Белок связывающийся с одноцепочечной ДНК SSB-белок

Продукт гена А специфически взаимодействует с концами фаговой ДНК и вносит одноцепочечные разрывы точно по концам фаговой последовательности один — в одну цепь ДНК, а другой — в другую. Так как разрывы разных цепей ДНК расположены по разные стороны мобильного элемента, то одинаковые последовательности узнавания транспозазы на двух концах транспозона должны на.ходиться на разных цепях ДНК. о объясняет, почему концы мобильного элемен1а представляют собой инвертированные повторы. Молекулы А-белка связываются с обоими концами транспозона одновременно и удерживают нх в едином ко.мплексе. Такой комплекс [c.115]

Несмотря на то что такие фаговые геномы проявляют лишь незначительное спаривание оснований в пределах одной цепи и поэтому сохраняются в основном в одноцепочечном состоянии, сама ДНК не является подходящей матрицей для реакции репликации. Нуклеиновая кислота сначала должна быть покрыта белком, связывающимся с одноцепочечной ДНК (белок SSB). Этот белок представляет собой тетрамер с мол. массой, равной 74000, который кооперативно связывается с одноцепочечной ДНК, сохраняя ее в растянутом состоянии. Суть кооперативного способа связывания состоит в том, что связывание одной молекулы белка облегчает связывание другой. В результате однажды начатая реакция связывания на определенной молекуле ДНК быстро распространяется до тех пор, пока вся одноцепочечная ДНК не будет покрыта белком SSB. Следует отметить, что этот белок не является расплетающим его функция состоит в стабилизации одноцепочечной ДНК. [c.421]

Возможный механизм действия белка Rep представлен на рис. 33.5. Белок связывается с одноцепочечной [c.424]

При репликации двухцепочечная ДНК должна разойтись на индивидуальные цепи с тем, чтобы каждая из них могла функционировать в роли матрицы. Разделению цепей ДНК содействуют молекулы специфических белков, стабилизирующих одноцепочечную структуру при продвижении репликационной вилки. Стабилизирующие белки стехиоме-трически связываются с одиночной цепью, не мещая при этом нуклеотидам выступать в роли матрицы (рис. 38.18). Наряду с разделением цепей должно происходить и раскручивание спирали (1 оборот на каждые 10 нуклеотидов), сопровождаемое скручиванием вновь синтезированных дочерних цепей. Учитывая время, за которое происходит репликация у прокариот, можно рассчитать, что молекула ДНК должна раскручиваться со скоростью 400 ООО об/сек, что совершенно невозможно. Следовательно, должны существовать множественные шарниры , расположенные по всей длине молекулы ДНК. Шарнирные функции выполняет специальный фермент (ДИК-топоизомераза), вносящий разрывы в одну из цепей раскручиваемой двойной спирали. Разрывы быстро зашиваются этим же ферментом без дополнительных энергетических затрат, поскольку необходимая энергия запасается в форме макроэргической ковалентной связи, возникающей между сахарофосфатным остовом цепи ДНК и топоизомеразой. Представленную на рис. 38.19 схему этого процесса можно сравнить с последовательностью событий сшивания разрыва в ДНК, катализируемых ДНК-лигазой. ДНК-топоизомеразы ответственны также за раскручивание суперспирализованной ДНК. Су-перспирализованная ДНК — это высокоупорядоченная структура, образуемая кольцевыми или сверх-длинными молекулами ДНК при закручивании вокруг гистонового кора (рис. 38.20). [c.78]

Некоторые белки, вирусы и бактериофаги адсорбируются на нитроцеллюлозе, поэтому, если необходимо удалить большие частицы без потери подобных материалов, фильтр следует предварительно обработать. Пропускание через фильтр 0,1%-ного раствора альбумина бычьей сыворотки (АБС) в воде с последующим тщательным отмыванием его буферами с низкой ионной силой обычно приводит к насыщению центров адсорбции и предотвращает связывание других белков. Одноцепочечные полинуклеотиды связываются с фильтрами из нитроцеллюлозы и стекловолокна при средней ионной силе, поэтому их связывание не предотвращается промыванием АБС. Однако при низкой ионной силе эта проблема отпадает. [c.159]

Суперспирализация ДНК может иметь два последствия. Если ДНК остается свободной, ее движения не сдерживаются и отрицательные супервитки вызывают напряжение скручивания, которое может быть снято раскручиванием двойной спирали, как это описано в гл. 2. ДНК может находиться в динамическом равновесии ме- ду состояниями напряжения и раскручивания (см. гл. 32). Однако суперспирализация может сдерживаться, если белки связываются с ДНК и поддерживают ее в определенной трехмерной конфигурации. В этом случае супервитки будут представлены по ходу ДНК, связанной с белками. Энергия взаимодействия между белками и су-перскрученной ДНК влияет на стабильность двойной спирали. Например, если отрицательно суперспирализованная ДНК связывается с белком, относительно специфичным к одноцепочечной ДНК, в области связывания может перманентно происходить локальная денатурация ДНК. С другой стороны, связывание гистоновых белков с образованием нуклеосом стабилизирует двойную спираль отрицательно суперспирализованной ДНК (гл. 29). [c.349]

Белки, дестабилизирующие спираль (их называют также белками, связывающими однопеночечную ДНК или 88В-белками). связываются с одиночными цепями ДНК, не закрывая оснований, т. е. оставляя их доступными для спаривания. Сами они не способны расплетать длинные молекулы ДНК, но, присоединяясь к одиночным цепям ДНК, они тем самым способствуют любому процессу расплетания спирали они, например, помогают ДНК-геликазе расплетать двойную спираль в репликационной вилке. На матрице отстающей цепи 88В-белки кооперативным образом связываются с одноцепочечными участками ДНК и предотвращают здесь образование шнилек , небольших двухспиральных структур, которые могли бы помешать синтезу ДНК. осуществляемому ДНК-полимеразой (рис. 5-45). [c.292]

Нитроцеллюлозные фильтры в определенных условиях способны связывать белки и одноцепочечные ДНК. Такое связывание может найти применение для большого числа ферментативных и физико-химических анализов, а также в качестве метода очистки различных препаратов. Связывающие свойства двух коммерческих нитроцеллюлозных фильтров представлены в табл. 7-1. Следует заметить, что связывание белков не зависит от ионной силы, однако одноцепочечные ДНК прочно удерживаются такими фильтрами только при относительно высокой ионной силе. Плохое связывание одноцепочечных ДНК с фильтром Millipore необъяснимо, хотя, может быть, оно обусловлено тем, что эти фильтры изготовлены не из чистой нитроцеллюлозы. РНК не связываются с этими фильтрами. [c.160]

Механизм передачи ДНК из клетки в клетку состоит в том, что специальный белок узнает определенную последовательность, имеющуюся у трансмиссивных и мобилизуемых плазмид и называемую ориджином переноса, вносит в эту последовательность одноцепочечный разрыв и ковалентно связывается с его 5 -концом. Затем цепь ДНК, с которой связан белок, переносится в клетку-реципиент, а неразорванная комплементарная цепь остается в клетке-доноре. Весь этот процесс осуществляют белки, кодируемые га-генами трансмиссивной плазмиды, в частности один из этих генов кодирует специальную хеликазу, которая в АТР-зависимой реакции разделяет переносимую в реципиент и остающуюся в доноре цепи ДНК. Клеточный аппарат синтеза ДНК достраивает одиночные цепи и в доноре и в реципиенте до дуплексов. Белок, сидящий на 5 -конце перенесенной цепи, видимо, способствует замыканию плазмиды в реципиентной клетке в кольцо (таким образо.м, этот белок напоминает по свойствам топоизомеразы 1-го типа и родственные ферменты, например А-белок фага ФХ174 см. гл. ХП1/. [c.111]

В так называемую затравочную реакцию вовлекается комплекс белков —- праймосома Например, праймосомный белок SSB связывается с одноцепочечной ДНК, стабилизируя ее, белок Dna В образует предпраймерную РНК и участвует в передвижении прай-мосомы, белок Dna С действует в комплексе с Dna В, белок Lig сшивает разрывы между фрагментами Оказаки, белок п -АТФ-аза, бе ки п и п" образуют предзатравочную РНК, и др [c.170]

Свойства репрессоров. Репрессор — это аллостериче-ский белок. Репрессоры могут быть неактивными и могут активироваться путем взаимодействия с соответствующим корепрессором, принимая конформацию, позволяющую осуществляться реакции с оператором,— репрессия фермента. Репрессоры могут образовываться и в активной форме. Тогда действие соответствующего индуктора заключается в таком изменении молекул репрессора, при котором разрушается их связь с оператором,— индукция фермента. Г ены ферментов, синтез которых не зависит от регуляции (конститутивные ферменты), вообще не имеют репрессора, или же он биологически неактивен. Выделенные до настоящего времени репрессоры (из бактерий) представляют собой кислые белки с молекулярной массой в пределах 30 ООО... 150 ООО. В клетке одновременно присутствуют приблизительно 5—10 молекул репрессора. Репрессоры связываются только с двухцепочечной спиралью ДНК, но не с одноцепочечной, денатурированной ДНК. До сйх пор до конца не выяснен механизм распознавания репрессором соответствующего оператора. [c.388]

Фактически первым примером аутогенной регуляции явились данные, полученные при изучении гена, детерминирующего синтез белка 32 у фага Т4. Этот белок играет важную роль в процессах генетической рекомбинации, репарации и репликации ДНК, в которых его функция выражается благодаря его способности связываться с одноцепочечной ДНК. Доказательством того, что синтез белка гена р32 регулируется аутогенно, явился эффект нонсенс-мутации, ведущих к перепроизводству неактивного белка. Это означало, что в тех случаях, когда функция белка нарушена, он синтезируется в больших количествах. Этот эффект проявляется на уровне трансляции мРНК гена 32 является стабильной и сохраняется независимо от поведения белкового продукта. [c.204]

Если в инфицированной фагом клетке присутствует одноцепочечная ДНК, она будет связывать белок р32. Однако в отсутствие одноцепочечной ДНК или по крайней мере в условиях, при которых образуется излишек белка р32, белок предотвращает трансляцию своей собственной мРНК. Репрессия этого типа проявляет такой же кооперативный эффект, как и при связывании белка с ДНК, когда связывание одной белковой молекулы способствует более легкому связыванию другой. Следовательно, мы можем предполагать, что репрессия осуществляется путем связывания белка р32 с мРНК, что мешает инициации транскрипции. Вероятно, это происходит в протяженной одноцепочечной области вблизи сайта связывания с рибосомами. [c.204]

При использовании в качестве матрицы одноцепочечной кольцевой молекулы ДНК фага G4 наблюдается одно значительное отличие в реакции. Вместо РНК-поли-меразы хозяина функционирует белок, кодируемый геном dnaG. Этот фермент представлен одним полипептидом с мол. массой 60000 дальтон (значительно меньшей, чем у РНК-полимеразы). Фермент назван праймазой. Одна молекула белка DnaG связывается непосредственно [c.421]

Какой белок ответствен за первоначальное расплетание двух цепей родительской молекулы Эту функцию связывают с мутациями гер, которые замедляют движение репликационной вилки. Белок Rep представляет собой АТРазу, зависимую от одноцепочечной ДНК. В присутствии АТР совместное действие белков Rep и SSB приводит к разделению двухцепочечной репликативной формы ДНК фага фХ174, несущей разрыв в одной из цепей, на составляющие ее отдельные цепи. Вероятно, белок Rep расплетает цепи, а белок SSB затем фиксирует их в одноцепочечном состоянии. [c.424]

Белок А разрезает вирусную ( + )-цепь дуплексной молекулы в специфическом сайте, определяющем начало репликации РФ-ДНК. ДНК может быть разрезана только в том случае, если она суперспирализована. Белок А способен связываться с одноцепочечным фрагментом ДНК длиной десять нуклеотидов, который окаймляет сайт разрыва. Отсюда следует, что суперспирализация необходима для образования одноцепочечной области, обеспечивающей белку А его сайт связывания. В результате разрыва образуются З -ОН и 5 -фосфатный конец, и каждый из них играет определенную роль в репликации ДНК фага фХ174. [c.426]

Белок гена 41 имеет ОТРазную активность, стимулируемую одноцепочечной ДНК. Связываясь с ней, белок способен перемещаться со скоростью примерно 400 нуклеотидов в секунду. Возможно, что его роль аналогична роли белка DnaB бактерии-хозяина и заключается в поиске сайтов, в которых этот белок останавливается и инициирует синтез затравки. Предполагается, что энергию для перемещения обеспечивает гидролиз GTP. [c.428]

Топоизомераза I и белки, прочно связанные с ДНК, входят в состав транскрипционно активного хроматина [167]. С. Элгин (США), а за нею ряд других авторов показали, что транскрипционно активный хроматин содержит топоизомеразу 1, фермент, релаксирующий суперспи-рализованную ДНК- Впервые это было продемонстрировано на цитологических препаратах политенных хромосом дрозофилы с помощью флюоресцирующих антител к топоизомеразе I. Этот фермент вносит в ДНК одноцепочечный разрыв и ковалентно связывается с образовавшимся 5 -концом ДНК. Это позволяет ДНК свободно вращаться в месте разрыва. Затем фрагмент отщепляется, а фосфо-диэфирная связь в ДНК восстанавливается. По молеку- [c.160]

Как указывалось в разд. 8.7.а, у эукариот хроматин представляет собой систему пегель разной длины, прикрепленных к белковому матриксу (рис. 8.107). Возможно, такая конфигурация обеспечивает независимость плотности сверхвитков в каждой петле от торсионного состояния соседних петель. Итересно, что ДНК-топоизомераза 11. фермент, ответственный за релаксацию сверхспиральной ДНК (разд. 2.1.е),-это один из основных белков хромосомного остова, к которому и прикреплены петли. Более того, сайты гиперчувствительности к ДНКазе I, сходные с участками регуляции транскрипции, часто проявляют чувствительность к нуклеазам, специфически расщепляющим одноцепочечные ДНК это наводит на мысль, что данные области находятся в доменах с отрицательной сверхспирализацией. Далее, топоизомераза 1, по-видимому, связывается с сайтами гиперчувствительности к нуклеазам. Влияние на транскрипцию (как положительное, так и отрицательное) соединений, интеркалирующих в ДНК или ингибирующих активность топоизомераз и в обоих случаях изменяющих степень сверхспиральности ДНК, тоже го- [c.139]

Белок гесА катализирует как начальный этап рекомбинации - спаривание, так и последующую миграцию ветвей у Е. соИ. Он способствует рекомбинации, связываясь с одноцепочечной ДНК и катализируя спаривание такой покрытой белком цепи с гомологичной двухцепочечной ДНК. Можно определить действие гесА по образованию кольцевых двухцепочечных ДНК в смеси из двухцепочечных линейных молекул ДНК и гомологичных им одноцепочечных кольцевых ДНК, как показано на рис. 5-27. Эта реакция протекает в два этапа сначала кольцевая ДНК спаривается с линейной молекулой на одном из ее концов, а затем точка ветвления продвигается по линейной двухцепочечной ДНК, пока от нее не отделится линейная одноцепочечная ДНК. [c.30]

А. Во всех случаях, когда мутация затрагивает какой-либо один из белков, необходимых для продвижения репликативной вилки, будет проявляться быстро останавливающийся фенотип, потому что вилка не способна продвигаться вперед без функционирования этих белков. Это значит, что температурочувствительные мутанты по ДНК-топоизомеразе I (не способные снимать скручивающее напряжение перед репликативной вилкой), мутанты по белку, дестабилизирующему спираль (не способные стабилизировать одноцепочечную ДНК в этой вилке), а также мутанты по ДНК-геликазе (не способные расплавлять ДНК впереди репликативной вилки) и мутанты по РНК-праймазе будут проявлять быстро останавливающийся фенотип. Трудно объяснить только фенотип мутанта по РНК-праймазе. Этот фермент непосредственно затрагивает синтез отстающей цепи, но он не нужен для синтеза ведущей цепи. У такого мутанта быстро останавливающийся фенотип может возникать вследствие одного из двух косвенных эффектов 1) из-за доступности в достаточном количестве одноцепочечной ДНК, способной связать весь запас белка, дестабилизирующего спираль, или 2) из-за взаимодействия с ДНК-геликазой, которая связывается с РНК-праймазой как частью праймосомы. [c.295]

В клетке кишечной палочки содержится около 400 молекул ДНК-полимеразы I—белка (М = 109 ООО), содержащего один атом Zn и представленного одной полипептидной цепью. ДНК-полимераза I хорошо связывается с одноцепочечной ДНК или с зонами разрыва фосфодиэфирных связей в биспиральной ДНК. Она обладает ясно выраженной ДНК-полимеразной активностью, т. е. способна ускорять реакцию переноса дезоксирибонуклеотидильных остатков с дезоксирибонуклеозид-5 -трифосфатов на растущий конец полидезоксирибонуклеотида—3 -гидроксильную группу дезоксирибозы его концевого нуклеозида. [c.249]

ДНК-связывающий белок впервые выделен В. Альбертсом и Л. Фреем (1970) из лизатов кишечной палочки, зараженной фагом Т4. Вначале он был назван белком 32—по номеру гена в хромосоме фага Т4, ответственного за биосинтез этого белка. Белок характеризуется молекулярной массой 35000 (собственный ДНК-связывающий белок кишечной палочки имеет М=22000), высокой степенью асимметрии молекулы ( /о=4), преобладанием дикарбоновых аминокислот над диаминокислотами. Белок представлен одной полипептидной цепью и обладает ярко выраженной способностью связываться с одноцепочечной ДНК или дефектными участками биспиральной ДНК, резко ослабляя взаимодействие полидезоксирибонуклеотидных цепей в ее молекуле, что выражается в понижении температуры плавления ДНК на 30—40°. [c.251]

Установлено, что нитроцеллюлозные мембраны обладают полезными адсорбционными свойствами (независимо от их способности к фильтрованию), благодаря которым они могут связывать определе1И1ые макромолекулы (например, одноцепочечные полинуклеотиды и некоторые белки) размером меньшие, чем размер пор фильтра это свойство имеет большое значение для современных аналитических методов и будет подробно рассматриваться в данной главе. [c.154]

Почти все внутриклеточные белки — это линейные полипеп-тидные молекулы, многие же внеклеточные белки содержат ковалентные поперечные (—8—8—)-мостики, образованные ти-оловыми группами двух остатков цистеина. Эти мостики находятся либо в пределах одной цепи (и тогда в главной полипептидной цепи возникают петли), либо связывают разные цепи (рис. 1.1). В последнем случае из одноцепочечного предшественника в результате протеолитического расщепления ( )орми-руются многоцепочечные структуры. Примером такого рода может служить образование инсулина из проинсулина и химо-трипсина из химотрипсиногена. При восстановлении тиолами [c.14]

Смотреть страницы где упоминается термин Белок связывающийся с одноцепочечной ДНК SSB-белок: [c.89] [c.89] [c.409] [c.318] [c.99] [c.292] [c.60] [c.290] [c.53] [c.278] [c.53] [c.854] [c.53] [c.423] [c.449] [c.117] [c.137] [c.133] [c.305] [c.318] [c.63] [c.214] [c.88]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология