Гипотеза петли

Атомистическая гипотеза строения вещества, развиваемая в натурфилософии Демокрита и его последователей, требовала объяснения, как соединяются атомы между собой. И никакого другого представления, кроме наглядного механического, на основе умозрительных заключений возникнуть не могло атомы имеют крючки и петли, с помощью которых и соединяются — сцепляются. [c.104]

Была также высказана гипотеза о механизме сорбции макромолекул гемицеллюлоз на поверхности целлюлозных волокон [31, 80], которая заключается в следующем. При соприкосновении волокон целлюлозы с раствором гемицеллюлоз начинается адсорбция с относительно большой скоростью. При этом наблюдается отложение гемицеллюлозных цепей на открытой поверхности целлюлозы, так что гибкие макромолекулы адсорбируются на этой поверхности через сегменты или короткие последовательности цепей. Адсорбированные сегменты связаны друг с другом через неадсорбированные участки, образуя мостики или петли, простирающиеся в раствор Сегменты у концов цепей могут быть не адсорбированы и простираться в раствор. Характер адсорбционных сил в данном случае, по-видимому, определяется образованием водородных связей между доступными гидроксилами. [c.393]

Если белки только метастабильны, их структуры должны сильно отличаться от наиболее стабильных структур. В течение длительного времени в литературе обсуждается вопрос, отвечает ли нативная структура абсолютному (глобальному) минимуму свободной энергии (термодинамическая гипотеза свертывания белка [433]) или только локальному минимуму (кинетическая гипотеза свертывания балка [24S, 434]), т. е. метастабильному состоянию. Предполагается, что самым стабильным состоянием должен был бы быть, например, сложный узел (рис. 5.15, в), который цепь самопроизвольно в действительности образовать не может. На языке термодинамики это означает, что цепь не в состоянии преодолеть высокий барьер AG , свободную энергию активации. Этот барьер включает большой энтропийный вклад из-за исключительности конформаций, допускающих образование узла путем прохождения одного конца цепи через петлю, образованную другим концом. К тому же такие конформации цепи оказались бы довольно неустойчивыми, поскольку потеря энтропии не будет скомпенсирована связывающей энергией или свободной энергией растворителя [уравнение (3.2)], как это имеет место в нативной структуре. Поэто му барьер AS почти полностью определяет барьер AG" . Наконец, нативная структура хорошо описывается метастабильным состоянием с очень большим временем жизни. Однако ни один экспериментальный метод не в состоянии различить стабильное и метастабильное состояния. Более того, это не имеет и какого-либо биологического значения. Однако метастабильное [c.181]

После появления гипотезы бутылкообразной поры Pao и сотр. [26] провели ряд тщательных работ по сканированию петли гистерезиса. Они установили, что петля может пересекаться при движении от ветви адсорбции к ветви десорбции, но не наоборот (рис. 82). Наряду с бутылкообразными порами адсорбенты содержат V-образные поры, которые наполняются и [c.169]

В свете этого гипотеза Зигмонди, который постулировал, что наличие сконденсированной в капиллярах жидкости отвечает обеим ветвям петли гистерезиса, снова привлекает внимание. Не следует упускать из виду, что петля гистерезиса может быть, по крайней мере частично, приписана различию краевых углов при адсорбции и десорбции. [c.180]

Согласно гипотезе Келлера, обсуждавшейся в разделе III.5.2, основное условие образования красивых кристаллов правильной формы заключается в регулярном плотном складывании макромолекул на (Себя. По-видимому, справедливо и обратное предположение, а именно монокристаллы, не обладающие правильным пространственным строением и регулярностью поверхностей роста, содержат большое число неупорядоченных длинных петель. Исходя из сказанного ранее, можно также ожидать при благоприятных условиях кристаллизации возможности реализации модели Фишера, для которой характерно такое расстояние между выпрямленными участками макромолекул, соединенными складкой, как показано на рис. III.62, б [25, 28, 30]. В зависимости от природы полимера подобные структуры также можно считать рыхлыми петлями. [c.241]

Приведенные экспериментальные данные, по-видимому, подтверждают сформулированную выше гипотезу о том, что наличие рыхлых петель является предпосылкой для образования бесформенных монокристаллов, или, наоборот, гипотезы о том, что уродливые монокристаллы указывают на существование рыхлых нетель (очевидно, толщина поверхностного слоя кристалла должна также коррелировать со способностью полимера к кристаллизации). Что же касается вопроса о том, какая из предполагаемых моделей рыхлых петель (см. рис. III.62, б и III.67) реализуется на практике, то, очевидно, его решение потребует учета таких факторов, как кристаллическая структура полимера (например, межплоскостные расстояния кристаллической решетки и т. д.), гибкость молекулярной цепочки и условия кристаллизации. Однако, по всей видимости, в последнем случае в понятие рыхлые петли должен вкладываться несколько иной смысл, чем в понятие длинные петли в случае совершенных монокристаллов. [c.244]

В действительности наблюдаются только случаи (1), (5) и (6), а также отталкивающиеся петли. Из этого можно сделать вывод, что последняя гипотеза справедлива. И это не удивительно, так как графит очень анизотропен константы упругости [c.63]

Рис. 1. Механизм переноса ионов Н , постулируемый хемиосмотической гипотезой. Предполагается, что последовательные переносчики дыхательной цепи (А—Р) образуют три Н -переносящие петли . Каждая такая петля переносит из митохондриального матрикса наружу два иона Н через переносчик (красные стрелки), транспортирующий восстановительные эквиваленты в виде атомов водорода.

Была выдвинута гипотеза, предполагающая, что петли хроматина формируются и поддерживаются с помощью ДНК-связывающих белков, которые узнают определенные нуклеотидные последовательности двух отдельных участков хроматиновой фибриллы и сближают их (рис. [c.119]

Хотя сущность хемиосмотической гипотезы исчерпывается схемой, приведенной на рис. 13.4, Митчелл включает в свою модель весьма детализированные представления о структурной организации электрон-транспортной цепи три петли на пути от НАДН к Ог или две петли на пути от янтарной кислоты к Ог. Петли образуют центры сопряжения, в которых связаны транспорт протонов и транспорт электронов. При этом предполагается стехиометрия 2Н+/2е в каждой петле два протона захватываются из внутреннего пространства мембраны и выталкиваются наружу. Это приводит к отношениям Н+/0, рав- [c.315]

Измерения точных значений стехиометрии Н+/2е для различных участков цепи имеют большое значение, так как с их помощью можно сделать выбор между различными схемами переноса протонов. Прямой механизм переноса групп, предложенный Митчеллом (разд. 1.4), предсказывает точную величину 2Н+/2е- для каждой петли (рис. 4.10). Согласно этой гипотезе, протоны освобождаются в результате переноса электронов между переносчиками Н-атомов (H+-f е-) и чисто электронными акцепторами. Прямой механизм требует также существования ряда структурных особенностей организации дыхательной цепи, которые мы обсудим в разд. 5.4. [c.84]

Альтернативные гипотезы о механизме транслокации протонов при работе дыхательной цепи были представлены на рис. 4.10 в связи с вопросом о стехиометрии Н+/2е . Прямой механизм петель в дыхательной цепи, предложенный Митчеллом, включает ряд определенных экспериментально проверяемых предсказаний. Согласно модели петель, выброс протонов происходит в результате переноса электронов от переносчика Н-атомов (Н++е ) к чисто электронному переносчику, при котором протоны освобождаются на наружной поверхности мембраны. Далее электроны переносятся от чисто электронного переносчика к следующему переносчику Н-атомов, н это сопровождается захватом протонов из матрикса (рис. 4.10). Отсюда следует, что в цепи должна соблюдаться строгая стехиометрия 2И+/2е на петлю (разд. 4.3), в линейной последовательности переносчиков должны правильно чередоваться переносчики двух типов, а их расположение в мембране должно соответствовать наблюдаемому направлению переноса протонов. Напротив, модель конформационных помп значительно менее определенна и может быть использована для объяснения практически любых экспериментальных данных. [c.113]

Иногда можно встретить утверждения, что гипотеза петель требует, чтобы петли полностью пересекали мембрану и соответствующие редокс-переносчики выходили на ее наружную поверхность. Однако для функционирования петли необходима лишь возможность выхода протонов на наружную сторону мембраны. Можно предполагать, что все редокс-переносчики расположены вблизи от внутренней поверхности мембраны и перенос протонов осуществляется с помощью специальных протонных каналов, аналогичных компоненту Ро АТР-синтетазы (разд. 7.3). [c.114]

Гипотеза петли (кинка). Плавление жирнокислотных цепей при фазовом переходе обусловлено враш ательной изомеризацией (см. 3 гл. УП1). Наименьшей энергией обладает транс-, а наибольшей— цис-конфигурация. [c.47]

Одна из гипотез о механизме сорбции макромолекул ГМЦ на поверхности волокон целлюлозы [315, 481, 482, 680, 770] предполагает, что при соприкосновении с раствором ГМЦ начинается быстрая адсорбция цепей ГМЦ на открытой поверхности целлю-люзы, причем гибкие макромолекулы адсорбируются через сегменты или короткие последовательности цепей. Между адсорбированными сегментами существуют неадсорбированные участки, образующие мостики, или петли, простирающиеся в раствор. В раствор могут простираться и неадсорбированные сегменты у концов цепей. Предполагается, что характер адсорбционных сил определяется образованием водородных свзей между доступными гидроксилами. После заполнения в основном свободной поверхности целлюлозы сорбированными цепями ГМЦ начинается более медленная стадия сорбции макромолекул ГМЦ на уже сорбированные ГМЦ. [c.397]

Каковы же структурные соотношения граней, которые появляются у того или иного кристалла, если при его росте в растворе содержится определенная примесь Банн [8] и Керн [39, 40] нашли геометрические отношения между кристаллическими структурами примеси и основного вещества. Эти отношения проявляются в эпитаксии (ориентированном нарастании). Элементарные петли параллельных плоскостей решеток двух веществ имеют при этом размеры, которые дают приблизительно простое отношение. Линденберг [51 ] предложил ту же гипотезу для объяснения изменений габитуса, обусловленных применением разных растворителей. Если считать, как это делал Уэллс 73], что растворитель также является примесью, то можно объяснить многие изменения габитуса, допуская существование эпитаксических отношений между растущими гранями и плотно упакованной гранью кристаллической структуры примеси. При этом адсорбированную примесь следует рассматривать как кристаллическую пленку. [c.352]

Хотя хемиосмотическая гипотеза получила широкое признание в той своей части, которая касается главного организующего принципа передачи энергии от процесса переноса электронов к синтезу АТР в митохондриях, бактериальных клетках и хлоропластах (гл. 23), тем не менее она оставляет пока без ответа многие важные вопросы. Пожалуй, больше всего споров порождает вопрос о механизме, при помощи которого перенос электронов, происходящий во внутренней мембране, вызывает откачивание ионов Н из матрикса митохондрии наружу. Митчелл предложил остроумное решение этого вопроса (рис. 1). Основой его решения послужил тот факт, что восстановительные эквиваленты переносятся некоторыми переносчиками (например, убихино-ном) в виде атомов Н, а другими (например, железо-серными центрами или цитохромами)-в виде электронов. Митчелл предположил, что во-дородпереносящие и электронпереносящие белки чередуются в дыхательной цепи, образуя в ней три петли . В каждой такой петле два атома Н выносятся через мембрану наружу и отдают два иона Н в окружающую среду соответствующая пара электронов переносится затем обратно, с наружной поверхности мембраны на внутреннюю (рис. 1). Каждая пара восстановительных эквивалентов, проходя через такую петлю, переносит два иона Н из матрикса в окружающую среду. Предполагается, что каждая петля поставляет осмотическую энергию для образования одной молекулы АТР. [c.532]

Прямые физические методы. Самым старым и самым прямым методом исследования биополимеров следует считать, по-видимому, электронномикроскопический метод. Недавно Клейншмидт обнару кил, что если препарат нуклеиновой кислоты, непосредственно выделенный из живого организма методом осмотического шока или взятый после предварительного выделения, комплексировать с каким-нибудь основным белком, например с цитохромом с, то его mohiho нанести на поверхность воды в виде моно-молекулярной пленки. На фиг. 51 приведена электронная микрофотография фаговой ДНК, полученная Томасом и Мак-Хатти при помощи этого метода. Снимок позволяет оценить размеры молекулы ДНК и ясно показывает, что эта молекула замкнута в кольцо. Определенная таким способом длина молекулы, равно как и ее диаметр, соответствуют величинам, которых следует ожидать на основе гипотезы Уотсона — Крика. Показано, что молекулы ДНК из многих источников имеют форму кольца или замкнутой петли. У ДНК фагов Я и Т2 переход от линейной формы к кольцевой осуществляется легко и обратимо. [c.143]

Эта гипотеза постулирует, что образование пары кодон-антикодон в двух первых положениях кодона всегда происходит по каноническим правилам, но в третьем положении возможно качание (неоднозначное соответствие). Объясняется это тем, что конформация антикодоновой петли тРНК допускает значительную подвижность первого основания антикодона. Некоторые пары оснований, предусмотренные гипотезой неоднозначного соответствия, приведены на рис. 7.10. [c.95]

Почти для всех тРНК предсказания гипотезы неоднозначного соответствия хорошо согласуются с имеющимися данными. Но существует ряд исключений, при которых тРНК образует пары, не предусмотренные правилами гипотезы, или же когда невозможно спаривание с одним из кодонов, хотя гипотезой это разрешено. Вероятно, эти эффекты обусловлены влиянием соседних оснований или (и) конформационными изменениями в антикодоновой петле. Действительно, самой идее, заложенной в основу гипотезы неоднозначного соответствия, присуще представление о важности структуры антикодоновой петли. Дальнейшее исследование этого вопроса подтвердило и то, что ближайшее окружение влияет на способность антикодона узнавать кодоны. Были получены спонтанные мутанты, несущие замены оснований в других, не антико- [c.97]

Таким образом, можно отметить, что, помимо обычных актикодон-кодоновых взаимодействий, существует еще целый ряд факторов, влияющих на процесс считывания кодонов с мРНК. Точность образования пары антикодон—кодон зависит от структуры участков молекулы тРНК, расположенных за пределами антикодоновой петли, и от структуры определенных участков рибосомы. Кроме того, в соответствии с гипотезой Крика образование системы водородных связей между антикодонами и кодонами не является строго однозначным, т.е. допускает определенное разнообразие структур соответствующих элементов. На все эти факторы могут влиять мутации, возникающие в генах, кодирующих структуру любых компонентов трансляционного аппарата. [c.95]

Один из предполагаемых механизмов действия энхансера основан на результатах изучения бактериальных систем. Известно, что в клетках бактерий началу гранскрипции способствует образование петли ДНК. Это согласуется с данными о том, что энхансеры обычно наиболее эффективны, когда они находятся вблизи промотора с увеличением расстояния их активность постепенно падает. На рис. 10-27 приведена схема двух вариантов действия энхансера с образованием петли. Предложены и другие гипотезы о механизме действия этого регуляторного элемента. 1. Энхансер может действовать на большом расстоянии, активируя ДНК-топоизомеразу, которая вносит торсионное напряжение в большую петлю ДНК. используя для этого энергию гидролиза АТР. 2. Энхансер может влиять на гранскрипцию, действуя как сайт посадки мобильных белков, которые связываются с ДНК и затем движутся вдоль ее молекулы. 3. Энхансер может связывать белки, которые способствуют присоединению близлежащего гена к определенной области ядра, где локализованы факторы транскрипции. [c.198]

Рис. 10-43. Три гипотезы, предложенные для объяснения большого радиуса действия домен-контролирующего участка на генетическую активность. Обычно считается, что петля хроматина представляет собой целый домен хромосомы, который имеет форму петли и содержит ДНК размером 100000 и более нуклеотидных пар На самом деле неизвестно, чем объясняется такая дальность действия, возможно, здесь функционируют и другие механизмы. Доказательства того, что хроматин проходит стадию деконденсации вне зависимости от транскрипции ДНК получены при наблюдении дисков политенных хромосом дрозофилы содержащих ген Sgs-3. Некоторые мутанты, не способные образовывать в

Основной проблемой в гипотезе петель является отсутствие доказательств существования достаточного числа переносчиков (H+-f е ) в дыхательной цепи. В цепи найдены лишь два явных переносчика (Н+Н-е ) FMN в комплексе I (разд. 5.6) и UQio. Обнаружено также около 15 возможных переносчиков электронов (до 8 Fe/S-белков, 5 цитохромов и 2 атома Си). Одним из решений этой проблемы явилась гипотеза протондвижуЩ,его Q-цикла (разд. 5.8), в котором UQio играет роль переносчика (Н+Н-е ) сразу в двух петлях. [c.113]

Схемы двух гипотез о механизме работы комплекса IV представлены на рис. 5.15. Исходное предположение Митчелла состояло в том, что цитохромоксидаза работает как электронпереносящая ветвь последней редокс-петли (рис. 4.10). В альтерна- [c.123]

Я придерживаюсь другой точки зрения. Суть ее в том, что GAL4, связанный с UASq, вступает в непосредственный контакт с другим белком, связанным с областью начала транскрипции, и таким образом помогает РНК-полимеразе связаться и начать транскрипцию. Согласно этой гипотезе, ДНК между UASq и началом гена образует петлю, возможно заполненную другими белками. Для этого ДНК должна быть достаточно гибкой, чтобы соприкосновение удаленных друг от друга белков не требовало больших энергетических затрат. [c.146]

В отличие от гипотез, предложенных предшественниками, гипотеза Булларда позволяет объяснить очень важную черту земного магнитного пол т, отчасти отраженную на рис. 633 изменчивость магнитного склонения в веках (вероятно, с теми же процессами связано и изменение угла наклонения магнитной стрелки). В 13 мы еш е возвратимся к этому важному вопросу и увидим, что поведение магнитного склонения с 1540 по 1935 г., зарегистрированное обсерваторией в Лондоне и Гриниче, связано с обш ей тенденцией всех особенностей геомагнитного поля в Европе, Атлантике и Северной Америке — с дрейфом этих особенностей с востока на запад. Гипотеза Э. Булларда так объясняет это замечательное явление. Если мы представим, что петля, образованная магнитной силовой линией на рис. 634, будет продолжать растягиваться, то увидим, что она будет опоясывать Землю по двум географическим параллелям. Совершенно так же возникнет целая система магнитных силовых линий, растянутых по параллелям. Оказывается, что подобная система неустойчива она должна распадаться на своеобразные ячейки, которые будут создавать тороидальное поле. [c.984]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология