Конформационная гибкость

Молекулы РНК не ассоциируют в пары с образованием аналогичной двойной спирали. Значительный объем дополнительной гидроксильной группы в углеводном фрагменте ограничивает конформационную гибкость полинуклеотидной цепи РНК. Главным образом эта гидроксильная группа определяет способность фермента различать ДНК и РНК. Внутри молекулы РНК могут образоваться короткие стержнеобразные двойные спиральные структуры за счет свертывания частей одной и той же нуклеотидной цепи. [c.321]

Разумеется, нет никакой связи меледу гетерогенностью молекулярных весов и конформационной гибкостью молекулы гомогенные с точки зрения молекулярного веса могут быть и гибкими и негибкими. Наиболее обычные гибкие молекулы—это молекулы синтетических органических полимеров, и они, как мы видели, характеризуются также гетерогенностью молекулярного веса. [c.177]

Роли катионов Mg2 и Са в живой клетке вместе с тем различны, так как они обладают различными координационными возможностями. Обладающий меньшим радиусом Mg + образует более компактную и почти всегда октаэдрическую координационную сферу. Белки часто проявляют недостаточную конформационную гибкость и не могут насытить все шесть координационных позиций Mg2+ своими донорными группами. Катион Са + крупнее и может координировать не только шесть, но и семь и даже восемь донорных атомов белков, от молекул которых поэтому требуется меньшая пластичность. [c.301]

При п = 2 или 3 конформационная гибкость цепи оказывается недостаточной, чтобы при сближении заряженных концов становилось более выгодным образование компактных структур. Это связано с тем, что при данных п слишком небольшое число углов фиф влияет на конформации, набор которых определяется стерическими ограничениями. [c.494]

Исследование закономерностей процессинга необходимо для выяснения механиз>юв регуляции экспрессии генов. Рассмотрение этапов процессинга и его вариантов у разных организмов затрагивает также ряд других принципиальных проблем. Оказалось, что молекула РНК и в отсутствие белка может выступать как аутокатализатор, осуществляя благодаря конформационной гибкости молекулы сложную и точную собственную перестройку с образованием новых ковалентных связей. Таким образом, полирибонуклеотиды могут функционировать подобно ферментам. Открытие возможности аутокаталитических превращений полирибонуклеотидов показало, что исследование процессинга РНК имеет прямое отношение к вопросу о пребиотических стадиях эволюции макромолекул. [c.163]

ИДА обладает редким для комплексонов свойством образовывать при кристаллизации из водных растворов три различные модификации, что свидетельствует о большой конформационной гибкости молекул этого хеланта [203]. Рентгеноструктурное исследование показало, что во всех трех модификациях молекулы комплексона находятся в цвиттер-ионной форме ООСНзС— [c.106]

В монографиях [17—19] приведены мало отличающиеся между собой классификации. В представленной ниже классификации в качестве главного классификационного признака предлагается избрать природу донорных атомов, так как именно от ннх в первую очередь зависит способность взаимодействовать с определенными группами ионов металлов. Затем следует учитывать природу мостиковых групп, связывающих донорные атомы между собой,— от их длины и характера зависит размер полости макроцикла и жесткость (или конформационная гибкость) макроциклического лиганда Весьма существенную роль играет размерность макроциклических лигандов (двухмерные или трехмерные). Рациональная классификация должна также помочь объединить сходные методы синтеза макроциклических лигандов Располагая макроциклические соединения в определенном порядке, мы не считаем его незыблемым номера групп макроциклов можно изменить, а группы переставить. Например, помещение под номером I полиазамакроциклов связано с наибольшей изученностью синтезов соединений этой группы, хотя, конечно, под этим номером можно было бы поместить и полиоксамакроциклические лиганды [c.11]

Ввиду большой конформационной гибкости исходных гликолей и их производных для осуществления стадии замыкания макрокольца в настоящее время обычно используют реакцию [1 + 1] (подходы а или б). Внутримолекулярная циклизация (подход г), примером которой является метод получения 18С6, разработанный Педерсеном,, менее продуктивна, исходные соединения для нее труднодоступны и дороги. Что же касается реакции [2 + 2] (подход в), то в литературе [c.148]

В биосистеме молекула Н2П находится преимущественно в неполярном окружении (коллоидный раствор). Модельные исследования [98, 100] показали, что в растворах ПАВ порфирины являются центрами образования неполярной части мицеллы. Взаимодействие первой и второй экранирующих сфер белкового комплекса осуществляется за счет гидрофобного взаимодействия периферических заместителей с неполярным белковым окружением (псевдо-сольватная оболочка [10]) и обеспечивается пространственной "подстройкой" сольватационных центров. В этом состоит роль Н2П в поддержании третичной структуры белка в белковых комплексах. Можно полагать, что происходящие при этом сильные конформационные изменения связаны в первую очередь с перестройкой периферии молекулы биопорфирина, а не с искажением самого макроцикла [101]. Существует иная точка зрения, касающаяся наличия у металлокомплексов порфиринов некоторой конформационной гибкости. Согласно ей, именно изменение степени искажения макроцикла в комплексе, а значит, и его физикохимических свойств, вызываемое конформационной перестройкой третичной структуры белка, является залогом их биологической активности in vivo [102-104]. [c.357]

Электронные спектры поглощения также проявляют тенденцию к смещению максимума поглощения в длинноволновую область по мере увеличения размера цикла, полосы поглощения при этом уширяются и нивелируют тонкую структуру. Потеря тонкой структуры, возможно, связана с возрастанием конформационной гибкости у больших молекул. Все соединения этого ряда окрашены, причем глубина окраски возрастает от темно-зеленой до черно-фиолетовой в случае бисдегидро[26] - и бисдегидро[30]аннуленов спектр поглощения простирается до X 1000 нм и далее. Устойчивость соединений уменьшается с увеличением размера цикла, что, по-видимому, отражает возрастающую локализацию связей. [c.485]

Сборка на поверхности биспирального полинуклеотида формирует комплементарную структуру белка, образующую чехол -полинуклеотида. Чехол может обладать репликазной функцией если комплементарное соответствие между чехлом и ДНК (РНК) не полное и в комплексе возникает механически напряженная конформация. При этом важную роль может играть периодическое изменение внешних условий. Образующиеся нуклеопротеидные комплексы уже способны к авторепродукции, не дающей,, однако, закрепления положительных признаков на дочерней биспирали может синтезироваться оболочка, препятствующая репликации. Возможно, что в системе возникают первичные адапторы типа тРНК. При неполной комплементарности в комплексе наличествуют пустоты, в которые проникают молекулы,, комплементарные, с одной стороны, к биспиралям, с другой,— к одним или нескольким аминокислотам. Адаптор обладает необходимой для этого конформационной гибкостью. Такой механизм может служить первичным механизмом трансляции, возникающим еще до образования универсального генетического кода. [c.550]

Конформационная гибкость полиэфирной молекулы позволяет атомам кислорода эфирных групп ориентироваться внутрь цикла, создавая тем самым полость определенного размера с высокой электронодонорной активностью. В водных растворах, вследствие близости соль-ватационных свойств атомов кислорода, краун-эфира и молекул воды, константы устойчивости комплексов катионов металлов, как правило, невелики (< 10 ), а их различия [c.167]

Марщрут инверсии аналогичен выявленному для 2,5-диза-мещенных 1,3,2-диоксаборинанов. Величина ЛЕ эфира 13, рассчитанная различными методами (табл. 3), несколько меньше, чем у 2,5-диметиланалога 1 (табл. 2) это, наряду со снижением ЛЕ и 40° группы С -СНз по сравнению с С -СНз в эфире 1 и с величиной 40° С -СНз в 1,3-диоксанах, свидетельствует о более высокой конформационной гибкости молекул эфира 13. [c.343]

Наиболее просто выполняется исследование стереохимичееки жестких молекул. Вели молекула обладает конформационной гибкостью, то работа усложняется, поскольку необходимо учесть все возможные конформации и взять средние величины К1 и (если учитывается) вь. [c.147]

Последняя значительная статья по строению сернистых красителей появилась в 1948 г. [88] в ней предложено строение составных частей Иммедиалевого желтого 00 и Иммедиалевого оранжевого С были синтезированы также красители со свойствами, подобными свойствам Иммедиалевого чисто-синего и Индокарбона СЬ, которые, однако, имели более или менее определенное строение. При установлении строения красителей, содержащих тиантреновые кольца или их оксиды, необходимо помнить об их конформационной гибкости [89] и связанной с ней высокой субстантивностью красителей. [c.1700]

ЛИТЬ по образованию продуктов катализируемой им реакции. Большинство используемых ферментных меток способно за 1 мин при обычных температуре и давлении превращать в продукты 10 молекул субстрата в расчете на одну молекулу фермента. Каталитическая эффективность фермента сильно зависит от его трехмерной структуры (конформации), Пространственная структура фермента, как и любого белка, поддерживается многочисленными нековалентными взаимодействиями, такими, как гидрофобные и водородные связи, ионные контакты, а также ковалентными дисульфидными связями. Трехмерная структура фермента обеспечивает близкое соседство определенных аминокислотных остатков в положениях, наиболее выгодных для осуществления катализа. Нековалентные химические связи непрочны и легко разрушаются или ослабляются под влиянием тепловой энергии или дополнительных нековалентных взаимодействий, возникающих, например, при связывании ионов, хао-тропных агентов, детергентов, липидов и т. д. Известно, что присоединение к ферменту другой молекулы (скажем, аллосте-рического эффектора) в области, удаленной от активного центра (т. е. каталитического центра), может вызвать конформацион-ную перестройку, изменяющую пространственное расположение аминокислотных остатков в этом центре. Изменения в некова- лентных взаимодействиях, приводящие к новой, необычной конформации фермента, способны существенно повлиять на каталитическую активность. Подобная конформационная гибкость становится одной из помех при использовании фермента в качестве метки. Однако эта же гибкость полезна для разработки иммуноферментного анализа без разделения компонентов, основанного на вызываемых антителами изменениях в конформации конъюгата [лиганд — фермент]. Другое преимущество применения ферментов в качестве меток обусловлено наличием в их молекулах многочисленных функциональных групп (аминогрупп, сульфгидрильных, карбоксильных, карбамоильных, остатков тирозина), через которые можно ковалентно присоединять молекулы лигандов. [c.12]

В этой главе мы рассмотрели новый метод иммуноферментного анализа без разделения компонентов. Этот метод, названный ИФАКО, основан на способности специфических антител против лиганда ограничивать конформационную гибкость связанного с лигандом белка. В условиях ограниченной подвижности белок не может свернуться в каталитически активную конформацию. [c.101]

Осмысленное следование законам природы является основой успеха конструирования искусственных генетических систем вообще и новых белков в частности. Попытки использовать знания о механизмах функционирования природных экстремозимов при конструировании белков с помощью рационального редизайна уже приносят определенные плоды. Так, введение в белки дополнительных внутримолекулярных ионных связей путем добавления в полипептидную цепь новых аминокислотных остатков приводит к их стабилизации, хотя часто ценой уменьшения удельной активности [201]. Элиминация же таких связей дестабилизирует ферменты. Конформационная гибкость ферментов тесно связа- [c.399]

Еще более существенным моментом является то, что ферменты обладают чрезвычайно высокой стереоспецифичностью, раз-личая, например, оптические изомеры и даже изотопы одного и того же элемента. Это связано с особенностями структуры активных цеггтров ферментов и конформационной гибкостью их молекул. Д. Кошланд сформулировал концепцию индуцированного соответствия, согласно которой при связывании специфического субстрата происходит такое изменение конформации фермента, которое перемещает каталитические группы в положение, обеспечивающее эффективное протекание реакции. [c.26]

В.Я.Александров ЕиИ выдвинул интересную гипотезу о механизмах адаптации организмов к повышенной температуре, заключающуюся в том, что для нормального функционирования организмов при высокой температуре их белки, нуклеиновые кислоты и липиды должны обладать определенным уровнем конформационной гибкости (т.е. они должны находиться в "семистабильном" или "семилабильном" состояний) [c.6]

Синтетические порфирины являются удобной модельной системой для изучения корреляций между строением этих молекул и их свойствами. В последние годы значительно возрос интерес к искаженным порфириновым системам, который обусловлен как чисто теоретической, так и биологической точками зрения. Согласно одной из версий [1,2], именно конформационная гибкость некоторых порфиринов и их комплексов с переходными металлами определяет возможность осуществления ими биохимических функций в биологическом окружении. В силу ряда причин, таких как нарушение структурной и электронной составляющих макроциклического эффекта [3], перераспределение л-электронной плотности в результате поляризации молекулы под влиянием искажающих функциональных групп, происходит существенное изменение реакционной способности координационного (N4H2) центра молекулы. [c.87]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология