Разрыв двухцепочечный

Все упоминавшиеся до сих пор силикаты построены из дискретных анионов. Другой класс силикатов содержит бесконечные цепочки связанных между собой кремнекислородных тетраэдров. В некоторых минералах содержатся отдельные силикатные цепочки, описываемые формулой (8Юз) " . Одна из форм асбеста имеет двухцепочечную структуру, показанную на рис. 14-31. Двойные цепочки связываются друг с другом электростатическими силами, действующими между этими цепочками и упакованными вокруг них катионами На , Ре и Ре . Разъединение цепочек осуществляется гораздо легче, чем разрыв ковалентных связей внутри отдельной цепочки. Это объясняет нитевидную легко расщепляемую текстуру асбеста. В кремнекислородных тетраэдрах до одной четверти ионов кремния может замещаться ионами алюминия. Однако каждое такое замещение требует добавления одного положительного заряда путем введения другого катиона (например, К чтобы скомпенсировать заряд на силикатных атомах кислорода. Физические свойства силикатных минералов очень сильно зависят от того, какая доля ионов замещена ионами А1 и сколько дополнительных катионов необходимо в связи с этим для компенсации заряда. [c.634]

При разрушении двухцепочечной структуры, которое часто называют плавлением ДНК, резко возрастает поглошение молекулами ультрафиолетовых лучей (вследствие открытого положения кольцевых структур пуриновых и пиримидиновых оснований). Кривая зависимости поглощения от температуры в этой точке имеет сигмоидную форму, что указывает на кооперативный характер разрущения водородных связей при плавлении по мере разрыва отдельных связей разрыв оставшихся связей все больше облегчается. [c.224]

Линейная одноцепочечная ДНК редкий в природе тип молекулярной организации ДНК. Например, ДНК мелкого вируса мыши. Но такой тип ДНК легко получить при денатурации линейных двухцепочечных ДНК- Разрыв водородных связей между комплементарными полинуклеотидными цепями заканчивается раскручиванием двойной спирали и последующим разделением двух полинуклеотидных цепей. Образовавшиеся две более гибкие по сравнению с исходной молекулы быстро свертываются в беспорядочные клубки. Будучи гораздо более гибкими, линейные одноцепочечные ДНК в растворе характеризуются значительно меньшей вязкостью. Соответственно изменяются и другие гидродинамические характеристики одноцепочечной ДНК по сравнению с линейной двухцепочечной. Медленное охлаждение раствора ДНК после температурной денатурации ведет к образованию ренатурированной ДНК с типичным линейным двухцепочечным строением. [c.58]

ДНК-аза из селезенки и тимуса (ДНК-аза II, кислая ДНК-аза) оптимально активна при pH 4,5—5,5. Под ее влиянием ДНК расщепляется на олигонуклеотиды, содержащие в среднем по шесть нуклеотидов со свободным гидроксилом в 5 -положе-нии и со свободным фосфатом в положении 3. ДНК-аза II при гидролизе двухцепочечных ДНК вызывает двойной разрыв. [c.90]

Разрыв в дуплексе ДНК — отсутствие фосфодиэфирной связи между двумя соседними нуклеотидами в одной из цепей двухцепочечной ДНК. [c.465]

Различия между ДНК-полимеразами I, II и III лучше всего выявляются при рассмотрении их матричной специфичности. Ни один из этих ферментов не может использовать в качестве матрицы нативную, т. е. двухцепочечную ДНК, у которой обе цепи интактны. Однако нарушение целостности молекулы может привести к образованию участка, с которого затем начнется синтез. Следует различать разрыв в цепи, представляющий собой результат расщепления фосфатной связи без удаления нуклеотидов, и пробел, образующийся в результате удаления ряда нуклеотидов. Пробелы и разрывы различного типа образуются при действии разных специфических нуклеаз. ДНК с несколькими разрывами не способна служить матрицей для ДНК-полимераз II и III, но может быть матрицей для полимеразы I, причем разрыв оказывается стартовой точкой , с [c.16]

Изолированная из нуклеоида ДНК, судя по ее реакции с бромистым этидием, ведет себя как замкнутая двухцепочечная структура. Маленькая молекула этого реагента встраивается (интеркалирует) между парами оснований ДНК и вызывает образование положительных супервитков в замкнутых кольцевых молекулах ДНК, у которых две цепи соединены ковалентно. В открытых кольцевых молекулах, содержащих одноцепочечный разрыв, или в линейных молекулах ДНК может свободно вращаться и таким образом освобождаться от дополнительного напряжения, создаваемого в результате включения бромистого этидия. [c.348]

Фермент вносит двухцепочечный разрыв [c.412]

Процесс начинается с разрыва в соответствующих точках гомологичных цепей двух спаренных молекул ДНК. Разрыв обусловливает подвижность образовавшихся свободных концов. Каждая цепь оставляет своего партнера происходит перекрещивание. При этом каждая цепь спаривается с комплементарной ей цепью другой молекулы. Такой реципрокный обмен связывает две двухцепочечные ДНК. Вначале это только водородные связи затем благодаря сшивки разрезов в сайтах обмена в ка-кой-то точке устанавливается ковалентная связь (сшивка может произойти и позднее, чем показано на рисунке). Пара соединенных двухцепочечных молекул получила название сцепленной молекулы. [c.445]

Другая модель рекомбинации основана на предположении, что двухцепочечный разрыв инициирует генетический обмен. Одна из образовавшихся одиночных цепей мигрирует к другому дуплексу, в результате чего две двухцепочечные молекулы оказываются связанными с по-мошью гетеродуплексной последовательности ДНК. [c.446]

РАЗРЫВ И ВОССОЕДИНЕНИЕ. Тип генетической рекомбинации, при котором две молекулы двухцепочечной ДНК разрываются в соответствующих точках и затем соединяются крест-накрест. [c.525]

Модель двухцепочечный разрыв - репарация [c.164]

Схематически изобразите последовательность событий, приводящих к переключению типа спаривания у дрожжей. Предложите механизм такого переключения, основанный на модели двухцепочечный разрыв - репарация , рассматриваемой на примере процессов мейотической рекомбинации (см. гл. 14). [c.246]

Топоизомераза И (топо II) при своем действии разрывает обе цепи ДНК и протаскивает одну ветвь двухцепочечной ДНК через разрыв в другой. В результате также происходит сбрасывание супервитков в молекуле ДНК. Топоизомераза II играет важную роль в репликации, обусловливая, в частности, разъединение реплицировавших дочерних ДНК, которые при инактивации этого фермента остаются сцепленными. [c.174]

Механизм действия ДНК-полимеразы I, описываемый уравнением (15-2), обеспечивает лишь прямой путь образования комплементарной цепи ДНК каким образом может осуществляться копирование двухцепочечной ДНК, с помощью этого механизма нельзя объяснить. Одна из проблем состоит в том, что для копирования двухцепочечной ДНК две цепи должны расплестись и отделиться одна от другой. Если расплетание цепей и репликация происходят лишь в одной репликационной вилке, как это следует нз экспериментов Кернса, то для того, чтобы хромосома Е. oli могла полностью реплицироваться за 20 мин, вся молекула должна раскручиваться со скоростью 300 оборотов в 1 с. Кроме того, для осуществления процесса репликации в хромосоме должно быть образование типа шарнира (или, по крайней мере, разрыв в одной из цепей) [уравнение (15-3)]. [c.197]

Экзонуклеазы отщепляют нуклеотиды с концов полинуклеотидных цепочек, в то время как эндонуклеазы делают разрывы внутри цепи. Одни из них гидролизуют лишь одноцепочечные молекулы, другие— двухцепочечные. Некоторые нуклеазы разрывают обе цепи ДНК, тогда как другие надрезают молекулу, внося разрыв лишь в одну из цепей. Специфичность ряда нуклеаз отражена в табл. 2-11. Частичный ферментативный гидролиз РНК дает расщепление молекулы на короткие нуклеотидные последовательности, позволяющие далее определить полную последовательность РНК. (Первой РНК, для которой установлена последовательность, была аланиновая тРНК. Расщепление проводили с помощью панкреатической рибонуклеазы и рибонуклеазы Т1 [133]. Очень полезным методом получения нуклеотидных карт оказался двумерный электрофорез в полиакриламидном геле [134]. [c.168]

Ступенчатый разрыв (Staggered eut) Разрезание двухцепочечной ДНК, при котором разрывы в комплементарных цепях располагаются не строго один напротив другого, а немного смещены. [c.560]

Рис. 4.14. Интеграция (включение) фага лямбда в хромосому Es heri hia oli и его освобождение из хромосомы (исключение). В фаговой частице ДНК представлена линейной двойной спиралью с неспаренными комплементарными концами. В растворе или в бактериальной клетке липкие комплементарные концы связываются друг с другом, и разрыв в каждой цепи закрывается с помощью лигазы. После этого замкнутое двухцепочечное кольцо подходит к хромосоме (между генами gal и Ыо), обе двойные спирали разрываются и образовавшиеся свободные концы воссоединяются крест-накрест. В результате фаговая ДНК оказывается включенной (встроенной, или интегрированной) в хромосому хозяина. Фаг превратился теперь в профаг, и клетка стала лизогенной (в данном случае по фагу лямбда), В результате обратного процесса может произойти выключение ДНК фага и переход ее в автономное состояние.

При критической температуре (в области 50—90°) происходит быстрое возрастание поглощения ультрафиолетового света при нагревании растворов двух- и трехцепочечных гетерокомплексов и двухцепочечной полиадениловой кислоты в аци-форме, что указывает на разрушение упорядоченной структуры, в которой разрыв нескольких водородных связей понижает стабильность соседних пар оснований, связанных водородными связями. Изучение критических температур плавления различных спиральных комплексов делает доступным прямое измерение относительной стабильности энергий связей , проявляемых различными типами пар оснований [104]. Такая информация может быть также получена при изучении изменения оптического вращения с изменением температуры [103]. [c.546]

Следовательно, субъединнцы обладали более высокой степенью асимметрии, чем исходная ДНК (которая, находясь в свернутом состоянии, несомненно, отличается от субъединиц), а гибкие соединения (белок или неспаренные участки последовательности оснований) в надструктуре ДНК могут быть местом действия фермента. Кинетика ферментативного гидролиза указывает на одноцепочечный разрыв с образованием этих субъединиц (без индукционного периода), которые затем ведут себя как двухцепочечные молекулы [184]. [c.561]

Только что описанный метод — изучение кинетики ферментативного гидролиза полинуклеотидов — применяется в основном для определения числа цепей в структуре [296, 297[. Метод основан на том, что одноцепочечная структура будет расщепляться ири гидролизе хотя бы по одной межнуклеотидной связи, в то время как для расщепления двухцепочечной структуры необходимо, чтобы разрыв произошел, по крайней мере, в двух местах. Если предположить, что существование индукционного периода при понижении молекулярного веса не является результатом первоначального разрыва водородных связей в особых участках молекулы, то с помощью кинетики гидролиза можно различить одно-, двух-, трехцепочечные структуры или структуры с большим числом цепей. Далее, результаты, полученные при действии панкреатической ДНК-азы на ДНК из зобной железы теленка, показали, что минимальное число нуклеотидов между разрывами в двух цепях, при котором сохраняется двухтяжная структура, равно примерно шести. Отсюда ясно, что для того чтобы молекулярный вес ДНК уменьшался, ферментативное расщепление каждой из цепей должно происходить внутри участка из шести нуклеотидных пар (рис. 8-26). [c.600]

Второй вид двухцепочечной кольцевой ДНК — открытая кольцевая, ее можно представить как линейную ДНК, замкнутую в кольцо, в одной из цепн которого имеется разрыв. Разорванная цепь в этом случае может вращаться вокруг целой. Пока отсутствуют определенные данные, касающиеся существования именно таких ДНК в живой клетке. Еще не выявлено значительных отличий в физико-химических характеристиках открытых кольцевых и линейных двухцепочечных ДНК. [c.47]

ДНК, разветвленная структура — модель Корнберга, поясндкмцая разветвлен-ность ДНК, синтезируемой т х>Иго. Репликация двухцепочечной ДНК, как известно, может осущтетвляться лишь в том случае, когда в полинуклеотидной цепи есть одиночный разрыв. При этом открывшаяся З -гидроксильная группа выполняет функцию затравки, и новая растущая цепь вытесняет старую комплементарную цепь, начиная с 5 -фосфатного конца. В одной из точек фермент может тойти с первоначальной матричной цепи и начать копирование комплементарной цепи. Это и влечет за собой образование разветвленной структуры. [c.52]

Разветвленная структура — один из вариантов структурной организащги реплицирующейся ДНК. Репликация двухцепочечной ДНК осуществляется лишь в том случае, когда в полинуклеотидной цепи имеется одноцепочечный разрыв. При этом высвободившаяся З -гидроксильная группа выполняет затравочную функцию, а вновь синтезирующаяся цепь вытесняет старую комплементарную цепь, начиная с 5 -конца. В одной из подходящих для копирования точек фермент может сойти с первоначальной цепи и перейти на копирование комплементарной ей пепи. Такой переход ведет к образованию разветвленных структур. Они хорошо видны в поле электронного микроскопа. Предполагают, что подобное переключение в репликации полинуклеотидных цепей происходит и in vivo. При достижении синтезирующейся цепи свободного 5 -конца вытесненной цепи она сгибается на себя, опять вытесняя родительскую цепь, достраиваясь в виде комплементарной самой себе цепи. Подобные структуры не способны денатурироваться. Динамику и этапы описанного процесса репликации ДНК Корнберг иллю стрирует следующей моделью (рис. 19). [c.72]

Разрывы, образующиеся под действием эндонуклеаз в далеко отстоящих друг от друга точках одной цепи, выполняют две функции они снимают механические напряжения, возникающие при раскручивании цепей, и благодаря им появляются свободные З -ОН-группы — стартовые точки, откуда начинают свое действие полимеразы. И в самом деле, было показано, что вблизи каждого из таких разрывов может присоединиться молекула полимеразы. Поскольку разрыв происходит только в одной цепи, целостность двухцепочечной молекулы ДНК сохраняется она нарущается только в том случае, когда обе цепи разрываются в одном месте. В каких именно точках происходят разрывы —пока неясно, но было высказано предположение, что их появление определяется присутствием какой-то определенной химической группы. Например, отмечалось [2702], что ДНК содержит небольшое количество 6Н-метиладенина и 5-ме-тилцитозина (приблизительно по одному основанию на тысячу нуклеотидов) и что если метильные группы удалить, ДНК те- [c.18]

Модель инверсии знака , объясняющая действие ДНК-гиразы, представлена на рис. 32.6. Фермент связывается с ДНК в месте перекреста, эквивалентного положительной суперспирали. Это событие индуцирует образование компенсирующей отрицательной спирали в несвязанной части ДНК. Затем фермент разрезает двойную цепь в области пересечения положительной суперспирали, продевает через образующийся пробел другую дуплексную цепь и залечивает разрыв. В результате изменяется знак спирали от -ь 1 к — 1, а число зацеплений изменяется на величину AL = — 2. Последнее изменение происходит, согласно правилу изменения числа зацеплений, на величину, кратную двум, для случая двухцепочечных переносов. Один из пересекающихся сегментов образовавшейся отрицательно суперспирализованной молекулы освобождается от гиразы по длине ДНК происходит перераспределение отрицательных супервитков (с изменением значений либо Т, либо W, либо и того и другого). [c.413]

Какой белок ответствен за первоначальное расплетание двух цепей родительской молекулы Эту функцию связывают с мутациями гер, которые замедляют движение репликационной вилки. Белок Rep представляет собой АТРазу, зависимую от одноцепочечной ДНК. В присутствии АТР совместное действие белков Rep и SSB приводит к разделению двухцепочечной репликативной формы ДНК фага фХ174, несущей разрыв в одной из цепей, на составляющие ее отдельные цепи. Вероятно, белок Rep расплетает цепи, а белок SSB затем фиксирует их в одноцепочечном состоянии. [c.424]

Ассимиляция одной цепи требует наличия свободного конца ДНК. Как показывает рис. 35.7, свободный конец может находиться на атакующей цепи (верхний ряд) или на двухцепочечной молекуле средний ряд). Если обе молекулы кольцевые, двухцепочечное кольцо должно иметь разрыв цепи, которая должна быть замещена нижний ряд). Необходимость в свободном конце может отражать свойство Re A-белка или обусловливаться топологическими помехами. Отдельная цепь со свободным концом будет закручиваться вокруг комплементарной ей цепи, но, если свободный конец отсутствует, молекулы довольно быстро прекратят дальнейшее спаривание. [c.450]

Е. соН, а в двух, расположенных на расстоянии 100-1000 п.н. друг от друга. Если такие структуры действительно представляют собой интермедиаты, возникающие в ходе рекомбинации, то это скорее подтверждает модель двухцепочечный разрыв - репарация , чем модель Мезел-сона-Рэддинга. [c.152]

Аберрантные аски типа 5 3 могут возникать только за счет нерепарированной гетеродуплексной ДНК. Преобладание асков типа 6 2 по сравнению с асками 5 3 предполагает механизм рекомбинации, в соответствии с которым возникает относительно небольшая область гетеродуплекса, и образование асков 6 2 оказывается более предпочтительным, чем асков 5 3. Модель двухцепочечный разрыв - репарация может удовлетворительно объяснить наблюдаемую закономерность, если предположить, что величина образующейся двухцепочечной бреши (рис. 14.12) гораздо больше, чем размеры одноцепочечных концов с каждой стороны от этой бреши. Если это действительно так, то [c.287]

Отметим, что у образовавшейся здесь двухцепочечной молекулы кДНК отсутствуют липкие концы такие молекулы ДНК, с тупыми концами, можно клонировать при помощи нескольких процедур, сходных с той, какая представлена на рис. 5-78, хотя и менее эффективно. Можно, например, пришить к концам к ДНК синтетические олигонуклеотиды, содержащие участки, в которых рестрицирующий фермент вызывает разрыв, или присоединить ферментативным путем к концам молекулы к ДНК одноцепочечные хвосты , чтобы облегчить включение этой молекулы в клонирующий вектор присутствует лишь некодирующая ДНК. составляющая, как известно, большую часть массы такого генома (см. разд. 9.1.3). [c.329]

В их участок, гомоличный дрожжевому геному, ввести двухцепочечный разрыв. [c.215]

Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот (1990) -- [ c.79 , c.94 , c.95 , c.97 , c.103 , c.116 , c.120 , c.130 , c.289 ]

Молекулярная биология (1990) -- [ c.79 , c.94 , c.95 , c.97 , c.103 , c.116 , c.120 , c.130 , c.289 ]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология