Специфические конформации

Рис. IV. 1. Зависимость рК от степени ионизации для поликислоты, НС обладающей специфической конформацией в водном растворе (/), и ее низкомолекулярного аналога (2).

Полиионы в зависимости от природы полиэлектролита либо принимают в растворе бесчисленное множество конформаций, либо, как, например, ряд биополимеров, имеют определенные специфические конформации. Дальнейшее изложение материала относится к полиэлектролитам с гибкими полиионами. [c.144]

Конформационный анализ белков. Нативные белки характеризуются чрезвычайно специфическими конформациями, которые сравнительно легко могут быть нарушены различными воздействиями. Такие воздействия вызывают резкие изменения физико-хи-мических свойств белка без нарушения их ковалентных связей. [c.45]

С другими специфическими конформациями полипептидных цепей приходится встречаться при исследовании фибриллярных (волокнистых) белков (см. ниже 4.11). [c.182]

В следующих двух главах будет показано, каким образом полипептидные цепи нативных белков свертываются и приобретают характерную для них специфическую конформацию и как эта конформация зависит от аминокислотной последовательности. [c.160]

Природа стабилизирующих сил. В опровержение прежних представлений теперь доказано, что водородные связи, хотя и очень важные для определения специфической конформации двойной спирали, вносят относительно малый (или даже нулевой), вклад в стабильность спирали. Правильность этого, на первый взгляд довольно неожиданного, вывода подтверждается тем, что водородные связи не изменяются заметным образом при переходе от спирали к клубку. Водородные связи между основаниями просто заменяются связями между основаниями и молекулами растворителя. И хотя первые из них сами по себе могут быть несколько прочнее вторых, но зато [c.150]

Как уже было установлено, полипептидные цепи молекул глобулярных белков в твердом состоянии имеют специфическую конформацию, которая может сохраняться в водном растворе. Структурная основа существования таких конформаций неизвестна, но по данному вопросу было высказано много хороших соображений, и целью данного раздела является суммирование достигнутых в этом направлении успехов. [c.153]

Эта сложная специфическая конформация может быть нарушена действием множества разнообразных факторов. Денатурацию белков вызывают воздействия как физического характера — нагревание, различные виды облучений, в том числе ультразвук и УФ-лучи, сильное встряхивание, растирание, так и химического, [c.34]

Нет сомнения в том, что изучение нолиэлектролитов во многом обусловлено тем, что в эту категорию веществ попадают белки и нуклеиновые кислоты, которые, как мы знаем, неотделимы от жизненных процессов. Штаудингером [761] впервые было указано, что некоторые характерные свойства растворов белков и нуклеиновых кислот могут быть следствием их высокого ионного заряда. Поскольку сложное химическое строение этих веществ, несомненно, затрудняет объяснение экспериментальных данных, он предложил провести соответствующие исследования синтетических полиэлектролитов, содержащих вдоль молекулярной цепи чередующиеся звенья какого-то одного типа. Несмотря на то что при современном состоянии наших представлений о специфических конформациях глобулярных белков и ДНК обоснованность аналогии между этими веществами и синтетическими полиэлектролитами гораздо более ограничена, чем это могло показаться, предложение Штаудингера сохраняет свое значение, привлекая внимание к интересной области исследований. [c.268]

Полимеры имели транс-1,4-структуру и [а]с от —14,0 до + 8,6°. Наблюдаемые различия в оптической активности полимеров связываются с превалированием одной из двух энантиоморфных структур мономерных звеньев. Кривые ДОВ подчиняются одночленному уравнению Друде, что можно рассматривать как указание на то, что полимеры не существуют в специфических конформациях в растворе. [c.146]

Наконец, следует рассмотреть поведение при титровании такого соединения, как поли-а-Ь-глутаминовая кислота. При малых степенях ионизации она существует в форме а-спирали (гл. III, раздел В-1), однако силы отталкивания фиксированных зарядов в конечном счете нарушают эту специфическую конформацию, и при высокой плотности заряда полиион может принимать форму беспорядочного клубка [319]. Так как [c.300]

Аналогичные результаты получены при изучении ДОВ оптически активных полиамидов, полученных полимеризацией оптически активных р-, V и е-метил-е-капролактамов [64]. Слишком гибкая цепь из чередующихся СНг-групп и боковые метильные группы не могут создать достаточно сильного стерического эффекта, приводящего к специфическим конформациям цепи. [c.149]

Рецепторные молекулы. У всех белковых молекул весьма специфическая конформация, о чем мы уже говорили в гл. 3 и 4. Это делает их идеальными рецепторами, т. е. молекулами, при помощи которых от клетки к клетке передаются те или иные сигналы. Например, гормоны являющиеся химическими посредниками, циркулируют в крови, но присоединяются они [c.185]

Как было показано в гл. III, нативные формы белков и нуклеиновых кислот характеризуются чрезвычайно специфическими конформациями, которые сравнительно легко могут быть нарушены различными мягкими [c.196]

Существенно иная ситуация сложилась при исследовании циклических пептидов. К НИН относятся ряд физиологически активных пептидов, содержащих дисульфидные связи (гормоны, токсины), многие пептидные антибиотики, а также большое число модельных синтетических пептидов. На многочисленкых примерах показано, что циклическая структура, существенно ограничивающая конфор-мационную подвижность пептида, способствует формированию небольщого числа специфических конформаций. [c.107]

Наиболее хорошо изучена поли-(5)-молочная кислота (ПМК). При изучении [51] ПМК и ее модели ((—)-(5)-лак-тид) Шульц и др. обнаружили на кривой ДОВ впадину при 275 нм, а на кривой ЦД — слабую, но воспроизводимую ди-хроическую полосу при 248 нм [52]. В хлороформе кривая ДОВ для ПМК описывается уравнением Моффита. На основании этого предположена возможность существования спи-)альной конформации ПМК в растворе. Гудман и Д Аланьи 53] показали, что кривая ДОВ для ПМК в области 370— 550 нм подчиняется одночленному уравнению Друде в трифторуксусной кислоте и хлороформе. ЯМР-спектры ПМК и модели (0-ацетилметил-(5)-лактид) показали, что конформация модели идентична конформации каждого полимерного звена, на основании чего отрицалось существование ПМК в спиральной конформации. Поскольку индикация спиральной конформации является в некоторых случаях сложным вопросом для полипептидов, использование констант, найденных для полипептидов, вряд ли окажется полезным при решении стереохимических задач сложных полиэфиров. Исследование других полиэфиров не показало существование их в специфических конформациях. Пoли-L-a-oк иизoвaлepaт получен в аморфном состоянии и по данным ДОВ, ЦД и УФ-спектров не образует конформаций, подобных спиральной [c.147]

Специфическая конформация, свойственная белкам в их нативном состоянии, может вызвать глу-бокие изменения реакционной способности различных функциональных групп, присоединенных к полипептидной [c.345]

Как объясняет Марголис [263], действие кремнезема обусловливается адсорбцией и денатурацией глобулярного белка— фактора Хагемана. Было обнаружено, что степень денатурации возрастала с увеличением размеров частиц коллоидного кремнезема, который добавлялся в систему. Предложенный механизм заключался в том, что на достаточно больших по размеру частицах или же на плоских поверхностях кремнезема при формировании монослоев молекула белка растягивается под действием адсорбционных сил. Но в том случае, когда размер частиц кремнезема очень мал, молекулярные сегменты белка, не раскрываясь, присоединяются сразу к различным кремнеземным частицам. Для пояснения рассматриваемых эффектов приведен рис. 7.6, аналогичный рисунку в работе Марголиса. В том случае, когда молекула белка адсорбируется на большей по размеру частице кремнезема или на образованном из малень-ших частиц большом агрегате, цепь молекулы белка растягивается, при этом некоторое число внутренних водородных связей, удерживавших молекулу белка в какой-либо специфической конформации, оказываются разорванными. На одиночных частицах небольшого размера подобного растяжения молекулы не происходит [264—266]. [c.1057]

Сульфгидрильная функциональная группа белков играет, как известно, важную роль в механизмах функционирования определенных ферментов. Поскольку большинство этих ферментов содержит несколько 5Н-групп, идентифицировать именно ту сульфгидрильную группу, которая непосредственно осуществляет каталитическую функцию, и определить ее место в аминокислотной цепи — довольно трудная задача. В некоторых благоприятных случаях каталитически активная 5Н-группа оказывается также наиболее химически активной, что может быть обусловлено ее незащищенным положением в третичной структуре фермента или ее окружением. Добавление одного эквивалента реагента на 5Н-группу, меченного радиоактивным изотопом, должно привести к тому, что помстится интересующая нас ЗН-группа. Однако 5Н-группа в активном центре может обладать такой же или меньшей реакционной способностью по сравнению с другими 5Н-групнами, и ее удается пометить лишь при помощи какого-нибудь остроумного метода. Если 5Н-груп-па, непосредственно участвующая в каталитическом акте, защищена субстратом от алкилирующих агентов, то после предварительного алкилирования всех остальных 5Н-групп в присутствии субстрата и последующего удаления избытка немеченого алкилирующего агента и субстрата ее можно пометить алкилирующим соединением, содержащим радиоактивную алки-лирующую группу. Этот прием используют только с нативным ферментом, поскольку добавление денатурирующего агента приводит к изменению укладки полипептидной цепи и нарушению специфической конформации активного центра, в результате чего субстрат не в состоянии защитить каталитически активную 5Н-группу, Алкилирующими агентами, удобными для проведения такого рода экспериментов, оказал ись С-иодацетамид и [c.479]

Mg (или Мп ), изоцитратдегидрогеназа, малатдегидрогеназа (декарбокси-лирующая) и ряд других ферментовионы Мп " . Для стабилизации специфической конформации, обусловливающей максимальную каталитическую активность многих других ферментов, необходимы, по-видимому, одновалентные ионы, такие, как Na+, К+ или КЩ. [c.181]

Специфических конформаций не было найдено и для поли-/ -(-)-р-метил-, поли-(/ )-(-Ь )-у-метил- и поли-(/ )-( +)-б-метнлкапролактонов в плохих и хороших растворителях [c.147]

Помимо нолиэлектролитов с гибкими цепными полиионами, которые могут иметь широкий набор конформаций, рассмотрению подлежат заряженные макромолекулы, принимающие специфические конформации, обсужденные в гл. III. Белки имеют разнообразное множество ионогенных групп в боковых цепях аминокислотных остатков, а именно карбоксильные группы глутаминовой и аспарагиновой кислот, имидазольпые группы гистидина, аминогруппы лизина, фенольные группы тирозина, тиольные группы цистеипа и гуанидиновые остатки аргинина. Поэтому в зависимости от состояния ионизации они могут обладать суммарным положительным или отрицательным зарядом. Третичная структура глобулярных белков обычно достаточно устойчива для того, чтобы допустить значительное увеличение суммарного заряда до начала денатурации. Другим полиэлектролитом со специфической конформацией является нативная форма дезоксирибонуклеиновой кислоты. Мы видели, что она существует в растворе в виде двойной спирали, которая ведет себя почти так же, как и жесткая стержневидная частица. В нейтральном растворе вследствие ионизации функциональной группы фосфорной кислоты частица имеет один отрицательный заряд, приходящийся на нуклеотидный остаток. В кислой или щелочной среде в установлении ионизационного равновесия принимают участие пуриновые и пирамидиновые остатки, что, как будет показано ниже, влияет на устойчивость нативной формы ДНК. [c.268]

Для того чтобы проиллюстрировать преимущества интерпретации явления гипохромизма, основанной на представлениях об ориентации дипольных моментов переходов, перед интерпретацией, основанной па рассмотрении полных молекулярных структур, мы хотели бы обратить внимание па поведение хромофоров, не являющихся ароматическими кольцамп. Большое число синтетических полипептидов, а также отдельные участки многих белков имеют специфическую конформацию, известную под названием а-спирали [55]. Для л -> л -перехода при 200 нм в пептидной группе, входящей в состав а-спирали, характерен значительный гипохромизм. Это связано со стопкообразным расположением дипольных моментов пептидных групп в а-спира-лях, обусловливающих л —л -переход, которое исчезает при нарушении геометрии а-спнралей [56]. [c.529]

Превращение аллилхлорсульфинатов в аллильные хлориды может протекать по механизмам Л у2, 8 , 8и 8 1 отдельно или в сочетании. В 8 1 механизме хлор атакует у-углеродный атом аллильной системы с одновременным смещением двойной связи и отщеплением двуокиси серы. При взаимодействии по этому механизму разумно ожидать образования оптически активных перегруппированных хлоридов из оптически активных а,у-дизамеЩенных хлорсульфинатов, так как в переходном состоянии наиболее вероятна одна специфическая конформация [c.425]

Отрицательного стерического эффекта следует ожидать в том случае, когда структура конформационного изомера лиганда не соответствует сте-реохимическому требованию соответствующего иона металла. Это может быть обусловлено как координационно-стерическими требованиями иона металла, так и специфической конформацией лиганда, часто обусловленной положением заместителей в самих хелатных лигандах (стр. 119). Хорошее представление о влиянии стерического эффекта может дать сравнение следующих тетрадентатных хелатообразующих аминов NH2—СНг—СНг—NH—СНа—СН2—NH—СНг—СНг—NHz (Irien) ir Н(СНг—СНг—ЫНг)з (tren). В табл. 8 приведены значения АН и TAS реакций образования хелатов Мепг для трех катионов [1347]. [c.53]

Сравнение двух систем с одинаковой полимерной цепью, но с разными структурными типами мезофаз показывает, что такая специфическая конформация цепи существует уже в нематической фазе [28]. На рис. 8.14 сравниваются функции распределения ориентаций С—С Нз-связей в замороженных нематике ПМА-6 и смектике ПМА-64. В обоих случаях максимум находится при 54°, но в нематическом полимере он выражен значительно слабее, что свидетельствует о лишь незначительном отклонении полимерной цепи от конформации статистического клубка. [c.324]

Спиральные участки рибополину-клеотидной цепи РНК расположены не беспорядочно, а определенным образом ориентированы в пространстве относительно всей частицы, т. е. молекула имеет специфическую конформацию. Конформация РНК в растворе зависит от соотношения внутримолекулярных сил в данных конкретных условиях, т. е. от соотношения дополнительных связей между гетероциклическими основаниями и электростатического отталкивания заряженных фосфатных групп Равновесйе между этими силами определяет спиральность молекулы РНК, степень ее компактности, т. е. пространственную структуру. На соотношение этих противоположно действующих на РНК сил в растворе влияет в первую очередь ионная сила раствора, от которой зависит степень экранирования заряженных фосфатных групп, а также температурные условия и действие различных химических агентов. [c.431]

Смотреть страницы где упоминается термин Специфические конформации: [c.492] [c.528] [c.170] [c.425] [c.150] [c.538] [c.82] [c.219] [c.118] [c.119] [c.121] [c.123] [c.125] [c.127] [c.129] [c.131] [c.133] [c.139] [c.298] [c.178] [c.42]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология