Концевые группы пептидных цепей

Концевые группы пептидных цепей [4] [c.122]

В изолированных рибосомах гороха для переноса аминокислот от соединения аминокислота — s-PHK к месту образования пептидной связи необходимо присутствие двухвалентного катиона, ГТФ, глутатиона и неисследованного фермента, который экстрагируется из рибосом. Имеются данные, что активированная аминокислота переносится к N-концевой группе полипептидных цепей. [c.485]

Удивительно простая идея этого нового метода синтеза состоит в том, что аминокислота закрепляется через свою карбоксильную группу на нерастворимом легко фильтруемом полимере, и затем пептидная цепь постепенно наращивается с С-конца. Для этой цели К-замещенные аминокислоты вводят в реакцию с реакционноспособными группами полимерной смолы. С аминокислоты, ковалентно соединенной с полимерной частицей, удаляется Ы-защитная группа, и полученный аминоацильный полимер реагирует со следующей Ы-защищенной аминокислотой. Пептидная цепь ступенчато наращивается на полимерной матрице. На последней стадии синтеза Меррифилда расщепляется ковалентная связь между С-концевой аминокислотой построенной полипептидной цепи и якорной группировкой полимерного носителя. Нерастворимый носитель может быть отделен от находящегося в растворе полипептида простым фильтрованием. Решающее преимущество метода Меррифилда состоит в том, что избегают трудоемких и требующих много времени операций по очистке промежуточных продуктов. Ценный продукт реакции все время остается прикрепленным к полимерному носителю, в то время как избытки реагентов и побочные продукты удаляются фильтрованием. Простота эксперимента и возможность автоматизации привели сначала даже к мнению, что благодаря этой новой синтетической концепции будет, наконец, решена проблема химического синтеза ферментов и других белков. Однако после подробного изучения и интенсивной разработки этой новой техники синтеза были выявлены серьезные лимитирующие факторы, которые впоследствии привели к реалистической Оценке этого метода. Конечно, сведение трудных стадий высаживания и очистки при обычных методах в растворе к простому процессу фильтрования в твердофазном синтезе уже означает неоспоримое преимущество. [c.179]

Полипептидные цепи состоят из аминокислот, соединенных между собой пептидными связями, т. е. связями между а-ами-ногруппами и а-карбоксильными группами. Существуют открытые, циклические й разветвленные полипептидные цепи. Как правило, открытые полипептидные цепи имеют на од ном. конце свободную а-аминогруппу, а на другом свободную а-карбоксильную группу, которые могут быть обнаружены различными методами определения концевых групп [114, 277, 320]. В разветвленной полипептидной цепи одна из групп в зависимости от характера разветвления может отсутствовать. Большая часть белков представляет собой соединения с открытой цепью [265, 277]. [c.167]

Определение концевых групп заключается в идентификации аминокислотных остатков на концах пептидной цепи. Применяемая методика основана на том, что остатки на концах цепи отличаются по свойствам от всех остальных звеньев и друг от друга один (N-концевой остаток) содержит свободную аминогруппу, а другой (С-концевой остаток) — свободную карбоксильную группу в а-положении к пептидной связи. [c.1048]

Последовательность мономеров в пептидных и олигосахаридных цепях. Для определения этой последовательности используются два пути— изучение последовательности мономеров в выделенных после глубокой деструкции фрагментах гликопротеинов и установление строения концевых групп гликопротеина. Нужно при этом иметь в виду, что общие методы, используемые при анализе структуры полисахаридов, — метилирование и периодатное окисление (см. гл. 19) в применении к самому гликопротеину могут дать пока крайне ограниченную информацию. Дело в том, что метилирование гликопротеинов, видимо из-за особенностей их вторичной структуры, с большим трудом проходит до конца и чаще всего [c.573]

Рассмотрим оценки, сделанные опытным проявлениям молекулярных свойств ангиотензина II и попытаемся составить общее представление о характерных особенностях структурной организации гормона, а затем qpasHHTb его с представлением, следующим из теоретического анализа. Противоречивыми оказались первые же исследования структуры ангиотензина II методом диализа на тонких пленках. В одних работах [33, 34] сделан вывод о том, что молекула гормона в растворе имеет одну компактную форму, а в другой [8] предположено наличие конформационного равновесия двух форм. Не менее противоречивы выводы разных авторов из кинетических данных по изотопному замещению протона в водородных связях ангиотензина II. Г. Шерага и соавт. [15] отмечают одинаковую скорость обмена всех амидных протонов и делают вывод о том, что конформационное состояние гормона отвечает статистическому клубку. Р. Ленкинский и соавт. [35] отмечают аномально низкую скорость обмена амидного протона His , а М. Принтц и соавт. [24, 36] выделяют по этой же причине остатка VaP и VaP. В работе [25] амидные протоны разделены по скорости обмена на три группы, причем к группе с наибольшими скоростями отнесены протоны Asp и Arg . В классификации, предложенной Г. Маршаллом [37], все обменивающиеся протоны разделены на четыре группы. К одной группе отнесены амидные протоны всех остатков ангиотензина II, за исключением Asp и Phe , имеющие, согласно сообщению [37], одинаковую скорость обмена. По значениям констант диссоциации ионогенных групп гормона, полученных потенциометрическим титрованием [9] и с помощью спектров ЯМР и КД [38], сделан вывод о сближенности N- и С-концевых групп пептидной цепи, допускающей их взаимодействие. Расстояние между группами значительно меньше соответствующего расстояния в случае пребывания ангиотензина в состоянии статистического клубка. В работе [38], кроме того, предположено, что все ионогенные группы доступны растворителю, а имидазольное кольцо остатка [c.279]

В этом уравнении указана только концевая часть пептидной цепи. Карбоксипепти-даза атакует только амидную группу иа конце цепи. Однако ее активность не зависит от природы боковых цепей К и К. Карбоксипептидазы катализируют гидролиз пептидов, но не обладают никакой активностью в гидролизе жиров последнюю реакцию катализирует совершенно другая группа ферментов. Присущая ферментам высокая степень специфичности необходима для того, чтобы все реакции, протекающие в сложных организмах, были в определенной мере независимы друг от друга. [c.451]

Представление о существовании ферментов, обусловливающих образование специфических белков, как уже указывалось, не подтверждено никакими экспериментальными данными однако в настоящее время мы не располагаем и такими экспериментальными данными, которые позволили бы окончательно его отвергнуть. Главное теоретическое возражение против этого утверждения состоит в том, что его вряд ли можно согласовать с современными физико-химическими представлениями о сущности катализа. Невозможно представить себе катализатор, который обусловливал бы синтез специфических пептидных цепей, соединяя аминокислоты в строго определенном порядке. Действие всех известных катализаторов и ферментов ограничено в каждый данный момент влиянием на одну определенную молекулярную группировку. После однократного выполнения своей функции фермент может повторно оказывать то же самое действие. Невозможно, однако, представить себе фермент, который катализировал бы, например, процесс присоединения тирозина к концевой аминной группе пептидной цепи, а затем способствовал бы присоединению аланина, глутаминовой кислоты, цистеина и других аминокислот. Все имеющиеся в нашем распоряжении данные о действии ферментов свидетельствуют о том, что фермент избирательно катализирует одну какую-либо реакцию и что характер его действия не меняется. [c.414]

Карбоксильные группы. Свободные карбоксильные группы (ш-карб-оксильные группы аспарагиновой и глутаминовой кислот и концевые а-карбоксильные группы пептидных цепей фермента) играют существенную роль в ферментативном катализе. Они участвуют в создании и поддержании макроструктуры нативного фермента, вступая в ионное взаимодействие с основными группировками, а также образуя водородные, а возможно, амидные и сложноэфирные связи. [c.209]

Групповой специфичностью обладают, например, а-аминоацилпеп-тид—гидролазы (карбоксипептидазы), которые расщепляют в белках и пептидах пептидные связи, находящиеся рядом со свободной карбоксильной группой, и, следовательно, действуют на С-концевые группировки пептидной цепи. В общем виде действие карбоксипептидазы может быть выражено следующим уравнением [c.222]

ЧТО В молекуле фермента при взаимодействии с бромуксусной кислотой алкилируется один из гистидиновых остатков. Однако было известно, что молекула рибонуклеазы содержит четыре гистидиновых звена. При использовании меченой бромуксусной кислоты с последующим окислением и расщеплением алкилированного фермента на четыре крупных полипептидных осколка, которые были разделены методами электрофореза и хроматографии, был выделен пептид, содержащий меченую карбо-ксиметильную группу. В результате оказалось, что бромуксусная кислота алкилирует гистидиновое звено, расположенное в непосредственной близости к С-концевому остатку пептидной цепи фермента. Приведенный пример характерен тем, что показывает, какие результаты могут быть достигнуты при использовании в качестве модельных соединений ферментов, состав и последовательность аминокислот в молекулах которых известны, с привлечением меченых реагентов и наиболее современных и точных из известных методов разделения и идентификации пептидов. [c.338]

N-Koнцe вoй лизин дает а,е- бис-динитрофенильиое производное лизин, расположенный в середине цепи или на С-конце, дает е-моноди-нитрофенильное производное. Фенольная группа тирозина и имино-группа гистидина также реагируют с динитрофторбензолом, но образующиеся производные расщепляются в условиях кислотного гидролиза пептидной связи. Для определения последовательности аминокислот белок подвергают частичному гидролизу и определяют строение образовавшихся ди- и трипептидов анализом концевых групп. Если в гидролизате охарактеризованы все возможные дипептиды, то последовательность аминокислот в белке может быть однозначно определена без дальнейшего анализа концевых групп. [c.690]

Наличие избыточного отрицательного заряда на кислороде пептидной группы и положительного на азоте приводит к тому, что пептидные группировки очень легко образуют водородные овязи. Водородные связи образуют также концевые амино- и кар бокоильные группы и аналогичные группы боковых цепей. [c.538]

В соке поджелудочной железы помимо трипсиногена и химотрипси-ногена содержатся другие зимогены, которые превращаются в ферменты, отщепляющие аминокислоты от концов пептидных цепей (экзопептидазы) и в отличие от эндопептидаз — трипсина н химотрипсина — не способные расщеплять пептидные связи, находящиеся внутри полипептидной цепи. Карбоксипептидазы атакуют только С-концевые группы, отщепляя последовательно по одной аминокислоте, что делает ее ценным [c.115]

По предложению Бейли, в формулах линейных пептидов аминокислота со свободной аминогруппой называется Н-концевой аминокислотой, в горизонтально изображенной пептидной цепи она стоит слева. Аминокислота со свободной карбоксильной группой обозначается как С-концевая аминокислота. В соответствии с этим в приведенном выше примере аланин — N-концевая, а глищ1н — С-концевая аминокислота. Фромажо предложил остаток, несущий сободную а-аминогруппу, называть начальной аминокислотой, а соответствующий остаток со свободной карбоксильной группой — конечной аминокислотой. Хотя это предложение кажется более простым, широкое признание получила рекомендация Бейли. [c.85]

Уже в 1965 г. Шемякин и сотр. [471] предложили применять для пептидного синтеза жидкие полимерные носители, чтобы таким путем преодолеть некоторые недостатки твердофазного метода. В случае применения жидкого полимерного носителя реакция конденсации может проводиться в растворе. Правда, при этом отделение избыточных реагентов после каждой стадии конденсации возможно только с помощью сложной операции высаживания. Введением полиэтиленгликоля (ПЭГ) как С-концевой защитной группы растущей пептидной цепи и применением улбтрафильтрации для отдельных низкомолекулярных реагентов Муттер и сотр. [472] решающим образом улучшили жидкофазный метод. [c.195]

Более прецизионный конформационный анализ энкефалина осуществлен С.Г. Галактионовым и соавт. [48]. Начальные значения углов внутреннего вращения ф, у основной цепи были взяты из расчета соответствующих монопептидов. Предварительная оценка подвижности основной цепи проводилась путем анализа модельного тетрапептида Ala-GIy-Gly-Ala положения боковых цепей Туг и Phe находились из расчета трипептидных фрагментов Tyr -Gly , Gly -Phe и Gly--Met . После минимизации энергии по всем двугранным углам ф, у и х получено около 20 структурных вариантов с величинами С/общ < 7,0 ккал/моль. Было показано, что глобальная конформация В111НВВ21В322 имеет основную цепь шейпа jfee с поворотом на участке Gly -Gly и сближенными N- и С-концевыми остатками. Многие низкоэнергетические конформационные состояния обладали формой пептидной цепи свернутого типа с эффективно взаимодействующими ионогенными группами Туг и Met . Ф. Момани [182] в расчете Ме1-энкефалина отмечает высокую чувствительность конформационной энергии к величинам зарядов концевых групп. Однако полученные им результаты не согласуются с данными других авторов. Так, лучшая из рассчитанных Момани для свободной молекулы гормона структура не входила в наборы предпочтительных конформаций, найденных Де-Коэном и соавт. [167, 180] и Галактионовым и соавт. [48]. Структура с B-H-R-B-B-формой основной цепи, предложенная Шерагой и соавт. [181], попадала в число низкоэнергетических конформационных вариантов, полученных другими авторами, проигрывая глобальным конформациям 1,0 ккал/моль [167, 180] и 5,8 ккал/моль [48]. [c.393]

Для повышения специфичности расщепления сложноэфирной связи по сравнению со специфичностью кислотного гидролиза Эллиот ацилировал свободные аминогруппы при pH 5. В результате обработки ацилированного белка 0,01 и. щелочью при комнатной температуре в течение 1,5 час значительно увеличивается количество диализуемого азрта, что согласуется с гидролизом эфирной связи с образованием смеси ацетил- или формилсерилпептадов. От этих пептидов ацильные группы были отщеплены обработкой на холоду раствором хлористого водорода в метаноле окисление перйодатом продукта реакции позволило установить, что из общего числа остатков серина в цепи 62% составляют концевые свободные остатки. Описанные выше реакции, которые Эллиот [96] использовал для селективного расщепления Пептидных цепей по остаткам серина и треонина, протекают по следующей схеме [c.219]

В настоящем разделе рассматриваются только те методы, которые обеспечивают ступенчатое отщепление аминокислотных остатков, так что пептидная цепь после отщепления концевого остатка остается незатронутой. Таким образом, из рассмотрения исключается 2,4-динитрофторбензольный метод, предложенный Сэнджером [262]. Этот метод, использовавшийся для получения большей части сведений о М-конце-вых группах пептидов и белков, подробно рассмотрен в ряде обзоров [114, 277, 320]. Не рассматривается также метод расщепления гидразином Ака бори и сотр. [3, 4, 230], позволяющий определять С-концевые аминокислоты. Этот метод в последнее время был усовершенствован [39], так что он стал пригоден для идентификации всех обычно встречающихся аминокислот. [c.238]

С-концевые модификации редки. Для полипептидов природного происхождения единственным известным заместителем на С-конце является амидная группа. Амидированные С-концевые группы найдены, в частности, в гормонах и в пчелиных ядах [132]. В функцию амидной группы, по-видимому, входит защита пептидной цепи от атаки карбоксипептидазы или облегчение аккомодации отрицательно заряженного С-конца (величина р/С а-СО Н-группы около 3) в неполярном окружении. Как правило, С-концевые модификации значительно более редки, чем N-концевые. [c.72]

Его аминокислотный, состав включает два остатка метионина (что ограничивает использование гидрогенолиза в процессе синтеза), два остатка чувствительного к кислотной обработке триптофана и щесть остатков кислых аминокислот. Карбоксильная концевая группа закрыта остатком первичного амида, а концевая аминогруппа — пироглутамильным остатком (циклической глутаминовой кислотой). Первоначальный план синтеза включал как ступенчатое наращивание, так и конденсацию фрагментов, и вся цепь была разделена по пептидным связям 5,6 и 13,14. Глициновый остаток в положении 13 служил обычной точкой сшивки, поскольку он представляет собой нерацемизующийся остаток на С-конце одного пептидного фрагмента. Сшивка в точке 5 была выбрана потому, что наличие в этом месте остатка метионина не дает возможности проводить гидрогенолиз в процессе построения нужной последовательности остатков в центре молекулы. [c.412]

При синтезе пептидов, содержащих более двух аминокислотных остатков, у полученного защищённого дипептида необходимо освободить только N-концевую аминогруппу, удалив защиту лишь с М-конца дипептида. Таким образом, подбор за-ищтных групп должен соответствовать возможности удаления одной (временной) защитной гр>т1пы при полном сохранении всех остальных (постоянных) защитных групп. Планирование пептидного синтеза, включающее в себя подбор защитных групп, выбор метода конденсации и способа деблокирования, называется тактикой пептидного синтеза. Тактические задачи могут быть решены только после того, как разработана стратегия пептидного синтеза, т.е. намечены основные подходы к построению пептидной цепи. На современном этапе развития пептидного синтеза существуют две стратегии поогедо-вательное наращивание цепи, начиная с С-концевой аминокислоты, и фрагментная конденсация - получение коротких отрез- [c.64]

Смотреть страницы где упоминается термин Концевые группы пептидных цепей: [c.686] [c.265] [c.418] [c.65] [c.264] [c.418] [c.117] [c.235] [c.475] [c.403] [c.468] [c.471] [c.353] [c.412] [c.244] [c.343] [c.355] [c.360] [c.394] [c.1067] [c.574] [c.592] [c.68]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология