Эффективные методы деградации

Эффективные методы деградации [c.42]

Эффективные методы разделения продуктов деградации [c.47]

Продукты разных методов деградации наряду с физическими свойствами обычно различаются длиной цепи, составом и последовательностью оснований. Был разработан ряд весьма эффективных способов разделения смесей моно- и олигонуклеотидов по одному или нескольким из этих свойств. [c.47]

В некоторых случаях достаточно самого факта более или менее эффективного включения предшественника, меченного С или Н, в конечный продукт превращения. В более общем случае, однако, желательно или даже необходимо определить распределение метки в молекуле продукта реакции. Например, классическим доказательством поликетидной гипотезы явилось выяснение того факта, что метка из [1- С]- или [2- С] ацетата располагается в чередующихся атомах углерода [2, И]. Именно относительная трудность установления распределения метки в наибольшей степени ограничивает сферу применения радиоизотопного метода. Определение положения меченых атомов в молекуле предполагает расщепление последней с помощью химических реакций, характеризующихся гарантированной специфичностью и высоким выходом, до все более и более мелких фрагментов — в идеале до одноуглеродных молекул типа СОг или метиламина [109]. Большое значение при этом имеет чистота реагентов и продуктов деградации. Реакции, конечно, могут проводиться только последовательно, и даже самому искусному экспериментатору при самой скрупулезной работе часто необходимо значительно большее количество вещества, чем может быть получено в биосинтетическом эксперименте. [c.472]

Очевидно, все реакции, составляющие отдельный цикл деградации, затрагивают только концевой нуклеотид, в то время как предпоследний нуклеотид может реагировать лишь после удаления концевого нуклеотида, а затем терминального фосфата, блокирующего следующее звено полинуклеотидной цепи. Таким образом, в принципе этот метод представляет собой эффективный способ достижения синхронности в ступенчатой деградации нуклеиновых кислот. Однако, чтобы с его помощью установить последовательность достаточно большого числа оснований, требуются определенные условия [c.116]

Каковы же перспективы использования метода ступенчатой химической деградации для выяснения последовательности оснований Он может оказаться эффективным при анализе олигонуклеотидов, когда структурные или конформаци-онные особенности затрудняют или делают недостоверным использование ферментативных методов. Химическому методу совершенно несвойственна специфичность, столь характерная для ферментативных реакций. [c.123]

Из рассмотренных методов наиболее эффективным является метилирование по Куну. При проведении реакции для олигосахаридов, у которых восстанавливающее звено присоединено (1—>-3)-гликозидной связью, происходит довольно заметная щелочная деградация, поэтому целесообразно осуществлять предварительное восстановлен ие таких веществ. [c.82]

В 1965 Г. был предложен способ прямого анализа смеси оснований с помощью газо-жидкостной хроматографии их триметилсилильных производных. В отличие от периодатного окисления этот метод позволяет разделять сами основания, а не продукты их деградации. Свободные основания можно затем легко выделить мягким гидролизом. Эффективность разделения триметилсилильных производных в зависимости от длины цепи довольно велика, однако недостаточна при разделении по степени ненасыщенности, кроме того, плохо выявляются разветвленные основания. Более удобным оказалось использование триметилсилильных производных не самих оснований, а их Ы-ацетильных или М-динитрофенильных производных [c.329]

Возможности этих методов ограничиваются только пригодностью изучаемых гликопротеинов для фракционирования на колонках. Автор нашел, что некоторые эпителиальные гликонротеины очень прочно прилипают к ионообменной целлюлозе и к большинству других хроматографических наполнителей. Многие эпителиальные гликопротеины хотя обычно и ведут себя нормально при гель-фильтрации, но, как уже отмечалось, имеют столь большие эффективные размеры молекул, что совершенно не удерживаются большинством крупнопористых гелей. Но даже и при этих обстоятельствах гель-фильтрация будет обнаруживать более низкомолекулярные примеси. Гель-фильтрация и ионообменные методы используются препаративно нет необходимости снова проверять материал, полученный в качестве единственного компонента при таком фракционировании, за исключение г тех случаев, когда нужно убедиться, что материал не подвергся деградации. [c.51]

Эффективность последовательность в 20—30 аминокислот может быть установлена без особых затруднений как в жидкофазном, так и в твердофазном вариантах деградации. Таким образом, этот метод существенно не уступает автоматическим методам секвенирования. [c.424]

TOB из геля. Поскольку метод химической деградации требовал довольно больших количеств ДНК, а элюция из полиакриламидного или агарозного гелей не очень эффективна, то разработка многочисленных векторов, несущих сайты для клонирования по многим рестрикционным эндонуклеазам, позволила, основываясь все на том же рестриктаз-ном картировании, расщеплять вставку подходящими ферментами и получать необходимые субклоны в подобном векторе и затем их секвенировать в составе этого же вектора, получая меченные по одному концу фрагменты ДНК, как описано выше. [c.237]

Таким образом, приведенный краткий анализ существующих методов НК повреждений и деградации металла показывает их низкую эффективность при оценке ресурса промышленного оборудования. Становится понятной и закономерной тенденция перехода от традиционной дефектоскопии к технической диагностике с использованием принципиально других методов контроля и подходов. Более сложные задачи, возникающие при оценке ресурса оборудования (по сравнению с обычной дефектоскопией при нормальной эксплуатации), требуют применения средств и методов более сложных в освоении, но более эффективных при контроле изменяющихся свойств металла. К таким методам следует отнести, прежде всего,, методы и средства, позволяющие контролировать на практике напряженно-деформированное состояние оборудования. [c.52]

Хотя полиолы уже и раньше применялись для детального изучения строения полисахаридов [9, 10], именно выявление большей по сравнению с обычными гликозидами неустойчивости спиртов типа IV к действию разбавленных кислот при комнатной температуре обеспечило создание нового и более эффективного метода контролируемой деградации полисахаридов [11]. Так, если углеводный остаток в полисахариде был расщеплен перйодатом, а затем восстановлен, то образующийся спиртовой фрагмент, будучи истинным ацеталем, лабилен к действию кислот. Если углеводный остаток, не затронутый при периодатном окислении, связан с расщепленным звеном, то гликозидная связь уцелевшего остатка относительно более устойчива к кислоте. Используя заметное различие в устойчивости истинных ацеталей и гликозидов, можно получать из самых разнообразных полисахаридов гликозиды моно-, ди- и олигосахариды, строение которых проливает свет на детали строения исходных полисахаридов [11—13]. [c.472]

Для непосредственного анализа первичной структуры Б. обычно используют сек вен а тор-прибор, к-рый с высокой эффективностью осуществляет последовательное авто-матнч. отщепление N-концевых аминокислотных остатков путем деградации Б. по методу Эдмана. Все р-ции проводятся в цилиндрич. стеклянном стаканчике, вращающемся с постоянной скоростью в атмосфере инертного газа (рис. 4). Образец Б. распределяется на стенках стаканчика в виде тонкой пленки. Оптимизация процесса и тщательная очистка используемых реагентов и растворителей позволили поднять общий выход реакцин до 95% и выше. Наилучшие объекты для секвенатора-Б. и пептиды, содержащие в своем составе от 60 до 200 аминокислотных остатков для таких соединений обычно удается определять последовательность 30-35 (в ряде случаев 40-50) [c.252]

Способность культур к детоксикации усиливается путем их адаптации к пестицидам, а также в результате химического мутагенеза. Методами генной инженерии производят микроорганизмы-мутанты, способные эффективно разрушать ксенобиотики. Кроме того, не следует сбрасывать со счета самоочищение почв в результате деградации пестицидов различными путями чисто химическое разрушение, фотоокисление, вымывание, улетучивание, детоксикация при участии животных и растений. Однако основным процессом биодефадации пестицидов является микробиологическое разложение и фансформа-ция. [c.164]

Количественный анализ аминокислот методом ГХ представляет несомненный интерес. Как правило, количественное определение аминокислотного состава пептида является одним из решающих моментов анализа последовательности. Поскольку при деградации крупного белка образуется большое число фрагментов, желательно затрачивать на анализ каждого из них минимальное количество времени и вещества. Привлечение в данном случае ГХ достаточно хорошо удовлетворяет этим условиям. Многочисленные исследования по ГХ аминокислот в конечном итоге направлены на решение этой задачи. Однако к действительно эффективному количественному методу предъявляются несоизмеримо более высокие требования, чем к качественному. Если учесть к тому же трудности получения и разделения производных аминокислот, станет ясно, почему до сих пор не разработан стандартный метод их количественного определения с помощью газового хроматографа. Основные трудности связаны, как подчеркивалось в разделе о получении производных, с полифункциональными аминокислотами. Метод, игнорирующий их идентификацию, может найти лишь ограниченное применение. Количественный анализ только простых аминокислот не может удовлетворять экспериментатора [40]. Вопрос о том, все ли аминокислоты, встречающиеся в белках, можно определять ГХ с достаточной точностью, все еще остается открытым. Здссь можно только вкратце рассмотреть имеющиеся условия и возможности. Проблемы, связанные с аппаратурой, необходимой для количественной ГХ, уже обсуждались ранее (см. стр. 302). [c.335]

Алифатические соединения. Фтиоцерол. Установление структуры фтиоцерол а, который в ряде лабораторий исследовали обычными методами, может служить прекрасным примером эффективности масс-спектрометрии в тех случаях, когда экспериментатор располагает очень незначительным количеством вещества, являющегося к тому же смесью двух соединений. По этим двум причинам проведенные ранее реакции химической деградации приводили к сомнительным результатам, которые разные исследователи интерпретировали различными способами. [c.336]

Наиболее эффективными и экономичными являются биологические методы рекультивации. Они включают в себя использование биопрепаратов и биостимуляторов для деградации нефти и нефтепродуктов. На основании способности микроорганизмов использовать углеводороды нефти и других ксенобиотиков предложен метод биокоррекции загрязнений, состоящий из двух стадий 1 — активации деградирующей способности аборигенной микрофлоры путем внесения биогенных элементов — биостимуляции 2 — интродукции в загрязненную почву специализированных микроорганизмов, выделенных предварительно из различных загрязненных источников или генетически модифицированных — биодополнения. [c.319]

Своеобразный метод получения очень тонких дисперсий коллоидных размеров описан для целлюлозы и нек-рых других полимеров. Исходный полимерный материал подвергают тщательно регулируемой деградации (напр., медленному гидролизу или окислению). При этом со значительно большей скоростью деградация полимера протекает в менее упорядоченных областях ( легко доступных ). В результате такого частичного разрушения полимера и последующей дополнительной дезинтеграции механич. путем образуется тонкая дисперсия асимметричных частиц. Наиболее удлиненные образования дают ориентированные, преимущественно волокнистые, материалы. Электропномикроскопич. исследование микрочастиц, полученных из найлона-66,природной и регенерированной целлюлозы, показало, что размеры их лежат в пределах 5—500 нм по длине и 5— 50 нм по эффективному диаметру (соотношение осей от [c.534]

Третья группа объединяет деструктивные методы, основанные на глубоких превращениях органических молекул в результате редокс-процессов. Они обладают рядом существенных преимуществ по сравнению с рассмотренными выше методами очистки. Это, в первую очередь, их высокая эффективность и технологичность, компактность и простота автоматизации и управления. В большинстве случаев при их реализации не продуцируются осадки, в очищаемую воду не вносятся дополнительные загрязнения, которые в виде хлоридных, сульфатных и прочих ионов характерны для реагентных методов обработки. Деструктивная очистка, базирующаяся на окислительно-восстановительных реакциях, инициированных различными физикохимическими процессами, позволяет, к примеру, изменять структуру органических красителей вплоть до нарушения хромо-форно-ауксохромпого строения с последующим глубоким их расщеплением до более простых, легкоокисляемых органических продуктов или минеральных соединений, а также обеспечивает полную деградацию ПАВ с потерей их поверхностно-активных свойств [36, 46, 77]. [c.30]

При использоваиии этого метода важно достичь полного метилирования всех гидроксильных групп. Существует несколько методов метилирования. Один из них — метод Хеуорса — заключается в обработке олигосахаридов диметилсульфоксидом в присутствии 30%- ого раствора NaOH при комнатной температуре или охлаждении. Для восстанавливающих олигосахаридов метилирование в этих условиях сопровождается щелочной деградацией, поэтому этот метод рекомендуется применять для соединений, устойчивых в щелочных растворах. Высокой эффективностью отличается метод Куна—обработка олигосахарида иодистым метилом или диметилсульфатом в присутствии окиси серебра или окиси бария в диметилфо рмамиде или диметилсульфок- [c.81]

Установление структуры хинина и цинхонина. Выяснение структуры неизвестных соединений исторически развивалось через деградацию сложных молекул в более простые, которые в свою очередь подвергались деструкции дальше, до тех пор пока не получались вещества с известной структурой. Структура исходного вещества затем выводилась из структуры составных частей и на основе их способа образования. В качестве примера, иллюстрирующего данный метод, здесь приводится установление структуры хинина и цинхонина. Алкалоиды группы цинхонина встречаются в коре некоторых видов in hona и Remijia, растущих на высоких восточных склонах Андов. Хинин — это одна из главных составных частей и активное начало экстракта этой коры, который, как было найдено в 1639 году, является эффективным ан-тималярийным препаратом, что привело к широкому разведению хинного дерева в голландской Ост-Индии. Выяснение структуры хинина и цинхонина (как сопутствующего вещества) явилось одной из классических проблем органической химии в последней четверти девятнадцатого столетия. [c.543]

Бертуелл, Клиббенс и Гик [3] показали, что целлюлоза под действием растворителя ведет себя, как смесь веществ различного молекулярного веса. Водные растворы едкого натра такой концентрации, при которой лишь частично растворяется определенная целлюлоза, по всей вероятности, будут более эффективны, если к раствору добавить большее количество необработанной целлюлозы. Вся целлюлоза, деградация которой превышает известный предел, растворяется в растворителе, но при этом отнюдь не обязательно, чтобы раствор становился насыщенным по отношению к растворенной части. Бертуелл, Клиббенс и Гик предпочитают характеризовать растворимость целлюлозы в водных растворах щелочей не количеством целлюлозы, переходящей в раствор, а процентом целлюлозы, растворяющейся при таких условиях, когда раствор еще не становится насыщенным по отношению к растворенной части целлюлозы. Давидсон [4, 5, 6] также пользуется этим методом выражения растворимости. [c.196]

Альтернативные методы скрининга космидных библиотек, описанные в гл. 3, предполагают селекцию космидных клонов с использованием феномена гомологичной рекомбинации in vivo. Остальные главы книги посвящены вопросам, связанным с экспрессией клонированных генов. Для многих белков млекопитающих удалось осуществить высокопродуктивную внутриклеточную экспрессию в Е. oli. Однако гетерологические белки, локализующиеся в цитоплазме, часто образуют трудно растворимые агрегаты, что значительно осложняет получение нативного продукта. В гл. 4 описаны эффективные способы выделения активных растворимых продуктов из нерастворимых белков цитоплазмы Е. соИ. Вероятность деградации специфическими бактериальными протеиназами многих эукариотических белков, синтезируемых в Е. oli, может быть существенно снижена, если их экспрессировать в виде гибридных белков. Такие составные белки, в которых бактериальный компонент обычно представлен -галактозидазой, можно использовать в качестве иммуногенов для получения антисыворотки и моноклональных антител к клонированному эукариотическому белковому домену. Эти вопросы >ассматриваются в двух главах — одна посвящена получению поликлональной антисыворотки, а другая — методам гибридной технологии. В последующих главах книги описаны современные эукариотические экспрессирующие системы в гл. 7 — дрожжевая, далее в трех главах — системы на основе культивируемых клеток млекопитающих и трансгенные животные. В частности, описана система экспрессии с использованием векторов, которые несут гены, обеспечивающие возможность их индуцибельной амплификации это позволяет снимать токсическое действие антибиотиков, введенных в культуральную среду. Клонированные в таком векторе гены также [c.8]

Таким образом, до накопления в атмосфере достаточного количества кислорода гетеротрофы могли получать энергию лишь в анаэробных процессах (бескислородных). Анаэробные условия сохраняются в ряде мест и после установления стационарной концентрации кислорода в атмосфере. Это объясняется все теми же диффузионными ограничениями — в толще воды, при отсутствии перемешивания концентрация кислорода быстро падает — там могут жить лишь гетеротрофы, способные к добыванию энергии в анаэробных процессах. Практически анаэробные уело ВИЯ легко возникают и в толще многоклеточных организмов Этим объясняется странное, на первый взгляд, обстоятельство Широкое распространение анаэробных биохимических превра щений веществ и энергии на протяжении многих сотен миллио нов лет после установления стационарного уровня концентрации кислорода, а странным это могло бы показаться, поскольку анаэробные превращения во много раз менее энергетически эффективны, чем аэробное окисление (дыхание). Итак, высокосовершенные анаэробные процессы деградации пищевых веществ — условие существования гетеротрофов (и фото-автотро-фов в темноте). Анаэробные биохимические процессы типа гликолиза или брожения настолько совершенны и неожиданно сложны, что почти невозможно использовать метод их дедуктивного, умозрительного построения. В этом случае правильнее сразу посмотреть их действительные свойства. Гликолиз и брожение — прекрасный пример предельно совершенного решения конкретной эволюционно-биохимической задачи. Энергетический и химический смысл этих процессов — выделение свободной [c.134]

Наш метод выделения гяРНК из ядер печени крысы, включающий длительные экстракции разбавленными солевыми растворами при pH 7,8—8,0, базируется на слабом РНКазном гидролизе исходных комплексов, что ведет к их отщеплению от ядерного скелета. Очень слабая РНКазная деградация идет, очевидно, даже в присутствии ингибитора РНКазы. Именно поэтому наш метод оказался не эффективным при работе с ядрами, лишенными заметной РНКаз-ной активности (например, клетки Не Ьа). Тогда, однако, удавалось извлечь 308-частицы, если экстрагировать ядра не при 0°, а при 30°. [c.219]

Основная задача при выделении РНК—максимальное извлечение чистой нуклеиновой кислоты при минимальной деградации. Методы выделения основаны главным образом на подавлении рибонуклеазной активности и эффективном разрушении комплексов РНК-белок. Опубликованы многочисленные методы выделения РНК из различных растительных материалов при этом используют следующие реагенты [c.238]

Как уже отмечалось выше, для определения нуклеотидных последовательностей ДНК методом Максама-Гилберта необходимо наличие фрагментов ДНК, несущих на одном из концов какую-либо метку. Отдельные частные случаи секвенирования ДНК методом химической деградации (геномное и мультиплексное секвенирование, рассматриваемые в других главах) могут проводиться даже с немечеными препаратами ДНК. Концевое мечение секвенируемых фрагментов ДНК можно осуществить при помощи различных ферментов. Так, с помощью поли-нуклеотидкиназы фага Т4 и молекулы АТФ, несущей радиоактивный фосфор в у-положении, проводится мечение 5 -концов одно- или двуцепочечного фрагмента ДНК. Эффективность мечения тупых или 5 -углубленных концов двуцепочечного фрагмента ДНК значительно ниже, -чем 5 -выступающих. Для более эффективного мечения необходим предварительный этап дефосфорилирования фрагмента ДНК с помощью щелочной фосфатазы. Особая забота должна быть проявлена при последующем удалении щелочной фосфатазы, что достигается обычно фенольной депротеинизацией, так как остаточная фосфатазная активность может резко снизить эффективность этапа мечения. Мечение путем обменной реакции позволяет обойтись без этапа дефосфорилирования и требует присутствия в реакционной смеси в качестве акцептора молекул АДФ, однако эффективность мечения при этом будет значительно ниже. [c.22]

Задачи, стоящие перед исследователями, требовали определения нуклеотидных последовательностей довольно протяженных фрагментов ДНК, которые не могли быть прочитаны за одно электрофоретическое разделение продуктов секвенирующих реакций. В первые годы секвенирования ДНК предел чтения с радиоавтографа геля редко превышал 250-300 нуклеотидов для одной матрицы. Да и фермент ДНК-полимераза I, ее Кленовский фрагмент, имея низкую процессивность, не мог эффективно строить комплементарную цепь ДНК большой протяженности. Метод химической деградации вкупе со стандартным гель-электрофорезом того времени также не позволял читать более 250-300 нуклеотидов. В связи с этим решение проблемы секвенирования больших вставок, нуклеотидные последовательности которых не могли быть определены в одном эксперименте, заключалось в выработке специальных подходов. С течением времени, благодаря различным новшествам, разрешающая способность методов секвенирования заметно возросла и за счет этого увеличился оптимальный размер вставок до 500 и 1000 пн, позволяющий определить их последовательность в процессе одного электрофоретического разделения. Резко возросли и задачи, предполагающие уже определение нуклеотидных последовательностей еще более крупных фрагментов ДНК или даже целых геномов. Все это привело к разработке большого числа различных стратегий секвенирования протяженных фрагментов ДНК, к рассмотрению которых мы и приступаем. [c.234]

Некоторые аминные спирты, например этаноламин, при щелочной деградации более эффективны, чем щелочные буферы, и их использование позволяет добиться той же степени разрушения, но за более короткие сроки [600]. Метод обработки амин о спирта ми следующий. Водную суспензию ВТМ (10 мг/мл) диализируют в течение ночи против 0,02 М этаноламина, pH 10,5. Содержание диализного меш -ка затем центрифугируют при 60000—100000 g в течение одного часа, а надосадок обрабатывают сульфатом аммония, как описано выше. [c.169]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология