Полипептиды завершение

Продвигаясь вдоль матричного полинуклеотида от 5 -конца к З -концу, рибосома через какое-то время освободит 5 -концевой участок матрицы. Тогда этот участок может начать считывать другая рибосома. Так же отойдя от 5 -концевой части, она предоставит возможность начать считывание третьей рибосоме. И так далее. Так, идя вдоль матрицы друг за другом, ряд рибосом оказываются читающими одну и ту же информацию и, следовательно, синтезирующими идентичные полипептидные цепи, но находящимися на разных стадиях формирования полипептида. Это схематически представлено на рис. 31, где рибосомы у З -конца матрицы уже нарастили длинный, почти завершенный полипептид, рибосомы в середине несут полипептид в половину его запрограммированной длины, и рибосомы у 5 -конца содержат лишь короткие пептиды, в самом начале их удлинения. Такая структура, где матричный полинуклеотид ассоциирован со многими транслирующими рибосомами, получила название полирибосомы. [c.55]

Еще в ранних исследованиях было показано, что в молекулах белка, синтезированных при кратковременной инкубации с меченой аминокислотой, лютка распределяется неодинаково. Эти результаты можно интерпретировать исходя из модели, приведенной на фиг. 167. Согласно этой модели, синтез полипептидных цепей начинается с одного конца и далее рост цепи происходит последовательно, путем присоединения одной аминокислоты за другой до тех пор, пока вся цепь не будет готова. Таким образом, в любой данный момент в системе присутствуют в разной степени завершенные полипептиды. Если в какой-то момент добавить к системе меченую аминокислоту на очень короткое время, не больше того, какое необходимо для завершения синтеза цепи, то содержание метки в различных цепях, синтез которых успеет завершиться за время инкубации с меткой, будет прямо пропорциональным числу остатков этой аминокислоты, включившихся в достраиваемые цепи. Поэтому радиоактивность отдельных участков полипептидных цепей должна быть тем выше, чем дальше отстоит этот участок от того конца цепи, с которого начинается синтез. Исходя из данных по включению, можно было, следовательно, надеяться однозначно установить этот конец. [c.526]

Рис. 5.21 Последняя фаза синтеза белка. Присоединение фактора освобождения к стон-кодону прекращает трансляцию, завершенный полипептид освобождается, а рибосома распадается на две отдельные

ИЗМЕРЕНИЕ РАДИОАКТИВНОСТИ РАСТУЩИХ И ЗАВЕРШЕННЫХ ПОЛИПЕПТИДОВ [c.283]

В упомянутых исследованиях основное внимание уделялось спиральным конформациям гомополипептидов, на которые в то время возлагали большие надежды как на ближайших структурных аналогов белков. Действительно, пространственное строение синтетических полипептидов и белков определяется одними и теми же видами взаимодействий между валентнонесвязанными атомами и одинаковой природой этих взаимодействий. Химическая регулярность синтетических полипептидов допускает реализацию ограниченного числа периодических структур, которые, как показали рассмотренные исследования, сравнительно легко оцениваются теоретически. Они-то прежде всего и привлекали к себе внимание, поскольку трехмерные структуры белков представлялись в соответствии с концепцией Полинга-Кори набором регулярных вторичных структур. Автор не стоял на этих позициях и уже тогда был убежден, что гетерогенность аминокислотных последовательностей белков должна вести не только к регулярным, но главным образом к множеству апериодических структур. Наши исследования в данной области, начавшиеся в 1968 г, [20] также под влиянием работы Рамачандрана и соавт. [58], имели иное назначение. Они были направлены исключительно на изучение конформационных возможностей свободных монопептидов и после своего завершения составили содержание первого этапа на пути к решению структурной проблемы белковых молекул. Главные цели этих первых конформационных иссле- [c.156]

То, что сворачивание полипептида в белок происходит в процессе синтеза на рибосоме, т. е. ко-трансляционно, следует из целого ряда косвенных свидетельств. Одно из них— приобретение растущим пептидом на рибосоме активностей, присущих готовому белку со сформированной третичной структурой. Давно известный пример — синтез Р -галактозидазы ферментативная активность этого белка требует не только сворачивания полипептидной цепи в третичную структуру, но и объединения четырех субъединиц в четвертичную структуру оказалось, что растущая цепь до своего завершения, будучи присоединенной к рибосоме, уже способна ассоциировать со свободными субъединицами белка, и комплекс на рибосоме проявляет Р-галактозидазную активность. [c.273]

Несмотря на большое количество примеров, когда секреторные и внутримембранные белки синтезируются с отщепляемой сигнальной N-концевой последовательностью, это, по-видимому, не есть общее правило. Некоторые белки, как оказалось, тоже синтезируются на мембраносвязанных рибосомах, но без отщепления N-конце-вой или какой-либо иной сигнальной последовательности. К ним относится такой типичный секреторный белок, как овальбумин, а также мембранные белки цитохром Р-450, эпоксидгидратаза, ретинальный опсин, гликопротеид РЕг вируса Синдбис. В этих случаях растущая полипептидная цепь тоже, по-видимому, имеет сигнальную последовательность, индуцирующую присоединение транслирующей рибосомы к мембране эндоплазматического ретикулума и ко-трансляционный транспорт белка в мембрану, но без сопутствующего процессинга. Для цитохрома Р-450 показано, что его N-концевая последовательность гидрофобна и напоминает сигнальную, но она сохраняется у зрелого белка. Однако N-концевые последовательности овальбумина и опсина не похожи на обычную сигнальную последовательность. Возможно, что либо сигнальную роль здесь выполняют специальные внутренние гидрофобные участки растущего полипептида, либо не столь гидрофобная N-концевая последовательность тоже в каких-то случаях может служить сигналом для присоединения к мембране. Как и в других случаях, взаимодействие с мембраной возможно лишь в течение трансляции но не после нее очевидно, сворачивание завершенной цепи как-то блокирует (экранирует) сигнальную функцию соответствующего участка. [c.282]

Реакции, используемые для образования пептидной связи и удаления защитных групп, могут повреждать ряд боковых функциональных групп. Поэтому использование защитных групп важно не только для о амино- и -карбоксильных групп, но и для многих боковых радикалов. Эти группы должны оставаться защищенными во время всего процесса образования полипептидной цепи и должны удаляться только по завершении процесса. В практике полипептидного синтеза используются различные комбинации этих групп. Они вводятся в мономеры в дополнение к группам, защищающим о-Мг- и о-СОО -группы. Мономеры, содержащие набор защитных групп и в ряде случаев активированные остатки, делающие возможным их непосредственное использование в процессе синтеза, обычно называют синтонами. В качестве примера, в табл. 7.6 приведены синтоны, использованные для синтеза 99-членного пептида, который представляет собой протеазу, кодированную вирусом ВЙЧ-1, вызывающим СПИД. Эта протеаза важна для протеолитического разрезания больших полипептидов, образовавшихся при трансляции вирусных мРНК. Огромный интерес к этой протеазе обусловлен надеждой найти специфические ингибиторы протеазы, которые позволят предотвратить созревание вирусных белков и, следовательно, размножение этого вируса. [c.288]

В IQ82 г. группами М. Н. Колосова и Л. С. Саидахчиева был завершен полный химико-ферментативный синтез структурного лейкоцитарного интерферона человека Искусственный геи интерферона (рис. 220) коди1)ует полипептид длиной 165 аминокислотных остатков. В процессе синтеза кодирующие триплеты были [c.382]

С-Концевую аминокислоту определяют, подвергая полипептид гидролизу с помощью фермента карбоксипептидазы. Этот фермент специфически гидролизует С-концевую амидную связь в пептиде или белке. По завершении гидролиза первой амидной связи карбоксипептидаза гидролизует следующую амидную связь и т. д. [c.522]

У прокариот и эукариот имеется также другой тип секреции —посттрансляционный, когда через мембрану транспортируется завершенный белок Механизм транспорта объясняется либо с привлечением триггерной гипотезы У Уикнера (1979), либо ранее рассмотренной сигнальной гипотезы (рис 11) Согласно обеим гипотезам роль белка - предшественника, обладающего сигнальной последовательностью, весьма велика В первом случае эта последовательность обеспечивает скручивание полипептида так, что гидрофобные области его связываются с мембраной Затем белок может освобождаться из мембраны благодаря отделению сигналь- [c.57]

Факторы, от которых зависит отделение завершенной полипептидной цепи от полисомы, изучены слабо. Согласно одной из предложенных моделей, это отделение происходит после того, как через участок поликонденсации пройдет кодон, соответствуюш ий С-концевому аминокислотному остатку полипептида одновременно от полисомы отделяется и рибосома, на которой произошло это событие. Для полицнстронных матриц эта простая модель, очевидно, не подходит. В этом случае должен, по-видимому, существовать какой-то сигнал, который вынуждал бы готовую полипептидную цепь отделяться от рибосомы, а рибосому — приступать к трансляции следующего цистрона с определенной стартовой точки, или же это должен быть сигнал для одновременного отделения готовой полипептидной цепи и рибосомы (несмотря на то что считана еще не вся т-РНК). В последнем случае необходим, очевидно, еще один сигнал в начале следующего цистрона, который служил бы указанием другой, присоединяющейся рибосоме, с какого места [c.531]

Период с 1944 по 1954 г. был ознаменован развитием аналитических методов, современной техники разделения веществ, а также выяснением строения белков. Базой для дальнейшего развития и усовершенствования методики синтеза пептидов явилось введение в практику исследовательской работы хроматографии на бумаге, препаративной колоночной хроматографии, значительно более широкое применение электрофореза и противоточ-ного распределения и, наконец, выяснение структуры оксито-цина В. дю Винье и Г. Таппи и установление строения инсулина Ф. Сэнджером. После того как был успешно завершен синтез окситоцина, основные усилия исследователей были направлены на получение других биологически активных полипептидов. Это характерно для химии пептидов и на сегодняшний день. В течение всего лишь нескольких лет некоторые биологически активные полипептиды были синтезированы в таких количествах, что стало возможным проводить их фармакологическое и медицинское изучение. Эти соединения в настоящее время начинают находить терапевтическое при.менение. Синтез аналогов этих пептидов сыграл важную роль в понимании связи между строением и действием биологически активных полипептидов. [c.8]

Переход спираль — клубок можно вызвать и повышением температуры, поскольку возникновение водородных связей является экзотермическим процессом. Такой переход для ноли-у-бензоилглютамата изображен на рис. 24. И здесь он носит очень острый характер для высокомолекулярного полипептида (кривая 1) н достигает завершения в интервале порядка 5 Так как образование водородных связей сопровождается незначительными тепловыми изменениями (1,4 ккал1моль), то не должно быть резкого перехода спираль — клубок, и для каждой температуры должно существовать некоторое равновесное отношение спирализованных и неспирализованных звеньев цепи, плавно меняющееся с изменением температуры. Причина резкости перехода спираль — клубок заключается в его кооперативности — в одновременном переходе многих частиц (звеньев цепи белка в данном случае) из упорядоченного состояния в неупорядоченное. В свою очередь эта одновременность перехода многих звеньев полипептидной цепи в не- [c.113]

Все это напоминает работу швейной машины. Молекула мРНК шаг ва шагом продвигается вдоль поверхности рибосомы, и в такт ей строится полипептидная цепь. Когда нить мРНК вся пропутешествовала через рибосому и дошла до конца, до последнего кодона, первичная структура полипептида оказывается сшитой . На этом сходство со швейной машиной кончается, так как нить мРНК вовсе не похожа на нитку, скрепляющую сшитые куски ткани (аминокислоты). Напротив, она очень недолговечна и довольно быстро разрушается. Полипептидная цепь, по всей вероятности, остается на рибосоме ( швейной машине ) до своего полного завершения, после чего отделяется и затем уже свертывается, приобретая характерную вторичную и третичную структуру, а в ряде случаев объединяется с другими полипептидными цепями, так что создается четвертичная структура. Лишь теперь можно считать, что ферментный белок готов. [c.70]

Первый белок, строение которого было полностью расшифровано,— гормон инсулин (работы Фромажко, Сенджера и др.). Задача расшифровки была несколько облегчена его сравнительно небольшой молекулярной массой (около 6000), а также тем, что его молекула оказалась состоящей из двух полипептидных цепей А и В (связанных двумя дисульфидными мостиками), которые удалось разделить. Полипептид А оказался состоящим из 21 аминокислотного остатка, полипептид В — из 30 остатков. В 1963— 1964 гг. обе полипептидные цепи были синтезированы по-видимому, в самое ближайшее время полный синтк инсулина будет завершен. Схема строения инсулина приведена на стр. 309. [c.308]

Терминация полипептидной цепи. Необходимые факторы РК-1 воспринимает триплеты УАА и УАГ РК-2 воспринимает УАА и У ГА ГТФ. Терминирующие кодоны (бессмысленные, нонсенс-кодоны) не имеют для себя аминоацил-тРНК. Кодоны, поступив в А-участок, воспринимаются факторами РК-1 или РК-2, которые индуцируют пептидилэстеразную активность, вследствие чего отщепляется синтезировавшийся полипептид. Весь комплекс трансляции диссоциирует на составные части. В цитоплазме клеток прокариот с помощью фермента деформилазы происходит отщепление формильной группы от Л -концевого формилметионина синтезированного полипептида часто после завершения синтеза в цитоплазме клеток отщепляется УУ-концевой метионин от синтезированного полипептида (у прокариот и эукариот). На основе взаимодействия радикалов аминокислотных остатков полипептидной цепи спонтанно формируются вторичная, третичная, а у олигомерных белков и четвертичная структуры. [c.317]

При обсуждении структуры полипептидов в гл. IV было показано, что на одном конце цепи имеется свободная -карбоксильная группа, а па другом — свободная а-аминогруппа. Это обусловлено тем, что в отличие от остальных аминокислот, находящихся внутри цепи и соединенных со своими соседями двумя пептидными связями, каждая из карбокси- и аминоконцевых аминокислот присоединяется к своему единственному соседу только одной пептидной связью. Проще всего предположить, что при сборке аминокислот в полипептидную цепь ее рост происходит с одного конца путем последовательного присоединения аминокислот одня за другой. Когда, наконец, соединится необходимое число аминокислот, рост цепи прекращается терминация синтеза) и завершенная полипептидная цепь освобождается из рибосомы, с тем чтобы выполнить ту фу нкцно-нальную роль в жизни клетки, к которой она предназначена. До пустим теперь, что в момент времени /х мы добавим к клеточной культуре меченные Н аминокислоты, а затем через короткие промежутки в м оменты i , tз и т. д. определим в завершенных полипептидных цепях, уже отделившихся от рибосом, появление этих аминокислот. Тогда, если справедлив постулированный механизм роста цепи, получатся результаты, схематически изображенные на фиг. 201. [c.406]

Первый набор мутантов НА, которые были проанализированы экспрессией в рекомбинантах SV40-HA, имел делеции в последовательностях, кодирующих N- и С-терминальные гидрофобные участки белка. Эти участки играют решающую роль в транспорте НА в пределах инфицированной клетки. N-терминальная сигнальная последовательность требуется для векторного переноса образующегося полипептида через мембрану эндоплазматического ретикулума завершенный белок погружен своей С-терминальной гидрофобной последовательностью в липидный двойной слой клеточной мембраны или вирусной оболочки. [c.179]

Рибосомный синтез белка заключается в росте полипептидной цепи путем последовательного присоединения очередной аминокислоты к карбоксильной группе предшествующего остатка. Отдельный цикл элонгации включает три этапа связывание аминоацил-тРНК, образование пептидной связи и транслокацию рибосомы — перемещение ее вдоль молекулы мРНК в направлении 5 3 от одного кодона к другому. И так до встречи с одним из трех стоп-кодонов. Рост белковой цепи заканчивается присоединением к стоп-кодону фактора освобождения, останавливающего трансляцию и вызывающего отделение завершенного полипептида от рибосомы. До этого растущий С-конец последовательности все время остается ковалентно фиксированным в пептидилтрансферазном центре, а N-конец — свободным. При отсутствии каких-либо регуляторных воздействий на биосинтез белка скорость считывания мРНК может достигать у прокариот около 50 нуклеотидов в секунду, а эукариот — около 30 [152], Следовательно, элонгация белковой цепи небольших размеров продолжается не менее 10—30 с. За это время совершается множество конформационных изменений растущего пептида, поскольку единичное изменение — поворот атомной группы вокруг одинарной связи, занимает всего 10 — 10 с. [c.406]

Следует отметить большие методические трудности при изучении межмолекулярных взаимодействий ДНК с пептидами. Эти трудности связаны с известной диспропорцией в развитии методов изучения высокоочищенной ДНК и ее комплексов с пептидами. С одной стороны, крупная макромолекула ДНК легко может быть визуализирована, ориентирована в электрическом поле, расположена в желобке на стеклянной поверхности и разрезана в определенной точке нуклеазой. Все эти манипуляции проводятся под контролем атомно-силовой и туннельной микроскопии и напоминают молекулярную хирургию (Yuqiu et al., 1992). С другой стороны, разработка методов отделения полипептидов от ДНК при сохранении их нативности далека от завершения. Как правило, для разделения используют методы экстракции, комплексообразования с полиэтиленимином, фракционного осаждения и переосаждения полипептидов (Burgess, 1991). Пептиды, специфически связанные с ДНК, с большим трудом от нее отделяются и часто при этом быстро теряют свою [c.143]

Измерение основано на изу<1ении включения меченой аминокислоты в растущие и завершенные полипептиды. Выбор метода принципиально определяется характером изменений удельной активности внутриклеточного фонда (пула) меченой аминокислоты и возможностью точного измерения 1м. Существуют также некоторые частные ограничения одни методы требуют исследования кинетики мечения на нестационарной стадии (1м 1с), другие — предполагают знание полной аминокислотной последовательности полипептида, его концевых фрагментов или концевых аминокислот. [c.278]

ДРрп — форма представления данных по радиоактивности растущих и завершенных полипептидов, не зависящая от удельной актив ности аминокислотного пула и экспериментальных вариаций включения метки. Теорети- [c.278]

В некоторых случаях для определения относительных из1менений 1 нет необходимости в исследовании кинетики мечения растущих и завершенных полипептидов. Из уравнения (1) следует, что при двух различных состояниях белоксинтезирующей системы [c.280]

Рис. 29. Определение времени синтеза средней полипептидной цепи в нормальных условиях и при действии циклогексимида. Исследовали кинетику мечения растущих н завершенных полипептидов в клетках печени мыши после введения животным растворов 0,14 М Na l (а, I) или циклогексимида 0 5 мг/25 г массы тела i(a,2) и 5 мг/25 г массы тела i(6) io определяли ло уравнению 1(3)—а или по уравнению (4) —б.

Второй подход, позволяющий защищать рекомбинантные белки от внутриклеточного протеолиза, - выведение их в пери-плазматическое пространство или окружающую среду после завершения биосинтеза. При таком подходе рекомбинантные полипептиды соединяют с сигнальными последовательностями аминокислот белков (р-лактамаза, ОтрА, OmpF, PhoA), секретируемых во внешнюю среду и периплазматическое пространство. Подобным путем были получены, например проинсулин, гормон роста человека и р-эндорфин. [c.118]

В процессе биосинтеза или по его завершению линейная молекула полипептида должна свернуться правильным образом с образованием нативной пространственной структуры, необходимой для ее функционирования. Процесс сворачивания (фолдинга) полипептидной цепи может происходить как самопроизвольно, так и с участием белков-помощников - шаперонов. В соответствии с современными моделями, высококооперативный процесс фолдинга полипептидных цепей происходит по механизму нукле- [c.279]

Смотреть страницы где упоминается термин Полипептиды завершение: [c.318] [c.620] [c.278] [c.278] [c.318] [c.47] [c.469] [c.320] [c.406] [c.551] [c.320] [c.39] [c.411] [c.426] [c.44] [c.276] [c.220] [c.35] [c.277] [c.278] [c.279] [c.283]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология