Пептиды определение структуры

Тем не менее ни одно из этих производных нельзя непосредственно использовать для синтеза пептидов определенной структуры. В самом деле, смешивая две аминокислоты с активированными карбоксильными группами, можно получить уже на первой стадии процесса образования четыре разных дипептида [c.286]

Необходимость использования разнообразных заш,итных групп вызывается тем, что при синтезе сложных полипептидов возникает необходимость избирательной защиты и снятия защиты в строго определенном месте полипептидной цепи, чтобы получить пептид нужной структуры. Избирательное снятие защитных групп чаще всего достигается регулированием pH среды. [c.347]

Определение структуры пептидов. Определение концевых групп. Частичный гидролиз [c.1047]

Ферментативные методы. Для определения структуры пептидов и белков можно применять ферменты, катализирующие отщепление N- и С-концевых аминокислотных остатков полипептидной цепи (аминопептидазы и карбоксипептидазы). [c.67]

Успешное определение структуры С-концевых участков пептидов и белков в значительной степени зависит от рационального выбора фермента и условий проведения процесса. Выбор карбоксипептидазы обусловливается природой исследуемого пептида. Очевидно, что [c.68]

Методология и технические приемы установления первичной структуры белка, основанные на определении М-и С-концевых аминокислот, включающие фрагментацию полипептидной цепи, разделение олигопептидов, пептидов, определение аминокислотной последовательности в олигопептидах, являются предметом биохимии и описаны в [85, 91,92] [c.882]

Интерес к химическому синтезу пептидов обусловлен главным образом возможностью использовать этот синтез, во-первых, для точного определения структуры природных пептидов и, во-вторых, для получения химических аналогов этих последних. Синтетические пептиды весьма широко используются при изучении вопроса о связи между химической структурой и биологической функцией кроме того, некоторые из них находят валяное применение в медицине. [c.51]

Применение тонкослойной хроматографии ФТГ-аминокислот для определения структуры пептидов описано в работах [30, 31]. [c.315]

В последующих работах выделенные из нормального человеческого глобина и разделенные методом противоточного распределения а- и р- Цепи подвергались расщеплению трипсином, химотрипсином и пепсином. Идентификация полученных пептидов, определение их аминокислотного состава. С- и N-концевых групп полностью подтвердили предложенную ранее структуру а- и р-цепей. [c.129]

Хотя имеется много оснований считать, что межатомные расстояния и валентные углы в полипептидных цепях белков не намного отличаются от данных, приведенных выше, тем не менее чрезвычайно желательно накопление результатов определений структуры кристаллов других аминокислот и пептидов. По мере накопления дополнительных точных сведений о положении атомов в этих веществах можно ожидать постепенного уточнения наших сведений о структуре белков, прочно обоснованных физическими фактами. [c.318]

Большая часть затруднений при автоматическом определении структуры пептидов и белков связана с неполадками вакуумной системы. Устранение утечек в этой системе и поддержание необходимого вакуума занимает большую часть рабочего времени оператора и инженера, обслуживающих прибор. При ликвидации утечки необходимо прежде всего найти и изолировать участок разгерметизации. Эта работа включает набор приемов, позволяющих оператору определить конкретную часть прибора, в которой произошла утечка реактор, линия, соединяющая реактор и гребенку-распределитель линии низкого вакуума, участок между гребенкой и вакуумным насосом. [c.432]

Впервые карбоксипептидаза использовалась в 1930 г. в виде неочищенного препарата для отщепления С-концевого Gly от молекулы глутатиона [28]. С тех пор этот фермент упоминается почти в каждой значительной работе по определению структуры белка. Опубликован обширный обзор по применению карбоксипептидазы для С-концевого анализа белков и пептидов [25]. [c.507]

Интересно отметить, что ряд протефинов и цекропинов имеют вблизи N-конца триптофан KW, RW, GW, SW, KW, RRW. В то же время обнаружено, что присоединенный к липосоме пептид определенной структуры, состоящий из И аминокислотных остатков и с остатком триптофана на N-конце, может протащить липосому в цитоплазму по механизму слияния мембран. Аналогично организован механизм проникновения в клетку вирусной частицы (Pe heur et al., 1998). [c.134]

Другие ферменты, например химотрипсин и пепсин (гл. 7, раздГ.2), менее избирательны, но все же их тоже можно использовать для расщепления пептидной цепи на фрагменты с последующим определением структуры этих фрагментов. Для установления полной аминокислотной последовательности белка нужно найти перекрывающиеся фрагменты, содержащие последовательности, в которые входят концы двух разных триптических фрагментов. Таким путем можно выстроить пептиды в том порядке, в котором они расположены в нативном белке. [c.167]

При учете локализации S-S-мостика конформационный анализ цистин-содержащего фрагмента природного олигопептида или белка может быть ограничен рассмотрением его состояний только с замкнутыми формами основной цепи. Значительное сокращение объема вычислительных работ не сопровождается при этом снижением требований к строгости рещения задачи. В этом случае для пептида определенной длины необходимо располагать набором соответствующих циклических структур с известными геометрическими и энергетическими характеристиками. Он может быть получен путем количественной оценки стерической и энергетической предрасположенности всех возможных конформаций модельного пептида того же размера ys -(Ala) 2 ys" к образованию дисульфидной связи. В работах В.З. Спасова и Е.М. Попова [106, 107] оценены конформационные возможности модельных олигопептидов с числом остатков л от двух до шести. При большей длине цепи с концевыми остатками ys предложенный метод становится малоэффективным. [c.326]

Определение последовательности аминокислотных остатков в пептидах (Ледерер М. М. Шемякин и Н. С. Вульфсон). Благодаря широкому применению автоматических аминокислотных анализаторов определение аминокислотного состава пептидов не представляет в настоящее время значительных трудностей. Однако один из важнейших вопросов установления первичной структуры белков и пептидов — определение последовательности аминокислотных остатков в цепи продолжает оставаться весьма трудоемким и сложным. Недавно было установлено, что при масс-спектрометрировании эфиров Н-ацилированных олигопептидов в качестве первого акта фрагментации молекулярного иона происходит элиминация алкоксильной грушты и возникает линейный ион, у которого положительный заряд локализован на С-конце, а N кoнeд защищен ацильным остатком. Дальнейший распад этого иона заключается в последовательной элиминации аминокислотных остатков с перемещением положительного заряда вдоль цепи. Например, фрагментация [c.591]

Итак, когда рибосома синтезирует пептид длиной более 30—40 аминокислотных остатков, Ы-концевая часть пептида уже высовывается за пределы рибосомы. Эта внерибосомная часть начинает сворачиваться в определенную структуру, в соответствии со своей аминокислотной последовательностью и окружением. [c.274]

МИД (по остаткам триптофана). Метионина в составе белков содержится обычно меньше, чем других аминокислот, поэтому обработка СКВг предпочтительнее, так как при этом образуется небольшое число пептидов, первичную структуру которых определяют с помощью рассмотренных ранее методов, всякий раз начиная с определения природы К- и С-концевых аминокислот. [c.56]

Одно нз преимуществ масс-спектрометрнческого метода заключается в возможности аналнзнровать пептиды, не содержащие свободной а-аминогруппы, и устанавливать химическую природу блокирующего остатка. При использовании электронной ионизации метод пригоден для анализа сравнительно коротких (4 — 6 остатков) пептидов. Границы возможностей масс-спектрометрии в изучении структуры пептидов резко расширились с введением более современных методов ионизации. Применив для этой цели бомбардировку ускоренными атомами, Г. Моррис показал, что можно получать масс-спектры пептидов, молекулярная масса которых достигает 3000, причем для определения структуры достаточно I — 5 нмоль вещества, т. е. в таком случае по чувствительности масс-спектрометрический метод не уступает другим методам. [c.73]

Теоретически этот процесс можно проводить многократно до полного определения последовательности аминокислот. Однако многократное отщепление концевых аминокислотных остатков приводит к усиливающемуся повреждению оставшейся пептидной цепи, и обычно можно отделять максимум шесть или семь остатков. Для определения последовательности аминокислот необходим метод идентификации фенилтиогидантоинов, получаемых в результате ступенчатой деградации пептидов. Идентификация и определение фенилтиогидантоинов иногда трудно осуществимы, и следует использовать метод отщепления , примененный, например, при определении структуры рибонуклеазы. После удаления Ы-концевой аминокислоты в виде фенилтиогидантоина оставшийся пептид гидролизуют и анализируют. Последовательность аминокислот в этом пептиде определяют по аминокислотным остаткам, сохраняющимся в нем после каждого отщепления N-кoнцeвoй аминокислоты. [c.31]

Вторым крупным достижением в изучении аминокислотной последовательности белковых молекул явилось определение структуры рибонуклеазы, выполненное Хирсом, Штейном, Муром и Анфинсеном. Молекула этого фермента, представленная одиночной полипентидной цепью, состоит из 124 аминокислот и содержит 4 дисульфидных мостика. При изучении ее, так же как и в случае инсулина, использовали окисление надмуравьиной кислотой с последуюш им ферментативным гидролизом. Однако для выяснения первичной структуры этой более крупной молекулы потребовалось ввести в методику некоторые усовершенствования авторы применяли ионообменные смолы для количественного разделения пептидов низкого молекулярного веса и использовали количественные методы для определения аминокислотного состава пептидов. Полная структура рибонуклеазы показана на фиг. 30. [c.94]

Другой побочной реакцией при восстановлении пептидов алюмогидридом лития является восстановление пептидных связей до стадии образования спиртов, которые также выделяются в виде динитрофепильных производных. Поскольку эти спирты образуются не из С-концевых аминокислот, их присутствие мешает точному определению структуры пептидов. [c.454]

Работы Бергмана и его сотрудников показали, что для ферментативного гидролиза пептидов необходимо наличие боковых цепей определенной структуры. Так, например, для протеолитического действия трипсина необходимо наличие в пептидах щелочных боковых цепей, пепсин же проявляет свое действие при наличии боковых цепей, содержащих ароматические или кислые аминокислоты. Ниже на примере тетрапептида тирозил-лизилглутамилтирозииа показаны отдельные группы, необходимые для действия различных ферментов [13]. [c.364]

В альтернативном объяснении действия солей на белки на первое место ставится прямое взаимодействие между солью и группами белка. Было показано, что ряд Гофмейстера применим и к растворимости низкомолекулярных соединений, таких, как Н-ацетилтетраглицинэтиловый эфир, моделирующий поли-пептидный остов [34]. В этом случае интерпретация была основана на прямом взаимодействии между солью и пептидными группами. При смешивании водных растворов бромида лития с М-метилацетамидом были получены кристаллы, связи в которых могут служить еще одной моделью пептидной связи [35]. Определение структуры кристаллов методом рентгеновской дифракции показало, что ионы действительно могут взаимодействовать с веществами, моделирующими пептиды, причем это взаимодействие по своему характеру соответствует взаимодействию между ионом и диполем. Влияние солей на устойчивость белков можно объяснить также исходя из теории полимерных растворов, предполагая, что имеет место прямое взаимодействие между белком и солью [36]. [c.274]

Наиболее богатая информация может быть получена в случае совершенных монокристаллов. Их рентгеновская дифракционная картина состоит из небольших четких пятен. Если молекулы исследуемого вещества достаточно малы, то удается точно определить взаимное расположение их атомов. На основании этих данных делают выводы о форме молекулы, длине химических связей и углах между связями. Из множества примеров, которые можно привести, упо.мянем определение структуры аминокислот, пептидов [1], комплексов металлов с пептидами [2] и витамина В12 [3]. [c.490]

Следующим этапом исследований Сенгера было определение структуры небольших (в основном ди-, три- и тетра-) пептидов, выделенных из кислотного и щелочного гидролизатов фракций А и В инсулина. Строение пептидов определяли при помощи методов динитрофенилирования и карбоксипептидазного [384]. Кроме того, из гидролизата были выделены крупные пептиды, которые снова подвергались гидролизу и строение которых устанавливалось особо [385]. [c.134]

По-видимому, при выделении нуклеотидо-(Р->Ы)-пептидов можно-не остерегаться присутствия этих ферментов. Кроме того, полученные данные могут быть полезны при определении структуры природных нуклеотидо-(Р- Ы)-пептидов, так как при гидролизе последних прона- [c.376]

Успех Полинга был обусловлен отчасти тем, что он использовал новый подход к определению структуры. В этом подходе предположения и построение моделей играли гораздо большую роль, чем при аналитическом методе, применявшемся старомодными кристаллографами старой школы. Несколькими годами ранее Полинг решил, что структуру полипептидной цепи можно, вероятно, представить, если располагать точными данными о пространственной конформации пептидной связи. Поэтому свои исследования, проводимые методом рентгеиоструктурной кристаллографии, он сосредоточил на определении длин и углов валентных связей в кристаллических аминокислотах и небольших пептидах фиг. 45). Получив эти данные, Полинг смог построить теоретическую модель регулярного полипептидного скелета (фиг. 46). Такая вторичная структура получила название а-спирали. Устойчивость этой структуры обусловлена наличием водородных связей между атомом водорода а-ами-ногруппы и атомом кислорода а-карбоксильной группы другого аминокислотного остатка— четвертого по цепи, считая от первого. Шаг а-спирали составляет 5,4 А, и она содержит 3,6 аминокислотных остатка на виток. [c.93]

Рассмотренные статистические методы не всегда дают удовлетворительные результаты в отношении предсказания скорости гидролиза. Это может объясняться несколькими причинами. Во-первых, исходные данные по расщеплеьшю пептидов и белков в ходе структурных исследований не являются количественными и наблюдае1ше результаты могут сильно зависеть от условий эксперимента. Во-вторых, если первичная специфичность (например- по остатку Р ) вносит основной вклад в скорость гидролиза, то вариации удаленных аминокислотных ос -татков будут слабо проявляться в опытах по определению структуры, но могут заметно влиять на начальные скорости, полученные в кинетическом эксперименте. Наконец, в тех случаях, когда структура субстрата сказывается как на величине так и на исходные данные в зависимости от соотношекшя [c.176]

Говоря о механизмах химического переноса памяти, можно представить себе два варианта. Либо инфюрмация закодирована в структуре молекул переносимого вещества, либо эти вещества запускают в мозге реципиента функциональные системы, аналогичные тем, которые были активированы у донора, ймеюшиеся факты не дают каких-либо свидетельств в пользу первого предположения. Судя по существующим данным, веществами-пе-реносчиками, по всей вероятности, являются малые и средние по размерам пептиды. Однако трудно себе представить способность таких пептидов к переносу больших порций информации, усваиваемой при выработке того или иного навыка. К тому же до сих пор не установлена с достаточной определенностью структура таких пептидов. [c.409]

В цикле работ по определению структуры инсулина Сенгер и др. [35—37] впервые наблюдали дисульфидный обмен при частичном гидролизе белка в конц. НС1 на холоду. При более детальном исследовании на модельных системах, включающих бис-2,4-динитрофенил-ь-цистин (бис-ДНФ-цистин) и цистилбис-глицин или окисленный глутатион, установлено, что реакция дисульфидного обмена протекает как в концентрированных минеральных кислотах, так и в слабоосновной среде, правда, по различному механизму. В кислой среде обмен ингибируется тиолами, в основной среде тиолы служат катализаторами, а SH-реагенты ингибиторами [35]. В этой же работе найдены условия частичного гидролиза инсулина с сохранением положения дисульфидных мостиков, благодаря чему было определено их положение в молекуле гормона. В работе [41] на примере взаимодействия цистина с окисленным глутатионом изучена стабильность дисульфидных связей в различных условиях при этом показано, что дисульфидный обмен минимален при pH 2—6,5. Кроме того, при протеолизе рибонуклеазы в условиях, способствующих дисульфидному обмену, получены ци-стинсодержащие пептиды, включающие лишь две из четырех [c.165]

В результате неполного расщепления некоторых связей при кислотном гидролизе дансилпептида (преимущественно с N-koh-цевыми остатками Пе и Val) образуются дансильные производные дипептидов, которые могут быть ошибочно идентифицированы как дансиламинокислоты, поскольку положения их пятен при хроматографии на полиамидных пластинках совпадают, например дансил-Ile-Glu и дансил-Glu. Наконец, источником ошибок может быть перекрестная идентификация аминокислот при определении структуры негомогенного пептида. При небольшом содержании примесного пептида удается определить последовательность главного компонента смеси, но возможное блокирование основного пептида (по остаткам Gin, Тгр или связи Asn-Gly) или его предпочтительная экстракция в растворитель при промывках могут привести к тому, что минорная последовательность с определенного положения цепи будет принята за основную. [c.359]

Описываемая ниже методика безусловно уступает автоматическим методам как в скорости анализа (не более двух циклов расщепления в день для одного пептида), так и в выходах на стадиях, но она очень удобна для одновременного определения структуры нескольких коротких пептидов. В этом случае трудоемкий процесс насыщения азотом каждого образца в отдельности перед стадией конденсации можно усовершенствовать. Так, автор для этой цели использовал простую конструкцию— трубку с 20 ответвлениями-иглами от шприца (защищенными от коррозии тефлоновыми трубочками). Иглы расположены таким образом, что при опускании в латунный блок для нагревания входят в пробирки с образцами. Вместо завинчивающихся крышек пробирки плотно заклеивают липкой лентой, причем делают это одновременно, используя лист пленки (Perspex) с 20 лупками. Коммерчески доступно устройство, в котором осуществляется и температурный контроль за нагревом образцов в блоке (N-Evap фирмы Organomation), [c.372]

Мы уверены в том, что потребность в быстром, удобном и высокочувствительном анализе последовательности белков и пептидов в ближайшие годы значительно возрастает. Понимание природы и механизма управления клеточной дифференциров-кой потребует однозначной идентификации и описания свойств многих рецепторов и эффекторов клеточной мембраны и многочисленных пептидов, включенных в передачу сигналов между клетками (гормоны, рилизинг-факторы и т. д.). Изучение структуры и организации генов проводится различными методами, дающими последовательности ДНК, которые можно перевести в белковые последовательности. Перевод последовательности мРНК в аминокислотную последовательность белка будет отчасти зависеть от независимо проведенного определения структуры пептидов. [c.460]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология