Лиганды нуклеотиды

Рис. 3.4. Емкость сорбента с иммобилизованным нуклеотидом (№-(-6-аминогексил)-5 -АМР—сефароза) в зависимости от концентрации лиганда [4].

Упомянутый кофермент является одним из наиболее распространенных в аффинной хроматографии. Другими часто используемыми аффинными лигандами являются нуклеотиды аденина, ури- [c.110]

Чтобы определить путь, по которому протекает на самом деле образование мостикового комплекса, необходимо исследовать начальную скорость реакции и скорости связывания лиганда и металла, причем образование мостикового комплекса фермент — металл — лиганд должно протекать в кинетически контролируемой стадии. Однако до сих пор лишь для немногих систем проведено столь детальное кинетическое исследование. Для пируваткиназы из мышц [35, 38, 39] данные, описывающие механизм образования комплексов мостиковых металлов с ФЕП и АДФ, хорошо согласуются со всеми тремя возможными путями их образования (ср. гл. 18). Эти данные противоречат предположению [16] о том, что все комплексы нуклеотидов с ферментами, в которых принимают участие ионы двухвалентных металлов, образуются в результате взаимодействия фермента с комплексом металл — лиганд [уравнение (3)]. [c.448]

По предположению Кон [21] наблюдение за поведением фермента при добавлении Са + может служить критерием для выбора схемы координации. Ферменты, образующие комплексы Е — субстрат — М +, например креатинкиназы, активируются Са +, в то время как на ферменты, образующие комплексы Е — М + — субстрат, Са + обычно действует как ингибитор. Основой этого эмпирического критерия является быстрая скорость обмена лигандов в Са +-комплексах [84], поскольку для Са + комплекс с мостиковым металлом неустойчив. Однако недавние исследования нукле-азы стафилококка по связыванию Са +, а также рентгеноструктурные работы показали, что этот ион взаимодействует с ферментом, включаясь в центр связывания нуклеотидов или очень близко к нему [85, 86]. Следовательно, в данном случае, по-видимому, имеет место образование мостикового комплекса фермент — Са + — нуклеотид, хотя не исключено и участие комплекса с ферментом в качестве мостика (М.2+ — Е — лиганд). [c.457]

Полное количество иммобилизованного компонента может быть определено двумя путями. Первый заключается в непосредственном анализе твердого носителя. Для пептидов и белков использовали аминокислотный анализ после исчерпывающего кислотного гидролиза (6,0 М НС1, ПО С, 24 ч, вакуум) (см., например, работу [4]). Для матриц, содержащих иммобилизованные нуклеотиды, проводилось определение фосфата [14] после исчерпывающего гидролиза модифицированной матрицы [15]. Другой метод состоит в определении после реакции присоединения количества лиганда, не связавшегося с твердым носителем. Количество иммобилизованного лиганда определяется вычитанием количества лиганда, остающегося в растворе после реакции (включая промывные воды), от исходного количества лиганда. [c.227]

Концентрация кальция в крови (10 мг%, или 2,5 мМ) меняется не более чем на 3% и поддерживается в основном с помощью паратгормона, витамина Е) и тирокальцитонина, которые обеспечивают адсорбцию этого катиона кишечником, выведение из организма или отложение в костях. Основная масса кальция сосредоточена в костном скелете, который служит как бы буфером для ионов, циркулирующих в кровотоке. По крайней мере половина кальция в крови связана с белками плазмы, главным образом с альбумином. Общее содержание Са + в клетках тканей может достигать 10 ммоль/кг, т. е. уровня, превышающего его концентрацию во внеклеточной жидкости. Большая его часть связана внутри клеток с растворимыми лигандами (нуклеотидами, неорганическим фосфатом, цитратом, белками, например кальмодулином) и клеточными мембранами или аккумулирована во внутриклеточных депо. [c.8]

Все разнообразие биологически активных молекул и их аналогов, которые могут быть использованы в качестве лигандов, не поддается перечислению. Тем не менее имеет смысл назвать некоторые (иногда очень широкие, а иногда ограниченные) группы веществ и даже индивидуальные вещества, чаще других используемые в качестве лигандов. Всем им свойственна определенная биоспецифичность — индивидуальная или групповая. Под первой будем понимать строгую взаимную специфичность ( сродство ) двух молекул, например антигена и антитела под второй — такой вид биоспецифического взаимодействия, когда лиганд может связывать целую группу родственных в этом смысле веществ. Примером может служить никотинаденин-нуклеотид, взаимодействующий со всеми ферментами, для которых он является коферментом. [c.361]

Н. используют как исходные в-ва в искусств, синтезе фрагментов ДНК (РНК) и синтезе нуклеотидов, в качестве лигандов в аффинной хроматографии, в химиотерапии вирусных, онкологич. и нек-рых др. заболеваний (напр., [c.304]

Интересно отметить, что кофермент витамина и его аналоги с нук-леозидным лигандом реагируют с синильной кислотой гораздо быстрее, чем с цианистым калием, возможно, потому, что начальное протонирование нуклеотида облегчает реакцию замещения [68], которая проходит даже в темноте. [c.609]

Лиганд. Любая молекула, низкомолекулярная или высокомолекулярная, способная специфически взаимодействовать с белком, нуклеиновой кислотой или другой молекулой, которую нужно очистить, потенциально может быть пригодна в качестве лиганда для аффинной хроматографии. Многие лиганды, такие, как субстраты ферментов, лектины или антигены, взаимодействуют только с одним типом белка или по крайней мере с очень ограниченным кругом белков. Другие, такие, как коферменты (NAD, NADP), нуклеотиды (АТР, АМР, сАМР и т. д.) и иммобилизованные красители, специфически взаимодействуют с более широким, хотя и ограниченным кругом макромолекул и известны как группспецифические лиганды. [c.445]

Фактор III - групповое название соединений, где нижний лиганд - 5-оксибензимидазольный нуклеотид. [c.284]

При гидролитическом распдеплении, проходяш ем с потерей нуклеотида, образуется соединение, называемое кобинамидом (фактор В). Это важный промежуточный продукт в биосинтезе витамина В з-Образование макроцикла, нижнего и верхнего лиганда, а также соединительного мостика имеют свое особое происхождение. [c.285]

В колоночной аффинной хроматографии достаточно сильное взаимодействие выделяемых веществ с иммобилизованным аффинным лигандом приводит к концентрированию вещества и его медленной миграции вниз по колонке. Этот процесс зависит от концентрации лиганда и почти не зависит от начальной концентрации свободных макромолекул. Например, в аффинной хроматографии глицерокиназы или лактатдегидрогеназы на К -(6-аминогексил)-5 -АМР— сефарозе не наблюдалось влияния концентрации фермента на емкость, если концентрации ферментов прямо пропорциональны концентрациям нуклеотида или зависимость между ними близка к таковой [21]. Необходимые при этом требования заключаются в том, что комплементарные макромолекулы следует наносить на колонку в ненасыщающих количествах, а также подбирать скорость потока раствора [19]. [c.82]

Обзор аффинных лигандов, используемых для выделения ферментов, ингибиторов, кофакторов, антител, антигенов, агглютининов, гликопротеинов и гликополисахаридов, нуклеиновых кислот, нуклеотидов, транспортных и рецепторных белков, гормонов и их рецепторов, липидов, клеток, вирусов и других веществ дан в гл. 11 (табл. 11.1). [c.104]

Обзор связанных аффинных лигандов, иреимущественно белковой природы, на целлюлозе п ее производных сделан Сильма-ном и Качальским [67], обзор связывания ферментов — Круком и сотр. [11], а связывания нуклеотидов, полинуклеотидов и нуклеиновых кислот — Гиламом [22]. В этих обзорах упомянуто много различных методов связывания. Поскольку в настоящее время целлюлоза находит ограниченное использование в аффинной хроматографии, здесь кратко отмечаются только некоторые из методов связывания. [c.178]

Специфические сорбенты, использующие исключительные свойства биологически активных веществ образовывать специфические и обратимые комплексы, в огромной степени облегчают выделение ряда ферментов, их ингибиторов и кофакторов, антител и антигенов, лектинов, гликопротеинов, гликополисахаридов, нуклеиновых кислот, нуклеотидов, жиров, транспортных и рецепторных белков, гормонов и их рецепторов, клеток и многих других соединений, как это представлено в обзорной табл. 11.1. Наряду с названием выделяемого вещества в таблице приведены также используемые аффинные лиганды, нерастворимые носители и пространственные группы, причем указано, аффинный лиганд или нерастворимая матрица модифицированы данной пространственной группой. Обзорная таблица включает выделения веществ как с помощью типичной биоаффинной хроматографии, так и с помощью гидрофобной или ковалентной хроматографии. [c.367]

Особенно интересно сравнить влияние ионов 5г(И) и Ва(П) на нуклеазу стафилококка. Подобно Са(П), для обоих катионов предпочтительны кубические структуры и донорный атом кислорода в качестве лиганда [290]. Данные рентгеноструктурного анализа [33] фермента, ингибированного Ва(П), показывают, что ион Ва(П) смещен на 75 пм относительно центра, занимаемого Са(П). Вероятно, ион 8г(П) смещен от центра связывания Са(П) несколько меньше, поскольку 5г(П) имеет меньший ионный радиус (табл. 3). Эти результаты показывают, что стереохимические требования к координации катиона металла при гидролизе РНК должны несколько отличаться от требований при гидролизе ДНК, поскольку 5г(И) катализирует гидролиз ДНК, но не РНК. Структурные причины уменьшения гидролитической активности по отношению к ДНК в присутствии 8г(И) и исчезновение активности в присутствии Ва(П) нельзя объяснить только на основе кристаллографических данных. Вероятно, геометрические искажения центра связывания Са(П), обусловленные изменением ионного радиуса, передаются области связывания нуклеотида. Эти эффекты могут ухудшать стерическое соответствие субстрата активному центру, что приводит к уменьшению ферментативной активности. Кроме того, необходимо учитывать влияние увеличения ионного радиуса на возможную каталитическую роль молекулы воды, образующую мостик между ионом металла и атомом фосфора в 5 -положении рибозила. [c.120]

Определение неметаллов, начатое в работах Марка и Рейли [75], основано на зависимости высоты каталитической волны электровосстановления ионов металла (обычно в избытке) от концентрации лиганда-катализатора. Отсюда была показана возможность косвенного определения полярографически неактивных лигандов. Рассмотрим ряд примеров этих определений, взятых из обзора [73], дополнив данными из более новых работ. Таким путем определяли пиридин и его производные по каталитической волне N1" [75, 76], о-фенилендиамин по той же волне, иодид-, бромид- и роданид-ионы по каталитической волне 1п" , щавелевую и ароматические поликарбоновые кислоты по той же волне [77], салициловую кислоту и ее производные по каталитической волне Оа" [78], полифенолы по каталитической волие [79], или Ое" [80], цистеин по каталитической волне Зп ", роданид-ионы и рубеановодородную кислоту по каталитической волне Со" [81], оксиэтилеидифосфо-новую кислоту по каталитической волне Т1 [82]. Для определения нуклеотидов был использован каталитический ток, обусловленный восстановлением Си", но так как в обычных условиях по восстановлению ионов меди нельзя обнаружить каталитический эффект лиганда, то в раствор вводился ингибитор электродного процесса — трибутилфосфат [83]. Полифенолы (таннин и красящие вещества) в винах определяли по каталитической волне Се [84]. [c.320]

Константа равновесия реакции (1) называется константой устойчивости (или иногда константой образования). Обычно для М + т=-Ы, +2 или -ЬЗ. Так как гл. 6 специально посвящена комплексам ионов щелочных металлов, здесь будут рассматриваться главным образом ионы переходных металлов (например, Ре +, Ре +, N1 +, Си +, 2п + и т. д.) и в меньшей степени ионы лантанидов (например, Се +, 5т +, Сс1 +, Но , Тт +, Ьи + и т. д.). Как правило, лиганды имеют заряды О, — 1 или —2. Будет рассматриваться только ограниченное число типов лигандов, в частности, такие, как МНз, С1 , Вг-, 1 , Р04 , РгОТ, аминокислоты, малые пептиды, нуклеотиды и порфирины. Комплексные соединения с двумя ионами металла, которые соединены мостиком, состоящим из одного или более лигандов, здесь также обсуждаться не будут, хотя такие комплексы известны. [c.89]

Па рис. XIV. приведено в качестве примера строение активного центра алкогольдегидрогеназы, цинкосодержащего металлофермента, использующего в качестве кофермента ПАД+. Ион Zn находится на дне гидрофобного кармана , образованного в месте каталитического и связывающего нуклеотид доменов. Лигандами атома Zn являются атомы 8 аминокислотных остатков цис-Аб и цис-ПА и атом N остатка гис-67. Четвертый лиганд — молекула воды — связан с гидроксилом остатка сер-48, который, в свою очередь, образует водородную связь с гис-51. [c.430]

Таким образом, изменение температуры в сочетании с другими приемами, такими, как уменьшение концентрации лиганда, пульсирующее введение NADH или использование градиентов ионной силы, можно применять при элюировании жестко связанных ферментов. Кроме того, градиенты температуры могут служить очень чувствительными методами элюирования слабо связанных ферментов. Добавим, что элюированные ферменты, не содержащие десорбирующих агентов (например, солей или незначительных количеств нуклеотида), можно непосредственно использовать при кинетических исследованиях. [c.117]

С использованием количественной аффинной хроматографии с зональным элюированием был изучен ряд взаимодействующих систем белок — лиганд и белок — белок. Ниже приведены несколько типичных примеров, показывающих обычные хроматографические результаты, получаемые при изучении моновалентных (например, нуклеаза стафилококков — нуклеотид), бивалентных (например, ТЕРС 15 IgA бивалентный мономер — фосфорилхолин) и кооперативных (например, БФН-П — пептидный гормон) взаимодействующих систем. [c.233]

На рис. 4 представлены результаты, полученные при элюировании зон нуклеазы стафилококков с pdTpAp-сефарозы при различных концентрациях растворимого конкурентного лиганда [3]. Линейность зависимости 1/(У—Уо) от [L] отражает 1 1-природу взаимодействия фермент — нуклеотид эта зависимость может быть использована для расчета констант диссоциации / l и /Сс с использованием моновалентных моделей [уравнение (2)]. Рассчитанные константы приведены в табл. 1 там же приведены результаты для двух других конкурентных лигандов. [c.234]

Основное преимущество модели диссохщи ующего белка состоит в том, что ее гораздо легче проверить экспериментально,, чем модели, рассмотренные ранее связывание лиганда в этом случае должно сопровождаться большим изменением молекулярного-веса белка и степень кооперативности должна зависеть от концентрации последнего. Эти особенности связывания лиганда характерны только для модели диссоциирующего белка, и их легко выявить экспериментально. Фриден и Колмэн [57] показали, например, что обратимая ассоциахщя позволяет полностью объяснить связывание различных нуклеотидов глутаматдегидрогеназой. Процессы диссоциации—ассоциации белковой молекулы могут давать определенный вклад в кооперативность и в случае гемоглобина, который способен диссоциировать на димеры в растворах с высокой концентрацией соли. Однако одной только диссоциацией объяснить, кооперативное связывание кислорода не удается, поскольку оно наблюдается во многих случаях, когда диссоциация отсутствует. При работе с любым белком необходимо всегда проверять, зависит ли наблюдаемая кооперативность от концентрации белка. В тех случаях, когда обнаружив ается изменение степени кооперативности белка, в качестве возможной причины следует рассматривать диссоциацию. [c.195]

Быстрое, и даже бурное развитие протеомики в последние несколько лет определяет интенсивное использование в исследовательской работе рекомбинантных белков. Естественно, работа с индивидуальными белками требует их эффективной очистки. Как всегда, любая задача может быть решена разными способами. Использование для быстрого выделения индивидуальных белков аффинной метки (affinity tag) в виде специфической аминокислотной последовательности, присоединенной к одному из концов исследуемого полипептида, позволяет просто и эффективно решать эту задачу [156]. Присоединение аффинных последовательностей проводят методами генной инженерии, объединяя в составе экспрессируюш,его вектора кодируюш,ую часть исследуемого гена с последовательностью нуклеотидов того или иного пептида или полипептида, обладаюш,его избирательным сродством к лиганду (табл. 5). В целом, системы очистки рекомбинантных белков, основанные на аффинных аминокислотных последовательностях, обладают целым рядом уникальных свойств. Так, они позволяют проводить выделение любого гибридного белка в один этап путем его адсорбции на соответствующем носителе. Сама аффинная метка оказывает минимальное влияние на третичную структуру основного белка и может быть легко удалена из гибридного полипептида. Кроме того, она допускает проведение быстрой и точной количественной оценки содержания белка в искусственных системах экспрессии рекомбинантных генов. Тем не менее использование каждой аффинной метки требует соблюдения конкретных условий, которые не являются универсальными и могут оказывать сильное влияние на биохимические свойства выделяемого белка. [c.124]

Мутационная замена Asn Ala в С-концевой части интеина блокирует последнюю стадию сплайсинга рекомбинантного белка (см. рис. 39), при конструировании которого нуклеотидная последовательность целевого белка 1 была объединена в коммерческом экспрессирующем векторе в одной рамке считывания с последовательностями нуклеотидов мутантного интеина и хитин-связыва-ющего домена ( BD) бактериальной хитиназы. Последний в рекомбинантном белке выполняет роль лиганда, взаимодействующего с иммобилизованным рецептором (хитином), что необходимо для очистки белка с помощью аффинной хроматографии после связывания хроматографическим носителем целевой белок вырезается из полипептида с помощью добавленного тиола (R-HS) в реакции межмолекулярной трансэтерификации, и образовавшееся производное может быть далее лигировано с пептидом, содержащим остаток a- ys. Таким образом, процесс EPL объединяет в себе две стадии тиолиз с участием интеина и спонтанное химическое лигирование нативных белков [c.314]

Циклические нуклеотиды, в свою очередь, регулируют актив-iO Tb специализированных белков — протеинкиназ в цитозоле. Протеинкиназы ф форилируют целый спектр белков клетки, модифицируя их функцию. На каждой ступени биохимического каскада происходит усиление сигнала. В результате даже небольшое число молекул лиганда может существенно изменить метаболизм клетки. [c.51]

Смотреть страницы где упоминается термин Лиганды нуклеотиды: [c.119] [c.368] [c.183] [c.137] [c.232] [c.134] [c.49] [c.70] [c.90] [c.105] [c.141] [c.211] [c.210] [c.127] [c.445] [c.300] [c.396] [c.50] [c.16] [c.101] [c.16] [c.210] [c.379]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология