Олигонуклеотиды гидролиз

Разделение меченых олигонуклеотидов проводят в растворителе, содержащем произвольную смесь немеченых нуклеотидов (продукты гидролиза РНК). В ходе проявления пластинки немеченые нуклеотиды становятся на место исследуемых меченых нуклеотидов и перемещаются вдоль пластинки на расстояния, примерно соответствующие их размерам. [c.171]

Дезоксирибонуклеаза II гидролизует ДНК до смеси моно- и олигонуклеотидов, содержащих 3 -фосфатные группы, оптимум pH фермента лежит в кислой области. [c.310]

B. Исчерпывающий гидролиз фосфодиэстеразой змеиного яда дал единственный нуклеозид — цитидин. Отсюда следует, что олигонуклеотид содержит на 5 -конце цитидин и, таким образом, его структура С(А,и,11-,С)Ср. [c.330]

В последние 15 лет были разработаны различные хроматографические методы, позволяющие фракционировать высокомолекулярные нуклеиновые кислоты для этой же цели применяют электрофорез. Хроматографией на бумаге и другими распределительными методами, а также ионообменной хроматографией удалось выделить продукты гидролиза нуклеиновых кислот. Определяя концентрации выделенных оснований, нуклеозидов, моно- и олигонуклеотидов, в настоящее время проводят количественный анализ с очень небольшим количеством гидролизата. [c.437]

Хроматографические методы, позволившие разделить продукты химического или ферментативного гидролиза нуклеиновых кислот, сделали возможным в последние годы объяснение строения последних [14, 15, 44, 91]. Эти методы служат также для анализа мононуклеотидов [91, 92], олигонуклеотидов и смесей полинуклеотидов, получающихся при химическом синтезе [36, 44, 45, 90] или под действием ферментов [50, 65, 66). [c.451]

Для определения первичной структуры коротких олигонуклеотидов (до 15 — 20 звеньев) обычно используют метод блуждающего пятна , или сзнгерпринта . Меченный по одному из концов олигонуклеотид гидролизуется экзонуклеазой с противоположного конца в условиях неполного расщепления, так что образуется набор всех возможных фрагментов. При расположении полученных таким путем олигонуклеотидов в порядке возрастания длины каждые два соседних продукта будут отличаться друг от друга на одно концевое звено. Меченое же звено у всех олигонуклеотидов является общим (рис. (78). [c.318]

Такие олигонуклеотиды гидролизуются ядом гремучей змеи намного легче, чем аналогичные соединения, содержащие концевой 2 - или З -моноэтерифицированный фосфат.) Удаление этого концевого фосфата приводит к ряду соединений, члены которого имеют формулу (нуклеозид) (фосфат),,-) и при щелочном гидролизе которых получаются нуклеозид-2 (З )-фосфат и концевой нуклеозид. Свойства высокомолекулярных фракций свидетельствуют о том, что они состоят лишь из линейных полимеров с общей структурой, аналогичной структуре биосинтетических полинуклеотидов и нуклеиновых кислот, за исключением того, что примерно 50% межнуклеотидных связей являются 2 —5 -связями, а остальные — 3 —5 -связями [31]. Дальнейшее разделение высших гомологов может быть осуществлено с использованием целлюлозных анионообменных материалов, однако менее эффективно, чем разделение низших олигонуклеотидов [32]. [c.495]

К первой группе относятся неспецифическая щелочная фосфомоноэстераза, отщепляющая 3-фосфат от молекул олигонуклеотидов. Фермент малоспецифичен и одинаково легко гидролизует различные субстраты 3-АМФ, 5-АМФ, рибозо-5-фосфат. Оптимум pH равен 8,6—9,5. Ионы Са+2 и Mg+ активируют энзим (Д. Н. Сахибов и соавт., 1972). [c.85]

Практически элюцию в первом направленип велп следующим образом. Инкубационную смесь после ферментативного гидролиза до олигонуклеотидов наносили пятном в угол пластинкн на расстоянии 1 см от каждой нз сторон, элюировали водой до уровня фронта на 0,5 см выше пятна (этим вымывали из пятна посторонние [c.501]

Таким образом, продвигаясь сверху вниз, по картине относительного сдвига пятен непрерывно удлиняющихся на одно звено фрагментов можно расшифровать всю первичную структуру олигонуклеотида. Здесь надо сделать два дополнительных замечания. Во-первых, мы ничего не узнаем таким образом о природе 5 -концевого нуклеотида, но его легко определить рассмотренными ранее методами ТСХ нуклеотидов. Например, после исчерпывающего гидролиза фосфодиэстеразой змеиного яда только этот нуклеотид будет представлен иуклеозиддифосфатом вида pNp. Во-вторых, метод не позволяет обнаружить модифицированные (минорные) нуклеотиды. Их приходится идентифицировать также методами ТСХ нуклеотидов нли нуклеозидов после исчерпывающего ферментативного гидролиза, как описано выше, где, в частности, приводилась и методика, используемая в цитируемой работе. [c.505]

Н. широко распространены в природе, гидролизуют субстраты с образованием 3 - или 5 -фосфоэфирных форм олигонуклеотидов или мононуклеотидов (содержат на конце молекулы остаток фосфорной к-ты, в положении 3 или 5 ). Неизвестны Н., одновременно образующие 3 - и 5 -фосфаты oлиro( ioнo)нyклeoтидoв. [c.296]

В качестве нуклеотидного и нуклеозидного компонентов применяют мономеры или олигонуклеотиды. Эту р-цию используют для синтеза ди-, три- и тетрарибонуклеотидов. При увеличении длины олигорибонуклеогида начинает преобладать обратная р-ция (гидролиз олигонуклеотида). [c.301]

Полученные полимеры по своим свойствам напоминают природные олигонуклеотиды под действием кислот и щелочей они распадаются с образованием смеси 2 - и З -фосфатов нуклеозидов, под действием фермента змеиного яда дают 5 -фосфаты нуклеозидов. Однако их отношение к панкреатической рибонуклеазе, избирательно расщепляющей только З -фосфаты, отличает их от природных РНК- Этот фермент, как уже указывалось выше (стр. 249), полностью расщепляет природный полимер синтетические полимеры, напротив, расщепляются лишь частично и разбиваются на олигонуклеотиды с меньшей степенью полимеризации, уже не способные к расщеплению указанным ферментом, но подвергающиеся кислому и щелочному гидролизу. Этот результат вполне естествен и подтверждает, что в синтетическом полимере, в отличие от природных РНК, наряду с 3 -5 -связью (VHI) имеется и 2 -5 -связь (IX), не расщепляющаяся панкреатической риГонуклеазой. Образование последней происходит при раскрытии полимеряого циклического фосфата (VII) наряду с полимером, характеризующимся 3 -5 -связью. [c.250]

В 1958 г. Хорана предложил для последовательной деструкции цоли-дезоксирибонуклеотидов использовать избирательный ферментативный гидролиз. Были найдены два специфических фермента, которые избирательно расщепляли 3 -5 -связь дизамещенного эфира по месту связи Ссз)—О или С сз)—С ("5) — О. Фосфодиэстераза селезенки расщепляла эту связь по месту С(5)—О, оставляя С (з)-фосфат, диэстераза змеиного яда — связь С (3) —О, оставляя С (5)-фосфат. Так как в полимерной цепи ДНК или соответствующего олигонуклеотида с одного края всегда находится нуклеотид со свободной С (3)-гидроксильной группой, а с другой стороны цепь заканчивается нуклеотидом со свободным С (Г)-гидроксилом, то, очевидно, можно, действуя тем или иным ферментом, последовательно разрушать цепь с одного из ее концов, идентифицируя отщепляющиеся мононуклеотиды с помощью бумажной хроматографии. [c.254]

РИС. 2-37. Двумерная нуклеотидная карта, полученная в результате частичного гидролиза Р-олигонуклеотида, отщепленного от кольцевой копии ДНК, синтезированной иа цепи глобниовой мРНК (гл. 15, разд. Ж.4). Олигонуклеотид обрабатывали экзонуклеазой из змеиного яда (фосфодиэстера-зой, табл. 2-11), отщепляющей нуклеотиды последовательно с З -конца. Самое верхнее пятно соответствует нуклеотиду неизвестного состава каждое следующее расположенное ниже пятно содержит иа одно нуклеотидное звено больше. По относительной подвижности промежуточных продуктов (см. текст) была восстановлена последовательность (5 )- [c.172]

Далее, возможна прямая локализация спаренных участков цепи. Один из наиболее результативных подходов состоит в том, что после переваривания РНКазой, гидролизующей однотяжевые участки РНК, получающиеся двуспиральные фрагменты разделяются в электрофорезе сначала в неденатурирующих условиях (первое направление), а затем в условиях диссоциации двуспиральных комплексов (второе направление) таким образом, каждая полоса первого направления, представляющая собой двойную спираль, разделяется во втором направлении на два пятна, представляющих собой комплементарные тяжи, которые идентифицируются и локализуются на первичной структуре РНК. Таким путем удается выявить не только смежные (вдоль цепи) комплементарные участки, но и комплементарные взаимодействия между удаленными участками цепи РНК. Другой подход, особенно эффективный в выявлении дальних взаимодействий, состоит в фотоактивируемых сшивках оснований спаренных тяжей в составе структуры РНК с последующей идентификацией сшитых олигонуклеотидов. [c.74]

Деметилирование (39) пиридином с последующей обработкой деметилированной соли фосгеном приводит к (37). Последовательная реакция (37) с двумя различными спиртами дает несимметричный фосфодиэфир (вероятными интермедиатами являются пятивалентные производные). Катализируемое гидроксид-ионом отщепление диметилацетоинового остатка от триэфира происходит по крайней мере в 10 раз быстрее, чем гидролиз триметилфосфа-та. Поскольку реагент (37) был применен лишь для синтеза модельных фосфодиэфиров, предполагали, что его можно использовать для получения олигонуклеотидов [49]. Однако реагент (37), подобно всем тетраэфирам пирофосфорной кислоты, очень чувствителен к действию воды и может быть использован только в абсолютно безводных условиях. Это значительное неудобство в области нуклеотидов, где субстраты часто лишь с трудом растворяются в безводных растворителях. [c.159]

Переваривание нуклеопротеинов и всасывание продуктов их распада осуществляются в пищеварительном тракте. Под влиянием ферментов желудка, частично соляной кислоты, пуклеопротеины пищи распадаются на полипептиды и нуклеиновые кислоты первые в кишечнике подвергаются гидролитическому расщеплению до свободных аминокислот. Распад нуклеиновых кислот происходит в тонкой кишке в основном гидролитическим путем под действием ДНК- и РНКазы панкреатического сока. Продуктами реакции при действии РНКазы являются пуриновые и пиримидиновые мононуклеотиды, смесь ди- и тринуклеотидов и резистентные к действию РНКазы олигонуклеотиды. В результате действия ДНКазы образуются в основном динуклеотиды, олигонуклеотиды и небольшое количество мононуклеотидов. Полный гидролиз нуклеиновых кислот до стадии мононуклеотидов осуществляется, очевидно, другими, менее изученными ферментами (фосфодиэстеразами) слизистой оболочки кишечника. [c.469]

Рибонуклеазв А специфически гидролизует РНК по пиримидиновым основаниям конечными продуктами (после расщепления циклофосфатов) являются пиримидиновые нуклеозид-3 -фосфаты и олигонуклеотиды, содержащие 5 -ОН- и 3 -фосфатную группы [c.312]

В блочном методе определения последовательности нуклеиновых кислот весьма существенна методология структурного анализа. В одном из возможных вариантов используется полное расщепление полинуклеотидной цепи двумя (или более) ферментами с различной специфичностью. В случае РНК это может быть осуществлено различными рибонуклеазами, например гидролиз последовательно рибонуклеазой Т,, а затем — панкреатической рибонуклеазой. Структуры полученных олигонуклеотидов сравниваются для поиска перекрывающихся последовательностей Если это оказывается недостаточным, используется третья РНаза. [c.314]

Рис. 178. Фрагменты частичного гидролиза 5 -меченого олигонуклеотида фос. фодиэстера 10Й змеиного яда.

Быстрые методы определения последовательности не решают всех задач, стоящих перед исследователем первичной структуры нуклеиновых кислот, поскольку они не дают информации о Положении и природе минорных компонентов нуклеиновых кислот- Такие задачи встречаются при изучении структуры тРНК. В этих случаях сохраняют свое значение старые методы определения последовательности, заключающиеся в исчерпывающем нли частичном гидролизе рибонуклеазами, выделении индивидуальных олигонуклеотидов, определении их клеотидного состава и идентификации минорных компонентов [c.329]

Чаще всего а синтезе олигонуклеотидов для блокирования 5 -гидрок-сильных групп используются монометокси- и диметокситрифенил-метильные производные. Это связано с тем, что образуемые ими эфиры с нуклеозидами гидролизуются в значительно более мягких условиях, чем трифенилметильные. Деблокирование проходит под действием кислот. Введение каждой метоксигруппы ускоряет процесс примерно в 10 раз, что существенно снижает побочные эффекты при синтезе олигонуклеотидов. [c.393]

Характерной особенностью поведения РНК и олигорибонуклеотидов в кислой среде является изомеризация природной 3 - 5 -фос-фодиэфирной связи в 2 5 -фосфодиэфирную. Процесс идет конкурентно с расщеплением фосфодиэфирных связей. При неполном гидролизе РНК в образовавшихся олигонуклеотидах присутствует значительный процент олигомеров с изомерными связями. Продолжительный гидролиз в кислой среде, так же как и в щелочной, приводит к образованию мононуклеотидов. [c.396]

Из дезоксирибонуклеиновых кислот, значительно более устойчивых к действию щелочей, чем рибонуклеиновые кислоты, и требующих для гидролиза других ферментативных систем, можно с помощью мшеральных кислот отщепить пурины и получить тиминовые кислоты используя ферменты поджелудочной железы получают олигонуклеотиды . [c.436]

Гидролитическое расщепление нуклеиновых кислот может привести к образованию олигонуклеотидов, мононуклеотидов, нуклеозидов, пуриновых и пиримидиновых оснований, углеводфосфатов и свободных углеводов. Кроме того, всегда появляются еще вторичные продукты расщепления, например продукты диаминирования аминопуринов и аминопиримидинов или их нуклеозидов и нуклеотидов. а) Кислый гидролиз [c.441]

Ферментативная деградация тиминнуклеиновой кислоты. И. Гидролиз олигонуклеотидов [1495]. [c.294]

Смотреть страницы где упоминается термин Олигонуклеотиды гидролиз: [c.139] [c.85] [c.187] [c.319] [c.322] [c.498] [c.502] [c.502] [c.502] [c.503] [c.503] [c.504] [c.505] [c.250] [c.171] [c.402] [c.142] [c.160] [c.170] [c.664] [c.89] [c.168] [c.368] [c.397]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология