Бактериофаги, разделение

Применяя для ультрафильтров мембраны с определенной степенью пористости, можно в известной мере произвести разделение коллоидных частиц и одновременно приближенно определить их размеры. Этим методом впервые были определены размеры целого ряда вирусов и бактериофагов. [c.293]

Поскольку поры обычной фильтровальной бумаги легко пропускают коллоидные частицы, при ультрафильтрации в качестве мембраны применяют специальные фильтры (целлофан, пергамент, асбест, керамические фильтры и т. п.). Применение мембраны с определенным размером пор позволяет разделить коллоидные частицы на фракции по размерам и ориентировочно определить эти размеры. Так были найдены размеры некоторых вирусов и бактериофагов. Все это говорит о том, что ультрафильтрация является не только методом очистки коллоидных растворов, но может быть использована для целей дисперсионного анализа и препаративного разделения дисперсных систем. [c.422]

Сравнительно новые кристаллизационные методы — различные варианты кристаллизации и перекристаллизации из расплавов, вызванные к жизни повышенными требованиями последних лет к чистоте веществ и совершенству их структуры и субструктуры. Это — метод нормальной направленной кристаллизации (по Бриджмену) и метод вытягивания из расплава (по Чохральскому). Среди кристаллизационных методов глубокой очистки наиболее совершенны и прогрессивны методы зонной плавки. Отличительная особенность этих методов — высокая эффективность применения к очистке и выращиванию монокристаллов полупроводниковых материалов. В этом случае преодоление конструкторских и технологических трудностей вполне себя оправдывает. Однако в наши дни можно наблюдать все более широкое применение этих методов для очистки и получения кристаллов многих неорганических и органических веществ, в том числе почти всех технически важных металлов, и даже для очистки некоторых более сложных веществ, например хинонов, альдегидов, энзимов, жиров, бактерий, бактериофагов и планктонов, а также для разделения изотопов. Поэтому актуальным становится дальнейшее совершенствование методов и аппаратов кристаллизационной очистки. [c.10]

Сейчас не существует хороших методов разделения смесей нуклеиновых кислот поэтому, например, постановка задачи о порядке чередования нуклеотидов в цепи ДНК имеет смысл только для нуклеиновых кислот бактериофагов и вирусов, где сама природа предоставляет нам гомогенные продукты. [c.257]

РНК бактериофага MS2 содержит три цистрона, разделенных нетранслируемыми последовательностями, и один цистрон, перекрывающийся с двумя другими (см. раздел А. II. 4 и рис. 6). Ближе всего к 5 -концу этой лолицистронной мРНК расположен А-цистрон (1182 нуклеотидных остатка, включая терминирующий кодон), кодирующий А-белок, или белок созревания (393 аминокислотных остатка). Далее по направлению к З -концу следует С-цистрон (393 нуклеотидных остатка, включая терминирующий кодон UAA), кодирующий белок оболочки фага (129 аминокислотных остатков). Ближе всего к З -концу располагается S-цистрон (1638 нуклеотидных остатков, включая терминирующий кодон UAG), кодирующий субъединицу РНК-репликазы (544 аминокислотных остатка). L-цистрон (228 нуклеотидных остатков вместе с терминирующим кодоном UAA), кодирующий маленький белок лизиса (75 аминокислотных остатков), перекрывает не в фазе конец С-цистрона, нетранслируемую последовательность и начало S-цистрона. (Следует заметить, что при синтезе белка оболочки и субъединицы РНК-репликазы N-концевой метионин отщепляется, и поэтому количество аминокислотных остатков в готовом белке на один меньше, чем количество значащих кодонов матрицы.) [c.234]

Агароидные бисерные гели применяются для гель-фильтрации (см. раздел 64) очень крупных молекул, которые нельзя разделить на сефадексах (однако область применения агароидов частично перекрывает область применения сефадекса G-200). Агароидные гели используются для выделения и разделения протеинов, нуклеопротеидов, нуклеиновых кислот, полисахаридов, вирусов, бактериофагов, субклеточных частиц и т. п. [c.169]

Кроме четырех обычных оснований в ДНК (главным образом в ДНК бактериофагов) найдено шесть так называемых минорных оснований. Еще больше — до 35 минорных оснований (табл. 37.3)—встречается в РНК, главным образом в тРНК. Минорные компоненты можно получить лишь расщеплением природных полимеров, так как они образуются в результате ферментативной модификации уже готовых полинуклеотидов, т. е. в результате модификации на макромолекулярном уровне. Кроме того, в работах по изучению структуры и функций нуклеиновых кислот имеют дело с производными компонентов нуклеиновых кислот, т. е. с нуклеозидами, несущими защитные группы, или с аналогами оснований и нуклеозидов, например с азапиримидинами [14]. Разделение таких соединений также было предметом исследования в работе [15]. [c.37]

Ряд бактериофагов Еп1егоЬас1епа (в частности,фХ174, М13, М12, рр и Т4) были очищены на пористом стекле с контролируемыми размерами пор [8]. Достоинство этого метода заключается в том, что в процессе разделения сохраняется токсичность и инвазивность бактериофагов. [c.315]

Гейдушеком и др. [26]. Используя в качестве затравки ДНК из бактериофага Т2, синтезировали РНК, меченную по фосфору, и выделили ее центрифугированием в градиенте плотности хлористого цезия. К ней добавили ДНК из фага Т2. Затем смесь нагревали в течение 10 мин до 100°, чтобы вызвать разделение двух цепей ДНК. Потом ее медленно охлан дали и оставили при 40° на 12 час. Об образовании гибрида в ходе отншга говорили результаты центрифугирования в градиенте плотности. Была получена всего одна полоса этот факт подтверждается как данными оптических измерений, так и измерениями радиоактивности. В контроле на холоде (12 час при 0°) была обнаружена только [c.233]

При другом подходе были изучены ультрафиолетовые спектры поглощения различных нуклеопротеидов до и после разделения их на белок и нуклеиновую кислоту обработкой додецилсульфатом натрия [367]. Были введены соответствующие поправки на светорассеяние, а экспериментальные условия были таковы, что нуклеиновая кислота при депротеинизации оставалась нативной, т. е. обладала гипохромизмом, а отсюда и любое уменьшение оптического поглощения могло бы показать, что нуклеиновая кислота в интактном нуклеопротеиде обладает меньшим гипохромным эффектом, что в свою очередь указывало бы на конформационные изменения, происходящие при освобождении нуклеиновой кислоты. При разрушении ДНК-содержащих вирусов типа бактериофага Тб и вируса папилломы Шоупа никаких изменений в оптическом поглощении не происходило (хотя ясно, что изолированная ДНК была определенным образом упакована внутри вируса), и в этом случае вторичная структура нуклеиновой кислоты внутри вируса и в изолированном виде, по-видимому, одна и та же. Аналогичным образом оптическое поглощение рибонуклеопротеидных частиц из дрожжей фактически то же самое, что у разрущенных частиц [367 . [c.630]

Тот факт, что подобные денатурированные молекулы ДНК являются более эффективной затравкой, чем нативные двойные спирали, показывает, что синтез Корнберга идет путем сорбции мононуклеозидтрифосфатов па одиночной цепи ДНК. В этой связи интересно было испытать в качестве матрицы ДНК из бактериофага ФХ174, которая состоит из одиночных нитей. Оказалось, что эта ДНК является, в согласии с ожиданиями, вдвое более эффективной затравкой, чем обычная ДНК со структурой двойной спирали. В последнее время обнаружено, что более тщательная очистка фермента Корнберга делает его неспособным к использованию двойных спиралей в качестве матриц. По-видимому, существует отдельный фермент, ведущий предварительно процесс разделения двойных спиралей па одиночные нити, после чего опи редуплицируются по принципу комплементарности. [c.242]

Итак, проблемы, связанные с размерами ДНК, молекулярной гомогенностью и отсутствием эффективных химических и биохимических методов, делают ДНК менее пригодным объектом для анализа последовательности, чем РНК. В этом отношении один из возможных подходов заключается в использовании вирусной ДНК, которую можно разделить на субъедийицы или которая встречается в таком виде в природе. Примером может служить ДНК бактериофага Т5, которая представляет собой линейную двойную спираль со специфической последовательностью, содержащую несколько разрывов в определенных точках обеих цепей. При центрифугировании этой ДНК в щелочном градиенте (для разделения комплементарных цепей) седиментограмма указывает на наличие по крайней мере шести субъединиц размером от 34 до 4 мкм. Одноцепочечная субъединица длиной 4 мкм содержит, по-видимому, около 12 ООО нуклеотидов, что все еще слишком много для выяснения первичной структуры. [c.36]

ДНК некоторых организмов, таких, как бактерии, бактериофаги и многие ДНК-содержащие вирусы животных, представляет собой замкнутую кольцевую структуру. Конечно, такая структура не нарушает полярность молекул, но в ней исчезают свободные У- и 5 -гидроксильные и фосфорильные группы. Замкнутые кольца могут существовать в релаксиро-ванной или суперспиральной формах. Суперспира-льность проявляется тогда, когда замкнутое кольцо сворачивается вокруг собственной оси или когда скручивается участок линейной ДНК, концы которой зафиксированы. Этот требующий энергии процесс приводит к появлению внутримолекулярного напряжения структуры. При увеличении числа супервитков внутреннее (торсионное) напряжение возрастает (проверьте это на обычной резиновой ленте). Супервитки в ДНК, образованные за счет скручивания против часовой стрелки (в направлении, обратном закручиванию правосторонней двойной спирали В-формы ДНК), называются отрицательными. В некотором смысле можно считать, что энергия, необходимая для достижения такого структурного состояния, запасается в обычных (неотрицательных) супервитках. Энергия перехода молекулы ДНК к другому типу надмолекулярной структуры может понижаться за счет образования участков отрицательного скручивания. Один из таких переходов— разделение цепей при подготовке к репликации и транскрипции. Вот почему суперспирализация ДНК весьма вьн одна в биологических системах. Ферменты, катализирующие топологические изменения молекулы ДНК, получили название топоизо-мераз. Наиболее изучена из них—бактериальная ги-раза, инициирующая образование отрицательных супервитков. [c.57]

Наряду с агаровыми гелями в качестве поддерживающей среды при. электрофорезе нуклеиновых кислот используют и агарозные гели. Мак-Индоу и Манро [852] нащли, что в 2%-ном агарозном геле нуклеиновые кислоты разделяются главным образом в соответствии с их молекулярной массой. Проведение электрофоретического разделения нуклеиновых кислот в различных буферах, включая трис-ацетат, трис-фосфат и трис-НС1 [533—535], показало, что на их разделение помимо молекулярной массы влияют и другие факторы. Одноцепочечные молекулы ДНК с мол. массой от 1,2 млн. до 40 млн. можно разделять в 0,6%-ном агарозном геле при условии, что разница в молекулярной массе между молекулами составляет не менее 5%. Подвижность двухцепочечных молекул ДНК почти не зависит от их молекулярной массы. С помощью электрофореза в агарозном геле можно также разделять комплементарные цепи ДНК бактериофагов [535]. [c.370]

Пример электрофореза на пластинке градиентного геля представлен на рис. 5. Культуру Е. соИ в экспоненциальной фазе роста инфицировали диким типом и различными атЬег-ыутттамш бактериофага Т4 и метили С-аминокислотами в интервале от 3 до 8 мин после заражения. Распределение отдельных белков, кодируемых фагом, определяли на радиоавтографе после окрашивания геля и обесцвечивания фона. На пластинке видно четкое разделение полипептидов, молекулярные веса которых различаются всего лишь на 200—500 дальтон. [c.105]

Пример 11-А. Структура ДНК фага Т7 Е. oli. ДНК бактериофага Т7 Е. соИ дает границу, изображенную на рис. 11-9, Л. Эта ДНК дает одну четкую границу при всех исследованных концентрациях, так что ее можно считать гомогенной с точки зрения молекулярной массы. Если ДНК центрифугировать при pH 12,5, когда происходит разделение двух цепей, получается граница, показанная на рис. 11-9,5, которая состоит из двух частей — четкой (гомогенной) и широкой (гетерогенной). Расстояние а/ а + Ь) равно 0,5 это означает, что 50% одиночных цепей ДНК осаждается медленнее, чем гомогенный компонент. Отсюда можно заключить (поскольку в этом случае известно, что меньший коэффициент седиментации соответствует меньшей молекулярной массе), что 50% одиночных цепей ДНК должно быть расщеплено. Так как более медленно движущийся материал осаждается достаточно гетерогенно, расщепленные цепи имеют различный размер, и поэтому разрывы могут происходить в разнообразных местах молекулы, скорее всего со случайным распределением. [c.285]

Однофазный метод экстракции нуклеиновой кислоты смесью фенола и эфира был введен в 1959 г. Клингером с сотр. [477]. Т, И. Тихоненко [106] выделял высокоиолимер-ную ДНК из бактериофагов Сд и Т2 детергентно-феноль-ным методом с добавлением этанола. Этанол замедляет или устраняет (в зависимости от концентрации) разделение фаз, что способствует необходимому длительному контакту вирусных частиц с депротеинизирующими агентами. [c.163]

Рис. 9-13. Семейство димерных ДНК-связывающих белков. Эти регуляторные белки работают в бактериальных системах репрессор лямбда и сго-белок контролируют экспрессию генов бактериофага лямбда, а белок активатор катаболизма (САР) регулирует экспрессию ряда генов Е. oli, которые могут включаться лишь в отсутствие глюкозы. В каждом случае рентте-н о структур ный анализ выявил наличие двух копий узнающей спирали (коричневый цилиндр), разделенных одним витком спирали ДНК (3,4 нм).

Получение одноцепочечной ДПК для секвенирования с помощью дидезокси-терминаторов. Молекулы ДНК обычно являются двух цеп очечным и исключение составляют лищь одноцепочечные ДНК некоторых бактериофагов. Как мы уже говорили, физическое разделение цепей дугшекса не всегда осуществимо (разд. 7.2.а). Для разделения цепей дуплекс денатурируют нагреванием или обработкой щелочью и проводят гель-электрофорез или хромато-фафию. Разделение двух комплементарных цепей происходит, по-видимому, благодаря различиям их конформаций, обусловленным различиями во вторичной структуре. Если разделения не произощло, применяют другие методы получения одиночных цепей. Наиболее эффективный из них состоит в клонировании фрагмента ДНК в векторе, скон- [c.326]

Смотреть страницы где упоминается термин Бактериофаги, разделение: [c.39] [c.74] [c.39] [c.317] [c.220] [c.222] [c.36] [c.20] [c.371] [c.442] [c.133] [c.232] [c.20] [c.10] [c.95] [c.336] [c.49] [c.158] [c.454] [c.232] [c.218]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология