Метионин расщепление пептиды

Основная проблема, однако, состоит в том, что белковая молекула, состоящая из идентичных субъединиц, будет давать пептидную карту с гораздо меньшим числом фрагментов, чем предсказывает теория на основе только молекулярного веса. С другой стороны, изозим, состоящий из разных полипептидных цепей, может дать пептидную карту с большим числом пептидов, чем ожидается для идентичных полипептидных цепей и с меньшим числом пептидов, чем можно ожидать на основе молекулярного веса всей белковой молекулы, потому что некоторые части разных полипептидных цепей имеют идентичную первичную структуру. Ферментативный гидролиз можно заменить неферментативным расщеплением пептидных связей, например при реакции белка с бромцианом. В этом случае расщепление полипептидных цепей происходит специфически по остаткам метионина [78]. [c.402]

Среди описанных методов химического расщепления наибольшее применение при исследоаании первичной структуры белков находит деградация бромцианом по остаткам метионина. Относительно широко используется расщепление по остаткам триптофана и по связи Asn—Gly. Значительно реже применяют частичный кислотный гидролиз по саязи Asp—Pro и расщепление по остаткам цистеина и тирозина. При расщеплении белков по остаткам метионина, триптофана и цистеина обычно образуются крупные пептидные фрагменты, содержащие в среднем 40 — 80 аминокислотных остаткоа, что связано с низким содержанием этих аминокислот а белках. Более крупные пептиды могут быть получены при расщеплении связей Asn—Gly и Asp—Pro. [c.52]

В среде жидкого аммиака гидрогенолиз может успешно идти даже в присутствии двухвалентной серы (в производных метионина и цистеина), которая обычно отравляет платиновые и пал-л-адиевые катализаторы [9]. Восстановление натрием в жидком аммиаке также эффективно для расщепления карбобензоксипро-изводных [10], но в случае третичной амидной связи, как, например, в пептидах пролина и Л -метиламинокислот, оно протекает только частично. Из-за чувствительности бензиловых эфиров как к 5 1-, так и к 5 2-расщеплению связи 0-алкил, карбобензокси-группа может быть также удалена путем расщепления сильной безводной кислотой. Для этой цели обычно используют раствор бромоводорода в уксусной кислоте [11] и жидкий фтороводород [c.374]

Известно, что пептид состоит из шести аминокислот-аланина, глицина, гистидина, лизина, метионина, триптофана. Однако порядок их расположения в пептидной цепи неизвестен. При химическом расщеплении этого пептида экспериментатору удалось идентифицировать три следующих трипептидных продукта деградации Met-His-Trp, Lys-Ala-Gly и Gly-Met-His. Какова аминокислотная последовательность этого пептида [c.32]

Молекулярная масса и изоэлектрическая точка - характерные параметры белка. Однако в основе точной идентификации белковой молекулы лежит определение аминокислотной последовательности. Уже на первом этапе этого процесса, включающего расщепление белка на мелкие фрагменты, можно получить значительную информацию о данном белке. В настоящее время в продаже имеются протеолитические ферменты и химические реактивы, расщепляющие белки по определенным аминокислотным остаткам (табл. 4-10). Так, фермент трипсин отщепляет остатки лизина и аргинина со стороны карбоксильных групп химический реактив бромистый циан расщепляет пептидные связи, расположенные после остатков метионина. Поскольку такие специфические ферменты и реактивы расщепляют в белковой молекуле ограниченное количество связей, при их воздействии образуется смесь больщих пептидов. Разделив эту смесь методом электрофореза или хроматографии, можно получить пептидную карту, характеризующую исследуемый белок. Такие пептидные карты называют иногда фингерпринтами (отпечатками пальцев) белка (рис. 4-53). [c.219]

Деградация сульфониевых солей метионина в пептидах при кипячении в воде сопровождается расщеплением связи, обраэован- [c.164]

При расщеплении пептида НгК-триптофан-метионин-аспара-гинат-фенилаланин-СОКНг после первого цикла было идентифицировано бмс-триметилсилилпроизводное метилтиогидантоина триптофана, после второго цикла — производные фенилаланина и метионина. Аспарагинат не был обнаружен. Авторы предполагают, что последний, вероятно, циклизуется с С-концевым амидом фенилаланина. [c.34]

При каталитическом гидрировании в органических растворителях (уксусная кислота, спирты, ДМФ и др.) или в водно-органическои фазе с катализаторами (палладиевая чернь, палладий на угле или палладий на сульфате бария) наряду со свободным пептидом получаются не мещающие выделению толуол и диоксид углерода. Окончание выделения СО2 означает одновременно заверщение процесса отщепления. В том случае, если в пептиде присутствуют остатки цистеина или цистина, гидрогенолитического отщепления не происходит, но его можно проводить в присутствии эфирата трифторида бора [59] или 4 г-экв. циклогексиламина [60]. Такие же условия нужно соблюдать и при деблокировании в присутствии метионина. При восстановительном расщеплении натрием в жидком аммиаке [61] наряду с желаемым пептидом образуются 1,2-дифенилэтан и небольщие количества толуола углекислота же связывается в карбонат натрия. При работе по этому методу одновременно с бензилоксикарбонильным остатком отщепляются N-тозильная, N-тритильиая, S- и О-бензильные группы, а метиловые и этиловые эфиры частично переводятся в амиды. В качестве побочных реакций наблюдается частичное разрущение треонина, частичное деметилирование метионина, а также расщепление некоторых пептидных связей, например -Lis-Pro- и - ys-Pro-. [c.103]

Карбоциклопентилоксигруппа [1281 обладает интересными свойствами. Циклопентилхлоругольный эфир [1311—устойчивое соединение, которое легко реагирует с аминокислотами в слабощелочной среде [1281. Карбоциклопентилоксигруппа отщепляется действием бромистого или хлористого водорода в нитрометане [1281 с образованием продуктов расщепления, которые лишены лакри-могенных свойств и не вступают в побочные реакции с пептидами, содержащими метионин [128]. [c.183]

Полипептидные цепи можно избирательно разрушить по остаткам метионина с помощью бромциана. Разумеется, анализ полученной смеси не позволит восстановить последовательность фрагментов в исходной полипептидной цепи. Однако такого рода избирательное расщепление оказывает существенную помощь в изучении первичной структуры. Если определить небольшое число остатков с Ы- и С-концов бромциановых пептидов и если после фер- [c.108]

Наряду с трипсином из яоджелудочной железы выделяют другую сериновую протеиназу — химотрипсин. Используемый для структурных исследований а-кимотрипсин А проявляет максимальную активность в диапазоне pH 7,8 — 9,0. Химотрипсин обладает гораздо более широкой специфичностью, чем трипсин. Фермент преимущественно катализирует гидролиз пелтидиык связей, образо< ванных карбоксильными группами ароматических аминокислот — тирозина, фенилаланина и триптофана. С меньшей скоростью гидролизуются пептидные связи лейцина, метионина, гистидина. Скорость расщепления отдельных связей в белках и пептидах зависит от характера соседних аминокислотных остатков. [c.45]

Рис 10 А экспорт белка через мембрану путем котрансляционной секреции (1 —рибосомы 2 — мембрана 3 — пора в мембране 4 — сигнальная последо вательность 5 — сигнальный пептид 6 — рецептор сигнального пептида 7 — сайт действия сигнальной эндопептидазы 8 — рецептор рибосомы) Б — строение сигнального пептида белка lam В Es hen hia oh (А — гидрофильный сегмент Б — гидрофобный сегмент р сайт расщепления последовательность а лнокислот 1—метионин 2 — изолейцин 3 — треонин 4 — лейцин 5 — аргинин 6 — лизин 7 — аланин 8 — валин 9 — глицин 10 — серии И — глутамин 12 — пролин) С — секреция белка через мембрану (М) по типу петли (1 —NH2 конец 2 — гидрофобный участок СП — сигнальная пептидаза) [c.58]

КО те пептидные связи, в которых карбонильная группа принадлежит остатку метионина (табл. 6-6). Следовательно, если полипептид содержит восемь остатков метионина, то при обработке бромциа-ном обычно образуются девять пептидных фрагментов. Полученные таким способом фрагменты можно разделить методом электрофореза или хроматографии. Каждый из этих коротких пептидов подвергают расщеплению по Эдману, как было описано для стадии 4, и таким путем устанавливают их аминокислотную последовательность. [c.151]

Интересный метод избирательного расщепления пептидных связей по остаткам метионина предложен Гроссом и Уиткопом [71]. Пептид, содержащий метионин, обрабатывают иодацетамидом или бромцианом при этом образуется сульфониевая соль метионина. Под действием теплой воды происходит расщепление пептидной цепи через промежуточную стадию образования иминолактона. [c.132]

При определении аминокислотной последовательности, приведенной на рис. 15.1, начальная фрагментация проводилась действием Br N но остаткам метионина 22, 103 и 301 [42—44]. Взаимное расположение этих фрагментов было определено изучением пептидов, содержащих метионин [21], и было подтверждено сравнением с картой электронной плотности. Последующее расщепление самого большого фрагмента цепи, 104—301, потребовало использования пяти различных протеолитических ферментов [4]. [c.508]

Процесс медленного расщепления белков дрожжей выражается в росте содержания пептидов, побочного продукта расщепления белков. Через 4 года контакта вина с дрожжевым осадком концентрация пептидов становится в два раза выше, чем через 1 год их контакта. Эти побочные продукты затем вступают в реакцию с другими содержащимися в вине соединениями — винно-каменной и яблочной кислотами, спиртом и аминокислотами, в связи с чем концентрация аминокислот в вине в течение нескольких лет медленно меняется. В процессе автолиза происходит постоянное высвобождение аминокислот, сразу же связывающихся с другими соединениями и участвующих в разных химических реакциях. Аминокислоты являются предшественниками (прекурсорами) вкусо-ароматических соединений — высших спиртов, лактонов, полиаминов и эфиров аминокислот, а сами аминокислоты могут иметь сладкий вкус. Крупные молекулы белков и пептидов мог гг связываться с некоторыми обычно летучими соединениями и удерживать их в растворе, сокращая тем самым степень их участия в формировании винного аромата. Отдельные аминокислоты (цистеин и метионин) содержат серу, высвобождаемую при их расщеплении. Аромат выдержанных шампанских вин типичен для серосодержащих соединений и напоминает аромат кофе и обжаренных орехов [19]. [c.191]

В результате расщепления белка или полипептида, каким бы методом оно ни осуществлялось, всегда образуется смесь пептидов. В среднем наиболее короткие пептиды получают при химотрипсиновом гидролизе, а наиболее длинные — при обработке бромистым цианом (так как содержание метионина в большинстве белков очень мало по сравнению с суммарным содержанием крупных гидрофобных аминокислот). При фракционировании смесей пептидов наилучшие результаты дает метод ионообменной хроматографии на колонках. Если для разделения используют смолу дауэкс I или другую, сходную смолу основного характера, а для элюции — ниридин-ацетатный буфер с постепенно понижающимся значением pH (8—3), то первыми с колонки выходят основные пептиды наиболее кислые выходят последними (фиг. 12). Обратный порядок элюции имеет место при [c.72]

Метионин. Об использовании метионина в твердофазном синтезе без защиты тиоэфирной группы пока имеется единственное сообщение [74]. Чтобы предотвратить превращение метионина в бензилсульфоние-вое производное при расщеплении, необходимо применять на этой стадии специальное защитное вещество, однако этот подход не всегда приводит к успеху [42]. Восстановление других защитных групп в метионинсодержащих пептидах может оказаться также затруднительным. Так, в метиониллизилбрадикинине удалось восстановить нитроаргинин до аргинина [74], однако в других синтезах это вызвало затруднения [69]. Что же касается обработки натрием в жидком [c.57]

Нейраминидаза. NA расположена в вирусной мембране иначе, чем НА. Не п исходит ни посттрансляционного расщепления полипептида NA, ни отщеплев сигнального пептида, и даже остается инициирующий процесс метионин. Не п исходит каких-либо процессов и на С-конце молекулы NA. С-терминальная после, вательность — Мет-Про-Иле — предсказанная из последовательности гена, интакт в молекулах NA, выделенных из вируса, и в отщепленных проназой головках > За последовательностью шести полярных аминокислот на N-конце полипептида > которая полностью сохраняется по крайней мере в восьми различных подтипах > следует последовательность гидрофобных аминокислот, которые, вероятно, пр ставляют собой участок ножки NA, ответственный за прикрепление к мембра Эта последовательность не сохраняется для подтипов (в отличие от сохранев гидрофобности). Проназа отщепляет полипептид в указанных положениях, отдел ножку и отщепляя активную энзиматически и антигенно головку NA, которая отдельных случаях может быть кристаллизирована. [c.128]

Потребность в методиках получения крупных фрагментов стимулирует все больший интерес к развитию специфических методов расщепления. В настоящей главе обсуждаются главным образом те методы, которые проверены на практике и нашли практическое применение. Наряду с хорошо известными методами расщепления по метионину, триптофану, тирозину и цистеипу в данной главе рассматриваются также частичный кислотный гидролиз и восстановительное и окислительное расщепление по остаткам цистина. Литература по химической фрагментации пептидов и белков хорошо известна, поэтому авторы не ставили перед собой задачу охватить все аспекты проблемы. Читатель, проявляющий более глубокий интерес к этой тематике, может найти разнообразную информацию в обстоятельных обзорах [4, 74, 78, 81, 83, 181, 209]. [c.83]

Расщепить пептиды по остатку метионина можно с помон ью агентов, алкилирующих тиоэфирную группу по механизму реакции, аналогичному расщеплению бромоцианом. Наиболее эффективным реагентом оказался иодоацетамид [109, ПО]. При обработке апокаталазы этиленимином идет реакция присоединения по тиоэфирной группе метионина с образованием амино-этилсульфониевой соли с последующим расщеплением пептидной связи [166]. В сочетании с методом диагонального электрофореза эту реакцию применяли для идентификации и выделения пептидов, содержащих остатки метионина [187, 188]. [c.101]

На модельных пептидах показано, что расщепление по метионину идет с высоким выходом под действием фтороводорода [112, 133]. Реакция сопровождается Ы->-0-ацильной миграцией по остаткам серина и треонина (разд. 2.3.2). Из-за этой побочной реакции метод расщепления с помощью HF не находит применения в химии белка. [c.101]

Расщепление пептидной связи по аминогруппе триптофана можно также объяснить 1—6-взаимодействием по аналогии с механизмом реакции бромоциана с метионином без расщепле-ПИЯ пептидной связи [22] (разд. 2.4.1). В случае метионина образуется производное 0-аминоацилгомосерина, которое, по-видимому, устойчиво в водной среде (например, в 70%-ной муравьиной кислоте). В случае триптофансодержащих пептидов идет образование соответствующего 0-аминоацильного произ- [c.105]

В двухстадийной схеме анализа для получения крупных фрагментов белка используют либо химические методы расщепления (табл. 10.2) по таким сравнительно редко встречающимся в полипептидной цепи аминокислотам, как триптофан, метионин, цистеин, либо ограниченный протеолиз нативного белка [36, 40, 51, 52]. Повторная фрагментация каждого из образовавшихся крупных пептидов приводит к образованию значительно меньшего числа компонентов, чем в случае целой [c.344]

Проблема внутриклеточной стабильности рекомбинантных белков больше связана с деградацией небольших пептидов, поскольку крупные нативные белки более стабильны в бактериальных клетках. Один из подходов, позволяющих стабилизировать короткие чужеродные пептиды в клетках Е. соН, - включение требуемого пептида в состав гибридного белка. В этом случае последовательность нуклеотидов, кодирующую гибридный белок, соединяют в составе экспрессирующего вектора в одной рамке считывания с бактериальным геном, кодирующим белок (например, геном -галактозидазы). Образующийся в результате экспрессии такого рекомбинантного гена гибридный белок в своем составе содержит в N- или С-концевой части требуемый пептид, защищенный основным белком-носителем от протеолитической деградации. Для отделения пептида от белка-носителя их соединяют друг с другом последовательностью аминокислот, по которой можно провести специфическое расщепление полипептидной цепи. В том случае, если пептиды не содержат метионина, соединение белка-носителя и пептида осуществляют через эту аминокислоту, и отщепление пептида производят с помощью бромистого циана. Такой подход был использован, например для получения рекомбинантного соматостатина, а также А- и В-цепей инсулина. [c.117]

Через два года группа американских ученых осуществила синтез второго искусственного гена пептидного гормона — соматостатина (рис. 1.41). Кодоны, соответствующие каждой аминокислоте, были выбраны исходя из первичной структуры пептида не произвольным образом, а с учетом частоты их встречаемости в геноме фага М82. Синтезированный дуплекс содержал на 5 -конце кодирующей цепи триплет метионина (для направленного расщепления полипептида в этой точке после трансляции) и имел последовательности, соответствующие липким концам, образуемым рестриктазами ЕсоШ и ВатШ. Ген соматостатина был введен в специально сконструированную плазмиду в участок гена б-галактозидазы. Таким об- [c.62]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология