Конформации полипептидов

Сольвофобные взаимодействия играют важную роль в ассоциации полиметиновых красителей [81] ив стабилизации определенных конформаций полипептидов и белков в водных растворах [222, 223]. Они участвуют и в образовании фермент-субстратных комплексов [77, 78, 83, 84]. [c.54]

В заключении можно констатировать, что как приведенные здесь, так и другие методы исследования конформаций полипептидов и белков в растворе по отдельности дают информацию лишь о некоторых аспектах структуры белка, однако совместное применение различных методов ведет к получению более надежных результатов, [c.386]

Конформации полипептидов. Дж. С. Баррет 2 [c.8]

Упорядоченные конформации полипептидов 425 [c.8]

Межмолекулярные водородные связи — причина сильной К. в таких полимерах, как полиамиды и целлюлоза. В иек-рых полимерах возникают также устойчивые внутримолекулярные водородные связи (спиральные конформации полипептидов, глобулярные белки п т. п.). [c.521]

Регулярные конформации полипептидов с длинной цепью. Иллюстрирующие примеры 428 [c.8]

Влияние дисульфидных мостиков на конформации полипептидов 433 [c.8]

Физические методы определения конформаций полипептидов 434 [c.8]

УПОРЯДОЧЕННЫЕ КОНФОРМАЦИИ ПОЛИПЕПТИДОВ [c.425]

Наряду с данными, приводимыми в следующем разделе (краткий обзор конформаций полипептидов с длинной цепью) в последующих разделах приведены заключения о конформациях боль- [c.428]

ФИЗИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ КОНФОРМАЦИЙ ПОЛИПЕПТИДОВ [c.434]

Широта использования метода ядерного магнитного резонанса (ЯМР) для изучения конформаций полипептидов приближается или даже превосходит в последнее время ту, что исходит от методов ДОВ и КД, и это связано не только с возрастающей доступностью и усовершенствованием аппаратуры для ЯМР, но также и с тем обстоятельством, что ЯМР позволяет получить особую информацию о торзионных углах. [c.434]

Нахождение наиболее устойчивой- конформации полипептид-зюй цепи требует минимизации ее полной энергии, включая энергию внутримолекулярных водородных связей. [c.89]

П. Де Сантис и соавт. [61] в 1965 г. рассчитывают регулярные конформации полипептидов, используя для описания взаимодействий валентно-несвязанных атомов не модель жестких сфер, а потенциальные функции невалентных взаимодействий. Карты ( )- / Рамачандрана приобретают контуры эквипотенциальных сечений и позволяют теперь уже делать количественную сопоставительную оценку потенциальной энергии любого конформационного состояния свободного монопептида или соответствующего звена полипептида. Д. Брант и П. Флори в том же году с помощью конформационных карт провели статистические расчеты размеров клубков полипептидов и пришли к заключению о необходимости, помимо невалентных взаимодействий, учитывать также электростатические взаимодействия, что они и сделали в диполь-дипольном приближении [62]. В ряде работ Шераги и соавт. [63-66] были исследованы спиральные конформации гомополипептидов природных а-аминокислот с применением как модели жестких сфер, так и потенциальных функций. Новым в этих работах явился учет с помощью потенциала Липпинкота и Шредера возможности образования пептидных водородных связей. [c.156]

Итак, для различных конформаций полипептидов графики АДОВ и КД различны (рис. 5.23). В табл. 5.7 [144] приведены характерные значения минимумов и максимумов на кривых АДОВ. [c.315]

Вторичной структурой белка называют конформацию полипептид-ной цепи. Она определяется первичной структурой белка и фиксируется в пространстве посредством прежде всего водородных связей, образующихся между пептидными фрагментами одной цепи. [c.656]

Некоторые интересные результаты были получены и в нашей стране. Они, естественно, не могли быть упомянуты в обзорах [19, 20]—большая их часть пока находится в печати или в стадии подготовки к публикации. У нас расчетами конформаций пептидов занимаются две группы одна — в лаборатории Е. М. Попова в Москве и другая — группа С. Г. Галактионова в Минске. В. Г. Туманян в Москве занимается расчетами конформаций полипептидов, моделирующих фибриллярные белки. [c.94]

Расчеты конформаций полипептидов [c.139]

В данном разделе мы обсудим переход из спиральной конформации полипептидов в конформацию статистического клубка, который может служить одним из примеров явлений, протекающих согласно марковским процессам более высоких порядков. [c.127]

Плавные кривые дисперсии оптического вращения пе могут столь же эффективно использоваться при решении структурных проблем, как кривые эффекта Коттона, ввиду отсутствия у них характерных и специфических особенностей. Их главное значение состоит, по-видимому, в обобщении и уточнении общих методов, разработанных для вращения плоскости поляризации монохроматического излучения (см. стр. 446). Если не считать тех исследований, в которых плавные кривые применялись для определения конформации полипептидов [43], использование этих кривых носит чисто эмпирический характер ниже при обсуждении вопросов, связанных с практическим применением метода оптического вращения, приводятся соответствующие примеры. [c.433]

По-аидимому, в природе наиболее часто встречаются двр конформации полипептидов 1 -спираль и складчатый слой антипараллельно наирал.тепиых пептидных цепе . Возможность их существования теоретически предсказали Полинг и Кори, исходя 13 рассмотренных выше свойств пептндиой связи. [c.382]

Другая серьезная проблема, возникающая при учете электростатических взаимодействий, связана с диэлектрической проницаемостью е. Выше отмечалось, что этот параметр характеризует макроскопическое свойство среды ослаблять взаимодействие зарядов, находящихся на большом расстоянии друг от друга. В конформационном анализе одной молекулы такая трактовка параметра е, строго говоря, теряет смысл. Тем не менее от использования диэлектрической проницаемости не отказались и вводят В расчет в виде эмпирического параметра, величина которого может существенно отличаться от величины известной физической константы. Определение е, используемой в конформационном анализе, связано с большими трудностями и вряд ли является однозначным. В отсутствие молекул растворителя в промежутке между близко расположенными атомами значение диэлектрической проницаемости определяется поляризуемостью взаимодействующих атомов и полем, создаваемым окружающими атомами и молекулами растворителя. Для неполярной среды Брант и Флори рекомендуют величину е = 3,5 [86]. Выбор был сделан при сопоставлении результатов конформационного анализа полипептидов с опытными данными. В работе Скотта и Шераги, посвященной конформационному анализу регулярных структур полипептидов, значение е варьируется от 1 до 4, что, однако, мало сказывается на профиле потенциальной поверхности [85]. Учитывая величину диэлектрической проницаемости в алкиламидах (е = 4), значения от 1 до 4 можно считать разумными при оценке электростатических взаимодействий атомов полипептидов в неполярных средах. В случае водных растворов значение зф должно быть больше, так как для самой воды е = 81 и, что весьма важно, вода при образовании водородных связей оттягивает на себя заряды атомов амидной группы. С. Кримм и Дж. Марк в расчете конформаций полипептидов с заряженными группами в водной среде использовали величину е, равную 10 [95]. В работе Е.М. Попова и соавт. [96] была рассмотрена возможность учета влияния растворителя на конформационное равновесие низкомолекулярных пептидов в рамках механической модели. Наилучшее совпадение с экспериментальными данными было получено при е = 4 для растворов в ССЦ, е = 6-7 - СНСЦ и е = 10 - Н2О. [c.119]

Инфракрасная спектроскопия менее информативна для изучения конформаций полипептидов в растворе по сравнению с более пригодными для этой цели другими спектроскопическими методами, однако оказалось возможным идентифицировать межмолекулярную водородную связь в пептидных моделях, основываясь на валентных колебаниях N—И. Характеристические частоты 3340 см- (N—Н, включенная в водородную связь) и 3420 см- (N—Н, не участвующая в водородной связи) относятся соответственно к конформациям с внутримолекулярной водородной связью, а частоты 3440 и 3460 СМ- — к растянутой конформации К-метиламидов N-ацетиламинокислот [30]. Наличие всех четырех указанных пиков позволяет оценить количество каждого конформера для этих соединений. Для этих пиков, однако, имеются различные отнесения [31]. [c.435]

Использование Раман-спектроскопии для установления конформаций полипептидов ограничивается поли ( -аминокислотами), однако для этой цели могут быть использованы и характеристические частоты амидной полосы I, полученные в водных растворах с использованием лазерной Раман-техники [33]. [c.435]

Хотя и существуют четкие правила определения различных конформаций полипептидов, они оказываются малопригодными для определения соотношений смешанных конформаций, которые принимают глобулярные белки, например в растворе. Проникнуть в область дальнего ультрафиолета, а именно в область поглощения амидного хромофора, стало возможным только в шестидесятых годах, когда были созданы более усовершенствованные спектропо-ляриметры, и для основных конформаций оказалось возможным увидеть соответствующие налагающиеся эффекты Коттона. [c.436]

В работе [278] проведен теоретический анализ взаимодействий амидных колебаний для кристалла ацетанилида и упорядоченных конформаций полипептидов антипараллельной р-формы и а-спиралп. [c.332]

Дебер с сотр. [57], изучая серию олигомеров -пролина, получил особенно ценные данные, касающиеся надежности отнесения спектров конформеров и условий стабилизации спиральных конформаций полипептидов, не имеющих внутримолекулярных водородных связей. Изученные им олигомеры имели следующую структуру (п=2, 3,... 6) [c.339]

В настоящее время в физико-химической литературе существует огромное число потенциалов, предложенных разными авторами. К сожалению, пока еще не представляется возможным выбрать лучшие из них. Дело в том, что в каждой конкретной работе исследуется обычно одно или два свойства определенного класса веществ. Например, потен-диалы Скотта и Шерага i[75] проверялись только расчетами барьеров внутреннего вращения в простых молекулах с одинарными связями и расчетами конформаций полипептидов 175—78] потенциалы Полтева и Сухорукова 79] — только расчетами теплот сублимации нескольких органических кристаллов потенциалы Вильямса [66] — только сопоставлением 70 рассчитанных и экспериментальных констант—параметров элементарных ячеек нескольких углеводородов и теплот сублимации (этот список можно увеличить примерно на порядок). [c.29]

Недавно вышли из печати два превосходных обзора. Первый— большой обзор Рамачандрана и Сасисекхарана [19] — посвящен рассмотрению конформаций полипептидов и белков другой — Шерага [20] — посвящен исключительно расчетам конформаций олиго- и полипептидов. В этих обзорах детально рассмотрены достижения четырех теоретических групп, и потому задача автора в значительной мере облегчается. [c.94]

Согласно общепринятой номенклатуре конформаций полипептидов [25], углы вращения вокруг связей N—0 , С —С и С —N обозначаются соответственно ср, ф и ш, причем за начало отсчета (ср=Ф=и)=0) принимается полностью растянутая /пранс-цвпь (при Этом <р=0, если связь С —С находится в г мс-положении по отношению к связи N—Н и ф=0, если связи С —N и С —О также находятся в -положении). [c.95]

Впервые теоретическое исследование конформаций полипептидов с атом — атомпотенциалами было проведено Ликвори [5, 117] и позволило понять многие структуры, определенные рентгенографически, хо гя, как мы теперь знаем, потенциальные функции Ликвори далеки от совершенства, и это привело к предсказанию лишних минимумов на конформационных картах. Построив потенциальную карту полиглицина йез учета электростатических взаимодействий и водородных [c.139]

Размер геометрич. С. м.— наиболее общий критерий гибкости макромолекулы, поскольку он характеризует гибкость, обусловленную не только вращательной подвижностью звеньев (поворотной изомерией), но и др. физич. механизмами (см. таблицу), напр, нарушением первичной структуры макромолекулы (циклизации цепи) или ее вторичной структуры (спиральных конформаций полипептидов, нуклеиновых к-т). Полимеры, для к-рых А >100 А, условно относят к жосткоцепным. [c.197]

Этим обт.ясняется тог факт, что К. имеют более высокие темп-ры кипения, чем эфиры (табл. 3) и галогенангид-риды (табл. 4) с близкими мол. массами. Водородные связи так же ярко выражены у амидов. Все амиды, кроме формамида,— нелетучие кристаллич. вещества. Замена водородных атомов амидных групп на метильные группы резко понижает темп-ры плавления амидов. Существованием межмолекулярных водородных связей обусловлена кристалличность полиамидов, внутримолекулярных водородных связей — спиральная конформация полипептидов и белков. [c.507]

Поскольку в ковалентном остове полипептидной цепи все связи одинарные, можно было бы ожидать, что полипептид способен принимать в пространстве бесконечное число конформаций. Более того, естественно было бы предположить, что конформация полипептида претерпевает постоянные изменения вследствие теплового движения и беспорядочного вращения участков цепи вокруг каждой из одинарных связей ковалентного остова. Поэтому может показаться парадоксальным тот факт, что полипептидная цепь нативного белка в нормальных биологических условиях-при обьиной температуре и нейтральных значениях pH-имеет только одну или очень небольшое число конформаций. Эта нативная конформация достаточно устойчива если вьщеление белка вести осторожно, избегая воздействий, приводящих к развертыванию цепей и денатурации, то выделенный белок может полностью сохранить свою биологическую активность. Это свидетельствует о том, что вокруг одинарных связей полипептидного остова в нативных белках свободное вращение невозможно. И мы скоро убедимся, что это действительно так. Но сначала мы вкратце ознакомимся с биологией (сератмнов-фибриллярных белков, структура которых дала ключ к изучению конформации белков. [c.167]