Числа аффинности

Полученные так суммарные препараты нуклеиновых кислот фракционируют далее, используя более тонкие методы, такие, как хроматография, в том числе аффинная, фильтрация через гели агарозы и сефарозы, распределение в двухфазных полимерных системах, ультрацентрифугирование, электрофорез и др. Большинство этих методов рассмотрено в гл. II и при работе с нуклеиновыми кислотами отличается лишь в деталях. В итоге получают препараты индивидуальных нуклеиновых кислот. [c.190]

Величина Е называется характеристической энергией адсорбции. Отношение характеристических энергий для двух адсорбатов также равно коэффициенту аффинности. Показатель степени п выражается целыми числами от 1 до 6 в зависимости от структуры адсорбента. Степень заполнения адсорбента можно представить как отношение величины адсорбции А к максимальной адсорбции Ло, или как отношение заполненного объема V к предельному объему адсорбционного пространства Vo- Тогда из уравнения (111.77) получим [c.142]

Тем не менее, используя формулу (26), где т = 7 — число сайтов в активном центре, К — константа ассоциации субстрата с активным центром фермента на всем его протяжении (непосредственно связанная с суммарной аффинностью всех сайтов активного центра, см выражение 27), Хироми с сотр. в работе [7] рассчитали, что //<= (1,2 0,2) 10-3 При этом они не нашли объяснения дальнейшему уменьшению величины Кт с ростом длины субстрата выше Gy (см. табл. 6) и просто назвали данное явление [c.49]

Автор данной книги весьма скептически оценивает приложения статистической ферментативной кинетики к анализу экспериментальных данных по деструкции полимерных субстратов на базе представлений о характеристических аффинностях индивидуальных сайтов активного центра, или об аддитивности сродства индивидуальных сайтов к мономерным остаткам субстрата. Возможно, этот скептицизм обусловлен определенной приверженностью автора к классической ферментативной кинетике, где четкий математический аппарат, играя лишь вспомогательную роль, не заслоняет красоту логических построений, направленных на выявление все новых кинетических особенностей игры фермента и субстрата. Но дело скорее не в этом, а в том, что постулат о неизменности показателей сродства сайтов, независимо от того, заняты или нет соседние связывающие участки, и независимо от строения (степени полимеризации) субстрата в корне противоречит современным представлениям о динамической структуре фермента и его активного центра. Вообще деление активного центра на определенное и жестко фиксированное число сайтов, тем более с постоянным сродством, не согласуется с обилием данных в современной физико-химической энзимологии о флуктуирующей структуре активного центра, о тонких механизмах регуляции активности и субстратной [c.106]

В заключение следует отметить, что аффинные методы разделения в ряде случаев оказываются более эффективными для решения задач, в принципе доступных традиционным методам, поскольку позволяют уменьшить число стадий, а в отдельных случаях провести выделение необходимого компонента в одну стадию. [c.248]

Это простое аффинное преобразование, которое может быть проведено после расчета каждой ступени экстрагирования, позволяет свести до минимума число итераций при прямом интервальном расчете процесса. [c.145]

I — теоретическая кривая при учете аффинности 2—4 — экспериментальные кривые. Сетка образована в результате реакции живых полистирольных дианионов с дивинилбензолом, причем число молекул дивинилбензола (на одну анионную концевую группу) равно 3(2), 6 (3) и 10 4) [c.97]

Пусть iVo — общее число звеньев цепи в сетке, тогда = v/No. Таким образом, сетку можно характеризовать числом единичных цепей и функцией распределения из векторов в пространстве. При деформации сетки эта функция распределения изменяется так же, как и макроскопические размеры сетки, и происходит аффинное преобразование координат сшивок. Кроме того, предполагается, что конформация индивидуальных цепей подчиняется гауссовской статистике. [c.154]

Исследование и применение биологически активных природных веществ, и прежде всего ферментов, ограничены значительными трудностями, которые сопровождают их выделение. Поскольку подобные вещества встречаются в природном сырье, как правило, в смеси с очень многими похожими на них соединениями и, кроме того, в очень низких концентрациях, метод их выделения с использованием аффинной хроматографии, основанной на образовании выделяемыми веществами специфических комплексов, является очень прогрессивным. По этой причине число работ, в которых применяется этот метод, быстро увеличивается. [c.7]

Поэтому я очень рада выходу книги на русском языке, что, как я надеюсь, в значительной мере увеличит число поклонников метода аффинной хроматографии, которым я бы хотела пожелать больших успехов в дальнейшем при применении и развитии этого действительно очень перспективного метода. [c.7]

Носители должны обладать достаточным числом химических групп, которые могут быть активированы или модифицированы таким образом, чтобы приобрести способность связывать аффинные лиганды. Емкость специфического сорбента, приготовленного присоединением аффинного лиганда к нерастворимому носителю, зависит от числа этих групп. Активация или модификация должны происходить в условиях, которые не изменяют структуру но [c.176]

Эти соображения в определенно степен сохраняют свою силу и при использовании низкомолекулярных лигандов, если в ходе аффинной хроматографии на них будут сорбироваться белки. Разумеется, ситуация здесь лучше, так как на поверхности белка может быть лишь небольшое число аффинных центров связывания, а действующие здесь силы уступают ковалентным связям, поэтому денатурации белка при посадке на аффинный сорбент опасаться не приходится (мы сейчас оставляем в стороне возможность связыва- [c.386]

В числе аффинных сорбентов, выпускаемых той и е фирмой, есть еще один, предназначенный также для ковалентной хроматографии. В отличие от всех предыдущих он па конце довольно длинного спейсера несет атом ртути, охотно связывающий меркаптосоедюшния. Такой сорбент мончно использовать, например, для выделения из смеси пептидов, содержащих цистеин [c.397]

Взаимодействия возрастают и при очень больших деформациях вследствие их аффинности и соответственно уменьшения поперечника образца при сохранении среднего числа, цепей, проходящих через этот поперечник (число цепей, проходящих через единичное сечение, возрастает). С этим связано явление нерва , наблюдающееся как у кристаллизующихся, так и у некристаллизующихся каучуков. К этому эффекту, обусловленному не только обеднением конформационного набора, но и кристаллизацией или образованием нематической фазы, мы еще вернемся в гл. VI. [c.160]

Отправные положения концепции картирования активных центров деполимераз, развитой Тома [1, 2] и впоследствии совместно с Алленом [3—5] независимо от Хироми, в целом согласуются с концепцией последнего. Предполагается, что а) мономерные остатки поли- или олигомерного субстрата, удаленные от его реакционного центра, могут взаимодействовать с активным центром фермента б) сорбционная область активного центра состоит из определенного числа сайтов, геометрически комплементарных мономерным звеньям субстрата в) каталитический участок фермента расположен между двумя определенными сайтами активного центра. Картирование активного центра заключается в экспериментальном определении числа сайтов связывающей области активного центра фермента, вычислении показателей сродства или аффинности каждого сайта по отношению к мономерным остаткам биополимера (обьппю гомополисахарида) и определении положения каталитического участка в активном центре. [c.62]

Поэтому мы начнем изложение с краткой характеристикп используемых в настоящее время компонентов аффинных сорбентов матриц, лигандов и спейсеров. Одновременно рассмотрим способы соединения их между собой, ограничившись только теми немногими пз большого числа вариантов, испробованных и описанных в прошлом десятилетии, которые выдержали проверку временем. Впрочем, к ним имеет смысл добавить два-три только что предложенных способа, обещающих какие-то новые преимущества. Затем можно будет проанализировать более подробно параметры и характерные особенности процесса аффинной хроматографии и на основании этого анализа сформулировать некоторые рекомендации по практической постановке эксперимента. [c.342]

Из числа известных лектинов в аффинной хроматографии чаще других используется конканавалин А ( Сои А ), получаемый из бобов [c.363]

Менее удобна система обозначений, принятая фирмой Bio-Rad . Все ее аффинные сорбенты носят наименование Affi-Gel , а лиганд зашифрован в большинстве случаев цифрой. Для удобства читателей, не имеющих под рукой каталога фирмы Bio-Rad , расшифруем здесь эти цифры, тем более что число сорбентов, выпускаемых фирмой, невелико, а по структуре они в большинстве случаев отличаются от сорбентов, поставляемых другими фирмами. [c.398]

Для иллюстрации изложенных в предыдущем разделе обш их соображений и возможностей использования различных аффинных сорбентов рассмотрим определенное число примеров, отобранных из периодической научной литературы последних трех лет. Большая их часть относится к очистке ферментов клеточного метаболизма (и отдельно — белков, регулирующ,их активность нуклеиновых кислот). Далее будут приведены примеры аффинного фракционирования и очистки самих нуклеиновых кислот, в том числе на иммуносорбентах. Основное внимание уделим более простому и универсальному методу — неспецифической элюции, однако био-снецифическая аффинная элюция белков тоже будет представлена несколькими типичными примерами. Рассмотрение начнем с использования сорбентов с индивидуальной специфичностью, ограничившись здесь тремя примерами, поскольку нет смысла пытаться сколько-нибудь полно иллюстрировать бесчисленное разнообразие возможных сорбентов этого типа. Аффинная хроматография белков клеточного метаболизма на сорбентах с групповой специфичностью будет иллюстрирована подробнее, а затем последуют два примера использования ковалентной хроматографии. [c.412]

Предэкспоненциальный член в уравнении (2.93) выражает предельную величину адсорбции при температуре Т , не обязательно совпадаюш ей с аналогичной температурой для стандартного пара. Для некоторых микропористых адсорбентов, например углеродных, коэффициент аффиности может быть вычислен по физическим константам рассматриваемого адсорбтива и стандартного вещества. В таком случае переход от уравнения (2.92) к более общему уравнению (2.93) не сопровождается увеличением числа определяемых из опытов констант. Их по-прежнему остается две а и "о, считая экспоненту п известной. [c.70]

Бензол не может быть использован в качестве стандартного пара при описании равновесного состояния на цеолитах его молекулы не проникают в адсорбционные полости значительного числа цеолитов, а энергия взаимодействия с цеолитами, имеющими крупные входные окна, характеризуются наличием большой специфической составляющей, причем последняя не постоянна для разных типов цеолитов. В связи с этим обычно в технической адсорбции в качестве стандартного пара используют азот. Значения коэффициентов аффинности основных комионен- [c.72]

Хроматографические методы, в которых разделение компонентов смеси основано на различии в размерах, форме или суммарном заряде молекул, часто недостаточно эффективны для разделения смесей белков. В таких случаях может оказаться полезной аффинная хроматография [48]. Успех метода зависит от того, удастся ли найти вещество, которое будет специфически взаимодействовать с подлежащим очистке белком. Для фермента таким веществом может быть конкурентный ингибитор катализируемой этим ферментом реакции, а для участвующего в гормональной регуляции белка-рецептора — соответствующий гормон. Это вещество связывают с подходящим нерастворимым гидрофильным носителем, и полученный материал используют при хроматографии как стационарную фазу. Вещества такого типа часто сами оказываются большими природными макромолекулами, и приемы, используемые для соединения их с носителями, сходны с методами приготовления иммобилизованных ферментов [см. разд. 27.4.2 (5)]. Реакции, с помощью которых белки, содержащие аминогруппы или фенольные группировки, могут быть связаны с носителем на основе сшитого полиакриламида, содержащего некоторое число гидразидных или 4-аминоанилидных остатков (схемы 30, 31 Б — остаток белка). Хорошие результаты получены в тех случаях, [c.322]

Число рецепторов в клетке не является постоянным и может измерыться в соответствии с метаболическими потребностями клетки. Синтез рецепторов и их сродство (аффинность) к соответствующему гормону регулируются на уровне генома, а также на стадиях созревания и транспорта белка-рецептора. [c.134]

Аффинная хроматография позволяет сократить число операций. Об эффективности этого метода свидетельствует 4000-кратная очистка дигидрофолатредуктазы из кожи млекопитающих, достигнутая всего за одну стадию [56]. [c.16]

Агарозные гранулированные гели применяют для выделения и фракционирования очень крупных молекул, в том числе вирусов, бактериофагов, субклеточных частиц (например рибосом), белков, нуклеопротеидов, нуклеиновых кислот, полисахаридов, Ог других мягких гелей агарозы отличает болёе широкие интервалы фракционирования. Агарозы используют также в качестве носителей иоспецифических сррбентов для аффинной хроматографии (см. разд. 120), [c.62]

Групповой БСС с аффинностью к большому числу ферментов (киназ, дегидрогеназ, трансфераз, редуктаз, мутаз) и других белков. Образован иммобилизацией на поперечносшитом агарозном геле красителя iba ron Blue F3G-A, содержащего полициклические хромофоры и первичные, вторичные и третичные [c.227]

Несмотря на значительное число статей [6, 8, 10, 12—14], в которых эмпирически трактуется большинство варьирующих факторов, влияющих на результаты аффинной хроматографии, теоретические рекохмендации, основанные на физико-химических свойствах и закономерностях, очень редки. Наиболее конструктивна разработка Грейвсом и Ву [3] простых кинетических и равновесных моделей аффинной сорбции и десорбции. Анализировалась в отдельности адсорбционная и десорбционная фазы аффинной хроматографии, но в каждой фазе рассматривались в первую очередь ограничения, основанные на равновесных закономерностях, и не принимались во внимание кинетические процессы (диффузия и реакция). [c.20]

Аффинные лиганды можно присоединять к волокнам также посредством специальных связей, что позволяет освобождать клетки путем химического или ферментативного расщепления этих связей. На рис. 6.17 показано овязьшание эритроцитов и тимоцитов на различных волокнах в зависимости от числа молекул кон-канавали на А на 1 см найлонового волокна. [c.137]

Количество связанного аффинного лиганда зависит от содержания его в реакиионн.ой смеси и объема геля, pH реакции, природы присоединяемого лиганда (числа реакционных групп и т. п.), а также от времени реакции и температуры. Например, при присоединении химотрипсина к 2 мл активированной бромцианом сефарозы при pH 8 из 10 мг присутствующего белка присоединяется только 5 мг, из 20 мг— 8 мг, а нз 30 мг— 10 мг. При комнатной температуре (20—25 °С) присоединение обычно заканчивается за 2 ч, в то время как при более низких температурах рекомендуется оставлять реакционную смесь на ночь. Реакционную смесь следует перемешивать, однако не рекомендуется использовать магнитную мешалку, так как это может привести к механической деструкции геля. [c.190]

Из работы Нишикавы и Бэйлона [49] следует важный вывод, касающийся этого метода и заключающийся в необходимости поддержания температуры между 4 и 10°С во время реакции активации бромцианом, в то время как реакция связывания аффинного лиганда может проводиться при комнатной температуре. В ряде гелей е-аминокапроновую кислоту связывали в различных условиях и определяли ее количество титрованием или по содержанию азота. Во всех случаях при действии бромциана включалось больше азота, чем можно было бы ожидать из содержания связанной е-аминокапроновой кислоты, определенной титрованием включение превышало расчет в отношении от 3 1 до 9 1. Превышение включения азота против расчетного возрастало с увеличением температуры активации (при 2°С оно составляло 3,3 раза, при 4°С—4,9 раза, а при 20°С—8,3 раза). Поскольку при 2 °С активация протекает очень медленно, такие условия нельзя использовать на практике. При 10 °С наилучшим образом сочетаются достаточно высокая скорость активации и минимальное число побочных процессов. Побочные реакции, сопровождаемые повышением содержания азота в препаратах иммобилизованных лигандов, являются одним из источников катионных групп, которые приводят к неспецифической сорбции. Этот вопрос детально обсуждается в разд. 10.3. Лоу и Дни [41] отмечали, что активированные гели содержат хотя и в небольших, но существенных количествах бром, что можно объяснить присутствием в препаратах бромциана трибромтриазина, который может участвовать в реакции связывания. [c.194]

Производные полиакрилгидразид-сефарозы ведут себя как идеальные нерастворимые носители для аффинной хроматографии. Они сохраняют свойства сефарозы, в особенности минимальное неспецифическое взаимодействие с белками, хорошие фильтрующие свойства и высокую пористость. Кроме того, они механически и химически устойчивы. Эти производные обладают также преимуществами акриламидных гелей. При нейтральных pH они не несут заряда и содержат большое число групп, способных модифицироваться. [c.216]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология