Тимидин структура

Дезоксирибонуклеозиды еще не синтезированы, однако структуры дезоксицитидина (С1) [3-(Р-2 -дезокси-В-рибофуранозидо)цитозин] и тимидина (СП) [3-(Р-2 -дезокси-В-рибофуранозидо)тимин] полностью установлены. О фуранозном строении этих соединений свидетельствует их устойчивость по отношению к перйодату [450], а расположение углеводного остатка и Р-конфи-гурация гликозидной связи подтверждаются образованием циклонуклеозидов [451]. [c.257]

Нуклеаза стафилококков является примером фосфодиэстеразы с малой субстратной специфичностью, поскольку она расщепляет ДНК, РНК и олигонуклеотиды до З -мононуклеотидов [31]. Нуклеаза стафилококков получена в кристаллическом виде определены ее аминокислотная последовательность и трехмерная структура. Необычность фермента заключается в том, что для проявления активности он нуждается в ионах кальция. Ион металла присоединяется к нуклеазе только в присутствии субстрата или ингибитора, например тимидин-3, 5 -дифосфата. Нуклеаза стафилококков действует как эндонуклеаза, но после того, как осуществлены разрывы цепи, она может действовать как экзонуклеаза. [c.145]

Если атом Сг или Сз расположен по ту же сторону плоскости, что и С5, то конформация называется эндо, если по разные стороны — экзо. Последняя была обнаружена только в двух структурах — дезоксиаденозине [9] и тимидине [10] во всех остальных нуклеотидах наблюдается эн о-конформация. [c.170]

Помимо сокращенных названий и обозначений нуклеозидов и нуклеотидов (см. табл. 3.3), приняты буквенные обозначения нуклеозидов (и нуклеотидов) в частности, для аденозина (и АМФ) это А, для гуанозина (и ГМФ)-Г, для цитидина (и ЦМФ)-Ц, для уридина (и УМФ)-У, для тимидина (и ТМФ)-Т. Пользуясь этими символами, приведенный выше дирибонуклеозидмонофосфат можно обозначить как Г-Т. Заметим, что как по структуре, так и по свойствам Г—Т и Т—Г будут сильно отличаться друг от друга (как и в случае дипептидов). [c.105]

Инфракрасные спектры поглощения нуклеозидов и нуклеотидов в тяжелой воде показывают, что в нейтральном водном растворе тимидин и уридин существуют, вероятно, в дикетонной форме, а цитидин и аденозин — в аминной форме [46]. Изучены также спектры диссоциированных форм [165. Очевидно, что кажущиеся значения рД обусловлены не только наличием замещающей группы, но связаны также с влиянием соседней части кольцевой системы пурина или пиримидина. Природа этих групп имеет большое значение в отношении водородных связей между производными пурина и пиримидина в макромолекулярных структурах нуклеиновых кислот. [c.52]

Метилдезоксицитидин был выделен из продуктов энзиматического расщепления дезоксирибонуклеиновой кислоты, полученной из ростков пшеницы о правильности предложенной для этого соединения структуры 3-(Р-2 -дезокси-0-рибофуранозидо)-5-метилцитозина говорит то, что при дезаминировании его азотистой кислотой образуется тимидин [452]. [c.257]

На третьем этапе проводится электрофорез всех четырех проб в полиакриламидном геле. Для того чтобы условия разделения были идентичными во всех четырех пробах, пробы наносят на один гель и разделяют на четырех параллельных дорожках этого геля. Разделение, как уже говорилось в 7.1, проходит по длине, и положение каждого фрагмента, детектируемое радиоавтографически, дает его длину, а тем самым и положение соответствующего мономера в исходной цепи. Таким образом, на одной дорожке, если речь идет о ДНК-фрагменте, определяется положение всех остатков тимидина, на другой — всех остатков дезокси-цитидина, на третьей — всех остатков дезоксигуанозина и на четвертой — всех остатков дезоксиаденозина. В сумме это дает положение в исходном полинуклеотиде всех мономеров, а это и означает, что определяется его первичная структура. Эта структура в один прием считывается с геля, причем при достаточной длине дорожки геля одновременно может быть определено расположение сотен мономерных звеньев. Идеализированная схема такого разделения и определяемая последовательность приведены на рис. 77. [c.278]

Оптическая активность нативных дезоксирибонуклеиновых кислот заметно выше оптической активности составляющих их мононуклеотидов [259]. Удельное вращение мономеров (появляющееся благодаря наличию остатка сахара) лежит в области от +50" до —50° со средним значением около О" для эквимолярных количеств основных нуклеотидов. Для дезоксирибонуклеиновых кислот [а]о лежит между гЮО и - -150°, а типичная величина [Л4р[п (молярное вращение, рассчитанное по числу фосфатных остатков) равна приблизительно +42000°. Величины удельного вращения для ди- и олигонуклеотидов позволяют предположить, что изменения, которых можно ожидать в результате этерификации мононуклео-тидфосфата, весьма. малы [260, 261]. Например, соответствующая величина [Мр1в для тимидилил-5 3 -тимидин-5 -фосфата составляет в нейтральном растворе +2800°. Однако для спиральных структур значительная часть общей оптической активности может определяться особыми и нескомпенсированными взаимодействиями, которые возможны благодаря соответствующим конформациям этих структур. Таким образом, разрушение упорядоченной спиральной структуры должно приводить к снижению оптической активности препарата [238]. Было найдено, что дело обстоит именно так. Далее, изменение оптического вращения ДНК в зависимости от температуры можно непосредственно сравнивать с ранее описанной зависимостью ультрафиолетового поглощения от температуры. Для ДНК из зобной железы теленка [а]о уменьшается от +126 при комнатной температуре до +28° при 92 причем температура тепловой денатурации, определенная в этом случае по точке перегиба кривой перехода, очень близка к значению, полученному из соответствующих опытов по изучению изменения ультрафиолетового поглощения. [c.582]

К полученной смеси добавляют дидезоксинуклеотиды (аде-нин, тимидин, гуанин и цитозин), каждый из которых помечен своим красителем. Меченые дидезоксинуютеотиды присоединяются к комплементарным нуклеотидам на 3 - конце каждого фрагмента. И дальнейшее удлинение цепочки на этом прекращается в силу особенностей химической структуры дидезоксинуклеотидов. Таким образом, фрагменты разной длины оказываются помеченными разными метками в зависимости от того, какой нуклеотид находится на их 3 -конце. [c.95]

Более близкое отношение к дискуссии о реакциях замещения имеют данные об образовании при взаимодействии З -О-ацетил-тимидин-б -фосфата с 2,4,6-триизопропилбензолсульфонилхлоридом мощного фосфорилирующего агента, которому на основании спектров ЯМР Р и других данных приписана структура (53) [73]. [c.66]

Аналогия УФ-спектров аниона уридина и его 4-э/сзо-О-алкиль-ного производного приводит к выводу о преимущественной локализации отрицательного заряда на кислородном атоме 0-4 С этим согласуется и близость ИК-спектра уридина в щелочной среде с ИК-спектром дигидропиримидона-2 ээ. Однако для тимидина предложены различные структуры аниона —с локализацией отрицательного заряда на 0-2 и на 0-4 [c.182]

Исследования влияния фенольных ингибиторов на жизненный цикл раковых клеток также показали высокую активность этих соединений 21. На примере клеточной культуры рака шейки матки Hela было установлено, что фенольные ингибиторы подавляют митотическую активность этих клеток и увеличивают количество хромосомных аберраций. Методом авторадиографии с использованием меченного тритием тимидина было показано, что причиной этих явлений является торможение адаптивного синтеза тимидинкиназы, необходимой для синтеза белковых структур раковой клетки [c.330]

Шеппард с сотр. использовал БХ для изучения процессов радиационного саморазложения трнтированных нуклеотидов и близких к ним по структуре соединений с высокой удельной активностью [60]. БХ оказалась более пригодна, чем ТСХ, для отделения, например, [ Н]тимидина от некоторых более полярных продуктов его саморазложения. [c.72]

Выделение 1-метилтимина из продуктов гидролиза метилированной дезоксирибонуклеиновой кислоты указывает, но не доказывает, что тимидин является также 3-гликозилпиримидином [36]. Сходство же ультрафиолетовых спектров поглощения цитидина и дезоксицитидина служит доказательством строения последнего. Описанные ниже методы синтеза и взаимопревращения этих нуклеозидов также подтверждают их структуру. Строение псевдоуридина (природного рибозилпиримидина, содержащего С — С-гликозид-ную связь) будет обсуждаться отдельно. [c.19]

Пуриновые и пиримидиновые компоненты нуклеозидов обусловливают ультрафиолетовое поглощение этих соединений. Природа этого поглощения зависит от природы заместителей в основании и от pH раствора, так как ионизация основания или его заместителей влияет не только на таутомерные превращения, но и на возможность резонанса. Кажущиеся значения р/С (включая рК сахара) могут быть легко определены с помощью как спектрофотометрических методов, так и титрования [160]. Поскольку таутомерная форма обусловливается окружающей средой и каждая форма представляет собой набор многих резонансных структур, характеристика с помощью обычных методов оказывается до некоторой степени ошибочной. Физические свойства нуклеозидов свидетельствуют о значительном вкладе цвиттерионных структур, в частности в циклонуклеозидах, таких, как 0 ,5 -циклотимидин. Этому соединению на основании его растворимости, более высокой по сравнению с тимидином температуры разложения (но не температуры плавления), а также данных хроматографии на бумаге и поведения при электрофорезе следует приписать структуру I, но не П (см. стр. 52). [c.51]

На основании весьма ненадежных методов анализа (тритилирование с последующим тозилированием и обработкой иодистым натрием) предположили, что тимидин имеет фуранозную структуру [346, 347]. В 1935 г. Левин и Типсон предложили для так называемой тетрануклеотидной единицы дезоксинуклеиновой кислоты структуру с 3 —5 -фосфодиэфирными связями, в которой пиримидиновые дезоксинуклеотиды чередовались с пуриновыми дезок-синуклеотидами [347]. Хотя, как теперь известно, эта структура и была в основном правильной, она базировалась исключительно на предполонсениях и аналогиях, более или менее приемлемых. В частности, выделение 2-дезоксирибозы из дезоксигуанозина и установление фуранозной структуры тимидина (что до некоторой степени подтверждается отсутствием реакции нуклеозида с боратом) явились слабым подтверждением той концепции, что углеводная [c.419]

Для того чтобы различить одноцепочечные и двухцепочечные полинуклеотиды in vivo, был использован метод, основанный на более высокой чувствительности к ультрафиолетовому облучению пиримидинов по сравнению с пуриновыми основаниями. Экспериментально было найдено, что спектры ультрафиолетового излучения, вызывающего инактивацию бактериофагов Х-174 (содержит одиотяжную ДНК) и Т2 (содержит двухсииральную ДНК), значительно различаются. В первом случае спектр весьма сходен со спектром ультрафиолетового поглощения смеси дезоксицитидина и тимидина с минимумом при 240 в случае бактериофага Т2 спектр излучения имеет минимум при 230 м[1, как и в спектре поглощения ДНК [302]. Возможное теоретическое объяснение этого явления заключается в том, что в случае двухспиральной структуры перенос поглощенного кванта от пуринов к пиримидинам приводит к примерно равной эффективности всех квантов, независимо от того, поглощены ли они пурином или пиримидином. Благодаря этому спектры излучения, действующего на молекулу, напоминают ультрафиолетовые спектры поглощения [c.601]

Каким же образом в состав промотора могут входить области, расположенные на расстоянии, превышающем то, с которым может взаимодействовать РНК-полимераза, связавшаяся с ДНК Две возможные модели изображены на рис. 11.9. Согласно одной из них, первоначально РНК-полимераза взаимодействует с сайтом7 иболее удаленным влево от стартовой точки (считая против хода транскрипции). Затем фермент, продвигаясь, приближается к сайту иницииации. В основе другой точки зрения лежит то обстоятельство, что in vivo вероятность существования ДНК в линейном виде мала. Компактная организация молекулы может привести к сближению сайтов, которые разделены в двухцепочечной ДНК (рис. 29.9). Поэтому связывающим участком для РНК-полимеразы могут быть последовательности, удаленные друг от друга в составе линейной ДНК, но пространственно сближенные ДНК-связывающими белками. Из этого, очевидно, следует, что для работы промотора важное значение имеет взаимное расположение областей ДНК, входящих в его состав (а не только их первичная структура), что несколько противоречит данным, полученным при анализе тимидин-киназного промотора. [c.153]

Вероятность образования димеров зависит также от вторичной и третичной структур ДНК. Подтверждением этому служат опыты Г. Б. Завильгельского и сотр., в которых была выявлена отчетливая корреляция между квантовым выходом димеризации тимидил-тимидина и взаимоориентацией тимина, а также выходом образования летальных димеров в инфекционной фаговой ДНК и конформацией макромолекулы, контролируемой температурой и денатурирующими веществами. По расчетам японского исследователя Нагата, условия для димеризации наиболее благоприятны у тех конформаций ДНК (из всех возможных), у которых соседние остатки тимина ориентированы друг к другу под углом 36°. [c.230]

Фотоденатурация нуклеиновых кислот является следствием разрушения кооперативной системы слабых нековалентных связей (водородные, гидрофобные и т. д.) и частичного (локального) или полного нарушения двуспиральной структуры Уотсона — Крика (эффект расплетания ). Наиболее вероятно, что денатурация нуклеиновых кислот представляет собой вторичный темновой процесс, вызванный образованием фотопродуктов, хотя не исключена возможность прямого разрыва слабых связей при тепловой диссипации энергии электронного возбуждения оснований, как это предполагается для белков. Несмотря на то, что спектр действия денатурации ДНК совпадает со спектром поглощения тимидина, причастность тиминовых димеров к образованию денатурированных участков в ДНК остается до сих пор сомнительной. Г. Б. Завильгельским твердо установлено, что локальные нарушения вторичной структуры ДНК при ее облучении коротковолновым светом определяются индукцией сшивок между комплементарными нитями ДНК. Наиболее точно такой вывод подтверждается опытами, в которых миграционным путем с ацетофенона на тимин изменялось количество тиминовых димеров в ДНК. При этом каких-либо различий в кривых плавления, отражающих состояние вторичной структуры, у образцов ДНК, содержащих 0,17 и 30% димеров, обнаружить не удалось. В то же время кинетика образования сшивок и локальных денатурационных участков в ДНК идентична. [c.241]

Структура ДНК изменяется при включении в нее галоидиро-ванных аналогов пиримидиновых оснований. Во время синтеза ДНК вместо нормального тимидина включаются 5-хлор-, 5-бром-или 5-йод-дезоксиуридины, образованные путем замещения ме- [c.235]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология