Гибридизация первичная

Так как при денатурации нуклеиновых кислот их первичная структура сохраняется, то данный процесс может иметь обратимый характер. На способности нуклеиновых кислот восстанавливать свою нативную конформацию после денатурации (ренативация) основан чрезвычайно важный метод определения степени гомологичности, или родственности, нуклеиновых кислот. Этот метод называют молекулярной гибридизацией. Сущность этого метода (рис. 8.15) сводится к следующему сначала смешиваются растворы ДНК, вьщеленных из организмов разного вида (например, лягушки и кролика) затем эти растворы нагревают (для денатурации ДНК), а потом охлаждают. При этом возникают двухспиральные структуры разного состава наряду с двухспиральными молекулами, идентичными исходным ДНК, могут образовываться гибридные ДНК, содер- [c.283]

Иногда удается определить положения атомов водорода, когда структура в других отношениях хорошо доведена. Если известно, где они могут находиться, то их можно обнаружить на карте AF если же это не так, то часто можно добавлять атомы водорода к структуре путем геометрического расчета их положений, основываясь на sp - или sp -гибридизации (естественно, метильная группа таким путем не локализуется из-за ее низкого барьера вращения). Введение атомов водорода в структуру может оказать определенную пользу, поскольку, например, расстояние металл — азот, равное 2,20 А, в координационном комплексе первичного амина может измениться до 2,10 А из-за заполнения электронной плотности более удаленного электрона атомами водорода. [c.403]

Другие подходы [18] привели к шкалам, основанным на иных принципах, например на рассмотрении компактности электронного облака атома [19]. В некоторых из этих подходов можно рассчитать электроотрицательности для различных валентных состояний, различных гибридизаций (например, зр-углеродные атомы более электроотрицательны, чем 5р , которые в свою очередь более электроотрицательны, чем вр ) [20], а также по отдельности для первичного, вторичного и третич- [c.29]

В настоящее время молекулярная гибридизация, или гибридологический анализ, является одним из методов идентификации первичной структуры при сравнительном изучении ДНК разного происхождения. Усовершенствование этого метода позволит применить его для выявления генеалогии и уточнения классификации организмов. [c.10]

АМИНОГРУППЫ первичная — Ntb, вторичная >NH. Характерные группировки аминов имеют пирамидальное строение. В алиф. аминах (см., иапр., ф-лу 1) гибридизация атома N близка к в аром, аминах (см., напр., ф-лу [c.36]

Второй тип двойной спирали, содержащей РНК, был открыт в 1961 г. Он создается в результате гибридизации цепи РНК с цепью ДНК, имеющей комплиментарную последовательность оснований [64], Важность таких РНК-ДНК-гибридов исключительно возросла, и сегодня они являются ключевым звеном в определении первичных последовательностей и в умелом манипулировании с генами (см. разд. 22.4.4 и 22.5.4). Такие гибриды быстро образуются ири инкубации раствора двух однонитевых молекул при температуре примерно на 25°С ниже, чем температура, при которой двойная спираль наполовину диссоциирована. Они более стабильны, чем дуплексы ДНК-ДНК с соответствующей последовательностью оснований [65]. По-видимому, такие гибриды также имеют конформацию /4-формы ДНК- [c.60]

Еще 15 лет назад был разработан метод гибридизации соматических клеток для проведения генетических исследований на клеточных культурах. На его основе была создана методика генетической рекомбинации путем искусственно вызываемого слияния протопластов ее уже удалось с успехом применить на материале грибов и растений. Первичный продукт такого слияния-клетка, объединяющая в себе геномы обеих родительских клеток. [c.471]

Первичную сольватацию ионов следует рассматривать как процесс комплексообразования. Взаимодействие ионов с молекулами происходит за счет образования молекулярных орбит. В гидратах донорами электронов являются атомы кислорода молекул воды, имеющие свободные непо-деленные пары электронов в состоянии п — 2 п—главное квантовое число). Акцепторами элекгронов являются элементарные ионы, представляющие-вакантные орбиты. За вакантные орбиты нужно принять свободные орбиты ионов, ближайшие по энергии к заполненным. Исходя из энергетической равноценности связей в сольватах, следует допустить гибридизацию вакантных орбит. Число вакантных орбит указывает на число сольватации. [c.207]

Различия в высшей структуре нуклеиновых кислот легко обнаруживаются по гиперхромному эффекту после тепловой или химической денатурации или после химического или ферментативного гидролиза. Важную информацию можно также получить при помощи других аналитических методов о гетерогенности по мол. массам, химическом составе и размерах молекул — методами ультрацентрифугирования [19, 35], о соответствии (комплементарности) первичной последовательности в двух полинуклеотидах— методами гибридизации [36, 37], о размерах и [c.68]

Рассмотрим сначала особенности силового поля пептидной группы. Для его определения нами были рассчитаны колебательные спектры свободных молекул формамида и всех его метильных производных, включая их О-изотопозамещенные ацетамида, Ы-метилформамида, Ы-метилацет-амида, Ы-диметилформамида и Ы-диметилацетамида [27]. Простейшие амиды содержат структурные элементы, упругие свойства которых были детально изучены нами ранее на более простых молекулах. Так, в расчетах первичных, вторичных и третичных метиламинов [28] и М-метилметиленимина [29] определены силовые постоянные метильной группы при азоте, постоянные а-связей Ы-С разных гибридных типов и постоянная тс-связи М=С. Таким образом, до расчета колебательных спектров амидов был известен интервал возможных изменений силовой постоянной связи Ы-С при вариации ее тс-порядка от О до 1. Полученные данные также показали малое влияние гибридизации атома N и порядка смежной связи на силовое поле группы Ы-СНз. В предварительно вьшол-ненных расчетах колебательных спектров альдегидов и кетонов [30, 31] были найдены силовые постоянные метильной группы при карбониле, постоянные (О)С-СНз и С=0. Обнаружено, что метилирование карбонильной группы вызывает заметное ослабление ее упругих свойств. [c.142]

Способность ДНК разного происхождения к гибридизации находится в строгой зависимости от наличия у них участков, идентичных по первичной структуре. Соответственно гибридологический анализ дает возможность выявлять степени сходства и различия между ДНК разного происхождения. Сведения подобного рода необычайно ценны при таксономических и генетических исследованиях. Гибридологический анализ НК как метод молекулярной биологии, несомненно, займет исключительно важное место в зарождающейся сейчас новой области биохимии — биохимической генетике и эволюции. [c.108]

Именно поэтому аминокислоты хорошо растворимы в воде. Получаюш аяся при взаимодействии аминокислот пептидная связь (рис. 19.9) уже не обладает осевой свободой вращения вокруг С—М-связи. Эта связь имеет кратность около 1,5, а орбитали связанных с ней атомов С и N имеют зр -гибридизацию. Выделенные на рис. 19.9 четыре атома каждой из аминокислот образуют жесткий плоский четырехатомный фрагмент. Гибкость полипептидных белковых цепей определяется только возможностью осевых вращений вокруг вр -гибридизованных атомов углерода. Но эта так называемая первичная структура полипептидной цепи характеризуется, как видно из схемы ее фрагмента, попеременно чередующимися направлениями связей С-- 0 и N—Н. Способность атома Н аминогруппы образовывать водородную связь, попеременное чередование связей С—О и N—Н приводят к образованию вторичной структуры белков, т. е. к взаимосвязанности цепей полипептидов. Жесткость возникающих из-за водородных связей структур лежит в основе работы белков как очень разнообразных молекулярных механизмов. [c.417]

К структурным факторам, определяющим устойчивость карбанионов, в первую очередь относятся состояние гибридизации углеродного атома анионного центра, а также природа и число заместителей. Легкость образования карбанионов увеличивается в ряду С—СН < С = СН < С = СН, т. е. возрастает с увеличением 5-характера связи С—Н таким образом, по кислотности циклопропан, например, расположен между этаном и этиленом. Устойчивость простых алкиланионов изменяется в порядке первичный > вторичный > третичный, обратном порядку устойчиво- [c.550]

Если имеется информация о первичной структуре какого-либо достаточно протяженного участка гена, то отбор клонов можно проводить с помощью метода мблёкулярной гибридизации, пользуясь соответствующими синтетическими олйгонуклеотидными зондами. [c.305]

Для частного случая соединения атомов кислорода друг с другом или с атомами водорода можно получить достаточно удовлетворительное представление о структуре образовавшейся молекулы путем рассмотрения 2р-орбнт кислорода. 15-орбита кислорода может быть совершенно оставлена без внимания, а влияние 2б -орбиты на химическую связь за счет образования связей первичной валентности в первом приближении ничтожно мало. В частности, можно при качественном описании характеристики валентности кислорода оставить без внимания явление гибридизации, при которой уровень энергии 2 -электронов повышается так, что они могут участвовать вместе с 2р-электро-нами в направленных орбитах. Для других элементов, например азота и углерода, гибридизацией уже нельзя пренебречь. [c.268]

В отличие от аминов первичные, вторичные и третичные фосфины сильно различаются по основности, причем основность возрастает с увеличением степени замещения (табл. 10.2.2). Хотя значения рКа для МезР и МезЫ сопоставимы, основность самого фосфина значительно меньше основности аммиака. Полагают, что это объясняется различием в гибридизации атомов фосфора и азота. Образующиеся при протонировании катионы аммония и фосфония обладают 5/ -гибридизацией центрального атома, причем в случае аминов гибридизация азота практически не изменяется при протонировании, тогда как переход фосфина в фосфониевую соль сопровождается значительной регибридизацией атома фосфора, следствием чего является снижение рКа- Различие в основности аминов и фосфинов объясняют также различной энергией сольватации образующихся катионов аммония и фосфония (энергия сольватации резко уменьшается с увеличением радиуса катиона) не вызывает [c.616]

С помощью разобранного примера мы начинаем постигать, смысл вто-ричной гибридизации, т. е. перераспределения в молекулярных гибридных орбиталах - и р-характеров атомных гибридных орбиталов. Такая вторичная гибридизация называется также изовалентной, поскольку она не сопровождается изменением валентности центрального атома в противоположность, первичной гибридизации при переходе от к Сх/гвр"- [c.287]

Изменения интенсивности подобно смещениям частот были объяснены с учетом усиления sp -характера орбиталей атома азота при увеличении а [44, 48]. Эти соотношения, конечно, не выполняются в случае орто-заместителей, когда могут проявляться пространственные взаимодействия или образовываться водородные связи. Аналогичная зависимость между vNH и значениями а заместителей у 1- и 2-нафтиламинов была описана Брайсоном [49]. Линейная зависимость между кинетическими характеристиками и Vas И Vs была также получена Титовым и др. [50]. Линейная зависимость между обеими частотами и значениями —log k была обнаружена для реакции 34 замещенных анилинов с такими реагентами, как га-нитробензоилхлорид. Увеличение интенсивности при переходе от алкиламинов к ариламинам очень велико и должно свидетельствовать об увеличении полярности связи NH. Полярность этой связи растет и далее по мере увеличения значений сг арильных заместителей. Этого следовало ожидать, учитывая известный факт повышенной кислотности групп NH при р -состоя-иии гибридизации атома азота по сравнению с sp -состоянием. Были предприняты довольно интересные попытки объяснения изменений частот и интенсивности полос первичных аминов (и амидов) с этой точки зрения, причем повышение частоты связывалось с более короткой связью NH и большей долей р -характера орбиталей, а соответственно и с большей величиной валентного утла NH2. Эта проблема тесно связана со второй задачей выяснением применимости и основ эмпирического соотношения между Vas и Vg, описанного Беллами и Уильямсом этот вопрос также стал темой многих других работ. Наиболее глубокое обоснование роли состояния гибридизации атома азота дано Масоном [44]. Он указал, что если предположить, что колебания Vas и v,, являются совершенно несвязанными (что вполне реально), то для определения eNH, а также валентного угла HNH можно применить уравнения ва-лентно-силовой модели поля типа Линнета. Эти уравнения следующие [c.120]

Рис. 36.10. Метод прогулка по хромосоме . Пусть необходимо обнаружить ген X в рамках протяженного фрагмента ДНК. Точное положение гена неизвестно, однако имеется первичный зонд ( ), соответствующий некоему участку генома (показан в данном случае на 5 -конце исследуемого фрагмента ДНК). Кроме того, имеется библиотека перекрывающихся фрагментов генома. (Для упрощения на рисунке изображены только пять фрагментов.) Первичный зонд гибриди-зуется только с клонами, содержащими фрагмент 1. Этот фрагмент можно использовать далее в качестве зонда для выявления фрагмента 2. Процедура последовательной гибридизации повторяется вплоть до обнаружения фрагмента 4, который гибридизуется с фрагментом 5, содержащим искомый ген X.

Учитывая, что количественные данные о степени сходства первичных структур ДНК позволяют перейти к таксономии, основанной на родственных связях, большинство современных систематиков (Майр, 1971 Антонов и соавт., 1972 Медников и соавт., 1973 Тахтатджан, 1972 Заварзин, 1974) возлагают большие надежды на метод молекулярной гибридизации ДНК в применении к созданию естественной системы организмов. [c.86]

Если первичная сольватная оболочка образуется за счет специфической сольватации, вопрос о числе молекул растворителя, непосредственно окружающих ион, становится более определенным. Поскольку в этом случае образование первичного сольватного комплекса осуществляется вследствие слабых донорно-акцептор-ных связей, число молекул растворителя, способных выступать в качестве лигандов по отношению к данному иону, определяется типом гибридизации молекулярных орбиталей последнего. Например, для ионов и Ыа+, имеющих соответственно 2з, 2р и Зя, Зр вакантные орбитали ( р . ибридизация), число гидратации равно четырем, а для ионов К+ и КЬ+, имеющих соответственно 4 , 33 и 55, 4й вакантные орбитали ( -гибридизация), — шести [22]. [c.94]

С тем, чтобы продемонстрировать универсальность рассматриваемого генетического подхода, амплифицнрованные библиотеки были скринированы и с помощью гибридизации и генетическим способом. Полученные клоны оказались в этих случаях одинаковыми. Как уже упоминалось, генетическому подходу присущ определенный недостаток это необходимость амплификации, которая может привести к уменьшению полноты библиотеки и выделению идентичных клонов. Такой проблемы не возникает в случае гибридизационного скрининга первичных библиотек. Вероятность нежелательных последовательное- [c.82]

Был синтезирован олигонуклеотидный зонд (длиной в 36 нуклеотидов), соответствующий одному из пептидов, полученных после обработки фактора VIII трипсином. Этот очень короткий ДНК-зонд использовали для скринирования ) -фаговой библиотеки геномной ДНК человека с кариотипом 49,XXXXY. Следовательно, высокая концентрация Х-специфических фрагментов ДНК была получена не при помощи сортировки хромосом, как описано ранее (разд. 2.3.2.5), а благодаря природной аномалии. Клоны, выявленные с помощью гибридизации с ДНК-зондом (разд. 2.3), имели перекрывающиеся концы, благодаря чему оказалось возможной первичная идентификация какой-то части природного гена (рис. 2.91). [c.135]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология