Конформация формы

Этот цикл очень сильно напряжен, энергия его напряжения вычислена и указана в табл. 15-2. Оптимальный угол между связями, образуемыми углеродом, равен 109" ( тетраэдрический угол), однако в данном трехчленном цикле углы между связями равны 60°. Циклобутан и циклопентан напряжены меньше, а шестичленные циклы со структурой циклогексана встречаются очень часто. Циклогексан может иметь две различные структуры, называемые конформациями (формами) ванны и кресла (рис. 21-9). Конформация ванны менее устойчива из-за того, что в ней сильно сближены два диаметрально расположенных атома водорода. Сахара и другие вешества, молекулы которых имеют фрагменты, подобные цикло-гексану, почти всегда включают их в форме кресла. [c.285]

Простая углерод-углеродная связь способна вращаться вокруг своей оси, поэтому происходит постоянное изменение (конформация) формы молекул. Вследствие внутреннего движения в молекулах углеродные цепи могут образовать кольца (циклы), в результате возникают алициклические соединения или циклоал-каны. [c.302]

Алициклы с числом звеньев в цикле больше двенадцати обладают большой конформационной подвижностью. Вследствие почти свободного вращения вокруг связей С—С здесь не могут существовать цис-транс-изомеры-, трудно зафиксировать и определенные конформации. Принимают, что большие циклы существуют преимущественно в виде вытянутых прямоугольников, составленных из зигзагообразных конформаций. Форма квадрата менее выгодна из-за того, что в ней не может осуществляться внутримолекулярная плотная упаковка. [c.378]

Конформация — форма, которую может иметь молекула при сохранении длин связей за счет поворотов отдельных ее частей вокруг ординарных связей и изменений величины валентных углов. [c.67]

Д.- кристаллы со слабым запахом перегоняются с водяным паром, возгоняются. Раств. в орг. р-рителях, плохо-в воде. Молекулы имеют неплоскую конформацию (форма кресла ). [c.91]

Наконец, следует отметить еще одну важную особенность рассматриваемого метода конформационного анализа. Она явилась прямым результатом исследования простейших пептидов и заключается в создании структурной классификации аминокислотных последовательностей, охватывающей все многообразие пространственных форм и обоснованной экспериментально и теоретически. Главная ценность разделения пептидных структур на конформации, формы и шейпы состоит во впервые появившейся возможности перейти от необходимости анализа всех комбинаций низкоэнергетических конформаций свободных аминокислотных остатков, образующих данный пептид (их количество превышает 10", где п - число остатков в цепи), к анализу отдельных представителей, дающих объективную информацию о конформационных вариантах больших таксономических групп. [c.250]

Физическая теория и результаты расчета моно-, ди- и трипептидов, подтвержденные сопоставлением с экспериментальным материалом, позволили разработать количественный фрагментарный метод конформационного анализа олигопептидов. Метод основывается на предположении о возможности исследования конформационного состояния сложной аминокислотной последовательности путем предварительного анализа пространственного строения ее простых перекрывающихся фрагментов, конформационные возможности которых рассчитываются с использованием в качестве нулевых приближений всех комбинаций низкоэнергетических оптимальных конформаций свободных аминокислотных остатков (молекул метиламидов N-ацетил-а-аминокислот). Наборы лучших по энергии оптимальных состояний простых фрагментов служат исходными для формирования нулевых структурных вариантов более сложных фрагментов и т.д. В основе метода лежит построенная по принципу "дерева" классификация пептидных структур на конформации, формы и шейпы. Предложенная классификация полностью отвечает известным эксперимен- [c.587]

Проекции Ньюмена и кривая зависимости торсионный угол/энергия (рис. 2.1.3) свидетельствуют о том, что вращение вокруг центральной простой связи СНз—СНз приводит к различным наборам конформаций. Формы А, В и Д представляют собой заторможенные конформации, но все они неодинаковы. Конформация А, в которой метильные группы расположены под углом 180°, представляет собой собственно заторможенную конформацию (анти- или транс-конформацию), а конформации В и Д, в которых метильные группы расположены под углом 60°, называются гош-конформациями [c.78]

Эриксон и сотр. [22] также исследовали шестичленную хелатную кольцевую систему — б с-комплекс пла-тины(П) с ь-гистидином. Предполагалось, что единственными формами, которые следует принимать во внимание, являются две конформации формы ванны, показанные на рис. 6-30. Однако в этих конформациях некоторые группы находятся в заслоненных ориентациях, и хотя подробный конформационный анализ не проводили, вероятно, что более низкую энергию имеют другие конформации в и г. Комплекс был изучен при низких значениях pH, ког- [c.367]

При расчетах были использованы те же атом-атомные потенциальные функции межмолекулярного взаимодействия (Х,5) и (Х,6), что и в рассмотренных выше случаях адсорбции алканов. Для циклопентана была принята конформация формы конверта [69]. Для циклогексана была принята конформация кресла с тетраэдрическими [c.329]

Конформация .-форм. Ввиду того что ряд прежних плоских моделей полипептидной цепи а-кератина оказался неудовлетворительным, опишем здесь лишь геликоидальную модель, или винт а, по Полингу и Корею (1951 г.), наиболее точно отвечающую результатам измерения рентгеновскими лучами. Эта [c.437]

Молекула циклопентана не может быть плоской, поскольку валентные углы имеют величину 112° (1,954 рад). Циклопентан имеет следующие гибкие конформации форма полукресла, в которой три атома кольца лежат в одной плоскости, а два других — по обе стороны этой плоскости [c.85]

Рис. 1-7. Конформация формы кресла шестичленного хелатного

По аналогии с циклогексаном для исследуемых гетероциклов возможны три конформации форма кресла, твист-форма и форма ванны. Сравнительно небольшая величина дипольного момента [c.110]

В молекуле циклогексана, имеющего форму кресла , каждый атом углерода имеет два типа связей одну экваториальную (е) и одну аксиальную (а) (рис. 28). Аксиальные связи направлены вдоль оси, перпендикулярной плоскости циклогексанового кольца, а экваториальные лежат в плоскости кольца и направлены радиально от нее. Такое расположение связей в форме кресло делает ее выгоднее ванны , так как в последнем случае водородные атомы в положениях 1 и 4 оказываются в заслоненном положении, что резко повышает энергию этой конформации. Форма кресло имеет шесть скошенных конформаций, которые характеризуются относительно слабыми взаимодействиями. [c.261]

Молекулы типа этана могут иметь шахматную (Оз ) или затененную (Оз ,) конформацию. Формы двенадцати нормальных колебаний молекулы, имеющей шахматную [c.167]

Рис. 1-5. Симметрично скошенная конформация формы ванны шестичленного хелатного кольца аиб — энантиомерные конформации.

Рис. 1-8- Конформация формы ванны шестичленного хелатного

Решающую роль в создании количественного метода сыграли положения о гармонии всех внутриостаточных и межостаточных взаимодействий и их преобладающем энергетическом влиянии над взаимодействиями белковой цепи с молекулами и ионами окружающей среды. Одно из этих положений позволило разделить проблему структурной организации белка на три менее громоздкие и поддающиеся последовательному решению частные проблемы ближних, средних и дальних взаимодействий. В результате специально разработанной классификации пептидных структур на конформации, формы и шейпы стало возможным получение достоверных количественных данных о конфор-мационных состояниях целых наборов структурных вариантов различных таксономических групп, ограничившись детальным анализом их отдельных представителей. Классификация настолько сократила объем вычислительных работ, что сделала реальным расчет трехмерных структур бе лков, на первых порах низкомолекулярных. Изложенные в книге результаты априорных расчетов структур трипсинового ингибитора, сложного фрагмента нейротоксина II и большого числа олигопептидов, состоящих из десятков аминокислотных остатков, свидетельствуют об адекватном отражении предложенными теориями (бифуркационной и физической) структурной самоорганизации белков и пептидов и реальности предсказания их нативных конформаций. [c.8]

Пространственная классификация пептидных структур по конформациям, формам и шейпам построена по принципу "дерева". Все конформации делятся по формам основной цепи, а формы - по шейпам. Количество форм в каждом шейпе определяется числом возможных комбинаций R-. В-, L- и Н-формы остатков. Число конформаций каждой формы зависит от природы остатка. Все возможные формы основной цепи и шейпы пептидного скелета предполагаются равноценными. Предпо ггительность некоторых из них выявляется только в результате конформационного анализа, т.е. опробования на конкретной аминокислотной последовательности. В описанной структурной классификации возможна энергетическая дифференциация пространственного строения пептида на трех уровнях - шейпа, формы и конформации. [c.224]

Структурная организация молекулы ангиотензина II исследована на основе конформационной теории (см. гл. 2) и соответствующего расчетного метода (см. гл. 7) в предположении жесткой валентной схемы, представленной на рис. III.5. Конформационные возможности октапептидного гормона определяются 41 значением двугранных углов вращения вокруг связей основной цепи (ф, у, оз) и боковых цепей (Хь Хг. ) Использованные в расчете потенциальные функции и полуэмпирические параметры для оценки невалентных, электростатических, торсионных взаимодействий и водородных связей указаны в работах [30, 31]. В расчете и при изложении результатов использована естественная классификация пептидных структур по трем уровням пространственной организации конформации, форме и шейпу основной цепи (см. гл. 7). Конформационный анализ октапептидного гормона был разбит на три этапа (рис. III.6). Первый включал в себя независимый расчет пяти перекрывающихся по трем аминокислотным остаткам тетрапептидных фрагментов (a-g). Второй этап заключался в расчете гексапептидного фрагмента Asp -His , а третий - в расчете всей молекулы ангиотензина II. Подробно результаты расчета рассмотрены в работе Т.В. Гогитидзе и автора данной монографии [32]. Здесь дано описание лишь заключительного этапа. [c.271]

Ала, Сер, Тир. Цис и Мет в его составе отсутствуют, остальные аминокислоты присутствуют в малых количествах. Рентгенограммы фиброина сходны с рентгенограммами -кератина, основная конформация — -форма. Шелк Bombyx топ образован полипептидом (Гли — Ала) , шелк Lyssax — полиаланином. [c.129]

На конформацию макромолекулы и морфологию надмолекулярной организации (НМО) ПВДФ может влиять способ полимеризации ВДФ [156]. При полимеризации в полярной среде, например воде, образуется напряженная зигзаг-конформация ( -форма), в слабополярной — менее напряженная, свернутая в спираль, конформация (а-форма). В процессе полимеризации в слабополярной среде наряду с образованием а-формы возможно возникновение и -формы кристаллитов последние увеличивают дефектность кристаллической решетки. Поэтому а-форма кристаллитов, образующихся прн полимеризации, всегда низкоуиорядоченна (ан-форма). Высокоупорядоченная ав-форма получается при кристаллизации полимера из расплава или из слабополярных растворителей [156]. Морфология НМО тонких пленок ПВДФ также зависит от способа синтеза полимера и его молекулярной массы. Сферолитную структуру имеют пленки образцов полимера, полученных радиационным и химическим инициированием с молекулярной массой а 10 . При [c.83]

Конформация -форм. а. Спектр -кератина обнаруживает период идентичности 6,6 А в направлении длины волокна и два периода — один 4,6 А и другой 9,7 А — в двух направлениях, перпендикулярных первому. Расстояние 6,6 А является расстоянием двух аминокислотных остатков —NHGHR O—NH HR O—в почти полностью растянутой полипептидной цепи (в полностью растянутой цепи это расстояние равно 7,23 А). По Астбери (1933 г.), полипептидная цепь в -кера-тине имеет плоскую конформацию со следующими копланарными атомами [c.435]

Циклогексен представляет собой гибкую структуру, для которой возможны другие заслуживающие упоминания конформации форма дивана с экергией, превосходящей энергию формы полукресла на 1 ккал (4,187-10 Дж) форма ванны, иногда неправильно называемая формой полуванны, энергия которой на 7 ккал (29,31-10 Дж) больше, чел энергия формы полукресла. [c.84]

Кольцо циклогексана не может быть плоским, т. к. для построения плоского кольца требуется значительная деформация валентных углов. При соблюдении тетраэдрич. углов для циклогексана возможны две конформации форма кресла и форма ванны (рис. 5, а). Поскольку кресло состоит из шести взаимоскошенных метиленовых грунн, а ванна — [c.350]

Рис. 1-4. Асимметричная конформация формы конверта пятичлен-

Рис. 1-6. Асимметричная конформация формы ванны шестичлен-

Пролин и оксипролин — единственные природные аминокислоты, у которых аминогруппа является частью пир-ролидинового кольца. Гетероцикл имеет конформацию формы конверта, в которой атом С(4) отклонен от плоскости других четырех атомов примерно на 0,5 А (рис. 4-12) [39]. Эта конформация сохраняется в дигидрате быс-(оь-пролинато)меди(П) атом С(4) отклонен от плоскости [c.182]

Смотреть страницы где упоминается термин Конформация формы: [c.102] [c.179] [c.259] [c.262] [c.430] [c.429] [c.8] [c.342] [c.55] [c.569] [c.55] [c.45] [c.128] [c.134] [c.139] [c.185] [c.185] [c.191] [c.192] [c.193] [c.256]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология