Справочник химика 21

Химия и химическая технология

Статьи Рисунки Таблицы О сайте English

Внутренние фрагменты ДНК

    Фрагменты, содержащие концы вставок перенесенной ДНК и обладающие вследствие этого лишь частичной гомологией с рестрикционным фрагментом векторной плазмиды. По определению пограничные фрагменты содержат ДНК как вектора, так и растения, а их размер зависит от расстояния ближайшего к границе сайта узнавания используемой рестриктазы внутри перенесенной ДНК до первого такого сайта в окружающей ее ДНК растения. Обычно пограничные фрагменты в геле обладают иной подвижностью, чем фрагменты исходной ДНК плазмидного вектора, обработанные той же эндонуклеазой. При одинаковой подвижности, интенсивность полосы будет ниже, чем ожидается для внутреннего фрагмента, поскольку пограничный фрагмент состоит не только из последовательностей ДНК вектора. [c.314]


    Такое чередование последовательностей нарушается только на двух концах кластера в целом, обозначенных на рисунке как фрагменты X и Y. Однако обычно эти фрагменты не обнаруживаются, поскольку каждый из них является уникальным в отличие от множества повторяющихся внутренних фрагментов. К примеру, при наличии 100 копий повторяющейся единицы фрагменты X и У со- [c.289]

    Фрагменты, присутствующие в ДНК трансформированного растения, которые полностью гомологичны фрагментам ДНК плазмидного вектора, получаемым при обработке тон же нуклеазой. Внутренние фрагменты в геле мигрируют аналогично соответствующим фрагментам исходной ДНК плазмидного вектора и при одинаковой копийности дают на радиоавтографе-зоны с такой же интенсивностью. [c.314]

    Анализ числа пограничных и составных фрагментов можно использовать для определения содержания отдельных вставок Т-ДНК (число вставок) в трансформированной ткани. Копийность (т. е. общая копийность всех типов вставок Т-ДНК в трансформированной ткани) определяют, сравнивая интенсивность внутренних фрагментов с полосами исходной Т-ДНК на радиоавтографах. [c.315]

    Отмечают каждую полосу на радиоавтографе, которая обладает той же подвижностью, что и исходная Т-ДНК. Определяют, какому разведению исходной Т-ДНК соответствуют полосы, и вычисляют число копий на гаплоидный геном для каждой из полос. Данные полосы могут оказаться внутренними фрагментами, что должно быть проверено либо путем обработки другими рестриктазами, либо путем получения перекрывающихся проб. [c.315]

    Отмечают на радиоавтографе каждую полосу, которая имеет отличную от исходной Т-ДНК подвижность. Если таких полос несколько и копийность внутренних фрагментов более 1 на геном, то в этом случае полосы, обладающие иной, чем [c.315]

    К интенсивности внутренних фрагментов. Присутствие в полосе составных фрагментов можно выявить, определив, гибридизуются ли они с пробами левого и правого конца или с одной из них. Если полосы гибридизуются с обеими пробами, то это могут быть составные фрагменты, получившиеся при тандемном встраивании. Если они, с другой стороны, гибридизуются только с одной пз проб, то это может оказаться зона, содержащая составные фрагменты, которые образовались при соединении обратных тандемных вставок, либо в этой зоне содержатся перестроенные фрагменты. При возникновении тандемных вставок (прямых или обратных) мол. массу составных фрагментов можно предсказать (рис. [c.316]

    Прежде чем рассмотреть эти механизмы, следует отметить, что молекула олефина поглощает энергию кванта всеми фрагментами, пропорционально их электронной доле. Но для алициклических молекул внутренняя передача энергии между фрагментами сильно затруднена, вследствие чего затруднена передача поглощенной [c.69]

    СПП работает на уровне представления знаний, имея на входе БЗ или ее фрагмент, а на выходе — отбракованные цепочки вывода фактов. Иными словами, ССП на входе имеет набор файлов-от-ношений, а на выходе —те составленные из ПП цепочки вывода, у которых выявились внутренние противоречия. [c.309]


    Приведенные соображения позволяют вычислить вращательную статистическую сумму для активированного комплекса. Однако в связи с большим растяжением образующейся связи следует учесть свободные внутренние вращения в комплексе. Эти вращения появляются при возникновении новой связи взамен одного крутильного и четырех деформационных колебаний (само валентное колебание сйс-с заменяется на движение вдоль координаты реакции). Крутильное колебание переходит в свободное вращение двух фрагментов друг относительно друга вокруг возникшей связи. Статистическая сумма Q B.B.Bp, соответствующая этой степени свободы, определяется (8.14). Атом неона ввиду слабого взаимодействия не участвует в образовании жесткого остова, и внутреннее вращение происходит как бы в отсутствие третьей частицы. Далее предположим четыре вращения фрагментов (радикалов) вокруг собственных осей с дополнительными моментами инерции /< > соответствующие статистические суммы обозначим Q .b.bp Таким образом, полная вращательная сумма может быть представлена в виде [c.131]

    Если, рассматривая молекулу, можно считать, что основные электронные уровни образующих ее атомов сохраняются и смещаются мало, то валентные электронные оболочки меняются при образовании химических связей весьма существенно. Иными словами, если электроны внутренних оболочек относятся в сущности к атомам молекулы и могут быть описаны с помощью аппарата АО, то валентные электроны должны рассматриваться в терминах МО, которые строятся обычно в приближении ЛКАО. Об этом приближении уже неоднократно говорилось выше, а все, что касается важнейших свойств МО, таких, как симметрия, локализация на атомах, связях или фрагментах и локальная симметрия и т. д., одинаково важно при рассмотрении электронных УФ спектров (см. учеб- [c.141]

    Удаление с помощью электрофореза внутренних фрагментов, несущественных для репликащ1и ДНК фага [c.280]

    Примерно десятую часть продуктов реакции амплификации исследуйте при помощи электрофореза в агарозном геле. Во многих случаях получается одна полоса, окрашенная бромистым этидием. Можно даже примерно рассчитать количество амплифицированной ДНК- Обычно при амплификации последовательности длиной 1 т. п. н. из 0,3 мкг геномной ДНК млекопитающих получают 1 мкг амплифицированной последовательности. При амплификации маленького фрагмента ДНК последовательно с двумя парами праймеров (внутренних и внешних) можно получить несколько микрограмм такого внутреннего фрагмента. Иногда в геле обнаруживаются дополнительные полосы, происхождение которых неизвестно. Однако они не мешают анализу специфических фрагментов методом РНКазного расщепления или ДГГЭ. При использовании метода nested oligo такие полосы не появляются. [c.144]

    Поскольку два любых BamHI-конца способны соединяться между собой, то могут возникнуть одинаковые по размеру, но различающиеся по структуре фрагменты, как показано на рис. 5-59 для фрагмента размером 1,3 т.п.н. Обработка популяции фрагментов размером 1,3 т.п.н. рестриктазой E oRI приводит к образованию разнообразных фрагментов с размерами от 0,1 т. п. н. (см. левые концы структур 3 и 4, рис. 5-59) до 1,0 т.п.н. (см. внутренние фрагменты структуры 4, рис. 5-59). [c.309]

    Б. ДНК бактериофага X после рестрикции дает две полосы, поскольку Kpnl расщепляет клонированную ДНК в двух местах, в результате чего образуется один фрагмент размером 6 т.п.н., содержащий один ген U2, и больший по размеру фрагмент (с правой стороны от клона на рис. 10-21), который также несет одну копию гена U2. Дробление любого тандемного повтора приведет к образованию так называемых соединяющих фрагментов из концов областей повторов. В этих экспериментах виден лишь один из соединяющих фрагментов, так как ген U2 используется в качестве зонда. При анализе продуктов рестрикции всего генома соединяющий фрагмент не виден, так как его слишком мало-на один соединяющий фрагмент приходится много внутренних фрагментов. Выявлению соединяющего фрагмента может способствовать более длительная экспозиция радиоавтографа. [c.427]

    Расчет показал также появление частотных ветвей в полизфирах за счет взаимодействия повторяюшерося внутреннего фрагмента, одиако большинство колебаний локализовано внутри мономерного звена [85] [c.23]

    Фрагменты диаграмм, моделирующие граничные условия по веществу и теплу, показаны на рис. 5.11. Диаграммы отражают баланс массы и тепла в приповерхностном погранпчном шаровом слое зерна толщиной Аг. Внутренний и внешний потоки субстанций формируются на 1-структурах с помощью транспортных диаграммных элементов и Т , параметрами которых являются соответствующие проводимости (на рисунках указаны в скобках около элементов). В иограничном слое эти потоки действуют одновременно, что отражается 0-структурой слияния, на которой происходит их алгебраическое суммирование, т. е. [c.229]

    Появление большого числа различных фрагментов часто помогает установить структуру молекулы. Однако даже в этом случае необходимо соблюдать осторожность. Ион, образующийся в ионизационной камере, подвергается многим колебательным процессам эти процессы могут сопровождаться перегруппировками с образованием связей, которых нет в исходном соедиР1снии [см., например, уравнение (16.14)]. Образование новых ионов затрудняет установление химических процессов. которые приводят к появлению в масс-спектре различных пиков. Это в свою очередь создает трудности для выяснения влияния прочности связи или других свойств молекулы на относительные количества образующихся ионных фрагментов. Была предпринята попытка количественно рассмотреть масс-спектрометрическую фрагментацию на основании так называемой квазиравновесной теории [10]. Внутреннюю энергию распределяют по всем возможным осцилляторам и ротаторам молекулы и рассчитывают скорости распада по различным направлениям. Каждому колебательному уровню приписывается весовой фактор или частотный фактор (т.е. энтропийный член). Для молекулы реального размера полный анализ сложен. Вводятся приближения, приводящие [c.322]


    Молекула этана — нежесткая молекула. Огромное большинство молекул квазижесткие, в них амплитуды колебаний ядер пренебрежимо малы в сравнении с межъядерными расстояниями. В так называемых нежестких молекулах величины ядерных смещений велики, происходят периодические внутренние перегруппировки отдельных атомов или фрагментов. Помимо внутреннего вращения к таким пере- [c.105]

    И может быть свободным. Опыт показывает, что при комнатной температуре это движение тормозится. Причина торможения, в основном, — отталкивание, возникающее от перекрывания орбиталей С—Н-связей двух фрагментов СН3 при их поворотах. Если СНз-груп-пы расположены так, как показано на рис. 43,а (шахматная форма), атомы Н максимально удалены друг от друга, их отталкивание минимально (молекула рассматривается вдоль связи С—С). Такое расположение ядер отвечает устойчивой равновесной конфигурации с минимумом потенциальной энергии. При затененной форме расположения (рис. 43, б) атомы И сближены до предела, отталкивание между двумя фрагментами СН3 максимально, и потенциальная энергия достигает наивысшего значения II 1/тах)- Величина Утах называется тормозящим потенциалом внутреннего вращения. Если энергия вращения фрагментов ниже Ушах, они совершают крутильные колебания около положения равновесия. Для молекулы этана тормозящий потенциал составляет всего - 13 кДж/моль и преодолевается легко при повышении температуры. Явление заторможенного внутреннего вращения наблюдается помимо этана в перекиси водорода, в молекулах замещенных углеводородов и многих других молекулах. [c.106]

    Ацилирование химотрипсина метиловыми эфирами а - -ацилзаме-щенных-/,-аминокислот. Характеристикой собственной (внутренней) реакционной способности составного нуклеофила активного центра будем считать константу скорости для некоторой модельной реакции, в которой боковые группы субстрата не принимают участия в сорбции на белке. Для того чтобы найти эту величину, проанализируем, как влияет изменение структуры отдельных субстратных фрагментов на общую скорость образорания ацилфермента  [c.158]

    Расчеты показали, что большая часть энергии, освобождающейся при распаде СНРд, идет на образование возбужденной молекулы НР. Бирадикал Ср2 оказывается практически невозбужденным. Это, по-видимому, связано с тем, что в активированном комплексе СР2 находится в равновесной конфигурации и при его распаде ведет себя практически как изолированная система. Это предположение было проверено следующим образом. Траектории начинались не из точки седла ППЭ, а из близкой к ней точки, в которой фрагмент СР2 оказывается возбужденнь1М. Энергия Ср2 равнялась 10 ккал/моль. Большая часть энергии возбуждения фрагмента СРт оставалась на бирадикале СРу- образовавшемся в результате распада. Фрагмент СР2 возбуждался заданием начальной кинетической энергии внутренних колебаний. При таком задании начальных условий также в результате распада получался возбужденный бирадикал СР2, однако часть начальной энергии возбуждения переходит в кинетическую энергию относительного движения продуктов. [c.122]

    Учет симметрии и внутреннего вращения фрагментов молекулы или радикала неразветвлен-ных алканов может изменить результат в пределах 4,2—12,6 Дж-моль-1-К 1. [c.14]

    Рассмотрим реакцию распада молекулы М на радикалы М-> Я + Н. При переходе из начального состояния в конечное возрастает число поступательных и вращательных степеней свободы и уменьшается число внутренних движений (колебаний и внутренних вращений). В результате увеличения неупор доченных видов движения возрастает энтропия реакции. Можно представить предельный случай, когда происходит максимальное увеличение энтропии в процессе перехода из исходного состояния в активированное. Для этого предположим, что в активированном комплексе фрагменты К и Н, на которые распадается исходная частица М, значительно удалены друг от друга. Последнее соответствует сильному разрыхлению (ослаблению) связи между фрагментами и, следовательно, уменьшению силовых постоянных. В пределе силовые постоянные могут обратиться в нуль. Тогда фрагменты К и К в активированном комплексе можно считать не взаимодействующими и вoбJДHo вращающимися вокруг трех собственных осей, а колебательный спектр активированного комплекса — состоящим из ЗЛ/ — 7—6 частот нормальных колебаний радикалов К и Н.  [c.28]

    Рассмотрим теперь реакцию соединения двух частиц А и В (А + В — АВ). Переход из начального состояния А + В в конечное АВ связан с уменьшением числа неупор дочных движений, так как исчезают 3 поступательных и 3 вращательных движени , которые трансформируются в более упорядочные движения — колебания и внутренние вращения фрагментов продукта АВ. Следовательно, в процессе А -Ь В АВ значительно уменьшится энтропия реакции. Можно предположить предельный случай, когда происходит максимальное снижение энтропии в процессе перехода из исходного состояния в активированное. При таком изменении энтропии геометрические, механические и другие свойства активированного комплекса АВ+ следует считать практически совпадающими с соответствующими свойствами молекулы продукта АВ. Процесс активации будет, очевидно, иметь предельно низкую энтропию активации. Именно такая модель переходного состояния и была ранее названа жесткой моделью активированного комплекса. [c.29]

    При анализе растворов высокомолекулярных соединений в гепловом движегти участвуют не только молекулы как целое, но и фрагменты молекул fSOj. Кроме поступательного и вращательного движений нужно учесть колебания и относительное вращение всех звеньев макромолекулы друг относительно друга. Появляющиеся дополнительные внутренние степени свободы являются причиной отличия поведения растворов высокомолекулярных соединений от обычных растворов. Описание явлений становится существенно более сложным вследствие того, что в больших молекулах устанавливаются связи между их частями. Образуются структуры, пронизанные молекулами растворителя. Такие растворы, являясь молекулярнымя, гораздо ближе по своим свойствам к коллоидным системам, чем к истинным растворам. Вместо одного характерного времени т в случае малых молекул для описания теплового движения макромолекул в растворах используют уже спектр времен п — характерное время, за которое фрагменты макромолекулы смещаются на расстояния порядка радиуса действия мел<молекулярных сил т-2 — время распространения конформационной перестройки по молекуле то — время вращательной корреляции (или характерное время затухания корреляционной функции) и т. д. [81]. Физический смысл величины то в том, что она является средним временем, за которое макромолекула поворачивается на угол 1 радиан за счет теплового движения. [c.44]

    Был также изготовлен и испытан фрагмент бонового ограждения третьего типа (рис. 3.7в) диаметром 300 мм и длиной 2500 мм. Внутренняя оболочка из технической резины толщиной 0,5 мм имела диаметр 250 мм, длину 2400 и была снабжена штуцером с целью подключения к компрессору для заполнения оболочки воздухом. Пространство между проницаемой оболочкой из редкой хлопчатобумажной ткани и резиновой оболочкой заполнялось сорбентом СИНТАПЭКС . [c.110]

    При введении депрессорной присадки т1аблюдается иная картина. Высокомолекулярные вещества, попадая в нефтяную систему за счет собственных взаимодействий, а также стремясь расположиться в пространстве в энергетически наиболее выгодном прямолинейном состоянии, стягивают и сжимают некоторым образом агрегативные комбинации. При этом часть жидкой фазы, иммобилизованной в межчастичном пространстве агрегативных комбинаций, выделяется в объем благодаря эффекту выжимания мокрой губки . Таким образом, в системе появляется дополнительное количество жидкой фазы и формируются более плотные и в то же время аморфные частицы агрегативных комбинаций, некоторым образом обволоченных и в определенном смысле замкнутых присадкой, которая одновременно продолжает существовать в системе в виде прямолинейных и изогнутых молекулярных фрагментов. При понижении температуры такой системы агрегативные комбинации, сближаясь друг с другом за счет усадочных напряжений, взаимодействуют по поверхности периферии, возможно, с некоторым захватом внутренних областей. При этом жидкая фаза в растворе остается в пространстве между отдельными частицами. [c.246]

    Рассмотренные в данной главе модели среднестатистических молекул-относительно грубое приближение к молекулярной структуре нефтяных остатков, карбонизующихся масс, пеков и их групповых компонентов, коксов и углеродных волокон, поскольку реальные системы содержат, кроме углерода и водорода, множество других элементов от микроколичеств до нескольких процентов с соответствующими им химическими внутри- и межмолекулярными связями, структурами молекулярных фрагментов и т.д., состоят не только из нейтральных молекул, ко и из органических и неорганических свободных радикалов, ионов и радикал-ионов. Сотообразные ароматические фрагменты молекул могут быть незавершенными из-за образования внутренних и краевых дырок (см. табл. 1.9), относиться к различным гомологическим рядам и отличаться типом связи меж- [c.59]

    Образование водородной связи фермент — субстрат (пунктир) стабилизирует переходное состояние нуклеофильной атаки, что приводит к ускорению реакции (табл. 7). Соединения I, III и IV (не содержащие а-ациламидного фрагмента) лишь слабо отличаются по относительной реакционной способности их на активном центре фермента (см. примечание к табл. 7). В то же время наличие донора водородной связи в молекуле субстрата (а-ациламидный фрагмент) приводит к ускорению реакции на один (соединения П1 hV) или на два (соединения и II) десятичных порядка. Интересно отметить, что в случае субстратов VI и VII с жесткой (циклической) структурой наблюдаемое ускорение (110 раз) значительно превосходит эффект (16 раз), свойственный соединениям III и V с незакрепленной структурой. Можно полагать, что в последнем случае образование водородной связи фермент — субстрат накладывает более существенные энтропийные ограничения на подвижность (внутренние вращательные степени свободны) субстратной молекулы. Это и должно уменьшить (как уже было сказано) суммарный вклад комплексообразование E-R в ускорение реакции. [c.47]


Смотреть страницы где упоминается термин Внутренние фрагменты ДНК: [c.230]    [c.285]    [c.546]    [c.151]    [c.314]    [c.315]    [c.315]    [c.315]    [c.110]    [c.161]    [c.204]    [c.109]    [c.70]    [c.106]    [c.241]    [c.138]    [c.164]    [c.106]   
Генная инженерия растений Лабораторное руководство (1991) -- [ c.314 ]




ПОИСК







© 2024 chem21.info Реклама на сайте