Грамицидин, анализ

Порядок чередования аминокислот в небольших полипептидных цепях, содержащих 5—10 аминокислотных остатков, может быть установлен прн помощи весьма трудоемких и сложных аналитических методов. Таким путем была установлена, например, структура циклопептида — грамицидина С (см. гл. XV). Структура различных пептидов, получаемых при частичном гидролизе инсулина и гемоглобина, была установлена главным образом путем метки концевых групп динитрофторбензолом [17,89]. Результаты этих анализов показали, что как инсулин, так и гемоглобин построены из гетерогенных фрагментов. Так, например, пептид А, полученный из инсулина, содержал глицин, изолейцин, валин и тирозин. Определение аргинина, гистидина, лизина, фенилаланина и треонина в этом пептиде дало отрицательные результаты. Пептид В, выделенный из того же препарата инсулина, содержал фенилаланин, валин, аспарагиновую кислоту, глутаминовую кислоту, лизин, треонин и аланин [89] (см. гл. 111 и ХП1). Полученные данные указывают на то, что в пептидах, выделенных из инсулина, нет того периодического чередования аминокислот, о котором говорит Бергман [90]. [c.135]

Ha основании результатов рентгеноструктурного анализа [1935] различных солей и ацилированных производных грамицидина С, а также ряда других физических и химических данных для грамицидина С была предложена конформация [1014], представляющая собой фрагмент антипараллельного складчатого листка Полинга и Кори [1703]. Такую пространственную модель грамицидина С обсуждал также Швицер [1998]. Правда, Вернер придерживается совершенно другого мнения относительно конформации грамицидинов [2429]. [c.530]

Например, грамицидин и тироцидин, которые на основании их кристаллической структуры считались чистыми, были подвергнуты весьма тщательному анализу с применением очень тонких методов. Однако истолкование результатов анализа встретило серьезные затруднения как было показано в дальнейшем (с помощью противоточного распределения), эти пептиды в действительности являются гетерогенными. [c.149]

Грамицидин, который не содержит никаких полярных групп, кроме индольных циклов (40% аминокислотных остатков в этом полипептиде представляют собой триптофановые звенья) и алифатических гидроксильных групп, был использован [152] в качестве модельной системы для изучения реакции триптофановых звеньев с формальдегидом. Для подтверждения результатов, полученных на грамицидине, применяли простые модельные производные индола, а сделанные выводы проверяли на белках, богатых триптофаном. В кислом растворе, как оказалось, реакция протекает только при высоких температурах и при больших концентрациях формальдегида. Было высказано предположение, что формальдегид, реагируя с триптофаном, образует метилольные группы у атома азота индольного цикла. Анализ функциональных групп в исходных веществах и в продуктах реакции дал однозначные результаты как о направлении, так и о степени протекания этой реакции. Что касается сульфгидрильных групп, то, как было обнаружено, они легко реагируют со взятым в избытке формальдегидом, образуя З-метилольные производные, представляющие собой весьма лабильные соединения, способные как к обратной реакции, так и к вторичным превращениям с образованием метиленовых групп [157]. [c.364]

Путем взаимодействия с альдегидами был синтезирован ряд производных грамицидина [1591 реакции проводили в условиях, оптимальных для получения соответствующих производных формальдегида, и затрагивали в первую очередь индольные группы белка. В число использованных альдегидов входили следующие формальдегид, ацетальдегид, глиоксаль, глиоксалевая кислота, бензальдегид и замещенные бензаль-дегиды и, наконец, глюкоза. Методом контроля служил детальный анализ функциональных групп в исходном белке и модифицированных продуктах. [c.365]

Методами спектроскопии и дифракции рентгеновских лучей было показано, что трансмембранный канал образуется из двух молекул грамицидина А (рис. 36.27). Внутри мембраны обладающий свойством проводника спирализованный димер находится в равновесии с непроводящими мономерами. По существу, ступенчатое изменение проводимости на рис. 36.26 соответствует процессу образования и диссоциации димеров. Димер формирует обводненный канал диаметром 4 А, окруженный полярными груннами пептидов. Гидрофобные боковые цепи располагаются на периферии канала и контактируют с углеводородными цепями фосфолипидов мембраны. Окружающие водную пору карбоксильные группы в канале образуют кратковременные координационные связи с катионом в момент его прохождения по каналу. Как показал рентген о структурный анализ, связавший катионы канал становится короче и шире это еще раз подчеркивает динамическую природу молекул, обладающих транспортной функцией. [c.321]

Для оптимального разделения некоторых аминокислот, плохо отделяющихся друг от друга в перечисленных системах, используют п другие растворители, которые приведены в соответствующих руководствах (см., например Хроматография на бумаге//Под ред. И. Хайса и К. Мацека. М., 1962). Так, для отделения валина от фенилаланина (проблема, возникающая при анализе антибиотика грамицидина С. состоящего всего из пяти разных аминокислот) можно рекомендовать последовательное пропускание двух растворителей систему 2-бута-нол — 3%-ный аммиак (3 1), а затем систему н-бутанол — уксусная кислота — вода (8 3 1). [c.129]

Конформационный анализ циклического декапептида грамицидина S проводился рядом исследователей [292-297]. В табл. III.35 значения двугранных углов ф, у основной цепи молекулы, рассчитанные М. Дигертом и соавт. [292], П. Де Сантисом и А. Ликвори [294], Ф. Момани и соавт. [296], Р. Скоттом и соавт. [297], сопоставлены с результатами исследований спектров ЯМР, КД, ИК [298, 299] и данными рентгеноструктурного анализа [300]. За одним исключением [296], между теоретическими и экспериментальными моделями нет значительных различий. И те и другие привели к структуре грамицидина S, состоящей из двух (3-складчатых листов, соединенных двумя (3-изгибами и скрепленных четырьмя поперечными водородными связями. По форме основной цепи приведенные в табл. Ш.35 конформации находятся в удовлетворительном согласии с кристаллической структурой гидратированного комплекса грамицидина S с мочевиной [301], а также данными двумерной ЯМР-спектроскопии [302]. [c.395]

Для грамицидина А, представляющего собой линейный пентадекапептид, путем анализа двумерных спектров Н-ЯМР была установлена пространственная структура (рнс. 67) а мицеллах додецилсульфата натрия. Такие мицеллы хорошо моделируют свойства липидного бислоя мембраны, в которых грамицидин А образует трансмембранный ионный канал. Канал построен из двух правых [c.117]

Пространственное строение грамицидина S аь яснеио с помошью метода рентгеноструктурного анализа (Д. Ходжкнн, 1957) и подтверждено позднее при исследовании конформации антибиотика в растворе (Р, Швицер, Ю. А. Овчинников). Молекула грамицидина S имеет форму fi-складчатого листа с четырьмя внутримолекулярными водородными связями, что обеспечивает относительную жесткость циклопептидного скелета и специфическую ориентацию боковых цепей остатков орнитина. Для реализации предпочтительной конформации антибиотика важное значение, несомненно, имеет наличие в нем остатков D-фенилаланина (рис. 169). [c.285]

Его строение установлено в 1976 г. с помощыо химических методов и рентгеноструктурного анализа в конформационном отношении этот циклоундекапептид аналогичен грамицидину S. Полный синтез циклоспорина А осуществлен в 1981 г. Р. М. Венгером (фирма Sandoz , Швейцария) антибиотик выпускается фирмой в промышленных масштабах на основе биосинтетического метода. [c.291]

При выяснении поведения грамицидиновых антибиотиков в мембране большую роль сыграло исследование его синтетических аналогов, в том числе ковалентно связанных димеров и производных, несущих заряженные группы (В. Т. Иванов, Е. Бамберг и др.) важный вклад был внесен также на основе теоретических расчетов (А. Пюльман) и физико-химических измерений (В. Ф. Быстров, В. Т. Иванов и др.). Следует отметит1>, что завершенный Б. Уоллес в 1985 г. первый реитгеноструктурный анализ кристаллов грамицидина А позволил сделать вывод, что в избранных условиях, т. е. в мембране, антибиотик представляет собой димер типа двойной спирали и содержит во внутренней полости два переносимых им иона. [c.601]

Рис. 10. Газо-хроматографический анализ гидролизата грамицидина А. Разделение аминокислот в виде метиловых эфиров ДНФ-производных проводилось на колонке 180 X Х0,3сл с 1% метилсиликоно-вого каучука 8Е-30, нанесенным ва инертный носитель газ-хром Р. Температура 175° С. Скорость газа-носителя (N2) — 0мл1мин [68].

С высоким сродством к электронам устраняет необходимость калибровки при детектировании и сводит к минимуму очистку образцов перед их хроматографическим определением, что особенно важно при анализе природных продуктов. ]У1етиловые эфиры ДНФ-производных были использованы для идентификации аминокислот, образующихся при гидролизе полипептида грамицидина А [58] (рис. 10). Аланин, валин, глицин, лейций и изолейцин определялись количественно с точностью до 2 % при хроматографическом разделении на двухметровой колонке с силиконовой жидкой фазой ЗЕ-ЗО. Наиболее полное разделение некоторых нейтральных алифатических и дикарбоновых аминокислот в виде фенилтиоги-дантоинов и метиловых эфиров ДНФ-производных получено при анализе на колонке с фторированным силиконовым полимером РР-1 и низким содержанием стационарной жидкой фазы [59]. [c.268]

Горячая камера 4—488 Горячая лаборатория 1 —1000 4—487 Горячие атомы 1 — 1002 5—1071 Горячие частицы 1—1003 Госларит 5—860 Госсипоза 4—540 Гофмана расщепление 5—1000 Гофмана реакция 1 —1003 Гравиметрический анализ 5 —192, 892 — см. также Весовой анализ Гралекс 2—629 Грамин 1—1004 Грамицидины 1 — 1005, 235 Грамм-атом 1—1006 Грамм-молекула 1 —1000, 23 Грамм-моль — см. Грамм-молекула Грамм-эквивалент 1—1006 5—914 Граниты 5—643 Гранозан 1—1007 4—291 Графит — см. Углерод Графит, бисульфат 5—310 [c.559]

НО встречаются и небольшие отличия, которые могут в какой-то мере характеризовать изменения в образовании водородных связей. Например, циклический пептид грамицидин [47] поглощает при 1610 и 1513 см -. Влияние изменений типа водородных связей на частоты этих полос поглощения очень хорошо выявляется при исследованиях свернутых и вытянутых форм этих веществ наряду с изучением дихроизма и анализом рентгенографических данных [46, 52, 54]. Поли-/-глутамбензиловый эфир обнаруживает амидное поглощение СО в виде одной полосы при 1658 см" -, а рентгенографическое исследование показывает, что это соединение существует исключительно в виде а-формы. Однако при синтезе этого соединения из веществ с низким молекулярным весом оно получается в произвольной или в какой-либо развернутой форме полоса амид-1 находится при этом около 1630 см- [136]. Исследования, проведенные с растворами, подтверждают наличие этих форм [ИЗ]. Метиловый эфир имеет, однако, две полосы поглощения с частотами 1658 и 1628 см , последняя из которых не поляризована. В случае производного муравьиной кислоты, которое, как полагают, существует в виде Р-формы, имеется только одна полоса при 1629 см" . Аналогичным образом две полосы амид-Н 1527 и 1550 соответствуют Р- и а-формам. [c.326]

Кроме того, определением концевых групп (амино- и карбоксильных) по способу Зангера [25], Фромажо [26] и Чибнэлла и Риса [27] устанавливается максимальное число открытых пептидных цепей,. входящих в состав молекулы белка. Этот метод анализа в настоящее время ие может привести к однозначным результатам в связи с известными (а также возможными) случаями наличия циклических пептидных цепей в большом числе полипептидов и белков (грамицидин [28], яичный альбумин [29], тропомиозин и миозин [30]). [c.212]

Метод применялся для анализа шерсти [248, 249], желатины [249, 253], грамицидина [252, 256], тироцидина [250], миозина и фибрина [173а], при изучении продуктов гидролиза метилированных белков [257, 258], а также грамицидина-С [109а]. [c.81]

Анализ белок-липидных взаимодействий в мембране позволяет выделить контакты четырех основных типов. Наиболее часто распространен случай, когда внедряющийся в бислой белок вызывает локальное возрастание упорядоченности аннулярного слоя так действуют пептидный ионофор — грамицидин, бактериородоп-син и многие другие интегральные мембранные белки. [c.22]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология