Динамическое моделирование

Рис. 8,2. Зависимость энергии взаимодействия двух произвольно выбранных молекул воды друг с другом от времени в кластере (НгО)в-Молекулярно-динамическое моделирование с потенциалами (2). Средняя кинетическая энергия отвечает температуре 271 К

Моделирование кластеров из молекул воды выполняли многие авторы, начиная с 1974 г. Они использовали р азличные потенциальные функции и конкретные алгоритмы моделирования [398—405]. В работах [398, 400] применялись методы Монте-Карло, а в работах [399, 401—405] проводили молекулярно-динамическое моделирование. [c.140]

Автором и сотр. [405] предложен динамический критерий водородной связи, основанный на анализе не только данной конфигурации, полученной в ходе молекулярно-динамического моделирования, но и ее предыстории и ее дальнейшей судьбы . Построение временных зависимостей энергий взаимодействия двух молекул в большинстве случаев позволяет судить о том, существует ли при данной конфигурации водородная связь, в какие моменты времени она возникла и когда была разорвана (рис. 8.2). Как и всегда при рассмотрении ансамбля /-структур, при использовании этого подхода могут возникать сомнительные случаи. Однако такие случаи редки и по степени определенности поиска водородных связей динамический критерий приближается к анализу f-структур. [c.142]

Дозорцев В. М. Динамическое моделирование в оптимальном управлении и автоматизированном обучении операторов технологических процессов. Ч. 2. Компьютерные тренажеры реального времени // [c.184]

В 1970-е годы наметился отход от моделей, и все большее значение приобретают методы молекулярно-динамического моделирования. Наибольшее значение здесь имеют методы машинного эксперимента — Монте Карло (МК) [26] и молекулярной динамики (МД) [27]. Метод МК используют, как правило, для расчета равновесных свойств вещества, метод МД применим также для определения транспортных свойств. При детальном изучении структуры вещества метод МД имеет преимущества перед методом МК. Это связано с тем, что получаемые во времени конфигурации частиц ближе к реальным, чем реализуемые путем случайного перемещения частиц. В методе МК машина просчитывает набор равновесных конфигураций системы, вероятность перехода между которыми задается больцмановским фактором ехр(- 7/ 7), и позволяет выбрать наиболее оптимальную. Начальная конфигурация выбирается произвольно. В методе МД машина путем численного интегрирования уравнений движения при выбранном потенциале взаимодействия для заданного числа частиц определяет траектории их движения. [c.17]

Молекулярное моделирование. Необходимо проводить различие между моделированием статических, жестких структур и динамическим представлением подвижных структур. Для первого имеется много прикладных программ, однако программное обеспечение, дающее высокий уровень диалогового режима, может быть достигнуто лишь на ПРС высокого уровня. Такая программа должна обладать следующими характеристиками иметь графический ввод в виде двумерного рисунка с генерацией соответствующей трехмерной структуры давать изображение молекул, содержащих до 1000 атомов, в виде стержневых, шаростержневых и заполняющих пространство моделей, которыми можно управлять в реальном масштабе времени удалять закрытые от наблюдателя поверхности и показывать тени. Цель проекта состоит в развитии ПРС высокого уровня как независимых инструментов для молекулярного моделирования, которые бы имели высокую ценность для обучения и исследовательской работы. Однако в области динамического моделирования остается сделать еще очень многое. Компьютерная графика представляет собой идеальный инструмент для визуализации изменений в системе как функции времени, в особенности это относится к взаимным смещениям атомов в молекуле. Поэтому она должна в первую очередь использоваться для иллюстрации механизмов некоторых фундаментальных реакций, таких, как перечисленные ниже. [c.149]

Простые уравнения типа уравнения Моно (2.1) работают неудовлетворительно для крупномасштабных сбраживателей из-за ингибирования по типу обратной связи и нестационарных условий. Для того чтобы предсказать и понять механизм изменения режима эксплуатации день за днем, необходимо динамическое моделирование. Уравнения для этого модифицируются, но вычисления от этого становятся более сложными. [c.53]

Молекулярно-динамическое моделирование микрогетерогенной системы. Проценко С.П., Дианов А.Е., Скрипов В.П. - В кн. Поверхностные явления в жидкостях. Сборник статей. Под ред.проф.А.й.Русанова. Л., Изд-во Ленингр.ун-та, 1975, с.128-134. [c.255]

Методика расчета модулей упругости при молекулярно-динамическом моделировании описана в работе [12]. [c.28]

Метод динамического моделирования. С помощью этого метода удается получить подробную информацию о процессах в диапазоне от 10 пс до 10 не (1 ПС = 10 с) и вовлекающих несколько десятков или сотен атомов. [c.308]

Корреляционные функции в методе динамического моделирования. Временной характер корреляций координат и скоростей атомов можно исследовать методом динамического моделирования, где используются корреляционные функции. Фурье-преобразование корреляционных функций дает частотный спектр флуктуаций, что позволяет выделить частоты, дающие основной вклад во временной характер затухания флуктуаций. [c.312]

Наблюдаемая в опытах резкая зависимость проницаемости ионов от их геометрии и размеров говорит о том, что она определяется топографией селективного фильтра, соответствующего наиболее узкому месту. Когда размер иона достигает критического значения, его проницаемость падает до нуля. В целом, однако, структурные факторы, определяющие проницаемость, не сводятся лишь к геометрии иона и селективного фильтра, а должны включать детали химического строения макромолекул канала, а также сопряженных с перемещением ионов движений молекул воды в поре. Метод динамического моделирования внутримолекулярной подвижности (гл. XI, 3) позволяет изучать динамику движения ионов на коротких временах 10 -10 с, которые близки к разрешающей способности метода. [c.123]

Учет флуктуаций переменных, описывающих состояние при динамическом моделировании, совершен [c.238]

Для решения прогнозных задач применяется динамическое моделирование на ЭВМ. Этим способом на данном этапе могут быть решены только те задачи, для которых [c.228]

Цели и задачи динамического моделирования [c.53]

Идея динамического моделирования проста и в то же время интуитивно привлекательна. Она дает возможность исследователю экспериментировать с системами (существующими или предполагаемыми) в тех случаях, когда делать это на реальном объекте практически невозможно или нецелесообразно. [c.53]

Необходимость в динамическом моделировании обусловлена возникновением новых научно-технических проблем (в частности, проблем совершенствования организационного управления), что сопровождается ростом требований к средствам моделирования. Все более частыми [c.53]

Интегрированный пакет программ под названием Hysys для статического и динамического моделирования разработала канадская фирма Hyprote h Ltd. (Калгари, пров. Альберта). Вся система Hysys для повышения ее приспособляемости и универсальности была переписана на языке С [c.18]

Динамическое моделирование подтвердило также, что превращения интермедиата М412 сопряжены с последовательными изменениями конформаций белка и скелета ретиналя. Оказалось, что здесь также участвуют молекулы воды (три), связывающие гидроксильные группы Тир 57 и Тир 89, но не Асп 85. Это препятствует обратному переносу протона от Асп 85 к ретиналю на стадии М412. На этом же этапе происходит увеличение наклона С спирали до 60° в сторону от центра Бр, которое открывает цитоплазматический канал Бр и обеспечивает в него доступ молекул воды с образованием ее водородной связи с азотом шиффова основания. Дополнительные молекулы воды, входящие затем в канал, формируют теперь сетку водородных связей для переноса по ним протона от Асп 96 к ретиналю. [c.405]

Система условий (2.58) — (2.61), при определенных допущениях, может оыть сведена к детерминированной нелинейной системе [43]. Включение указанных условий в оптимизационную задачу с целью единовременного комплексного решения проблемы выбора оптимальных уровней надежности и варианта производственной программы комплекса НПП [федставляет собой сложную, а ввиду отсутствия в настоящее время эффективных численных методов практически нерешаемую в реальном масштабе времени проблему. Все это позволяет утверждать, что перспективы развития методов динамического моделирования связаны, прежде всего, с развитием методов стохастического программирования. [c.49]

Марков Е. П., Дорохов И. Н. Переработка качественной информации прп синтезе моделей управления нечетко определенных систем // Материалы Всесоюз. науч.-техн. конф. Динамическое моделирование сложных систем (3 1982 Тбилиси). М., 1982. С. 109. [c.20]

Представление о молекулах как о геометрических фигурах является в химии одним из шавнейших и находит свое отражение не только в привычных структурных формулах, но и лежит в основе всей стереохимии, молекулярно-динамического моделирования, биохимии итд Однако только этого недостаточно Хорошо известно, какую роль в химии при прогнозе тех или иных химических реакций имеют так называемые заряды на атомах Возникает, таким образом, проблема дать достаточно четкое определение этого понятия Проще всего это сделать, если опереться на факт существования внешнего электростатического поля, которое создает вокруг себя любая молекула. В этом смысле нет никакой разницы между взглядами классической физики и квантовой как классическая, так и квантовая устойчивая электрически нейтральная система, состоящая из частиц с зарядами разного знака и по разному распределенными в пространстве молекулы, должна, в зависимости от своей геометрии и распределения заряда, создавать электрическое поле Это поле всегда может быть представлено в виде так называемого муяьтипольного разло-женйя, т.е как суперпозиция дипольной составляющей, квадрупольной и тд Дипольная составляющая отсутствует в молекулах, имеющих центр симметрии Так как центр симметрии не так уж часто встречается в слож- [c.163]

Ж. П. Рикарт и соавторы [357-359] исследовали динамику вращения молекул в ротационной фазе ii/н-парафинов 19H40 [357] и С23Н48 [358, 359] методом молекулярно-динамического моделирования (метод атом-атом потенциалов). Предложенная ими модель адаптирована таким образом, что каждый атом используется как силовой центр харакгеристики межмолекулярного потенциала [257, 408]. При этом модель учитывает различные вклады в разупорядо-чение структуры, которые связаны с вращением атомов в молекуле, продольными смещениями молекул и взаимной разориентацией соседних молекул. [c.93]

Некоторые технологические параметры работы атмосферного блока до и после возмущенияпо промышленным данным и данным динамического моделирования за 27.08.94 [c.50]

Введение функции Холдейна в уравнение скорости роста биомассы как основа динамического моделирования процесса ингибирования водородом метаболизма жирных кислот у гетероацетогенных бактерий обсуждалось в разделе 2.4.4. Кроме того, были созданы модели для нестационарных условий [79]. Регенеративная модель описывает регенерацию метаногенной системы, потребляющей кислоты, при ее росте на иле, содержащем до 30 токсинов различных типов и в разных концентрациях. Процесс регенерации протекает одинаково для различных токсинов и может быть описан следующим эмпирическим уравнением [c.57]

В монографии представлены результаты цикла исследований в области динамического моделирования региональных социально-экономических систем - от формализации понятия устой<-11/1вого развития региона до реализации и исследования динамических моделей данной системы. Авторами предложен метод концептуального проектирования струетуры динамической модели, основанный на современных информационных технологиях, позволивший существенно повысить адекватность создаваемых моделей. Дано описание метода системной динамики и примеры реализации средствами системы динамического моделирования Рошег .1т моделей Северного сырьевого региона России (на примере Мурманской области) и типового города Севера России (на примере г Апатиты). [c.2]

ИЗУЧЕНИЕ МЕТАСТАБИЛЬПЫХ СОСТОЯНИЙ ПРОСТОЙ ЖИДКОСТИ И КРИСТАЛЛА МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНО-ДИНАМИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ [c.25]

Изучение метастабильных состояний простой жидкости и кристалла методом молекулярно-динамического моделирования. Скрипов В. П., Байдаков В. Г., Галашев А. Е. — Получение и анализ чистых веществ. Межвуз. сб. Горький, 1979, с. 25—29. [c.112]

К,ожешник Я- К вопросу о динамическом моделировании микробиологических производственных процессов.—Биофизика, 1971, т. 16, № 2, с. 270. 28лМузыченко Л. А. Принципы синтеза математических моделей микроорганиз- [c.292]

Основной проблемой динамического моделирования сложных систем при недостаточной и размытой информации об их функционировании является обеспечение адекватности создаваемой модели объеисту моделирования. В исследованиях многих специалистов по системной динамике эта проблема получила название "ловушки моделирования (Pitfalls of Simulation). Задача [c.6]

Также существенное продвижение в области динамического моделирования сложных систем стало еюзможным благодаря творческому сотрудничеству с университетом г. Бергена (Норвегия), где накоплен большой опыт применения метода системной динамики. [c.8]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология