Пептиды ступенчатый

Гидролиз белков ферментами пищеварительного тракта применяет-1СЯ главным образом для Проведения неполного ступенчатого расщепления. Полученный тем или иным способом гидролизат содержит смесь аминокислот и аммиак, образовавшийся в -результате расщепления аспарагина и глутамина и частичного дезаминирования пептидов и аминокислот. После предварительного удаления основной массы кислоты или щелочи гидролизат подвергают фракционному разделению на аминокислоты. В течение первых двух десятилетий текущего столетия аминокислоты разделяли в виде их эфиров, которые подвергали перегонке в вакууме (метод Э. Фишера). Позднее этот метод потерял свое значение из-за сложности выполнения и необходимости применения большого количества белка. В настоящее время благодаря появлению метода газовой хроматографии, применение эфиров аминокислот, возможно, вновь окажется интересным. [c.479]

Для обратимого блокирования концевых и боковых основных, кислых и спиртовых групп аминокислот существует большое число защитных групп (разд. 2.2.4), выбор которых определяется стратегией синтеза и селективностью их отщепления. Небольшие пептиды, а также участки последовательностей для фрагментной конденсации лучше всего могут быть синтезированы ступенчато с С-конца. При обсуждении отдельных защитных групп [c.220]

Применение современной техники разделения, особенно высокоэффективной жидкостной хроматографии, позволяет относительно хорошо очистить пептиды, содержащие 3—10 аминокислотных остатков. Для построения длинных полипептидов и небольших белковых молекул подходит только классический метод конденсации фрагментов. Синтез фрагментов производят либо в растворе путем ступенчатого удлинения пептидной цепи, либо [c.226]

Важнейший химический метод ступенчатой деградации пептидов с N-конца — фенилтиогидантоиновый метод (деградация по Эдману) [100]. [c.369]

При выборе или планировании защиты аминогрупп существенны многие факторы. Надо учитывать, с какой лёгкостью вводится данная защита в случае определенной аминокислоты, насколько хорошо она выполняет свою защитную функцию, насколько группа устойчива в условиях пептидного синтеза, насколько хорошо защищен соседний хиральный центр (для всех остатков а-аминокислот, кроме глицина) от рацемизации, насколько легко защитная группа может быть удалена в процессе синтеза или по его окончании. Ввиду того что аминогруппы могут присутствовать также и в боковой группировке некоторых аминокислот (например, в лизине, орнитине) и в связи с необходимостью иметь для синтеза защищенные производные как пептидов, так и аминокислот, возникает потребность использования ряда защитных групп, которые можно было бы удалять избирательно. Чаще всего это достигается применением защитных групп, лабильность которых ступенчато изменяется в зависимости от кислотности среды, или же сочетанием разных групп, удаляемых соответственно кислым и иным (например, щелочным) агентом. [c.371]

Три основные подхода к созданию полипептидной цепи показаны на схеме (55), части (а) — (в). Первый подход, состоящий в постепенном наращивании со стороны концевой аминогруппы участок (а) на схеме , применяется редко, хотя он и имеет прямую аналогию с биосинтезом белка. Он включает удаление защиты карбоксигруппы и активирование концевой карбоксигруппы пептида. Этот подход, следовательно, делает максимальной возможность рацемизации и других возможных побочных реакций, затрагивающих активированный пептид. Противоположный процесс, т. е. ступенчатое наращивание со стороны концевой карбоксильной груп- [c.408]

АНАЛИЗ КОНЦЕВЫХ ГРУПП И СТУПЕНЧАТАЯ ДЕГРАДАЦИЯ БЕЛКОВ И ПЕПТИДОВ [c.265]

Ступенчатая деградация белков и пептидов 267 [c.267]

При ступенчатой деградации пептидов для расшифровки последовательности достаточно определить аминокислотный состав пептида, остающегося после каждого очередного отщепления. Предположим, пептид имеет состав А, В, С, О, Е. Если мы после каждой ступени ФТЦ-деградации проведем определение состава укороченного пептида, то получим следующие результаты [c.285]

Эти данные были использованы для ступенчатого последовательного гидролиза и анализа пептидов с N-конца, что сравнимо с действием аминонептидазы. Для большинства аминокислот выход реакции гидролиза составляет 30—50%. Для иовышения выхода предложен другой подход с использованием твердофазного носителя. В щелочном буфере при 60°С только N-концевой остаток остается связанным с твердофазным носителем, а остальные ненрореагировавшие вещества могут быть отмыты и использованы вновь [230]. [c.358]

Рассмотрим результаты экспериментального исследования реакций образования комплексов серебра в водных растворах пептида триглнцина NH2 H2 ONH H2 ONH H2 OOH. Его протолитические свойства характеризуются следующими значениями ступенчатых констант рКа i = 3,13 0,04 и рКа2 = = 7,92 0,03. Диссоциация по первой ступени отвечает переходу НгА+ в цвиттерион НА , а вторая — переходу к аниону А-. [c.631]

Затем с аминогруппы аминокислоты снимают трет-бутоксикарбониль-ную защиту и проводят ступенчатый синтез пептида заданной длины и определенной последовательности аминокислот, включая все перечисленные ранее стадии синтеза и удаляя после каждой реакции побочные продукты синтеза промывкой носителя. [c.381]

Рассмотрение принципа действия и особенностей использования аминокислотного анализатора начнем с того, что сформулируем представления об анализируемом препарате. Для наиболее интересного случая — анализа состава белка — им является смесь 20 природных аминокислот. Все компоненты этой смеси представляют одинаковый интерес, подлежат полному разделению и количественной оценке. Интервал. молекулярных масс простирается ог 75 (Gly) до 204 (Тгр), диапазон значений р1 — от 2,97 (Glu) до 10,76 (Arg). Различия в стеиени гидрофобности тоже выражены сильно от гидрофильных дикарбоновых и оксикислот до весьма гидрофобных, несущих довольно протял<енные алифатические и ароматические боковые группы. Заметим сразу, что такие различия должны облегчить задачу хроматографического разделенпя, но вряд лн позволят обойтись без ступенчатой смены элюентов. В обычных условиях хроматографии все алшнокислоты достаточно устойчивы, но следует обратить внимание с этой точки зрения и на предшествующий хроматографии этап исчерпывающего гидролиза белков и пептидов (от него будут зависеть и результаты анализа). Агрегация аминокислот маловероятна, за исключением возможности окисления цистеинов до цистинов. Не-специфическая сорбция за счет гидрофобных взаимодействий с материалом матрицы безусловно возможна, но здесь она будет использоваться в интересах фракционирования. [c.515]

Этот способ, разработанный Гансом Фишером и его учениками [62] был применен для ступенчатого расщеплен.ия пептидов [105]. Преимущество этого способа заключается в том, что он позволяет провести реакцию в условиях, почти исключающих возможность гидролиза. Гидролизуются бензилуретаны, повидимому, тоже легче, чем метил- и этилуретаны [262а, 2626]. [c.361]

Из предыдущего подраздела этой главы следует, что в настоящее время общий характер построения полимерной цепи нуклеиновых кислот и главная форма свяэи в ней достаточно выяснены и коавенно подтверждены неспецифическим синтезом полимера. Иными словами, в химии нуклеотидов достигнут тот уровень, который в химии белка и пептидов знаменовался установлением пептидной связи как главной формы связи в белке. Однако в настоящее время химия пептидов пошла в своем развитии гораздо дальше, так как были развиты методы, позволяющие устанавливать последовательность отдельных мономеров (аминокислот) в гетерополимерной молекуле пептида. Эти методы, основанные на ступенчатой деструкции пептидов, позволили, как известно, установить строение многих простых и более сложных пептидов (в том смысле, в каком понимается термин строение в классической органической химии). [c.251]

Для определения Ы-концевой аминокислоты пользуются лейцинами-нопептидазой, выделяемой из слизистой оболочки кишечника. Лейцин-аминопептидаза расщепляет экзопептидную связь, образованную аминокислотным остатком, содержащим свободную аминогруппу. При этом происходит ступенчатая деградация пептида. [c.512]

По числу соединенных с азотом алкильных групп различают моно-, ди- и триалкиламинокислоты. Проще всего полное алкилирование аминогруппы (пералкилирование) проходит с диазоалканами или диалкилсульфатами, причем оно идет ступенчато через моно- и диалкилированные продукты. Моно- и диметиламинокислоты принимают участие в образовании пептидов микробного происхождения. [c.70]

Под стратегией понимают последовательность соединения аминокислотных составляющих в пептид. С введением твердофазного синтеза в 1962 г. появился дополнительный выбор методов, т. е. кроме традиционного синтеза в растворе можно получать пептиды на второй фазе. При этом синтез на второй фазе может протекать либо как гетерогенная реакция (твердофазный синтез), либо как гомогенная реакция при применении растворимых полимерных носителей (жидкофазнкй синтез), либо как одновременно гетерогенная, так и гомогенная реакция (чередующийся твердо-фазно-жидкофазный синтез). В связи с этнм подятие стратегии несколько изменилось. Теперь под стратегией понимается только тип соединения аминокислот, причем различают ступенчатое наращивание цепей и фрагментную конденсацию. Особенности этих путей синтеза обсуждаются ниже. [c.211]

Группы Кнорре [523], Шихана [524] и Подушки [525] уже с середины шестидесятых годов изучали на различных объектах ступенчатый синтез пептидов в гомогенном растворе без выделения промежуточных продуктов, синтез in situ. Отменой утомительных операций очистки на отдельных стадиях синтеза достигается значительная экономия времени. Разработанный Тилаком ПСА-метод (разд. 2.2.5.2.1) и особенно НКА/НТА-метод (метод Хиршмана) (разд. 2.2.5.2.3), который позволяет получать фрагменты пептидов в водном растворе, открыли новые возможности для широкого применения синтезов 1п situ. Методы синтеза пептидов без выделения разрабатывались и позже. [c.213]

Ступенчатое наращивание пептида с применением второй фазы впервые проведено Меррифилдом на примере твердофазного пептидного синтеза (разд. 2.2.7.1). При реакциях в гетерогенной фазе вероятность встречи реагирующих партнеров гораздо ниже, чем в гомогенном растворе. Для получения высокой степени превращения требуется значительный избыток ацилирующего средства. Преимуществом этой стратегии является простота технических операций и связанная с этим возможность автоматизации. Трудные операции очистки промежуточных веществ традиционного синтеза заменяются простыми процессами фильтрования и промывания. Однако на этом пути однородный продукт синтеза получается только в том случае, если каждая реакция в гетерогенной фазе протекает практически количественно. Несмотря на большие избытки карбоксикомпонента, использование которых чревато опасностью N-ацилирования пептидной связи, полное превращение на каждой стадии в настоящее время недостижимо. На практике средний выход на одну стадию 95—99%, что недостаточно для синтеза длинных пептидов или белков. Средние выходы на одну стадию и полные выходы (в зависимости от длины цепи) приведены в табл. 2-10. Как показывает практика, короткоцепочечные пептиды или их аналоги длиной до -15 аминокислотных остатков могут быть получены твердофазным методом. Трудности при синтезе небольших белков наглядно демонстрируются данными табл. 2-10. Еще хуже сказывается накопление не- [c.214]

Синтез на твердом материале (разд. 2.2.7.4) делает возможным ступенчатое наращиванве на полимерном носителе с помош >ю полимерных активированных эфиров или других полимерных агентов. Растущие цепн пептида остаются постоянно в гомогенном растворе, так что возможна очистка промежуточных продуктов. [c.215]

Цикл, необходимый для отщепления одной аминокислоты, включает -30 операций и продолжается 93,6 мин. Таким образом за 24 ч удается отщепить и идентифицировать около 15 аминокислотных остатков. Так как выход на цикл составляет 97 — 98%, теоретически возможно при данных условиях ступенчато отщепить до 100 аминокислот. Для небольших пептидов классический автомат подходит меньше, так как недостаточное различие растворимостей пептида и тиазолоина затрудняет селективную экстракцию последнего. [c.371]

Альтернативным путем для установления последовательности коротких пептидов является деградация по Эдману на твердой фазе. По аналогии со способом Меррифилда деградируемый пептид связывается ковалентно с полимерным носителем и ступенчато расщепляется с К-конца. Принципиальная применимость этого метода доказана во многих лабораториях. В качестве носителя чаще всего используют устойчивый к трифторуксусной кислоте аминоалкилполистирол. Присоединение секвенируемого пептида более предпочтительно через амидную связь. [c.371]

В настоящем разделе рассматриваются только те методы, которые обеспечивают ступенчатое отщепление аминокислотных остатков, так что пептидная цепь после отщепления концевого остатка остается незатронутой. Таким образом, из рассмотрения исключается 2,4-динитрофторбензольный метод, предложенный Сэнджером [262]. Этот метод, использовавшийся для получения большей части сведений о М-конце-вых группах пептидов и белков, подробно рассмотрен в ряде обзоров [114, 277, 320]. Не рассматривается также метод расщепления гидразином Ака бори и сотр. [3, 4, 230], позволяющий определять С-концевые аминокислоты. Этот метод в последнее время был усовершенствован [39], так что он стал пригоден для идентификации всех обычно встречающихся аминокислот. [c.238]

Для ступенчатого расщепления пептидов разработан метод [ИЗ, 114], по которому ФТК-пептид растворяют в 3 н. НС1 при комнатной температуре и ойределяют конец циклизации по изменению поглощения в диапазоне длин волн 235— 275 ммк. По мере образования ФТГ-производного N-концевой аминокислоты максимум поглощения смещается приблизительно от 240 до 262,5 ммк при минимуме около 240 ммк (рис. 13). Если реакция протекает медленно, то ее проводйт при более высокой температуре (например, при 40°). Обычно продолжительность реакции при комнатной температуре составляет 1,5—24 час. После завершения циклизации ФТГ-производное экстрагируют этилацетатом, а водный раствор выпаривают досуха при низкой температуре, чтобы избежать нежелательного действия кислоты и возможного гидролиза пептидных связей. [c.240]

Для ступенчатого расщепления ФТК-производных высших пептидов и белков, по-видимому, лучше применять безводные кислотные реагенты, так как при этом снижается вероятность разрыва связей внутри пептидной цепи при многократном последовательном отщеплении концевых остатков. Ступенчатое расщепление ФТК-инсулина в водной среде в присутствии хлоргидрата гуанидина, который удерживает белок в растворе, действием 1 н. НС1 при 36° [112] или 0,1 н. НС1 при 75° [60] на начальных стадиях происходит нормально. Однако при использовании разбавленных кислот помимо ожидаемых ФТГ-прокзводных на последующих стадиях отщепления образуются все возрастающие количества других фенилтиогидан-тоннов, что свидетельствует о расщеплении других пептидных связей. [c.243]

Другие методы. Замещенные о-нитрофенильные соединения вводят в свободную аминогруппу действием соответствующего фторпроизводного. Последующее восстановление нитрогруппы позволяет легко осуществить циклизацию аминосо-единения в лактам в мягких условиях. Р. Холли и А. Холли [156] при разработке этого метода исследования простых пептидов применяли 1-фтор-2-нитро-4-карбометоксибензол, но другие исследователи [162, 169] предпочитали работать с более доступным 1-фтор-2,4-динитробензолом. Реакции при ступенчатом расщеплении по методу Р. Холли и А. Холли [156] протекают по следующей схеме [c.245]

Успешное введение аминокислотного остатка гистидина в синтетические пептиды по-прежнему представляет собой чрезвычайно сложную проблему. И это связано с крайне неудобными для синтеза химическими свойствами имидазольного цикла. Свободный имидазол — это эффективный катализатор гидролиза сложных эфиров и амидов, а также рацемизации. Сами же гистидиновые производные особенно склонны к рацемизации в процессе пептидного синтеза. Если имидазольный цикл оставить незащищенным, то он может подвергаться ацилированию активированными карбоксильными компонентами, причем получающиеся ацильные производные сами по себе достаточно реакционноспособны и могут затем вызывать перенос ацильной группировки в разных участках молекулы. По этой причине Л т-ацильные производные гистидина часто неудобны в качестве синтетических интермедиатов, если на ряде стадий нужно сохранить находящуюся в боковом радикале защитную группу. Для ступенчатого синтеза можно использовать защищенные уретановые производные, например Ма, Л 1т бис-грег-бут-оксикарбонилпроизводное (63), причем обе защитные группы удаляют непосредственно после введения аминокислотного остатка в пептидную цепь. Так, интермедиат (63) успешно используется в твердофазном синтезе [47]. [c.387]

При планировании синтеза пептидов значительного размера нужно уделить особое внимание как разработке общего или стратегического плана, так и тактике, с помощью которой этот план может быть эффективно выполнен [110]. Основной стратегический замысел состоит в способе, которым может быть достигнуто построение определенной последовательности остатков аминокислот, т. е. либо ступенчатым способом по одному остатку за одну ступень, начиная с концевой амино- или карбоксигруппы, либо путем объединения нескольких частей с определенной последовательностью (конденсация фрагментов), проводя синтез либо в растворе, либо твердофазным способом и т. д. Тактические соображения включают выбор подходящего сочетания защитных групп для концевых амино- и карбоксильных групп для различных боковых радикалов аминокислот. Некоторые из этих защитных групп постоянны , т. е. сохраняются до конца синтеза, другие — временны , т. е. подлежат отщеплению на промежуточных стадиях синтеза, что дает возможность создания определенного типа пептидной связи или это производится для того, чтобы нужным образом изменить растворимость и т. д. Условия для снятия защитных групп должны быть выбраны с учетом аминокислотного состава пептида. Другую часть тактики составляет выбор методики создат ния пептидной связи, выбор растворителя, особенно в связи с опас ностью рацемизации. [c.408]

Эту процедуру ступенчатого расщепления пептида с N-конца можно повторять многократно, идентифицируя последовательно одну аминокислоту за другой. Метод Эдмана используется в качестве химической основы для определения первичной структуры белков и пептидов. Он реализован в специальном приборе-секвенаторе (от англ. sequen e - последовательность), работающем в автоматическом режиме и позволяющем определить последовательность аминокислот с N-конца пептида до 50-60 аминокислотных остатков. [c.54]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология