Описание топологии ДНК

Фаза ввода. Она обеспечивает связь пользователя с системой и состоит из стадий ввода, контроля и хранения данных. На этой фазе обычно поступает следующая информация топология ХТС, данные о свойствах потоков, параметры блоков ХТС, последовательность вычислений в виде наименований модулей, стоимостные параметры. Большинство систем работает с информационной блок-схемой ХТС, которая должна быть подготовлена пользователем. По блок-схеме либо строится матрица инциденций, либо составляется программа на языке программирования или проблемно-ориентированном языке для передачи топологии ХТС вычислитель— ной машине. Следовательно, на стадии ввода пользователь сталкивается с необходимостью изучения либо формальных правил описания топологии, либо одного из языков описания схем на уровне языков программирования. [c.149]

Язык описания технологической схемы. Для описания топологии схемы используется уплотненная матрица связей /, состоящая из двух строк и Нт столбцов, где Мт — количество промежуточных, соединяющих элементы, связей. Связанными являются потоки с номерами 1 и причем всегда соблюдается условие 1ц < /гг Нумерация потоков производится в порядке возрастания номеров элементов схемы разделения, а для каждого элемента — в фиксированном порядке сначала все входные потоки, а затем все выходные (рис. 7.33). Такой порядок нумерации определяется матрицей входов-выходов О, имеющей две строки и М столбцов, где М — количество различных типов элементов в схеме. Элемент матрицы В, равен суммарному количеству входных и выходных потоков в технологическом элементе /-го типа, а Оз — количеству входных потоков этого же элемента. [c.399]

Если рассматривать строго однофазную структуру, то очевидно, что она образована полиэдрами, полностью заполняющими пространство. При любом способе топологического описания такой структуры число ее отдельных частей В ц равно единице и не равно фактическому числу полиэдров. В то время как для многофазных структур наибольший интерес представляет связность каждой из фаз, для однофазных структур интересны также производные инварианты, характеризующие соотношение между числами различных геометрических элементов (вершин, ребер, граней) [42 — 44]. В дальнейшем эти работы положили начало самостоятельному направлению — топологии ячеистых структур, образованных трех- [c.134]

Однопроходный транслятор с языка описания топологии (ЯО) позволяет в автоматическом режиме сформировать матрицу связи элементов технологической схемы, по которой производится сборка рабочей программы. Для его работы необходим объем оперативной памяти 70 Кбайт, скорость трансляции около 10 операторов в минуту. [c.412]

Т. обр., симметричные конфигурации ядер играют определяющую роль в описании топологии ППЭ молекул. Для [c.349]

В частности, необходимым и достаточным описанием топологии соединения моделей будет квадратная булева матрица соединений [c.68]

Самый экономный способ индексации заключается в том, чтобы нумеровать все входы и выходы подряд, без указания номера элементарной модели. Пусть вход имеет номер 1, а выход — номер /. При такой индексации необходимым и достаточным описанием топологии соединения моделей будет квадратная булева матрица соединений [c.81]

Плодотворный подход к моделированию пористых сред с привлечением математического аппарата комбинаторной топологии сформулирован в работе [40] на примере построения математического описания процесса спекания металлического порошка. Главным достоинством данного подхода является его инвариантность по отношению к непрерывным деформациям, происходящим в процессе спекания частиц порошка. Параметрами в топологической модели (Рине) являются число частиц Р и число связей между ними С, через которые по формуле Эйлера определяется род поверхности С, ограничивающий спекающееся тело С = = С — Р + 1. Род поверхности С связан с ее Гауссовой кривиз- [c.133]

Что касается качества потоков, то при описании топологии ХТС предполагается неизменность качества каждого потока если же между двумя элементарными моделями протекают (одновременно или в разное время) потоки разного качества, то между этими моде- тями вводится несколько параллельных соединений с разными номерами входов и выходов. [c.83]

Для модели ХТС с узлами описание топологии также можно хранить в виде списка из записей соединяемых входов и выходов, однако здесь записи будут иметь переменную длину, так как в каждом отдельном случае число соединяемых узлом входов и выходов может быть различным. Кроме того, здесь можно строить списки, подбирая записи но разным признакам по выходам, по входам или по узлам. Способ подбора записей станет ясным из примера соответствующих списков для структурной схемы, приведенной на рис. 1У- . [c.84]

Расчету по приведенным формулам должно предшествовать описание топологии сети. [c.189]

Модели сетей со случайной топологией применяются для расчета дисперсии, потока вязкой среды, диффузии, всасывания, испарения с поверхности, межфазного переноса, взаимного распределения фаз в многофазных пористых средах. Модели применяются в различных модификациях без учета или с учетом геометрических характеристик узлов и ветвей, например для описания кнудсеновской диффузии применена модель случайной решетки с узлами идеального смешения, в которых диффузия рассматривается как переход от полости к полости [23]. При задании геометрических характеристик узлов и ветвей в решетке моделирующей структуры пространства пор получаем обращенный вариант модели Колмогорова — решетку полостей и горл, для которой также существует множество модификаций упорядоченное и хаотическое расположение полостей одного размера взаимное проникновение полостей распределение взаимопроникающих полостей по размерам [20]. [c.130]

Современная стереология основывается на прикладных методах комбинаторной топологии, нашедшей успешное применение для количественного описания пористых сред [39]. [c.133]

Попытка описания собственной топологии фазы, распределенной в пористой среде, приводит снова к теории доступности отдельных ее областей. Топология распределенной фазы оказывается при этом существенно зависящей от предыдущих этапов распределения жидкости в пористой среде. Обычно топология таких структур описывается в терминах нулевых, первых и вторых групп Бетти, однако, например, для случаев попеременного увлажнения и высушивания пористого материала, возможно возникновение многосвязных вложенных топологических структур, [c.137]

Вид функционала ф определяется топологией ХТС и другими законо мерностями функционирования ХТС, которые не подлежат описанию при помощи параметров, входящих в математическую модель системы. [c.30]

Для описания информации о технологической и информационной топологии ХТС в некоторых программах применяют параметрический потоковый граф с систематической нумерацией всех ветвей и вершин, в соответствии с которой рассчитываются математические модели элементов ХТС. Данная система довольно негибка при необходимости изучить влияние на функционирование ХТС изменения структуры технологических связей между элементами. Более совершенен такой метод описания технологической топологии, когда в параметрическом потоковом графе системы отдельно нумеруют входные и выходные потоки каждого элемента, а технологические связи задают посредством специальной топологической матрицы ХТС. [c.326]

Современные методы решения задач разделения основываются на одновременном решении всех линеаризованных уравнений математического описания вследствие малой склонности этих методов к накоплению ошибок округления. К тому же при расчете взаимосвязанных систем снимается проблема задания топологии системы - все связи между колоннами отражены соответствующими коэффициентами в матрице системы уравнений математического описания. Следует при этом отметить, что матрицы коэффициентов, описывающих систему колонн, являются неплотными и применение специальных методов хранения данных позволяет свести к минимуму объем занимаемой памяти. Поэтому разработка эффективной процедуры решения задачи линеаризации системы взаимосвязанных колонн разделения является актуальной. [c.253]

Интересно установить, являются ли разнообразные новые описанные в литературе стереоизомеры топологически различными. Ниже в общих чертах кратко описаны способы, с помощью которых это можно осуществить в рамках химии. Как отмечалось выще, на самом деле все стереоизомерные модели должны быть топологически эквивалентными. Однако укладка в трехмерном пространстве придает конструкции новые топологические свойства. Различный характер всех топологических стереоизомеров является свойством, возникающим при укладке в трехмерном пространстве. Однако, поскольку нет молекул, которые могли бы быть синтезированы вне трехмерного пространства, учет свойств, возникающих при укладке, по-видимому, оправдывается при рассмотрении топологии молекулярных графов связей. [c.37]

Основные трудности, возникающие при математическом анализе и синтезе ХТС, состоящих из большого числа аппаратов, обусловлены многомерностью решаемых задач и связанной с ней проблемой декомпозиции, а также способом представления математического описания отдельных процессов. С целью преодоления этих трудностей для решения задач анализа и синтеза ХТС необходимо применять математические методы теории графов, топологии, матричного исчисления и теории множеств. [c.486]

Для математического описания топологии желательно предельно упростить атомную модель. Вместо того чтобы указывать расположение четырех больших ионов кислорода (радиус 1,35 А), лежащих в вершинах тетраэдра, удобнее рассматривать положение только центра тетраэдра, занятого малым катионом А1 или 81. Соединенные тетраэдры можно изобразить линией, соединяющей их центры. При этом каркас цеолита будет иметь вид трехмерной сетки, в каждом узле которой соединяются четыре линии. Атомы кислорода лежат вблизи середины каждого отрезка, но не совпадают с ней. При таком упрощенном изображении в каркасах силикатов можно различить отдельные элементы в виде многоугольников или многогранников. На рис. 1-1 показаны три способа упрощенного изображения содалитовой ячейки, которая может быть элементом каркаса. На диаграмме а светлыми и темными кружками показаны положения центров атомов кислорода и Т-атомов соответственно. В принятом на рисунке масштабе атомы кислорода имеют в три раза больший размер, чем изображающие их светлые кружки. На диаграмме б такая же ячейка образована силикатными тетраэдрами, соединенными вершинами, И наконец, на диаграмме в показаны только линии, соединяющие Т-атомы. При таком упрощении ячейка представляет собой усеченный октаэдр, который является одним из архимедовых многогранников. [c.20]

Для формального описания топологии последовательно-параллельной сети удобно воспользоваться специальной символикой, рассчитанной на описание топологии последовательно-параллельной сети любой сложности [4]. В этой символике, получившей условное название АЛСИПП (Алгебраическая СИмволика для описания Последовательно-Параллельных схем), для описания сети используются номера дуг, два символа соединения элементов сети (дуг или подсетей) и скобки, разделяющие описания различных подсетей. Символ -Ь указывает на параллельное, а V — на последовательное соединение. Формальное описание последовательно-параллельной сети с использованием АЛСИПП представляет собой запись последовательности номеров дуг и символов соединения, разделенных открывающими и закрывающими скобками в соответствии с топологией сети. Например, сеть, показанная на рис. VI- , описывается следующей строкой [c.189]

Метод релаксации, рассмотренный применительно к расчету хеморектификации, отличается тем, что обладает медленной по сравнению с другими методами, но устойчивой сходимостью. Это обстоятельство позволяет поставить вопрос о создании алгоритма для расчета различных массообменных аппаратов и их комплексов (ректификационная колонна, абсорбер, экстрактор, испаритель, декантатор и т. д,). Основанием для создания такого алгоритма является то, что в основном алгоритмы расчета указанных аппаратов различаются описанием фазового равновесия, а также устойчивостью сходимости метода. Такой алгоритм позволяет рассматривать произвольные комплексы аппаратов различного типа, для расчета которых необходимо задать топологию системы и исходные данные [88]. [c.369]

В различных областях науки и техники для описания поведения физических и инженерных систем находят широкое применение прикладные методы комбинаторной топологии и теории структурных графов. Сюда относятся анализ и синтез ХТС, развиваемые на основе общей теории графов [1, 2], решение задач линейного программирования [3], графические методы синтеза логических автоматов [4], построение коммуникационных сетей [5], диаграммные методы в квантовой теории поля [6], метод графов в химической кинетике [7], диакоптика [8], метод конечных элементов [9, 10], математические методы исследования сложных физических систем [11] и т. п. [c.18]

В последние десятилетия исследования перициклических реакций оказались весьма плодотворными для понимания механизмов реакций органических соединений. Эти реакции примечательны тем, что они протекают согласованно и через циклическое переходное состояние. Три основных класса перициклических реакций — это электроциклические реакции, включающие замыкание кольца в сопряженную л-систему либо его размыкание сигматропные реакции, в которых о-связь мигрирует по отношению к я-каркасу, и циклоприсоединение и обратная ему реакция. В частности, для предсказания стереохими-ческих последствий и типа энергетически осуществимого циклического переходного состояния Р. Б. Вудворд и Р. Гоффман использовали концепцию орбитальной симметрии. Известные правила Вудворда — Гоффмана обобщают эти идеи и широко используют корреляционные диаграммы. Другие формальноограниченные (но теоретически обоснованные) приближения по выбору правил для перициклических реакций включают использование граничных орбиталей и концепцию ароматического переходного состояния, связанную с идеей циклических полиенов Хюккеля и Мёбиуса (форма Мёбиуса имеет нечетное число поворотов, благодаря чему топология я-системы та же, что и у ленты Мёбиуса). В этой книге не ставится задача описания теории согласованных реакций во всех деталях. Заинтересованный читатель может руководствоваться библиографией по это-v1y вопросу. Мы хотим только показать, как эти приближения лрименяются к возбужденным реагирующим частицам. К счастью, различные приближения почти всегда приводят к одним и тем же результатам (как в термических, так и в фотохимических реакциях). Каждое приближение вносит свой собственный вклад в понимание процессов конкретного типа. Мы используем корреляционные диаграммы, так как это приближение совпадает с нашим представлением о сохранении спинового (или орбитального) момента. Рассмотрим, например, электроциклизацию замещенного бута-1,3-диена в циклобутен [c.156]

Разработано топологическое описание молекулярной структуры, основанное на соответствии между транзитивными диграфами и конечными топологиями. Две возможные транзитивные ориентации двудольного графа ведут к единственной паре топология/кото-пология, соответствующей любой альтернантной молекуле. Аналогичная пара пространств связана с неальтернантной молекулой (граф которой может иметь много или же вообще не иметь транзитивных ориентаций) через ее дуплекс, являющийся графическим сопряжением с. Структура этих молекулярных пространств может быть количественно проанализирована с помощью различных комбинаторных мер. Мощность молекулярной топологии является мерой структурной сложности. Топологический коррелят делокалйза-ции в 7г-электронных системах — это та степень, с которой соседние пары атомов аппроксимируют несвязное подпространство молекулярного пространства. Примеры порядков тг-связей, определяемых этой мерой, превосходно согласуются с величинами порядков, полученными с помощью теории молекулярных орбиталей. [c.11]

Конечно, существует ряд очень сложных химически важных вопросов, для которых не следует ожидать, что топология будет к ним применима. Например, стереоизомерия по своей сути нетопо-логична. Кроме того, поскольку точки топологического пространства, которые будут взяты для представления атомов молекулы, неразличимы друг от друга, химическая идентичность атомов может не играть никакой роли в топологическом описании структуры. Ввиду этого в данной статье обсуждение будет проводиться исходя из углеродного скелета углеводородов. [c.12]

Один из аспектов динамики химических реакций связан с предсказанием качественной динамики реакционной смеси на основе информации о топологии реакционной сети и зависимости скоростей от концентраций различных соединений. Для этой проблемы естественным оказывается теоретико-графовый подход, поскольку структура реакционной сети может быть закодирована в направленном графе, ребра которого взвешены в соответствии с внутренними скоростями реакций. Это в свою очередь приводит к факторизации управляющих уравнений, в результате которой эффекты стехиометрии, структуры сети и феноменология скорости реакции могут быть изучены раздельно. На этой основе легко получить некоторые результаты, связанные с динамикой нестационарных и стационарных состояний, при использовании известных или легко доказываемых результатов теории графов. В частности, возможно классифицировать стационарные состояния и разработать алгоритм для определения того, какие из различных типов стационарных состояний, если они вообще возможны, могут существовать в данной системе. Этот подход ведет также к полному описанию глобальной динамики подмножества того, что называется вершинноуправляемыми сетями. Может быть показано, что уравнения для таких систем всегда имеют единственное стационарное состояние, являющееся глобально асимптотически устойчивым. Кроме того, когда такой тип системы периодически возмущается внешним источником, отклик всегда асимптотически периодичен с периодом, равным периоду возмущающей функции. Следовательно, система этого типа может служить в качестве совершенного преобразователя частоты — свойство, необходимое при решении многих биологических задач. [c.322]

Топология разрушения трещин КР не согласуется с механическим описанием Краффтом разрушения, т. е. не было отмечено тесной связи с димплами внутри фасеток скола. [c.392]

Описание результатов, полученных на независимых от обучения контрольных данных с поюцью пяти найденных экспертной системой методов предсказания тополошй, приведено в табл.З. Всего осуществлено 88 предсказаний способов упаковки аминокислотных последовательностей в топологии а/0-домеиов пяти типов. В 62 из них были ПРАВИЛЬНЫЕ результаты (70Х) в 26 - ОШИБОЧНЫЕ (30%). достоверность полученных результатов по точному критерию Фишера-Ирвина 130) составила более 99% (табл.З. строка "ВСЕГО"). [c.186]

Книга Г. Кёнига и В. Блекуэлла Теория электромеханических систем [86] посвящена объединению в целях теоретического анализа и синтеза весьма различных по своим свойствам и назначению элементов (электрические машины, электронные, магнитные и другие усилители, гидропреобразователи, гироскопы) , которое авторы основьшают не на применении известного метода аналогий, а на использовании одной из ветвей топологии - теории графов . Речь идет о стремлении выявить глубокую общность в математическом описании элементов различной физической природы , чтобы обеспечить применение строгих методов и их обоснованное упрощение. [c.10]

Структуру ковалентных кристаллов описывают в терминах бесконечных молекулярных графов. Молекулярные фафы (с помощью которых изучают топологию кластеров углерода, содержащих атомы с любым координационным числом) получают при моделировании полиэдрических структур, располагая новые вершины на некоторых ребрах этих полиэдров. При таком способе описания алмазу соответствует однородный фаф степени 4. Реализация этого фафа в фехмерном просфанстве позволяет наглядно изобразить Сфуктуру алмаза, которая соответствует плотнейшей упаковке атомов углерода. [c.44]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология