СбН гипотетический, связывание

Рис. 2.20. Гипотетические механизмы специфического межклеточного узнавания и адгезии с участием олигосахаридов плазматической мембраны. I — водородное связывание II — взаимодействие типа антиген-антитело III —фермент-субстратное взаимодействие.

В активном центре лактатдегидрогеназы обнаружены следующие аминокислотные остатки, участвующие в связывании пирувата Arg-171, Н1з-195. Л5])-168 и Arg-109. Изобразите гипотетическую модель взаимодействия пирувата с этими остатками и вытекающий из этой модели механизм переноса гидрид-иона. [c.228]

Это положение показано на рис. 6. В присутствии обычных катализаторов реакция ускоряется из-за уменьшения энтальпии. Этому ускорению противодействует неблагоприятное изменение энтропии, обсужденное выще. Если представить гипотетический фермент, который не способен связывать субстрат, то даже и в этом случае большое преимущество с точки зрения энтропии представляет объединение всех каталитических групп в одной молекуле (для простоты принято, что АЯ+ не изменяется, поскольку обладающие каталитическим действием группы остаются неизменными). Наконец, реальный фермент имеет ту особенность, что активированный комплекс связан с ферментом, благодаря чему вычитается энтальпия связывания. Для соединения химотрипсина с обыч ным субстратом, как было упомянуто выше, энталь- [c.78]

Это условие осуществляется в гипотетической системе двух невзаимодействующих атомов водорода, когда межъядерное расстояние мало, а большая доля каждого из электронных облаков сконцентрирована вблизи своего ядра. О перекрывании двух электронных распределений можно говорить лишь в том ограниченном смысле, что S является функцией координат отдельного электрона. Так как мы обсуждали волновые функции для молекулы водорода не ради них самих, а с целью дать основу для работы с гораздо более сложными молекулами, необходимо упомянуть, что физическая интерпретация S требует значительной осторожности в любых системах, где и г]) , не являются ls-орбиталями, ибо в этом случае положительно в одних областях координатного пространства и отрицательно в других. Вполне возможно небольшое или даже полное отсутствие математического перекрывания (S мало или равно нулю) при явном наличии значительного физического перекрывания. Если его применять с осторожностью, то интеграл перекрывания может оказаться весьма ценным при обсуждении химического связывания [12] нет, очевидно, необходимости интерпретировать его физически и лучше рассматривать S как чисто математическую величину. [c.32]

Используемые в органической химии методы анализа и синтеза позволяют однозначно определить порядок связывания атомов в молекуле (исключениями являются лишь случаи таутомерии и перегруппировок). Под порядком связывания понимают взаимное геометрическое расположение соседних атомов в молекуле и пространственно-статическую модель молекулы в целом. В классической структурной теории эти эмпирические данные связывались с гипотетическими представлениями о валентности, например, с высказанными Кекуле. Все это сохранило свое значение и в настоящее время молекулярные модели структурной теории дают правильное описание атомных скелетов молекул. Однако, в соответствии с представлениями об атоме как совокупности ядра и оболочки, оказалось необходимым дополнить указан- [c.46]

Эти гипотетические схемы дают возможность составить представление о том, как осуществляется конденсация с участием муравьиного альдегида и связывание различных частиц в контактном процессе. [c.130]

Рис. 8-46. Гипотетическая модель встраивания внутренней петли полипептидной цепи в липидный бислой ЭР. Считают, что белок-переносчик может находиться в двух конформациях, закрытой и открытой . Связывая сигнальный пептид начала переноса, он переходит в закрытое состояние и начинает работать как переносчик. Но как только к его участку связывания подходит сигнальный стоп-пептид, он вновь

В ряде работ обсуждается возможный характер пространственной организации комплекса ферментов гликолиза. П. Фридрих предложил гипотетическую схему расположения ферментов в мембране эритроцитов (рис. 20). Идея схемы состоит в наложении последовательно расположенных ферментов центральной части гликолиза на пучок хвостов белка полосы 3, имеющих весьма специфичные участки для связывания каждого фермента. Схема учитывает также возможное участие белков цитоскелета (актина) в процессе связывания отдельных ферментов. [c.84]

Прямой метод описан в гл. 13 работы [3], и с ним необходимо познакомиться. Здесь же мы только укажем, что программа расчета прямых методов включает математическое соотношение, которое позволяет производить отнесение к сильным отражениям, основываясь на приближенных соотношениях между фазами групп отражений. Можно также оценить точность отнесения. Фазы можно приписать некоторым отражениям, а другие отражения получат фазы исходя из первоначального их набора. Если эту процедуру осуществить до того уровня, при котором фазы получают восемь или десять отражений одного независимого атома, то можно получить карту электронной плотности, показывающую содержимое ячейки. Как правило, процесс фазирования может требовать отнесения к некоторым точкам гипотетических значений, так что иногда находят до восьми возможных фазовых схем. Программа MULTAN 74 способна выбрать среди них наиболее вероятную. Она также включает алгоритм обработки данных, который учитывает предположительное число, тип и даже группировку атомов в элементарной ячейке (не их положения или ориентации, которые, естественно, неизвестны). Кроме того, MULTAN 74 облегчает поиск -карты для атомов в положении связывания, что приводит к согласованию предпола- [c.403]

Возможно, при занятии различных участков связывания в активном центре деполимеразы разными олигомерными субстратами конформация активного центра несколько отличается, что и приводит к соответствующим отклонениям в рН-зависимостях ферментативного катализа. Естественно, это предположение остается в высшей степени гипотетическим, но оно доступно экспериментальной проверке. Для этого следует только определить pH- или температурные зависимости гидролиза О и Об под действием р-амилазы. Если они действительно окажутся различными, предположение о рН-зависимости степени множественной атаки нельзя считать экспериментально подтвердившимся. Поскольку влияние pH на относительное образование 0з /05 было весьма малым (данное отнощение уменьшалось всего в 2,5 раза при изменении pH от 5 до 9), то и отличия в рН-зависимости для объяснения этого эффекта требуются весьма небольщие. [c.84]

Рис. 18. Гипотетическое изменение конформации гексозного кольца субстрата лизоцима из кресла в полукресло (софу) при его связывании с участком D активного центра фермента. Гидроксильные группы показаны более длинными связями [5]

Превращение основного состояния фермепт-субстратного комплекса в переходное ведет к увеличению прочности связывания фермента с субстратом (точнее, измененных или активированных фермента и субстрата) и к уменьшению активационного барьера реакции. При этом в согласии с основными положениями теории переходного состояния уменьшение свободной энергии активации соответствующей стадии ферментативной реакции определяется разницей свободных энергий реального и гипотетического фер-мент-субстратного комплекса. Иначе говоря, во сколько раз напряжения ухудшают возможное связывание субстрата с активным центром, во столько же раз возрастает скорость соответствующей стадии ферментативной реакции ири условии снятия этих напряжений в переходном состоянии на данной стадии [79—82]. Следовательно, если напряжения или деформации, существующие в фермент-субстратиом комплексе, снимаются в переходном состоянии реакции, то они выгодны для фермента на стадии каталитического превращения комплекса. Чем более выражены такие наиряжения в фермент-субстратном комплексе, тем выше каталитическая копстапта ферментативной реакции. Согласно классификации фермеит-субстратных взаимодействий именно те взаимодействия, прочность которых возрастает прн образовании переходного состояния ферментативной реакции, называются специфическими [81, 82]. [c.163]

Как уже говорилось выше, гипотетическая дикарбоновая кислота с бесконечно удаленными друг от друга карбоксильными группами, для которой 1д/С = 4,8, характеризуется двумя константами связывания различия между ними (см. первую строчку табл. 4-1) обусловлены статистическим фактором (1д 4 = 0,6). Наблюдаемые значения констант связывания прогонов дианионами кислот, содержащих 7, 4, 2 и 1 СНг-группу, приведены в табл. 4-1. Для кислоты с самой длинной [c.258]

Разумеется, предлагаемая схема является гипотетической и направлена лишь на то, чтобы показать возможность такого рода кинетической коррекции. В то же время имеются факты, действительно указьшающие, что EF-Tu может снижать уровень ошибок в трансляции. Кроме того, имеются независимые данные в пользу существования двух различных фаз в связывании аминоацил-тРНК, на которых может осуществляться распад кодон-антикодоновых комплексов. [c.177]

Дана зависимость насыщения гемоглобина (НЬ) кислородом при pH 7,2 от концентрации свободного кислорода. Концентрации 0 в капиллярах легких (125 мкМ) н в капиллярах тканей, потребляющих (50 мкМ), зафиксированы в узких пределах. Кривая а в отсутствие дифосфоглицерата (ДФГ) гемоглобин насыщается О в легких, но не может доставлять его к тканям. Кривая б прн физиологическом уровне ДФГ (4.5 мМ. приблизительно 30% Оа. поглощенного легкими, высвобождается в тканях (стрелка 1). Кривые бив поскольку гемоглобин плода (кривая в) имеет более низкое сродство к ДФГ. чем материнский гемоглобин, освобожденный из материнской крови молекулярный кислород может захватываться гемоглобином плода (стрелка [[I). Кривая г высокая концентрация ДФГ (8 мМ) приводит к повышенному снабжению тканей кислородом (стре.жи I и [[). Кривая д при отсутствии кооператнвиостн между субъединицами гемоглобина от легких к тканям транспортировалось бы меньше Оз. При построении гипотетической кривой связывания (5) для комплекса НЬОз принята константа диссоциации 38 мкМ. [c.258]

Как было отмечено выше (см. разд. 2.5.6), полиядериые углеводороды также подвергаются реакциям электрофильного присоединения— элиминирования. Они вступают в реакции электрофильного присоединения более легко, чем производные бензола. С помощью теории молекулярных орбиталей можно полуколичественно оценить относительные скорости и распределение изомеров для кинетически контролируемых реакций полиядерных углеводородов. Разница в скоростях связана, по-видимому, с изменением л-элек-тронной энергии при превращении арена в аренониевый ион (ст-комплекс) на лимитирующей стадии. Энергию электрона на р-орбитали изолированного р -углеродного атома обозначают а, а энергию электрона вблизи двух хр -углеродных атомов, находящихся на расстоянии связывания, обозначают р. Таким образом, для гипотетического циклогексатриена Ял = 6а + бр, а для бензола л = 6а + 8р. Учитывая резонансную энергию бензола (Р = = 76,6 кДж/моль), изменение я-электронной энергии бензола при протонировании составляет [c.386]

Диаграмма уровней энергий молекулярных орбиталей (МО), полученных путем математической обработки, качественно описанной выше, для гипотетического правильного октаэдрического комплекса без учета я-связывания показана на рис. 10-10. Точное местонахождение связывающей а-орбитали, характеризующейся наинизшей энергией, является неизвестным из-за неопределенности значений, необходимых для расчета обменных интегралов. Вообще можно принять, что в первом приближении уровни энергии связывающей и разрыхляющей молекулярных орбиталей лежат на равном расстоянии ниже и соответственно выше среднего значения энергий исходных орбиталей. Далее, можно принять, что если энергия молекулярной орбитали мало отличается от энергии одной из атомных орбиталей (или групповой орбитали лиганда) и сильно отличается от энергии другой, то она будет иметь в большей мере характер ближайшей к ней орбитали. Так, шесть молекулярных р-орбиталей по своему характеру ближе к орбиталям лигандов, т. е. электроны, занимающие эти орбитали, являются в основном электронами лигандов. Подобным же образом электроны, занимающие разрыхляющие орбитали, нужно рассматривать преимущественно как электроны атома металла, а электроны на несвязывающих Т -орбиталях должны принадлежать только атому металла, при условии, что у лигандов нет я-орбиталей, способных к перекрыванию с Тз рбиталями. [c.427]

Главной целью при изучении механизма любой "реакции является выяснение структуры переходного состояния и природы промежуточных продуктов. В случае ферментативных реакций для определения структуры переходного состояния необходимо не только знакомство с геометрией молекулы субстрата, но также и знание трехмерной конформации фермента. Характерные для ферментативных реакций специфичность и высокая каталитическая эффективность определяются тем, что в данном каталитическом процессе участвует несколько функциональных групп фермента. В силу этого обстоятельства, а также из-за крайней сложности таких больших молекул, какими являются молекулы белка, точное определение структуры переходного состояния для ферментативных реакций представляется исключительно трудным. Приходится поэтому, по крайней мере в настоящее время, довольствоваться более простыми задачами 1) выяснением отдельных стадий реакции 2) идентификацией аминокислот, участвующих в связывании субстрата, а также в реакциях образования и разрыва связей 3) определением приблизительного располон епия этих аминокислот в пространетве и 4) разработкой такого гипотетического механизма реакции (с учетом специфической каталитической роли участвующих в реакции групп), который позволил бы объяснить наблюдаемую скорость ферментативной реакции (хотя бы порядок величины). К сожалению, полностью решить все эти задачи не удалось пока даже и в наиболее простых случаях. [c.195]

Несколько авторов рассмотрело проблему — д-связи теоретически. По-видимому, они согласны в основном, что л-связь на основе 2р- и З -орбиталей осуществима. Однако они расходятся в объяснении того, каким образом используются вакантные -орбитали. Джаффе [30], а также Крейг с сотр. [31] согласны с тем, что кратная связь за счет перекрывания - и р-орбиталей может эффективно стабилизовать систему. Более того, они предполагают, что такая связь более эффективна, если атом, предоставляющий вакантные -орбитали, несет или формальный положительный заряд, или весьма электроотрицательные лиганды. При этом -орбитали, диффузные в свободном атоме, сжимаются. Это приводит к значительному интегралу перекрывания и эффективному связыванию. Крейг [32] ссылался на неопубликованные расчеты Букингема и Картера на гипотетической модели РН5. Эти расчеты указывают на то, что 3 -opбитaли свободного атома фосфора сжимались бы в 2— 3 раза, при переходе к связанному состоянию с лигандами — протонами. Химия фосфорных илидов как раз соответствует этим положениям, поскольку (как будет показано в последующих главах) карбанионы значительно легче получить, когда они привязаны к положительно заряженному атому, который способен расширять свою валентную оболочку, но их трудно получить, если этот атом не несет положительного заряда. [c.19]

Возникает вопрос, почему при замене атомов Н на атомы Р происходит не простое замещение, а изомеризация связей цикла, и атомы Р оказываются связанными не с атомами N (как были связаны атомы И), а с атомами серы. Аргументы для объяснения этого факта весьма многочисленны. Во-первых, связь N—Н прочнее, чем связь 5—Н (энергия разрыва связи N—Н в ЫНз равна 391 кДж/моль, а энергия связи 5—Н в НгЗ равна 347 кДж/моль). Поэтому образование а-связей 8—Н и, следовательно, а,я-связей 5=Ы в молекуле 54Ы4Н4 маловероятно. Во-вторых, я-связыванию 5—N благоприятствуют атомы электроотрицательного элемента (фтора), а атомы более электроположительного элемента (водорода) нет. В-третьих, смещение атомов Н от N к 5 не компенсируются в гипотетической молекуле (8Н)4Ы4, поскольку я-связывание не возникает, а а-связи элемент — водород ослабляются. [c.562]

Можно предположить, что дикий тип бактерий вырабатывает всегда некоторое вещество — подавитель, или репрессор, — которое мешает образованию матриц для синтеза белка. Цистрон i, активный в диком штамме клеток, управляет синтезом внутриклеточного (эндогенного) ренрессора. Роль молекул индуктора, вводимого в клетку извне, заключается в химическом связывании ренрессора. В присутствии индуктора репрессор выводится из строя и запускается синтез фермента. Этот гипотетический механизм регулирования действует либо на уровне переноса информации в хромосоме,, либо на уровне цитоплазматического синтеза белка (синтез на рибосомах). В конститутивном штамме i подавитель не синтезируется, так как его цистрон поврежден. Поэтому синтез белка не подавлен, матрица образуется и функционирует на полную мощность. [c.488]

При взаимодействии растворимых сульфокислот полиметилен-фенолов с формальдегидом в кислой среде происходит частичное десульфированпе некоторых фенольных звеньев при одновременном связывании этих звеньев метиленовыми группами. Десульфирование происходит в тем большей степени, чем больше введено формальдегида. Гипотетический состав ионитов, — если предпо-лояшть, что сшивка молекул осуществляется только при помощи Hj- групп, — можно выразить формулой [82 ] [c.198]

Известно, что подобного рода npteBpameHHe никотиновой кислоты происходит в организме собак [9]. При этом типе гипотетического активирования вводимый катион не только делает атом фосфора более электроположительным, но при условии введения его в соответствующее место он обеспечивает связывание анионного участка холинэстеразы. Вероятно, те животные, которые обладают выраженной способностью превращать П1 в IV, окажутся особенно чувствительными к отравлению П1. Можно ожидать, что И1 обладает избирательным действием на млекопитающих. [c.392]

Этот значительный энергетический барьер компенсируется в обоих случаях образованием пяти прочных связей. Взаимное отталкивание друг от друга ПЯТИ лигандов меньше для тригонально бипирамидальной структуры, чем для квадратно-пирамидальной. Действительно, расчет гипотетического иона Р1С15+ с использованием простой электростатической модели показывает, что различие в энергиях отталкивания почти компенсируется разностью энергий, обусловленной эффектом кристаллического по.ля [77]. Сильное я-связывание лигандов в тригональной плоскости также будет существенно снижать проигрыш ЭСКП для тригональной бипирамиды. [c.344]

Рис. 6-47. Гипотетическая модель, показывающая как конформационные изменения в белке-переносчике могли бы обеспечить облегченную диффузию растворенного вещества А. Белок-переносчик может существовать в двух конформационных состояниях в состоянии понг участки связывания лля А открыты с наружной стороны бислоя в состоянии пинг те же участки оказываются открытыми с другой стороны. Переход между двумя состояниями осуществляется случайным образом и полностью обратим. Поэтому при более высокой концентрации А с наружной стороны бислоя с белком-переносчиком будет связываться больщее число молекул А в состоянии понг , что приведет к транспорту вещества А по

Рис. 13-39. Гипотетическая схема, объясняющая наблюдаемую зависимость пролиферации нормальных и трансформированных клеток от адгезии между клетками и матриксом. Главное внимание уделяется двум типам молекул 1) цитоплазматическому белку, который служит внутриклеточным сигналом к делению, и 2) трансмембранному линкерному белку, который может связываться как с цитоплазматической сигнальной молекулой по одн) сторону клеточной мембраны, так и с внеклеточным матриксом по другую сторону. Это связывание -кооперативный проиесс, так что сигнальные молекулы, связавшиеся с линкерным белком внутри клетки, стабилизируют трансмембранную структуру и способствуют ее связыванию с внеклеточным матриксом и наоборот, связывание с внеклеточным матриксом способствует связыванию сигнальных молекул с линкерным белком внутри клетки. Чтобы клетка получила сигнал к делению, сигнальные молекулы должны быть несвязанными в цитоплазме и находиться в активной конформации, в которой они менее прочно связываются с линкерным белком Предполагается, что сигнальные молекулы активируются при их фосфорилировании, которое происходит благодаря киназной активности

Среди множества проблем иммунологии, одну из них, если иметь в виду прежде всего чисто познавательный аспект этой области биологических знаний, следует отнести к самой фундаментальной, поскольку во многом она определяет возможность решения остальных. Эта проблема связана с изучением на атомно-молекулярном уровне механизмов узнавания и ответных реакций иммунной системы на появление в организме инфекционных антигенов - чужеродных белков, вирусов, бактерий, патогенных веществ. Важный шаг в познании принципов функционирования иммунной системы был сделан в 1959 г. Ф. Бер-нетом, разработавшим так называемую теорию клональной селекции, которая и по сей день пользуется всеобщим признанием [265]. Первоначально теория имела сугубо гипотетический характер. Однако заложенные в ней идеи оказались плодотворными и она вскоре смогла стать для экспериментальных исследований не только системой основополагающих научных принципов, но и конкретной программой поиска. В настоящее время эта программа выполнена и сегодня теория клональной селекции представляет собой скорее констатацию надежно установленных фактов, чем концептуальную основу дальнейшего развития иммунологии [266]. Специфичность антигенной реакции лимфоцитов, согласно теории Бернета, обусловлена наличием на поверхности Т- и В-клеток рецепторных белков, избирательно взаимодействующих с определенными антигенами. Связывание с ними рецепторов активирует клетку и вызывает ее эффективное размножение. Таким образом стимулируется пролиферация лимфоцитов, содержащих на своих поверхностях именно те рецепторы, которые, с одной стороны, комплементарны чужеродному антигену, а с другой - могут адекватно сигнализировать клетке о необходимости антиген-специфцч-ного ответа. По теории клональной селекции иммунную систему образуют миллионы различных клеточных семейств или клонов, каждый из которых состоит из Т- или В-лимфоцитов, имеющих общих предшественников. Так как во всех случаях клетка-предшественница детерминирована к синтезу определенного антиген-специфичного белка рецептора, то все клетки одного клона имеют одинаковую антигенную специфичность и, следовательно, могут ответить на сигнал рецептора только одним, присущим клеткам лишь данного клона, способом. Антигенами, как правило, являются белки и полисахариды. На поверхности этих молекул имеются участки, называемые антигенными детерминантами или эпитопами, которые предрасположены к взаимодействиям с антигенсвязывающим участком антитела В-лимфоцита или 3 67 [c.67]

Рис. Ш.28. Гипотетическая модель структуры шаперонина GroEL, иллюстрирующая в двух проекциях мультиплетные места связывания единичной полипептидной цепи

Рис. 13-51. Гипотетическая модель бактериального хемотаксиса, основанная на предположении, что МБХ-ЭТО мембранный фермент, синтезирующий внутриклеточный медиатор X. Фермент быстро активируется при связывании рецептора, а в период адаптации медленно ингибируется в результате метилирования. При высокой внутриклеточной концентрации X жгутики вращаются против часовой стрелки и бактерия плывет прямо, а при низкой концентрации X жгутики вращаются по часовой стрелке и бактерия кувыркается. Как видно из схемы, адаптированный МБХ на короткое время реактивируется (так что частота кувьфкания уменьщается) при связывании дополнительного рецептора, если концентрация аттрактанта возрастает (А), или инактивируется (так что кувыркание учащается) в результате отделения рецептора от МБХ, если концентрация аттрактанта падает (Б). Обратите внимание, что ферментативная активность МБХ в адаптированном состоянии (с

Справочник химика 21

Химия и химическая технология