-Концевые остатки определение

Определение концевых групп заключается в идентификации аминокислотных остатков на концах пептидной цепи. Применяемая методика основана на том, что остатки на концах цепи отличаются по свойствам от всех остальных звеньев и друг от друга один (N-концевой остаток) содержит свободную аминогруппу, а другой (С-концевой остаток) — свободную карбоксильную группу в а-положении к пептидной связи. [c.1048]

Наиболее успешным методом определения С-концевых остатков является не химический метод, а ферментативный. Селективное удаление С-концевого звена осуществляется при помощи фермента карбоксипептидазы (из поджелудочной железы), которая расщепляет лишь ту пептидную связь,которая расположена в а-положении к свободной а-карбоксильной группе в полипептид-ной цепи. Анализ можно повторить на укороченном пептиде с тем, чтобы идентифицировать новый С-концевой остаток и т. д. [c.1049]

Гликоген. — Гликоген представляет собой резервный углевод животных организмов в частности, он содержится в печени и мышцах. Гликоген с иодом дает окраску от коричневой до фиолетовой и в этом отношении похож на предельный декстрин. Гликоген построен исключительно из остатков D-глюкозы, связанных друг с другом так же, как в мальтозе, — продукте ферментативного гидролиза полисахарида из определения концевых групп следует, что один концевой остаток приходится на 12—18 глюкозных единиц. Гликоген очень близок к амилопектину, так как метилированный гликоген дает [c.554]

В качестве иллюстрации эффективности такого подхода рассмотрим определение 5 -концевой последовательности 55 РНК из 16 нуклеотидов [схема 2, часть (а)]. Отправной точкой здесь может служить концевой остаток уридин-5 -фосфата он входит в состав динуклеотида Е1, полученного при полном гидролизе гуанил-РНК-азой, и тринуклеотида Д1, полученного с помощью хи- [c.78]

Расчет удельного вращения. Поскольку олигосахариды построены по типу гликозидов, так же, как и в случае гликозидов, здесь пользуются правилом Кляйна [131. Это правило заключается в том, что молекулярное вращение гликозида([Л1] ,=[а] )Л1/100) приблизительно равно алгебраической сумме молекулярных вращений сахарного остатка и агликона. В случае олигосахаридов за агликон принимаются моносахаридное звено или звенья, связанные с нередуцирующим концевым остатком. Практически задача определения конфигурации гли-козидной связи сводится к вычислению молекулярного, а отсюда и удельного вращения для гликозидов с а- и р-связями и сравнению с вычисленными величинами экспериментально найденного [а1в исследуемого соединения. За удельное вращение нередуцирующего концевого остатка принимают вращение гликозида соответствующего сахара с оптически неактивным агликоном, например, если в олигосахариде концевой остаток—О-глюкозильный остаток, —исходными величинами будут удельные вращения метил-а- >-глюкозида и метил-Р-Б-глюкозида. Отсюда вычисляют молекулярное вращение а- и Р-глюкозильных остатков. Далее также, исходя из удельного [c.20]

С-Концевой анализ можно провести с помощью фермента карбоксипептидазы, который специфически отщепляет С-конце-вой остаток от белка. Эту аминокислоту затем можно идентифицировать. Далее процесс повторяют на оставшемся белке и определяют следующий остаток и т. д. до определения всей последовательности. [c.268]

Как уже упоминалось, ПК в качестве лигандов могут обладать как групповой специфичностью (для белков хроматина, факторов управления трансляцией, нуклеаз и др.), так и индивидуальной (для индивидуальных мРНК, белков-регуляторов транскрипции и др.). Во втором случае на аффинном сорбенте должны быть закреплены вполне определенные участки генома. Это стало возмолшым после создания способов отбора и наработки в достаточных количествах строго идентичных фрагментов ДНК методами генной инженерии. В последнее время возникла еще одна область использования иммобилизованных НК — в качестве праймеров матричного синтеза. Эти приложения предъявляют разные требования к характеру фиксации НК на матрице. В первом случае расположение точек закрепления на молекуле НК может быть произвольным, во втором определенные и достаточно протяженные участки полинуклеотидной цепи должны быть свободны для комплементарного взаимодействия, а в третьем закрепление НК на матрице желательно осуществить лишь по одному определенному концу молекулы. Что же касается возможности реакций с активированными матрицами, то вдоль всей молекулы НК во множестве располагаются химически эквивалентные группы аминогруппы нуклеиновых оснований, гидроксилы сахаров и др. В особом положении находится только концевой остаток фосфорной кислоты или сахара. [c.387]

Определение числа пептидных цепей в белке путем количественного измерения скорости отщепления аминокислот может оказаться ненадежным, если два соседних аминокислотных остатка отщепляются почти с одинаковой скоростью. Это наблюдается в случае ростового гормона быка, в котором два остатка фенилаланина быстро отщепляются карбоксйпеп-тидазой, после чего происходит отщепление аланина, лейцина и серина. В этом белке имеются два К-концевых остатка, но расщепление гидразином позволило обнаружить только один С-концевой остаток фенилаланина. Полученные при расщеплении белка карбоксйпептидазой результаты объясняются тем, что С-концевой участок имеет состав —Фе.Фе.ОН [198]. [c.234]

Другой метод определения Ы-концевых групп (разработанный в 1950 г. П. Эдманом в Университете Лунда, Швеция) основан на реакции между аминогруппой и фенилизотиоцианатом, приводящей к образованию замещенной мочевины (ср. разд. 29.14). Гидролиз соляной кислотой в мягких условиях селективно удаляет Ы-концевой остаток в виде фенилтиогидантоина, который затем идентифицируют. Большое преимущество этого метода состоит в том, что он не затрагивает остальной части пептида поэтому анализ можно вновь повторить и идентифицировать при этом следующую концевую группу в укороченном пептиде. В идеале этот метод можно использовать многократно до полного определения всей последовательности звеньев, аминокислота за аминокисло той однако на практике это оказывается неосуществимым. [c.1049]

Прежде всего следует учесть, что рибосома катализирует нормальную реакцию транспептидации также и в том случае, когда субстратом является пролиновый остаток. Пролин, в отличие от остальных аминокислот, имеет стерически ограниченный угол поворота вокруг связи С —N (так как эта связь входит в состав кольцевой структуры). В случае пролинового остатка в донорном субстрате это ограничение будет задавать определенный фиксированный угол между плоскостью (М/ - С - С ) и плоскостью примыкающей пептидной группы (Ы,- 0,-1), равный приблизительно 60° (рис. 106). В пептидной химии угол, определяемый поворотом вокруг связи С —Ы, обозначается как угол ф в данном случае его значение считается -60°, так как плоскость пептидной группы повернута на 60° против часовой стрелки, если смотреть от С -атома. Поскольку любой аминокислотный остаток должен быть установлен в пептидилтрансферазном центре эквивалентным образом, то, очевидно, угол ф должен быть подогнан к тому же значению путем вращения вокруг связи С —N для всех других 19 типов остатков донорного субстрата (имеется в виду С-концевой остаток растущего пептида, связанный с тРНК и участвующий в транспептидации). [c.192]

В определенных случаях удается провести частичное окисление олигосахаридов перйодатом. Такой прием основан на различиях в скоростях окисления а-гликольных группировок, имеющих разную стереохимию (см. стр. 88). Так, например, при окислении природного гликозида соланина XXII, содержащего концевой остаток -рамнозы и остатки )-галактозы и D-глюкозы, происходит быстрое поглощение двух молей перйодата с выделением одного моля муравьиной кислоты второй моль муравьиной кислоты выделяется значительно мeдлeннee . [c.443]

В полипептидной цепи белка с одной стороны расположен аминокислотный остаток, несуший свободную а-аминогруппу (амино-или N-концевой остаток), а с другой—остаток со свободной а-карбоксильной группой (карбоксильный, или С-концевой остаток). Аналиэ концевых остатков играет важную роль в процессе определения аминокислотной последовательности белка. На первом этапе исследования он дает возможность оценить число полипептидных цепей, составляющих молекулу белка, и степень гомогенности исследуемого препарата. На последующих этапах с помощью анализа N-концевых аминокислотных оста ков осуществляется контроль за процессом разделения пептидных фрагментов. [c.37]

З -концевой остаток А представляет собой именно ту часть молекулы тРНК, с которой ковалентно связывается соответствующая ей аминокислота перед включением в растущую полипептидную цепь на рибосоме. Во-вторых, ряд оснований в тРНК специфическим образом модифицируется одни метилируются, другие дезаминируются, третьи восстанавливаются. Как мы увидим дальше (гл. 29), модифицированные основания располагаются во всех тРНК в определенных положениях. [c.916]

Определение числа и природы С- и М-концевых аминокислотных остатков позволило добиться существенных успехов в выяснении структуры некоторых белков. Инсулин оказался первым белком, для которого полностью установлен порядок расположения всех аминокислот [102—107]. Сангер и его сотрудники путем окисления инсулина надмуравьиной кислотой получили два основных продукта, которые оказались пептидами, содержащими цистеиновую кислоту и состоящими из 21 и соответственно 30 аминокислотных остатков. Более короткая цепь (по обозначению Сангера — пептид А ) имеет Ы-концевой остаток глицина и С-концевой остаток аспарагина. В более длинной цепи (пептид В ) Ы-концевой аминокислотой оказался фенилаланин, а на С-конце цепи находится аланин. С помощью остроумных приемов, заключающихся в широком использовании метода получения динитрофенильных производных при помощи [c.27]

Конингсберг и Хилл ввели важное усовервгенствование в этот метод, а именно хроматографическое разделение очищенного деградированного пептида, что открыло возможность идентификации отщепленной N-концевой аминокислоты путем сравнения результатов аминокислотного анализа исходного и деградированного пептида. Благодаря этому реактив Эдмана занял теперь центральное место в арсенале средств, используемых для установления последовательности аминокислот. Определение концевой аминокислоты можно повторять многократно, идентифицируя один N-концевой остаток за другим (после того как будет отщеплен предыдущий). Теоретически так можно пройти по всей пептидной цепи, однако на практике приходится сталкиваться с трудностями, которые вынуждают ограничиться примерно пятью успешными определениями. [c.87]

Синтез пептидов осуществляли преимущественно азидным методом [63, 184, 590, 685, 724, 940, 1022, 1032, 1249, 1828, 1993, 2134, 2214, 2628, 2630, 2642]. Исследования Шнабеля и Цана [1945] показали, что при получении азида из СЬо-ь-Туг-Gly-NHNH2 избыток нитрита натрия нитрозирует ароматическое ядро преимущественно в орго-положение по отношению к гидроксильной группе, а последующая реакция с бензиловым эфиром ОЬ-аланина приводит к бензиловому эфиру карбобензокси-ь-нитрозотирозилглицил-оь-аланина. Гофманн и сотр. [1033] при реакции СЬо-ь-Ser-ь-Туг-Ыз с триэтиламмониевой солью L-Met-Glu(NH2)-0H наблюдали образование производных мочевины, получающихся вследствие перегруппировки азида в изоцианат. При синтезе фрагментов биологически активных полипептидов часто применяли конденсацию N-защищенных пептидов, содержащих С-концевой остаток тирозина, с аминокомпонентом при помощи N, N -дициклогексилкарбодиимида [232, 272, 1200, 1308, 1824, 1827, 2016, 2017, 2344, 2422, 2604, 2696] и 1-цик-логексил-3-(2-морфолиноэтил)-карбодиимида [1827]. Конденсация СЬо-ь -Val-L -Туг-ОН с эфиром тетрапептида сопровождается рацемизацией [1821]. Шварц и Бампус [1992] также отмечали, что остаток тирозина в СЬо-ь-Val-ь-Туг-ОН имеет ярко выраженную склонность к рацемизации. Определенные преимуще- [c.288]

Выделившийся тиогидантоин извлекают из нейтрального раствора двукратной экстракцией уксусиоэтиловым эфиром. Двукратная экстракция необходима в том случае, когда мы хотим получить однозначные результаты при хроматографировании С-концевой аминокислоты. Определение второй от карбоксильного конца аминокислоты проводят следующим образом водный раствор после экстракции тиогидаятоина вымораживают и остаток обрабатывают таким же образом, как и при определении первой аминокислоты. [c.489]

Демонстрация ключевой роли сиаловой кислоты как компонента многих гликонротеинов в их отношении к частице вируса гриппа и к вирусной инфекции (обзор см. [186]) имела большое влияние на современные исследования гликонротеинов. Можно отметить лишь немногие направления в современном развитии исследований. Многие уже известные и очищенные гликонротеины, включая групповые вещества крови и белки сыворотки, были исследованы вновь и вскоре стала очевидной широкая распространенность гликонротеинов, содержащих сиаловые кислоты. Присутствие сиаловой кислоты во многих гликопротеинах, представляющих биологический интерес, делает необходимым развитие мягких методов их выделения и очистки, поскольку кетозидная связь, соединяющая концевой остаток сиаловой кислоты с ее партнером, чувствительна даже к 0,05 п. минеральной кислоте. Ферментативное отщепление сиаловой кислоты от гликонротеинов позволило оценить ее вклад в физические, химические и биологические свойства индивидуальных гликопротеинов. Этот подход был очень плодотворным. Так, оказалось, что сиаловая кислота ответственна за низкую изоэлектрическую точку и высокую электрофоретическую подвин ность сиалогликопротеинов, за электрофоретическую подвижность эритроцитов и раковых клеток, за вязкость гликонротеинов слюны, за биологическую активность гонадотропинов и других гормонов и за правильное функционирование фактора Кэстла. По счастливому стечению обстоятельств этот рост исследований гликонротеинов происходил в то время, когда был доступен арсенал чувствительных, мощных и специфических методов исследования состава и структуры сложных белков и определения их физических свойств и химической реакционной способности. Ниже будут рассмотрены успехи, достигнутые к настоящему времени. [c.23]

Другой подход к изучению природы ферментативного блока заключается в определении концевых остатков полисахаридных цепей, которые накапливаются при заболевании. Например, было показано, что при синдроме Хантера концевой остаток накапливающегося дерматансульфата представляет собой сульфатированный остаток идуроновой кислоты. Это хорошо согласовывалось с предположением о дефекте сульфатазы, на что указывали опыты с искусственным субстратом. Был сделан вывод, что в норме гликозаминогликаны расщепляются поэтапно и этот процесс [c.34]

Предлагались иные подходы к определению С-концевой последовательности в комбинации с ТФ-методом. Пептид присоединяли с помощью карбодиимида к S-алкилтиурониевой соли, затем отщепляли С-концевой остаток в виде иминогидантоина водным раствором основания при pH 10—11,5. Таким путем определяли до пяти С-концевых аминокислот коротких пептидов. Преимущество этого метода перед тиоцианатным заключается в том, что он проводится в более мягких условиях, а недостатком является невозможность отщепления С-концевого Pro при наличии в этом же положении Asp или Glu последние склонны к образованию циклических ангидридов при конденса ции с участием карбодиимида [99]. [c.455]

Помимо химических методов определения КНг-концевых остатков применяют также ферментативный метод. Используемый при этом фермент лейцинами-нопептидаза функционирует при наличии у пептида свободной концевой а-ами-ногруппы. Следовательно, от пептида, имеющего последовательность NHz—A-B- -D..., где А, В, С, D — различные остатки, под действием этой ами-нопептидазы будут последовательно отщепляться свободные аминокислоты. В любой момент времени количество отщепленной аминокислоты А больше, чем В, а количество В больше, чем С, и т. д. Таким образом, по скорости отщепления аминокислот можно постулировать последовательность ЛВС. Лейцинамино-пептидаза наиболее быстро отщепляет концевой остаток лейцина, однако она действует также и на все другие остатки, имеющиеся в белках, и не расщеп ляет лишь связь X—Pro (табл. 6.3). [c.175]

Существуют относительно быстрые регуляторные механизмы, которые направлены непосредственно на ферменты. Так, практически неактивный фермент может превращаться в активную форму путем ковалентной модификации [72] >. Иногда ковалентная модификация, напротив, приводит к инактивации фермента. Так, активности двух ферментов, участвующих в метаболизме гликогена — гликогенфосфорилазы и гликогенсинтетазы, — регулируются с помощью фосфорилирования (переноса концевой фосфатной группы от АТР на определенный остаток серина см. гл. 11, разд. Е, 3)- >. Прн этом фермент, катализирующий распад гликогена (фосфорилаэа Ь), превращается в более активную форму (фосфорилазу а), а фермент, катализирующий синтез гликогена, — в неактивную форму. В результате направление клеточного метаболизма изменяется от запасания полисахарида (гликогена) к его деградации, что обеспечивает клетку энергией. Дефосфорилирование обоих ферментов катализируется фосфатазой, переводящей ферменты в исходное состояние (рис. 6-15). Как фермент, катализирующий модификацию (киназа гл. 7, разд. Д, 6), так и фосфатаза регулируются по аллостерическому механизму. Эти довольно сложные механизмы способны за очень короткий промежуток времени обеспечить клетку модифицированным ферментом. [c.69]

Для определения структуры Leu - ys необходимо выяснить конформационные возможности фрагмента ys - ys сначала в его свободном состоянии, а затем в потенциальном поле наиболее предпочтительных структурных вариантов а- и р-групп гептадекапептида Leu - ys Для этого были отобраны низкоэнергетические конформационные состояния 128 различных форм основной цепи ys - ys . Полученные результаты свидетельствуют о резкой энергетической дифференциации конформаций. В интервал 0-5 ккал/моль попали лишь 6, а в интервал 0-10 ккал/моль - 12 структур Leu - ys . Они приведены в табл. IV. 1, а иа рис. IV.3 схематически изображены шейпы пептидного скелета конформаций с относительной энергией /дбщ = 0,2 и 2,6 ккал/моль. Среди наиболее предпочтительных состояний фрагмента имеются варианты как Й-спирального, так и -структурного типа. Однако вероятность их реали- ции различна. Если а-спиральная форма основной цепи представлена только одной низкоэнергетической конформацией ( / бщ = 0,2 ккал/моль), то -форма - семейством близких по энергии структурных вариантов, в том числе глобальной структурой (i/o6m= 0 В первой группе конформаций любое изменение состояния ys - ys ведущее к обрыву а-спирального сегмента, приводит к значительной дестабилизации. У конформаций второй группы, напротив, С-концевой гептапептидный фрагмент подвижен и при различных формах основной цепи может образовывать эффективные стабилизирующие контакты с -структурным участком Leu - ys . Так, в глобальной конформации Leu - ys энергия взаимодействия ys - ys - с N-концевым участком Leu -His составляет -11,7 ккал/моль, а с Lys -Thr - 17,2 ккал/моль. Наибольший вклад вносит остаток Glu °, взаимодействия которого с Leu, His" и Lys равны соответственно -2,5, -4,2 и -9,2 ккал/моль. В другой низкоэнергетической конформации Р-группы ( /общ= 2,6 ккал/моль) энергия стабилизирующих контактов ys - ys с Leu -His и Lys -Thr составляет -27,1 и 2,1 ккал/моль. [c.417]

Хотя описан ряд методов селективного расщепления определенных пептидных связей белковой цепи на такие фрагменты, которые можно анализировать по методу Эдмана, щирокое использование нащли всего несколько из них. Наиболее популярным методом является использование бромциана для расщепления пептидных связей по остаткам метионина схема (22) . Остаток метионина превращается в гомосерин и его лактон, которые становятся С-концевыми остатками всех фрагментов, за исключением С-концевого фрагмента исходного белка. Так как Met встречается относительно редко, фрагменты, получающиеся после подобного расщепления, довольно крупны, но с помощью современных вариантов анализа по Эдману можно проводить анализ их последовательности. Более того, лактон гомосерина на С-конце является подходящим участком для ковалентного связывания таких фрагментов с нерастворимым носителем при твердофазном секвентном анализе см. схему (17) . [c.273]

Химические методы определения молекулярных весов полисахаридов, заключающиеся главным образом в определении процентного, содержания восстанавливающих концевых моносахаридов, основаны на реакциях альдегидной группы и дают среднечисловые значения молекулярного веса. Обычными реагентами для количественного определения альдегидных групп служат окислители, такие как гипоиодит натрия, , соли меди , феррицианид калия . Реакции окисления в случае полисахаридов могут протекать нестехиометрически, так что они мало пригодны для вычисления абсолютных значений молекулярных весов, но очень удобны для сравнения по молекулярному весу различных фракций полисахарида . Весьма чувствительным методом анализа концевых восстанавливающих групп является реакция полисахаридов с меченым цианидом натрия в щелочной среде с последующим определением радиоактивности полимера этот метод неприменим, однако, к полисахаридам, разрушающимся щелочами. В тех случаях, когда полисахарид при периодатном окислении не дает формальдегида, его молекулярный вес может быть вычислен по образованию формальдегида после боргидридного восстановления альдегидных групп и последующего периодатного окисле-ния остаток полиола, получающийся из восстанавливающего моносахарида под действием боргидрида, может образовывать при окислении 1 или [c.514]

Имеется ряд методов, с помощью которых можно определять как N-концевой аминокислотный остаток, так и N-концевую аминокислотную последовательность. К ним относятся деградация по методу Эдмана и ферме ггативный гидролиз аминопептида-зами. Эти методы будут подробно рассмотрены в разделе, посвященном определению аминокислотной последовательности пептидов. [c.38]

Предварительно метилируя концевые гидроксильные или карбоксильные группы, можно определить степень полимеризации по числу метоксильных групп. Пригодны также методы, основанные на ацилировании гидроксильных групп. Если ацильный остаток содержит галоген, азот или другой элемент, отсутствующий в самом полимере, определение молекулярной массы полимера сводится к элементарному анализу. Эти меченые концевые группы, могут быть введены в макромолекулу во время самого синтеза полимера (полимеризация в присутствии галогензамещенных перекисей, передача цепи при полимеризации в присутствии ССЦ, СНС1з и т. д.). Во всех случаях необходимо пользоваться такими реакциями, в которых участвуют только концевые группы. Нельзя, [c.545]

На окисление невосстанавливающей концевой группы расходуется 2 моль перйодата с выделением 1 моль муравьиной кислоты, а на восстанавливающую концевую группу — 2 моль перйодата с выделением 1 моль муравьиной кислоты и образованием эфира муравьиной кислоты. На каждый центральный моно-сахаридный остаток расходуется 1 моль нериодата без выделения муравьиной кислоты. Определение количества выделившейся муравьиной кислоты в условиях, исключающих гидролиз эфира муравьиной кислоты, образующегося из исходной восстанавливающей концевой группы при С-1, использовали для расчета степени полимеризации полисахаридов, например амилозы [37, 77], предполагая, что при окислении перйодатом центральных [c.309]

В отличие ох углеводов первичная структура белков строго специфична для каждого вида организмов. Так, гормон инсулин, построенный из 51 остатка а-аминокислот в виде двух цепей, соединенных дисульфидными мостиками, имеет неодинаковый состав у различных видов животных. Трехчленные звенья в определенном месте цепи А молекулы инсулина содержат следующие аминокислотные остатки у быка аланин—серир—валин у свиньи треонин—серин—изолейцин у лошади треонин—глицин—изолейцин у овцы аланин—глицин—валин у человека треонин—серин—изолейцин (на схеме 9 они отмечены звездочками). Различия наблюдаются также в С-концевом остатке В-цепи в инсулине человека Это остаток треонина, а в инсулине быка — остаток аланина. [c.512]

Рассмотрим определение конфигурации методом расчета удельногр вращения на npn iepe мальтозы. Мальтоза относится к восстанавливающим олигосахаридам, ее растворы мутаротируют, равновесный раствор имеет [alo = +130,4°. Концевой нередуцирующий остаток ее —D-глюкоза. Вычислим [alo мальтозы, исходя из предположений [c.21]

Линейные полисахариды (в отличие от разветвленных) имеют в молекуле один концевой восстанавливающий и один концевой невосстанавливающий моносахаридный остаток. Отсюда следует,что среднечисловую молекулярную массу линейных (неразветвленных) полисахаридов можно найти не только на основании определения концевых восстанавливающих, но и концевых невосстанавливающих моносахаридных остатков (см. гл. IX). [c.59]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология