Аминокислотная позиция

Таким образом, каждой аминокислотной позиции соответствует набор значений признаков, характеризующих дальние, средние [c.114]

Сравнение нуклеотидных последовательностей разных генов НА вирусов НЗ показало, что выравнивание инвариантных аминокислот требует делеции или вставки одного или большего числа триплетов. Например, НА вирусов A/Vi /3/75 в аминокислотной позиции 8 дополнительно содержали аспарагин, который отсутствует в НА любых других изученных к настоящему времени вирусов НЗ [58]. Неизвестно, меняет ли антигенную структуру молекулы появление вставки в НА вируса A/Vi /3/75, но вероятно, что в других случаях короткая делеция в НА индуцирует такие антигенные изменения. Гемагглютинин вируса В/НК/8/73 не имеет двух аминокислот (в позициях 158 и 159), которые имеются в НА некоторых других вирусов типа В. Поскольку структурный анализ показывает, что позиции аминокислот 158 и 159 входят в антигенную петлю НА, возможно, что такая делеция сопровождается антигенными изменениями молекулы [35, 36]. Таким образом, короткие делеции и вставки играют определенную роль в генетических изменениях родственных гемагглютининов. [c.325]

Развитый в работах Ф. Коэна, М. Стернберга и соавт. [156-158, 168, 169, 171] подход не опирается на общую физическую теорию и единый метод расчета, устанавливающие логические и количественные связи между аминокислотной последовательностью белка и координатами атомов нативной конформации молекулы. Каждая стадия комбинированного подхода следует своим эмпирическим правилам, корреляционным соотношениям, предсказательным алгоритмам и методологическим приемам. Объединяющим (скорее, отягощающим) все его составные части началом служит традиционное, сложившееся еще в 1950-е годы, представление о пространственной организации белковой глобулы в виде ансамбля регулярных вторичных структур (концепция Полинга и Кори) с внутренним гидрофобным ядром и внешней гидрофильной оболочкой (концепция Козмана). Несмотря на отсутствие заметного прогресса и разочаровывающие результаты предсказаний, стремление решить проблему пространственной организации белков на основе эмпирического подхода не ослабевает ни в 1980-е, ни в 1990-е годы [107. Гл. 6, 7]. Оставаясь на тех же идейных позициях, работы последнего десятилетия приобретают большее разнообразие. [c.510]

В настоящее время крайняя точка зрения, что все предопределено хромосомой, не слишком популярна. Позиция заключается в том, что ДНК детерминирует первичную аминокислотную последовательность белка, и уже эта первичная структура определяет упаковку полипептидной цепи и, следовательно, вторичную и третичную структуры белка и, наконец, его четвертичную структуру, а также ассоциацию с образованием [c.332]

В пределах 4,26—4,37 магнетона Бора, что находится в хорошем согласии с величиной, ожидаемой для высокоспинового иона Со(П) в тетраэдрическом окружении 1263]. Ввиду отсутствия больших изменений конфигурации остатков, координируемых ионом металла при замещении Со(П) в КАС [69], на основе структурных данных табл. 4 и спектра поглощения Со(И)-фермента необходимо заключить, что стереохимия лигандов, координируемых Со(И), подобна, но не обязательно точно совпадает со стереохимией Zn(II) в нативном ферменте. Поначалу трудно понять, каким образом малые смещения иона Со(И) относительно центра связывания Zn(H) — на 20 пм (табл. 12) — могут обусловливать уменьшение ферментативной активности, тем более что при замещении Со(П) в КПА наблюдается увеличение ферментативной активности [85, 202]. Однако, как показано на рис. 23, молекула воды, координированная катионом Zn(II), образует водородную связь с Of треонина-197 и двумя другими молекулами растворителя. Малые искажения упорядоченной структуры растворителя могут легко передаваться малыми сдвигами в позиции катиона металла. В связи с этим может измениться каталитическая активность, поскольку изменятся условия реакций, включающих воду в области активного центра. Такие искажения могут происходить в результате смещения замещенного катиона металла из центра, занятого ионом Zn(ll), так же, как и вследствие малых изменений конфигурации аминокислотных остатков в области активного центра вблизи упорядоченной структуры растворителя. [c.105]

Еще Э. Фишер наметил возможности ее разрешения, так как именно он создал первый метод определения аминокислотного остатка, расположенного на М-конце (аминном) полипептидной цепи (182]. Но до той поры, пока не были созданы методы надежного и точного разделения продуктов распада белков или их крупных фрагментов, к решению задачи о последовательности аминокислотных остатков можно было подходить лишь с тех эмпирических, количественных позиций, на которых была построена гипотеза М. Бергмана. Ф. Сенгер, который своими работами положил начало современной эре структурной химии белка (см. 51], был первым, кому удалось установить полную формулу индивидуального белка. [c.132]

Точка соединения У—I сегментов каппа-цепей попадает на последовательность, кодирующую аминокислотные остатки 95 и 96. Если точка стыковки сегментов не фиксирована, а может сдвигаться на несколько пар нуклеотидов, то в районе каждой потенциальной У—J-pe-комбинации могут образовываться разные аминокислоты. Эта ситуация показана на рис. 39.8. Использование пяти возможных рекомбинационных рамок приводит к появлению трех различных аминокислот в позиции 96, одна из которых (аргинин) исходно не кодировалась геномом. Поскольку другие У и имеют в этих позициях разные кодоны, точка соединения сегментов может быть мощным источником разнообразия. Интересно, что аминокислота 96 участвует в формировании той области молекулы антитела, которая связывает антиген, а также в образовании контактов между легкой и тяжелой цепями. То же самое относится и к местам стыковок с 1-сег-ментами у легких лямбда и тяжелых цепей. [c.508]

Таким образом в белке существует небольшое число определенных положений аминокислотных остатков, которые ответственны за быстрое сворачивание. В процессе эволюции быстрота сворачивания могла быть следствием включения аминокислот в эти позиции, стабилизирующие ядро. [c.253]

ВЫЧИСЛЯЛОСЬ значение д, аналогичное описанному выше для отдельной аминокислотной позиции. Причем признаки и д вычислялись по краям участка, а Д(п- по центральной области. Если этот участок имел д < р (где Р -некоторый порог), то он искле-ча юя из расчета и рассматривался следупций фрагмент белка, смещенный вправо на одну позицию. При д > р участок расширялся в обе стороны за счет последовательного включения в него по одной позиции с одного из краев. На этих участках рассчитывались и фрагмент белка с максимальной д считался потенциальной о-спиральп. Дальнейиий поиск осуществлялся за с-концом этой спирали. Аналогичная процедура выполнялась и для Р-структур. Блок-схема алгоритма расчета вторичной структуры белков приведена на рис.З. [c.122]

Специфическая функция большинства белков решающим образом зависит от немногих аминокислотных позиций. Функциональные ограничения носят столь общий характер, что они вполне совместимы с множеством различных аминокислот например, трехмерная структура белка может сохраняться при самых разнообразных аминокислотных заменах. При этом в результате генетического дрейфа может происходить сдвиг частот тех или иных оснований, что в свою очередь приводит к возникновению полиморфизма на уровне белков. Системы полиморфизма детерминируют небольшие функциональные различия, не влияющие или лишь незначительно влияющие на приспособленность (разд. 6.2.1.1) их носителей, и вызывают действие естест-вешого отбора. При изменении экологических условий полиморфные системы могут стать источником наследственной изменчивости и обеспечить быструю адаптацию. С другой стороны, тот факт, что для большинства систем полиморфизма селективные влияния пока неизвестны, не означает, что отбор отсутствовал. Просто его трудно обнаружить, особенно среди населения экономически развитых стран, где современная цивилизация значительно изменила условия жизни людей, исключив некоторые потенциально весьма существенные селективные факторы, например инфекционные болезни и недоедание. Для выяснения соответствующих селективных механизмов необходимо сформулировать специальные, обоснованные с функциональной точки зрения гипотезы. Это не означает. [c.25]

Используя технику клонирования ДНК [599] и анализа нуклеотидных последовательностей [600], Наканнши и сотр. foOl] установили нуклеотидную последовательность мРНК-предшественника. Нумерация аминокислотной последовательности положительная справа от N-концевой аминокислоты АКТГ, в левую сторону отсчет идет со знаком минус. Белок-предшественник содержит 8 пар основных аминокислот и одну двойную пару -Lys-Lys-Arg-Arg. В этих местах происходит ферментативное расщепление белка с образованием различных пептидов. /3-Липотропин образует С-концевую область и, вероятно, отщепляется непосредственно от предшественника. Общая схема ферментативного расщепления и вид фрагментации к настоящему времени еще не установлены. В отличие от известных последовательностей /3-липотропинов свиньи и овцы /3-липотропин теленка содержит между 35 и 36 аминокислотными остатками два дополнительных (-Ala-Glu-) этим объясняются различные длины цепей липотропинов (см. схему). Анализ на ЭВМ аминокислотной последовательности отрицательной части предшественника дал интересный результат между позициями —55 и —44 найдена аминокислотная последовательность -Tyr-Val-Met-Gly-His-Phe-Arg-Trp-Asn-Arg-Phe-Gly-, имеющая большое сходство с а- н /3-МСГ. Так как в области аминокислотной последовательности предшественника от —111 до —105 присутствует еще один участок, имеющий структурное сходство с МСГ-пептидами, предполагается существование серии дупликаций гена, аналогично имеющей место в случае иммуноглобулинов. О [c.242]

N-Концевая аминокислотная последовательность 1—58 соответствует первичной структуре v-липотропина. /3-Липотропин теленка отличается от /3-липотропина свииьи больше всего в N-концевой области и состоит из 93 аминокислотных остатков [612], так как между позициями 35 и 36 приведенная здесь последовательность содержит дополнительный дипептид -Ala-Ulu. [c.246]

Рассматриваемая здесь задача является качественно иной, имеющей смысл только для избранных, главным образом, природных аминокислотных последовательностей. Поэтому ее решение может быть вьпюлнено лишь на основе самостоятельной теории, учитывающей выработанную эволюцией конформационную специфику белков, а именно статистикодетерминистический механизм структурной самоорганизации и детерминистическую (в отношении как статических, так и динамических свойств) природу нативных конформаций белковых молекул. Стремление описать сборку белка с чисто статистических позиций, не учитывающих гетерогенности цепи и взаимообусловленности поведения макроскопической системы от внутреннего строения микроскопических составляющих, объясняется иллюзорным представлением о том, что в этом случае можно идти по уже проторенному для синтетических полимеров пути и тем самым избежать разработки несравненно более сложного статистико-детерминистического подхода. Однако традиционный поиск решения не отвечает самой сущности рассматриваемого явления, и, следовательно, все попытки дать чисто статистическую трактовку структурной самоорганизации белка следует признать, как отмечалось, обреченными на неудачу (см. разд. 1.3). [c.101]

В упомянутых исследованиях основное внимание уделялось спиральным конформациям гомополипептидов, на которые в то время возлагали большие надежды как на ближайших структурных аналогов белков. Действительно, пространственное строение синтетических полипептидов и белков определяется одними и теми же видами взаимодействий между валентнонесвязанными атомами и одинаковой природой этих взаимодействий. Химическая регулярность синтетических полипептидов допускает реализацию ограниченного числа периодических структур, которые, как показали рассмотренные исследования, сравнительно легко оцениваются теоретически. Они-то прежде всего и привлекали к себе внимание, поскольку трехмерные структуры белков представлялись в соответствии с концепцией Полинга-Кори набором регулярных вторичных структур. Автор не стоял на этих позициях и уже тогда был убежден, что гетерогенность аминокислотных последовательностей белков должна вести не только к регулярным, но главным образом к множеству апериодических структур. Наши исследования в данной области, начавшиеся в 1968 г, [20] также под влиянием работы Рамачандрана и соавт. [58], имели иное назначение. Они были направлены исключительно на изучение конформационных возможностей свободных монопептидов и после своего завершения составили содержание первого этапа на пути к решению структурной проблемы белковых молекул. Главные цели этих первых конформационных иссле- [c.156]

Эта идея подтверждается значительной вырож/енностью третьей, позиции кодона (рис. 1.5, б). Наиболее вероятной начальной точкой существующего является, по-видимому, триплетный код, использующий два комплементарных нуклеотида. В этом случае значимы только первые две позиции каждого кодона, так что один триплет кодирует лишь четыре разные аминокислоты. На следующем этапе эволюции добавилась еще одна пара комплементарных нуклеотидов, что дало возможность кодировать 16 аминокислот. Наконец, приданием значимости третьей позиции кодона была введена некоторая вырожденность. Когда организмы стали настолько совершенными, т. е. настолько конкурентоспособными, что любое изменение типа хотя бы одной аминокислоты оказывалось опасным,, а иногда и летальным, генетический код остановился в своем развитии. Таким образом, было зафиксировано число аминокислотных остатков, равное 20. [c.17]

Лучше изучены нейротоксины из некоторых змей, особенно кобр (семейство Elapidae) и морских змей (семейство Hydrophiidae). Выделены и исследованы последовательности токсинов ряда родов и видов обоих этих семейств. Большинство изученных к настоящему времени нейротоксинов змей относится к одному из двух типов. Токсины типа I содержат 61—62 аминокислотных остатка, м. м. 6700—7000 токсины типа И — 71—74 аминокислоты, м. м. 7800—8000. Для токсинов типа I показано наличие четырех дисульфидных связей, которые занимают гомологичные позиции в последовательностях токсинов обоих типов. В токсинах типа П содержится еще одна дополнительная дисульфидная связь (табл. 24.2.5). При сравнении последовательностей 13 токсинов [c.570]

Связь геопорфиринов с аминокислотными соединениями — особое направление в геохимии геопорфиринов, принципиальная важность которого состоит в том, что нефтяные порфин-пептидные фрагменты можно рассматривать как геоаналоги биологических ферментных систем и их изучение должно помочь решению некоторых узловых вопросов эволюционной химии. В нефти эти соединения могут осуществлять также роль активных химических факторов преобразования органического вещества. Кроме того, присутствие в гидрофобных по своей основе нефтяных смесях соединений, содержащих аминокислоты, заслуживает детального изучения с генетических позиций. [c.360]

Число возможных мезомерных состояний ни в коем случае не исчерпывается формами (195а — в). С позиций комплексообразования такой мезомерно стабилизованный хелат с протоном может свободно превращаться в хелаты аминокислот с металлами. Подобным образом можно рассмотреть поведение в нейтральной среде не только низкомолекулярных аминокислот и аминокислотных смол, но и других N-уксусных кислот, таких, как иминодиуксусная кислота, нитрилотриуксусная кислота и т. д. [c.166]

Метод хранения проб в миниатюрных ионообменных колонках применяется в серийном анализаторе аминокислотного состава серии проб фирмы "Te hni on, модель TSM. Устройство для последовательного отбора проб может принять до 40 проб, каждая из которых находится в пластиковом патроне, заполненном ионообменной смолой. Торцы патрона закрываются двумя тонкими дисками из инертного спеченного пластика. По выполнении предыдущего анализа пробоотборник переходит в следующую позицию, при этом к аналитической колонке прикрепляется новый патрон, который по существу становится ее продолжением. Затем через систему патрон — колонка пропускаются элюирующие буферы. Вся последовательность операций управляется перистальтическим программирующим затвором, описанным выше. Преимущества этого подхода заключаются в том, что возможны значительные вариации исходного объема пробы, причем пробы могут долго храниться с минимальным разложением по существу в сухом состоянии. [c.300]

Модель диффузии воды в коллагене. Из приведенного анализа следует, что в низкотемпературной фазе коллагена молекулы воды располагаются главным образом в характерных для льда позициях в центрах тетраэдрических группировок из четырех других молекул воды (Г-позиции). В процессе диффузии по Г-позициям локальное поле усредняется до нуля, и ответственным за конечную величину и наличие тонкой структуры спектра ЯМР следует считать исключительно позиции, занимаемые молекулами воды па самой поверхности белковых молекул. К ним можно отнести 1) заряженные и полярные группы боковых звеньев, в частности ОН-группы гидроксипролина 2) атомы кислорода карбонильных групп глицина и гидроксипролина, не занятые межцепьевыми водородными связями 3) ТУЯ-групны аминокислотных остатков, занимающих регулярные позиции пролина и гидроксипролина. [c.126]

Сравнение с экспериментом. Считая, что на каждый аминокислотный остаток приходится примерно 10 молекул воды, можно определить, что в среднем восемь из них локализованы в Г-позициях и две в 5 -позициях. Значит, в среднем на каждый остаток приходится одна /5 +- и одна -позиции, занимаемые с вероятностями0,1. Следовательно, к = 2,6(0,105 — —0,095)(3 соз 0 — 1) = 0,026(3 соз - 1) это на порядок меньше наблюдаемого значения (/г>. [c.127]

Можно сделать еще одно замечание, общее для выполненных расчетов конформаций олигопептидов. Оно касается выбора исходных состояний аминокислотных остатков в самом начале фрагментарного анализа. Этот вопрос имеет принципиальное значение, поскольку на всех стадиях расчета олигопептида фигурируют только выбранные вначале состояния остатков. Используемые наборы конформаций монопептидов, как правило, менее представительны, чем количества состояний аминокислотных остатков, встречающихся в белках известной структуры. Например, согласно рентгеноструктурным данным остатки Lys и Arg в белках могут принимать 30 различных конформационных состояний. Естественно допустить, что и у низкомолекулярных пептидов их число будет не меньшим. Во многих же расчетах олигопептидов, включающих остатки Lys и Arg, учитываются не более девяти конформационных состояний по три для основной цепи (R, В, L) и по три для боковой цепи (%, 60, 180, 60 %2 = %з = %4 = 180°). Тем самым боковые цепи остатков фактически принимаются вытянутыми конформационно жесткими стержнями. При таком подходе, очевидно, нельзя рассчитывать на то, что найденные конформации олигопептида, действительно, представляют собой наиболее плотноупа-кованные структуры, обладающие минимальной энергией. Существенное сокращение объема вычислений за счет отказа от рассмотрения всех возможных состояний боковых цепей особенно подкупает авторов, невидимому, тем, что оно не вступает в противоречие с их идейной позицией [c.402]

Аминокислотные последовательности белков [51, 81]. Одним из основных достижений биохимии явилось определение аминокислотных последовательностей белков. Гомологичность аминокислотных последовательностей родственных белков стала очевидной вскоре после того, как в конце 1950-х и начале 1960-х гг. были разработаны методы секвенирования. С помощью этих методов была выявлена гомологичность разных, но функционально родственных белков одного и того же вида. По некоторым позициям эти последовательности, как правило, демонстрировали идентичность, а по другим различались. Из результатов изучения ряда вариантов гемоглобина человека в то время бьшо уже известно, что точковые мутации обычно приводят к замещению одной отдельной аминокислоты в полипептидной цепи. В ходе расшифровки генетического кода было показано, что такие замены вызываются замещением одного-единственного основания, происходапцим при транскрибировании цепи ДНК. Это открытие стимулировало выяснение эволюционных взаимосвязей между видами путем сравнения числа различий в аминокислотных последовательностях их гомологичных белков. В таких работах строились филогенетические деревья, которые могли сопоставляться с соответствующими схемами, полученными на основе классических палеонтологических и морфологических данных. Методы построения этих деревьев описаны многими авторами [51 1919 1921 1954]. [c.17]

В составе представленного участка в позициях 19 и 26 находятся остатки лейцина. Нужно отметить, что лейцин играет особую роль в формировании и упрочнении спиральных структур. В структурных исследованиях сформировалось представление о лейциновой застежке (Leu ine zipper — имеется в виду застежка-молния). Она представляет собой сравнительно короткие последовательности со средней длиной 24 аминокислотных остатка, среди которых в позициях 2, 5, 7, 12, 16, 21 и 24 находятся остатки лейцина, формирующие гидрофобные грани спирали. Такие структуры, характерные для трансмембранных участков мембранных белков, участвуют в межмолекулярных взаимодействиях белок—белок и белок—ДНК. В последнем случае конфигурация лейциновой застежки определяет контакт пептида с поверхностью двойной спирали ДНК (см. раздел 3.2). [c.51]

Отмеченные отклонения могут быть связаны с различными факторами. Так, уменьшение содержания Т в первой рамке и А в третьей обусловлено запретом на кодоны ТАА, TGA и TAG. Увеличение содержания G в первой рамке и С в третьей подтверждает указанное ранее (Shepherd, 1981) предпочтительное использование кодонов типа RNY (R-пурин, У-пиримидин), которое связывается с особенностями архаического генетического кода. За относительное увеличение содержания Т во второй рамке ответственны периодические серии синонимических кодонов, кодирующих неполярные аминокислотные остатки, входящие в состав альфа-спиралей белковых молекул (Zhurkin,1981). Наконец, увеличение содержания А и уменьшение содержания G во второй рамке обусловлено тем, что 14 кодонов, имеющих А во второй позиции, соответствуют 7 аминокислотам, в то время как 15 кодонов, содержащих во второй позиции G, кодируют только 5 различных аминокислот. [c.47]

Посмотрим, как это ограничение влияет на распределение нуклеотидов в кодирующей области. Данные о среднем аминокислотном составе белков из 314 семейств ( Dayhoff,19 2) свидетельствуют о том, что частоты встречаемости аминокислот достаточно сильно варьируют, например аланина в среднем содержится в 6,6 раза больше, чем триптофана. Можно сформировать модельную кодирующую нуклеотидную последовательность таким образом, чтобы выполнялись ограничения на средний аминокислотный состав. При этом синонимические кодоны будем использовать с равной вероятностью (внутри своей группы). В табл.3.1 указано, какое количество (из 1000 остатков) приходится на долю каждой из 20 аминокислот во всех трех возможных рамках считывания. Заметим, что значения для первой рамки соответствуют цифрам Дайхоф. В табл.3.2 также для трех возможных рамок представлены частоты кодонов. Наконец, в табл.3.3 приводятся частоты встречаемости нуклеотидов в трех позициях кодонов, вычисленные для модельной последовательности. [c.83]

Но, конечно, нет правил без исключений. В природе встречаются белки, вообще не содержащие некоторых из приведенных на рис. 13 аминокислотных остатков, например цистеина. В пепсине, протеолитическом ферменте с молекулярной массой около 35 ООО имеются не два десятка, как этого можно было бы ожидать, а всего лишь две аминогруппы одна в-лизина и одна Л -концевая. Но недостаток одних групп на поверхности белковой молекулы компенсируется другими. В общем, количество функциональных групп в белках, доступных модифицирующим агентам, достаточно велико и, казалось бы, нет особых проблем для ковалентной иммобилизации белковой молекулы с использованием хотя бы одной из этих групп. Тем не менее проблемы существуют и не малые. Дело в том, что в процессе ковалентной иммобилизации должны участвовать только те группы молекулы белка, которые не существенны для его функции (в нашем случае — катализа). С этой позиции попытаемся выявить в белке группы-мишени, наиболее предпочтительные для целей ковалентной иммобилизации. Для этого используем следующие критерии. Во-первых, группы-мишени должны быть высокореакциоиноспо-собными, чтобы по возможности обеспечить избирательность реакции модификации, а также ее протекание в мягких неденатурирующих условиях. Во-вторых, таких групп в белке должно быть достаточно много, чтобы обеспечить широкие возможности для введения новых химических связей в белковую молекулу с регуляцией их числа и локализации и снизить таким образом вероятность модификации активных центров ферментов. Данные о сравнительной реакционной способности и относительному содержанию аминокислотных остатков приведены на рис. 13.. [c.84]

Инструктивные теории рассматривали антиген в качестве пассивного материала — матрицы, на которой формируется анти-генсвязующий участок антител. По этой теории все антитела имеют одну и ту же последовательность аминокислотных остатков. Различия касаются третичной структуры и возникают в процессе окончательного формирования молекулы антитела вокруг антигена. В настоящее время инструктивные теории полностью оставлены и имеют лишь исторический интерес. Они не вьщерлгали проверки временем и вошли в противоречие с данными как иммунологии, так и молекулярной биологии. С иммунологических 1юзи-ций они не объясняли, во-первых, почему количество антител в молярном отношении значительно больше количества проникшего в организм антигена, и, во-вторых, не отвечали на вопрос, за счет чего формируется иммунологическая память. С позиций молекулярной биологии они противоречили основной догме биоло- [c.29]

Если при Предсказании вторичной структуры не используются методы расчета потенциальной энергии, то что же они представляют из себя За исключением тех из них, в которых привлекаются экспериментальные данные по переходу спираль— клубок в синтстнчсских полипептидах, подавляющее число методов основано на статистических подходах. Они используют частоты встречаемости конформационных состояний для индивидуальных аминокислотных остатков в таблицах зависимостей последовательность — конформация для белков с известной пространственной структурой. Самый простой пример предсказательного подхода состоит в привлечении экспериментального факта о том, что пролин никогда пе встречается в спиральных участках белков, входящих в банк пространственных структур (за исключением N-концевой позиции). Поэтому при поиске энергетического минимума случай, когда остаток пролина присутствует в спиральной области исходной конформации белка, вообще не рассматривается. [c.586]

Более общий подход Левитта и Варшела допускает упрощенное представление не только спиральной, но и других конформаций. Предложенный алгоритм был запрограммирован для ЭВМ, что, однако, не делает метод свободным от ряда серьезных недостатков. Так, в основной цепи белка отсутствовала пептидная группа атомов СО-ЫН, Са-углеродные атомы соединялись виртуальной связью, а боковые цепи заменялись укрупненными атомами (большими искусственными атомами, заменяющими целые атомные группировки). Эта модель была впервые применена к небольшому белку — панкреатическому трипсиновому ингибитору [33], В работе [33] был достигнут определенный успех, который с позиций сегодняшнего дня имеет в основном историческое значение. Следует отме-тить, что это исследование получило высокую оценку и вызвало оживленную дискуссию [14, 44]. Благодаря широкому обсуждению были выработаны общие подходы, применяемые при предсказа1ши структуры белка, согласно которым любая соответствующая процедура должна 1) быть полностью автоматической 2) иметь входные параметры, применимые к любым белкам 3) быть количественно воспроизводимой и 4) быть свободной от неоправданных приспособлений к конкретным объектам. Кроме того, единственной переменной входной информацией о белке должна служить его аминокислотная последовательность. Впоследствии именно Левитт внес большой вклад в развитие методов предсказания третичной структуры белков. [c.596]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология