Пограничные фрагменты ДНК

Фрагменты, содержащие концы вставок перенесенной ДНК и обладающие вследствие этого лишь частичной гомологией с рестрикционным фрагментом векторной плазмиды. По определению пограничные фрагменты содержат ДНК как вектора, так и растения, а их размер зависит от расстояния ближайшего к границе сайта узнавания используемой рестриктазы внутри перенесенной ДНК до первого такого сайта в окружающей ее ДНК растения. Обычно пограничные фрагменты в геле обладают иной подвижностью, чем фрагменты исходной ДНК плазмидного вектора, обработанные той же эндонуклеазой. При одинаковой подвижности, интенсивность полосы будет ниже, чем ожидается для внутреннего фрагмента, поскольку пограничный фрагмент состоит не только из последовательностей ДНК вектора. [c.314]

Диаграммный фрагмент (2.21), построенный для пограничного элемента объема аппарата 5Ах(Ах- 0), справа от входного сечения примет вид [c.115]

Диаграмма связи процесса фосфорилирования, протекающего в гетерофазной системе жидкость — твердое , получается в результате объединения диаграмм каждой из фаз. Стыковочным элементом служит фрагмент диаграммы массопередачи через пограничную пленку жидкости, охватывающую гранулу сополимера. Особенностью топологической модели является то, что структура диаграммы изменяется по мере продвижения реакционной зоны вглубь гранулы сополимера. Скорость перемещения реакционной зоны определяется изменяющимися условиями транспорта к ней исходного вещества. [c.369]

В наиболее распространенных случаях (далее будут рассматриваться и другие ситуации) поток теплоты передается от теплоносителя с высокой температурой Т к теплоносителю с низкой — / через теплопередающую стенку. Принципиальная схема такого теплопереноса для фрагмента теплообменного аппарата представлена на рис. 6.1. Теплота (ее поток изображен левой вертикальной стрелкой) вводится в исследуемый фрагмент теплообменника с потоком горячего теплоносителя под действием постороннего побудителя (например, насоса). Далее поток теплоты через пограничную пленку, примыкающую к поверхности со стороны горячего теплоносителя, передается к фанице поверхности, проходит через поверхность (стенку), затем через пограничную пленку со стороны холодного теплоносителя (эти потоки теплоты изображены горизонтальными стрелками). Наконец, теплота выводится из исследуемого фрагмента с холодным теплоносителем (правая вертикальная стрелка). [c.470]

В случае непосредственного контакта фаз (именно такие ситуации преобладают в массообменных процессах) перенос вещества осуществляется по схеме, изображенной на рис. 10.8 для фрагмента массообменного аппарата. В пределах каждой фазы у границы их раздела формируются диффузионные пограничные пленки, в которых происходит плавное изменение концентраций переносимого вещества — от значений в ядре фазы (потока) до значений на границе раздела. В модельном представлении пограничные пленки полагают (как и в случае теплопереноса) резко очерченными, а весь концентрационный напор — сосредоточенным в пределах этих пленок. [c.768]

Пусть молекулярная система формально разделена на два фрагмента. Очевидно, что последовательный расчет фрагментов по схеме МО ЛКАО вместо одновременного расчета системы в целом возможен в том случае, если удается привести матрицу секулярного уравнения (V. 8) к квазидиагональному виду. Тогда на ее диагонали расположатся две квадратные матрицы, так что ее детерминант станет равным произведению двух детерминантов меньшего порядка. В поисках условий, при которых это возможно, необходимо, в первую очередь,. проанализировать роль атомов, расположенных на границе между фрагментами — пограничных атомов ПА, так как остальные атомы из разных фрагментов, как предполагается, пренебрежимо слабо взаимодействуют между собой из-за большого расстояния между ними. Допустим, что имеется всего один ПА, который образует с каждым из фрагментов только (т-связи (рис. У.б). Обозначим 0-функции, направленные к двум фрагментам, через Oi и Ои, а непосредственно перекрывающиеся с ними ст-функции соседних атомов в фрагментах — через a i и а к. [c.164]

Рис. У.б. Пограничный атом (ПА) и четыре сг-состоя-ния, наиболее активные во взаимодействии фрагментов.

Рассмотрим основной (элементарный) фрагмент общей плоской модели, представленной на рис. 5.1, состоящей из приклеиваемой пластинки (балки, стержня) О, слоя связующего (клея) 1 и пограничного слоя 2 (рис. 5.2) и выпишем основные уравнения. Будем рассматривать лишь малые деформации (е<С1), которые свойственны жестким конструкционным материалам. Поэтому [28] полная деформация любого из слоев ( = = 0,1) может быть представлена в виде суммы деформаций различной физической природы [28, 329] упругой деформации е,. [c.113]

На рис. 5.3 представлен основной фрагмент многослойной структуры длиной dx с действующими в нем внутренними усилиями, которые учитываются в одномерной задаче. Основные уравнения одномерной задачи, вообще говоря, можно получить с помощью предельных переходов, опираясь на уравнения, полученные в предыдущем разделе для плоского случая. Но проще поступить иначе, воспользовавшись одним из основных предположений о пограничном слое — тем, что его толщина мала, и получить уравнения непосредственно для одномерной модели. [c.120]

Вскипание жидкости проявляется в колебаниях электрического сопротивления проволоки, обусловленного соответствующими колебаниями ее температуры. На рис. 3 показана осциллограмма фрагмента падения напряжения на сопротивлении проволоки, погруженной в воду. Сопоставление результатов осциллографирования с результатами обработки одновременно полученных кинограмм [12] подтвердило син-фазность начала возникновения колебаний величины сопротивления (температуры) на осциллограмме падения напряжения и визуально наблюдаемого вскипания воды на кинограмме. При увеличении энергии импульса время наступления таких колебаний монотонно смещается к началу отсчета примерно до 0,05 мсек в то время как длительность и. амплитуда колебаний сокращаются и при больших удельных нагрузках становятся мало заметными. Увеличение концентрации азотной, кислоты в растворе также уменьшает длительность и амплитуду колебаний. Продолжительные колебания характеризуют вялое, затяжное развитие вскипания жидкости пузырькового характера вследствие недостаточного запаса тепла в пограничном слое жидкости, малого количества спонтанных центров парообразования. Турбулизация пограничного слоя [c.24]

В [1.91] на основе результатов визуальных исследований предложена модель обновления течения в турбулентном пограничном слое вблизи стенки, в основу которой положена идея о воздействии на характер течения местных положительных градиентов давления. При этом предполагается, что эти локальные градиенты давления, являющиеся причиной выбросов, в свою очередь, сами являются результатом эволюции жидких элементов, эжек-тируемых из пристеночной области течения. Последовательность процесса обновления подслоя схематически изображена на рис. 1.47. Общая картина течения (рис. 1.47а), представляющая собой как бы развертку событий во времени, поясняется фрагментами (рис. Л7 б-д), соответствующими последовательным стадиям процесса. [c.65]

Фрагменты, возникающие, по всей видимости, вследствие перестройки Т-ДНК в результате неправильного встраивания или при ее последующей перестройке. Перестроенные фрагменты гомологичны как внутренним, так и пограничным областям Т-ДНК, однако их сайты рестрикции могут быть непредсказуемы. [c.315]

Анализ числа пограничных и составных фрагментов можно использовать для определения содержания отдельных вставок Т-ДНК (число вставок) в трансформированной ткани. Копийность (т. е. общая копийность всех типов вставок Т-ДНК в трансформированной ткани) определяют, сравнивая интенсивность внутренних фрагментов с полосами исходной Т-ДНК на радиоавтографах. [c.315]

Для выявления пограничных фрагментов, содержащих участок соединения Т-ДНК и ДНК растения, ДНК следует обработать Hindlll. Образующиеся при этом фрагменты обладают следующими важными свойствами 1) включают в себя повтор-размером 25 п.н. из Т-ДНК, а следовательно, содержат часть пограничного фрагмента, если он встроился в ДНК растения 2) в достаточной степени перекрывают соответствующую пробу ДНК, что при гибридизации обеспечивает сильный сигнал. Принимая во внимание второй пункт, можно оценить гомологию между пробой, содержащей пограничный фрагмент, и пограничным фрагментом, образующимся в результате обработки oRI. [c.319]

С. Л. Киперманом и сотр. [30, 31] предложена кинетическая модель гидрогенолиза я-пентана в присутствии промышленного алюмоплатинового катализатора (атмосферное давление, 420—480 °С). Основной реакцией в изученных условиях является изомеризация н-пентана в изопентан. Предполагают, что гидрогенолиз и дегидрирование протекают на Р1-центрах катализатора, а изомеризация осуществляется путем миграции фрагментов СбНц с активных центров металла на пограничные центры носителя. Медленной стадией в реакции гидрогенолиза является симметричный и асимметричный разрывы С—С-связей поверхностных промежуточных фрагментов состава С5Н11, медленной стадией изомеризации — присоединение одного из атомов водорода к диссоциативно адсорбированному пентану. [c.94]

Бинарный вектор. Другой, более простой и поэтому более часто применяемый метод введения чужеродной ДНК заключается в использовании бинарных векторов. Как уже упоминалось, для заражения и трансформации растительных клеток агробактериям необходима vir-o6-ласть, ответственная за перенос ДНК, и прямые повторы, ограничивающие район Т-ДНК. Более того, угУ-область и пограничные повторы Т-ДНК не обязательно должны находиться в одной плазмиде. Система бинарных векторов основана на том, что в агробактериальной клетке, используемой для трасформации растений, одновременно находятся две плазмиды. Одна содержит область пограничных повторов Т-ДНК, а другая — v/r-область. Обе плазмиды могут независимо реплицироваться в клетках агробактерии, однако, поодиночке не могут приводить к трансформации растений. При этом плазмида, несущая Т-ДНК, содержит в своем составе фрагменты плазмиды Е. соИ (в том числе и точку начала репликации), что позволяет проводить все манипуляции по клонированию в клетках Е. соИ и намного упрощает весь процесс. Аналогично коинтегра-тивному вектору нужный ген (целевой) и ген селективного маркера встраиваются в область Т-ДНК, и затем такая рекомбинантная плазмида вводится в клетки агробактерии, которые уже несут другую плазмиду с угг-областью. В отличие от коинтегративных векторов не происходит гомологичной рекомбинации между двумя плазмидами и их объединения в единую векторную молекулу. Белки, экспрессируемые уг>-генами одной плазмиды, вырезают и встраивают в растительный геном области Т-ДНК с чужеродными генами другой плазмиды. В настоящее время такие бинарные векторы наиболее часто используются для трансформации растительных клеток. [c.56]

Анализ отдельных межатомных связей А1—О в области трех -слойных дефектов свидетельствуют [38], что для атомов алюминия в пограничных металлических монослоях, разделяющих кислородные и азотные слои, данные взаимодействия включают заметный вклад антисвязьшающих состояний в занятую область спектра. Наоборот, ЗПКО А1—О для атомов алюминия, расположенных в вакансионном слое, содержат только связьшающие состояния, что указьшает на их относительную устойчивость. Отсюда, можно предполагать, что локальная структурная перестройка в области дефектных слоев, приводящая в формированию многослойных политипных структур, будет обусловлена послойной анизотропией А1—О связей. Важно подчеркнуть, что, согласно расчетам [38], новых связей кислород—кислород, которым авторы [31, 34] приписьшают основную роль в механизме перестройки трехслойных дефектов во фрагменты фазы вьщеления, не возникает. [c.112]

В серии работ [129—132] полуэмпирический кластерный метод использован при анализе межатомных связей фрагмента (0001) грани корунда со слоем покрывающих ее атомов переходных металлов с целью качественной интерпретации адгезионных характеристик интерфейсов переходный металл/А12О3. Конфигурации фрагментов интерфейсов ([А140,8] 1 -кластер, моделирующий (0001)А120з + 31-атомные кластеры для гцк-№, Си, гпу-8с, Т1, Со или 29-атомные кластеры для оцк-У, Сг, Мп, Ре) приводятся на рис. 6.15. Результатами расчетов являлись энергии связи (в пересчете на атом кислорода пограничного слоя), эффективные заря- [c.141]

Описанная здесь роль боковых стенок (а по сути дела, пограничных слоев) проявляется наиболее отчетливо тогда, когда они сами не оказывают вынуждающего действия на течение. Допустим теперь, что пристеночное вынуждение имеется — например, стенка подогревается, и возле нее существует устойчивый восходящий поток. Тогда пограничные слои будут менее ясно выражены (или даже совсем отсутствовать), а Гранины валов, прилегающих к стенкам, будут более или менее жестко зафиксированы в пространстве. Чем сильнее пристеночное вынуждение, тем в меньшей степени понижена скорость в пограничных слоях и тем меньше течение отличается от фрагмента однородной структуры. Соответственно, тем шире оказывается полоса волновых чисел [275, 277]. При сильном вынуждении ее границы могут достигать границ экхаузовской неустойчивости, найденных для однородных структур. Это означает, что, варьируя силу пограничного вынуждения, можно менять и величину противоселективного эффекта, получая различные промежуточные степени подавления перестройки к оптимальному волновому числу. [c.183]

Во всем приведенном здесь материале ясно видна важная общая закономерность. Естественно считать однородную пространственно-периодическую систему параллельных прямых валов, заполняющих бесконечный слой, течением с наивысшей степенью упорядоченности. Оно обладает широкой полосой устойчивости на оси волновых чисел, и предпочтительное волновое число не может быть выявлено при рассмотрении структур такого типа. Ограниченный фрагмент такой валиковой структуры по сути дела представляет собой образец течения, несколько менее упорядоченного. И по мере сужения области его локализации упорядоченность его становится все меньшей, поскольку уменьшается характерный масштаб неоднородности структуры. При этом валы перестраиваются все лучше, а оптимальный масштаб валиковой конвекции проявляет себя все более отчетливо. Особым видом дефектов валиковых структур можно считать и пограничные слои вблизи боковых стенок. Их присутствие, как мы видели, также ослабляет противоселективный фактор. Придают структуре дополнительные степени свободы и другие дефекты — структурные границы, фокусы и дислокации. Благодаря им структура легче перестраивается к оптимальному волновому числу. Дефекты являются резервами перестраиваемости. Это означает, что чем меньше упорядочена структура, тем больше ее свобода и тем ближе окончательное волновое число (по крайней мере, окончательное волновое число, усредненное по пространственной картине) к предпочтительному. Противоселективный фактор, таким образом, зависит от общей геометрии течения и от степени его упорядоченности. [c.190]

Помимо лентообразной структуры можно представить иную над-атомную организацию углерода. Турбостратные пакеты, а не отдельные слои могут быть теми структурными единицами, которые участвуют в построении структур высшего порядка. Пакеты посредством фрагментов структуры с разными типами связей в иаправле-нии осей с и а связаны между собой различными гибридными формами аморфного углерода и образуют пространственный полимер. В процессе формирования ароматических сеток и их воссоединения в турбостратные пакеты па стадии карбонизации возникают пограничные дефекты, в том числе свободные валентности углерода, к которым присоединяются аморфные цени углерода, связывающие пакеты между собой. Схематически подобная структура углерода показана на рис. 1.4. Аналогичная структурная схема была предложена В. И. Касаточкиным для витрепа. [c.26]

Из теории сублимационной сушки известно, что в контактной зоне между теплоподводящей поверхностью и высушиваемым материалом теплоперенос за счет излучения, сюбодной и вьшужденной конвекции пренебрежимо мал, поэтому контактная теплопередача определяется теплопере-носом через контактные зоны (пятна) и теплопроводностью газовой прослойки. Как следует из структуры контактной зоны, эти два конвективных механизма будут существовать при всех условиях, но соотношение между ними может изменяться. Теплообменная поверхность находится в контакте с пограничными фанулами по пятнам соприкосновения. От других фрагментов поверхности пятна контакта отделены канавками глубиной 1—2 мм. Очевидно, что коэффициент контактной теплоотдачи aJ, для данного замороженного раствора определяется размерами структурных поверхностных элементов отдельных фанул, образованных в процессе замораживания (кристаллизации), состава растюра и природы веществ. При изменении кристаллической сфуктуры сублимирующегося тела будет изменяться и коэффициент контактной теплоотдачи а . [c.164]

Кроме того, надо отметить, что после трансформации растений природной Ti-плазмидой трансформированные клетки не будут способны к регенерации, поскольку в них подавлена дифференцировка за счет активности шести генов Т-ДНК области, кодирующих признаки опухолеобра-зования. Если же последовательности генов, блокирующих дифференци-ровку, вырезать из Т-ДНК, трансформированные клетки обретут способность к регенерации. Поэтому при использовании Ti-плазмид для получения векторных конструкций последовательности генов, ответственных за опухолеобразование и синтез опинов, вырезают, оставляя только фрагменты Т-ДНК, необходимые для ее переноса в растительный геном (прежде всего последовательности левого и правого пограничного повторов). В область Т-ДНК в дальнейшем и встраиваются чужеродные гены, которые желательно ввести в геном растения. [c.54]

В качестве вспомогательного (промежуточного) вектора, в котором проводят клонирование нужного нам гена, используют векторы на основе плазмиды Е. oli, в которые вставляют фрагмент Т-ДНК с пограничными 54 [c.54]

С помощью конъюгации такой промежуточный вектор переносят в клетки специальных штаммов , tumefa iens, содержащих другой вектор, несущий гены, необходимые для интеграции области Т-ДНК в геном растения. Этот вектор имеет значительные размеры и представляет собой фрагмент Ti-плазмиды, несущей уг>-область, пограничные последовательности Т-ДНК и фрагменты плазмиды pBR322, аналогичные промежуточному вектору. После конъюгации происходит рекомбинация между гомологичными участками двух векторов, в результате фрагмент промежуточного вектора, содержащий нужный ген и селективный маркер, переносятся во второй вектор с угг-областью и пограничными последова- [c.55]

Рассмотрим характер изменения профиля средней скорости в пограничном слое двугранного угла в поперечном направлении, полученный по данным эксперимента в условиях безградиентного продольного обтекания. Некоторые результаты показаны на рис, 2.10 в виде зависимости = /(- )> где л — криволинейная координата (см. фрагмент на рисунке), направленная по высоте слоя ортогонально к грани угла и, соответственно, к изотахам U/U = onst, представ- [c.91]

Первое, с чего следует начать при постановке блоттинг-гибридизации по Саузерну,—это решить, с помощью какой рестриктазы (рестриктаз) можно получить требуемую информацию, используя имеющиеся в распоряжении пробы для гибридизации. Например, для точного определения копийности необходимо, чтобы вся ДНК встроенного гена умещалась в одном рестрикционном фрагменте и ее радиоактивный сигнал мог быть сравним с искусственной исходной ДНК. Изучение рестрикционной карты pGV3850 1103 (рис. 6.4) показывает, что в случае гена npt-II этого можно достигнуть с помощью двойного расщепления Hindlll и B oRl, либо используя каждый из ферментов по отдельности. Для всех трех случаев необходимо отметить следующее. Во-первых, прн этом образуется фрагмент, включающий в себя все последовательности, гомологичные ДНК-пробе причем проба гибридизуется только с одной полосой на фильтре, и, во-вторых, эти фрагменты не содержат пограничных последовательностей Т-ДНК, что вызвало бы появление большого числа гибридизующихся полос, если множественные вставки происходят более чем по одному сайту ДНК растения. [c.319]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология