиды типа d (рИрТрТ) . [c.654]

Радиоактивный (концевой) полинуклеотид подвергается анализу с применением полного гидролиза щелочью, расщепления пакреатической РНК-азой и фосфодиэстеразой змеиного яда, после чего исследуются хроматографически образующиеся фрагменты. [c.437]

Пользуясь высокими концентрациями очищенной фосфодиэстеразы змеиного яда, можно обнаружить, что продукты гидролиза РНК представлены преимущественно нуклеозид-5 -фосфатами, но среди них обнаруживаются и пиримидиновые нуклеозиддифосфаты. Если левый конец цепи заканчивается пуриновым нуклеотидом, а правый — пиримидиновым, то гидролиз фосфодиэстеразой яда 3 -фосфатных связей приведет к образованию пуринового нуклеозида из левой концевой группы и пиримидинового нуклеознд-3, 5 -дифосфата из правой концевой группы. Таким способом количественно и качественно определяют концевые группы и устанавливают длину полинуклеотидной цепи. Существуют и другие, более сложные методы анализа концевых групп. [c.57]

РНК, концевые группы — нуклеотидные остатки или их последовательности на двух противоположных концах полирибонуклеотидной цепи. Существуют различные приемы определения концевых групп в полинуклеотидных цепях. Например, при использовании высокоочищенных препаратов фосфодиэстеразы змеиного яда в продуктах гидролиза РНК в основном обнаруживаются нуклеозид-5 -ионофосфаты, но наряду с ними содержится также небольшое количество пуриновых нуклеозидов и пиримидиновых нуклеозиддифосфатов. Механизм такого гидролиза схематически изображен на рис. 26. Из этого рисунка следует, что с левого конца цепи отщепляется нуклеозид, с правого —нуклеознд-3, 5 -ди( юсфат. Нуклеозид-5 -фосфаты образуются из внутреннего отрезка полинуклеотидной цепи. [c.78]

Фосфодиэстераза змеиного яда — неспецифическая экзонуклеаза, гидролизующая РНК до 5 -монофосфатов. Ферментативный гидролиз РНК под влиянием этого фермента начинается с З -гидроксильного конца цепи. Субстратом для фосфодиэстеразы змеиного яда могут быть также олигонуклеотйды, возникающие вследствие действия ДНК-азы I на ДНК. В результате этой реакции образуются дезоксирибо-нуклеозид-5 -монофосфаты. Фосфодиэстераза змеиного яда совершенно не чувствительна к полинуклеотидам, содержащим 3 -фосфатную концевую группу. [c.86]

Кроме того, было найдено, что если частично депротеи-низированный TMV обработать фосфодиэстеразой змеиного яда или селезенки, а затем реконструировать белковую оболочку, то в образцах, обработанных PDE змеиного яда. [c.192]

Дефосфорилированное соединение разделяют на две норции. Одну порцию обрабатывают фосфодиэстеразой змеиного яда [c.13]

Фосфодиэстераза змеиного яда. Дефосфорилированные олигонуклеотиды обрабатывают фосфодиэстеразой змеиного яда в 5 —10 мкл 0,05 М /)ггг-оуфера с pH 9,0, содержащего 0,01 М ацетата магния. Концентрация фермента составляет 0,1. иг мл. Смесь инкубируют нри 37° в течение 2 час [c.65]

РНК можно гидролизовать до З -иуклеотидов Тг-РНК-азой и другими ферментами или до смеси 1 - и З -иуклеотидов — щелочью. С другой стороны, фосфодиэстераза змеиного яда гидролизует РПК (и ДНК) до. ) -нуклеотидов. Если концевые 5 - и З -ОН-груипы полинуклеотида сво [c.102]

Смотреть страницы где упоминается термин Фосфодиэстераза змеиного яда: [c.207] [c.504] [c.193] [c.59] [c.138] [c.312] [c.255] [c.48] [c.58] [c.92] [c.67] [c.67] [c.297] [c.518] [c.376] [c.624] [c.467] [c.467] [c.62] [c.79] [c.9] [c.46] [c.59] [c.63] [c.98] [c.282] [c.18] [c.85]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология