комбинация пептидов

Различные пространственные структуры трансмембранных белков могут определяться комбинациями пептидов, детерминирующих начало и конец переноса [39] [c.46]

Пептидную связь можно гидролизовать в кислой, щелочной среде и под действием ферментов, получив снова. аминокислоты. С помощью подходящей комбинации экспериментальных методов можно определить последовательность расположения аминокислотных остатков в молекулах пептидов и белков. Эта последовательность называется первичной структурой пептида или белка. [c.191]

Под стратегией понимают последовательность связывания аминокислотных компонентов в пептид, причем следует различать постепенное наращивание и фрагментную конденсацию. Получение полипептидов путем постепенного наращивания цепи трудноосуществимо при больших размерах целевой молекулы. В этих случаях большое значение приобретает разделение объекта синтеза на отдельные фрагменты с последующим соединением их в полипептид. Оптимальный выбор комбинации защитных групп и применение подходящего метода конденсации для каждого отрезка составляет предмет тактики пептидного синтеза. [c.98]

Противоточное распределение зарекомендовало себя при очистке пептидных веществ и промежуточных продуктов синтеза пептидов. Наиболее часто применяют следующие системы растворителей бутанол — уксусная кислота, трихлоруксусная кислота — толуолсульфокислота, хлороформ — бензол — метанол — фенол — вода н многие другие комбинации. Сложнее подобрать систему для разделения белков из- [c.347]

Наконец, следует отметить еще одну важную особенность рассматриваемого метода конформационного анализа. Она явилась прямым результатом исследования простейших пептидов и заключается в создании структурной классификации аминокислотных последовательностей, охватывающей все многообразие пространственных форм и обоснованной экспериментально и теоретически. Главная ценность разделения пептидных структур на конформации, формы и шейпы состоит во впервые появившейся возможности перейти от необходимости анализа всех комбинаций низкоэнергетических конформаций свободных аминокислотных остатков, образующих данный пептид (их количество превышает 10", где п - число остатков в цепи), к анализу отдельных представителей, дающих объективную информацию о конформационных вариантах больших таксономических групп. [c.250]

Проведенное рассмотрение решения обратной структурной задачи на уровне шейпов и форм основной цепи показывает, что даже простейшие химические модификации пептидной последовательности, такие, как единичная аминокислотная замена, N-метилирование и изменение конфигурации асимметрического центра остатка, могут существенно сказаться на конформационных возможностях молекулы. Благодаря исключению из последующего рассмотрения целого ряда типов пептидного остова, а в каждом типе - форм основной цепи и, следовательно, большого числа конформационных состояний, на этом этапе достигается значительное сужение границ поиска нужной структуры. Особенно важно то обстоятельство, что стерические последствия всех отмеченных изменений химического строения, сделанных по отдельности или в комбинации, можно заранее предвидеть при рассмотрении задачи в общем виде. Кроме того, они имеют универсальный характер, т.е. справедливы для любой аминокислотной последовательности. Перейдем теперь к завершающей стадии решения обратной задачи, требующей строгой количественной оценки влияния химических модификаций на конформационные состояния пептида. [c.555]

Наконец, остается выполнить самую трудную часть задачи — выяснить, в какой последовательности связаны между собой аминокислотные остатки, т. е. структурную формулу пептида. Для решения этого вопроса используют комбинацию двух методов определение концевых групп и частичный гидролиз. [c.1048]

При разделении пептидов с помош,ью ГХ возникает ряд проблем, связанных с обилием возможных соединений. Даже разделение природных аминокислот, число которых невелико — довольно трудная задача. Комбинация 18 аминокислот в дипептиды дает 18 =324 различных соединения комбинация в трипептиды приводит уже к 5832 (18 ) разным компонентам. С ростом длины цепи экспоненциально возрастает число соединений. [c.338]

Как показано многочисленными исследованиями, убедительную идентификацию производных пептидов можно провести с помощью масс-спектрометрии [34, 85, 123]. Комбинация этих двух методов может значительно облегчить анализ последовательности пептидов — к тому же для обоих методов требуются очень малые количества вещества. Газовая хроматография пептидов изучалась только в двух лабораториях, в которых были предложены различные методики получения их производных. Для последующей идентификации крайне важно, чтобы структуру исходных соединений можно было узнавать по их производным. Хотя детальное рассмотрение масс-спектрометрии выходит за рамки рассматриваемого ниже процесса ГХ пептидов, многие операции, которые будут описаны, должны рассматриваться с учетом возможного использования масс-спектрометрического метода. Соединение капиллярной или набивной колонки непосредственно с масс-спектрометром дает возможность измерять полный масс-спектр каждого пика и, таким образом, с помощью этого способа получать необходимую информацию. [c.339]

Жидкостная н газожидкостная хроматография для идентификации ФТГ обычно СК в комбинации с автоматической деградацией пептидов на секвенаторе [c.59]

Вероятно, однако, что в случае комплексов u(II) необходимо рассматривать также два источника структурных искажений. В метмиоглобине кашалота ион 2п(П) специфически связан боковыми цепями аминокислот, направленными в сторону растворителя [66], и находится, вероятно, в тетраэдрической координации. Координируемыми остатками являются лизин-16, аспарагин-116 и атом Ni гистидина-113. Однако ион u(II) связывается на расстоянии 700 пм от Zn(II) при участии тех же остатков лизина и аспарагина (в качестве лигандов) и атома N3 гистидина-12. Особенностями геометрической структуры это различие не объясняется. По-видимому, координация атома N3 гистидина-12 Си(П) (электронная конфигурация d ) может оказаться предпочтительной вследствие более сильного поля лигандов, создаваемого атомом N3, чем атомом Ni [77]. Подобная ситуация может возникнуть в КПА при координации боковых цепей гистидина в области активного центра ионом металла. Фриман [77] указывал также, что при некоторых комбинациях донорных атомов кислорода и азота аминокислот и пептидов ион Си(П) образует квадратно-пирамидальные комплексы. Эти комбинации включают два или три донорных атома азота и два или один атом кислорода. Пятым лигандом в этом случае является молекула воды. Поскольку спектры ЭПР квадратно-пирамидальных комплексов u(II) недостаточно изучены, трудно сказать, совместима ли эта геометрия координации с результатами Брилла и сотр. [223]. [c.88]

Бацитрацин А, выделенный из В. subtilis, был охарактеризован Крейгом (1955) как сшитый циклопептид, состоящий из 12 аминокислотных остатков, идентифицированных после частичного гидролиза пептида и его динитрофенильного производного комбинацией противо-точного распределения, бумажной хроматографии, зонного электрофореза н полного химического анализа [c.703]

В начале 1982 г. было опубликовано исследование, посвященное сопоставлению возможностей использования RP-8-, RP-18- и феппл-силикагелей для фракционирования трипсиновых пептидов в двух вариантах линейной градиентной элюции обычного градиента концентрации пропанола при pH 4 и ион-парной хроматографии с градиентом концентрации ацетопитрила. Были выбраны следующие комбинации растворителей при элюции пропанолом раствор А — 0,25 М пиридин в 0,9 М СН3СООН (pH 4) раствор В — 60%-ный раствор пропанола в растворе А. При ион-парной хроматографии использовали следующие комбинации раствор А — 0,09 %-ный водный раствор ТФУ раствор В — смесь ТФУ, воды и ацетопитрила в пропорции 0,09 9,91 90. В обоих случаях использовали линейный градиент (О—70%) раствора В в смеси с раствором А. [c.206]

Изящная комбинация химической модификации с ионообменной хроматографией была использована для быстрого отбора из совокупности пептидов, полученных после трипсинового гидролиза, тех из них, которые содержат Met. Смесь трипсиновых пептидов растворяли в 30%-ной СН3СООН и обрабатывали радиоактивно меченным иодацетамидом. На атоме серы метионина возникал дополнительный положительный заряд, поэтому при хроматографии на сильном катионообменнике такие пептиды задерживались но сравнению с нормальным положением их элюции. По наличию метки со- [c.298]

В заключение отметим вариант двумерного фракционирования нентидов комбинацией колоночной (в данном случае — ионообменной) хроматографии и ТСХ фракций с колонки на пластинках силикагеля [Aromatorio et al., 1980]. Это — частный пример из широкой области использования ТСХ как дополнительного инструмента для анализа результатов фракционирования пептидов различными рассмотренными ранее методами колоночной хроматографии, в том числе и ЖХВД. [c.490]

В наши дни стало привычным просматривать целиком всю область возможных значений ф и а з, используя вычислительные машины. Расчеты конфор мации пептидной группы выполнил Рамачандран. Результаты такого анализа часто представляют в виде графиков зависимости ф от гр (графиков Рамачандрана, или конформационных карт), на которых обводят рамками области возможных комбинаций двух углов. Конформационные карты пептидов (рис. 2-5) показывают, что число возможных комбинаций торсионных углов довольно велико. Существенная часть этих комби- [c.89]

Метод Уги можно рассматривать как комбинацию реакции Пассерини с конденсацией Манниха. Для получения пептидных фрагментов проводят в одну стадию, без выделения промежуточных продуктов, взаимодействие N-ациламинокислоты (I), замещенного амина (II), альдегида (III) и изонитрила (IV) (производного аминокислоты или пептида). Сначала из четырех компонентов образуется неустойчивый продукт присоединения V, который спонтанно и очень быстро перегруппировывается внутримолекулярно по реакции 1-го порядка через пятичленный промежуточный цикл в N-замещенное производное пептида VI. После отщепления R, получают желаемый пептид VII. [c.163]

В то время как последовательность соединения аминокислотных остатков в пептид определена стратегией пептидного синтеза, оптимальная комбинация защитных групп и метод конденсации для каждого случая образования пепетидной связи выбираются тактикой. [c.220]

В последние годы отмечается повыщенный интерес к кислотоустойчивым временным защитным группам, отщепляемым в слабощелочных условиях (разд. 2.2.4.1 и табл. 2-1). Такие группы можно использовать в комбинации с постоянными защитными группами mpem-бутильного типа. Комбинация этих защитных групп была с успехом применена при синтезе пептидов по Меррифилду (разд. 2.2.7). Эта так называемая ортогональная концепция защиты для твердофазного синтеза очень интересна с тактической точки зрения (с. 185). И наконец, следует обратить внимание на уже обсуждавшуюся возможность фотолитического отщепления защитных групп, а также упомянуть защитые группы, которые можно удалить лищь в особых условиях (например, с помощью протеаз). Значение ферментативного деблокирования [476, 552—555] в будущем может возрасти. [c.223]

Пространственная классификация пептидных структур по конформациям, формам и шейпам построена по принципу "дерева". Все конформации делятся по формам основной цепи, а формы - по шейпам. Количество форм в каждом шейпе определяется числом возможных комбинаций R-. В-, L- и Н-формы остатков. Число конформаций каждой формы зависит от природы остатка. Все возможные формы основной цепи и шейпы пептидного скелета предполагаются равноценными. Предпо ггительность некоторых из них выявляется только в результате конформационного анализа, т.е. опробования на конкретной аминокислотной последовательности. В описанной структурной классификации возможна энергетическая дифференциация пространственного строения пептида на трех уровнях - шейпа, формы и конформации. [c.224]

Техника "отжига" в конформационном анализе пептидов и белков часто используется в комбинации с методом молекулярной динамики, в котором температура вводится в расчет посредством кинетической энергии. Самый простой и наиболее распространенный алгоритм этого метода был предложен X. Берендсеном и соавт. [189]. Сравнение его с другими алгоритмами метода молекулярной динамики вьшолнено в работе [190]. Комбинированный метод динамического "отжига" применяется в анализе более или менее сложных пептидов, однако непременно с использованием экспериментальных ограничений, получаемых от рентгеноструктурной кристаллографии и ЯМР [191-194]. Расчет, таким образом, сводится к уточнению уже известной структуры или выбору из небольшого числа предполагаемых вариантов. В разработанном М.Сноу подходе привлекаются данные о гомологии белков [195, 196]. Метод "отжига" широко используется, правда с переменным успехом, в конформационном анализе простых пептидов [197-200], причем наиболее популярным объектом является энкефалин, конформационно достаточно простой эндогенный пентапептид, содержащий два остатка Gly [200-206]. Дж. Хиго и соавт. [207] предложили процедуру длительного "отжига" в комбинации с методом взвешенного набора переменных [208] и минимизацией энергии по вторым производным, позволяющим судить об анизотропии потенциальной поверхности. Авторы использовали процедуру для расчета конформационных состояний пептидных петель в белках, структуры которых известны [209]. [c.244]

Каковы же ближайшие перспективы Можно ли, продолжая изучение Met- и Ьеи-энкефалинов и других пептидных гормонов в том же плане, получить со временем полную и объективную количественную информацию об их структурной организации и зависимости между структурой и функцией Чтобы ответить на этот вопрос, предположим, что такой информацией мы уже располагаем, и попытаемся представить, что она могла бы дать для понимания структурно-функциональной организации энкефалинов и описания механизмов их многочисленных функций. Как можно было бы логически связать данные, например, о 10 низкоэнергетических конформациях каждого нейропептида с приблизительно таким же количеством его функций Очевидно, установить прямую связь при неизвестных пространственных структурах рецепторов не представляется возможным. Число возможных комбинаций, особенно если учесть существование нескольких рецепторов (ц, а,5) для осуществления только одной опиатной функции энкефалина, слишком велико, чтобы надеяться даже в гипотетическом идеальном случае найти искомые соотношения интуитивным путем. Многие полагают, что к достижению цели ведет косвенный путь, заключающийся в привлечении синтетических аналогов, изучении их структуры и биологической активности. В принципе подобный подход вот уже не одно столетие применяется в поиске фармацевтических препаратов. Однако такой путь в его сегодняшнем состоянии не только длителен, сложен и дорогостоящ, но, главное, он не может привести к окончательному решению проблемы. Замена аминокислот в природной последовательности, укорочение цепи или добавление новых остатков, иными словами, любая модификация химического строения природного пептида, неизбежно сопровождается изменением конформационных возможностей молекулы и одновременно затрагивает склонные к специфическому взаимодействию с рецептором остатки, что сказывается на характере внутри- и межмолекулярных взаимодействий, в том числе на устойчивости аналогов к действию протеиназ. Для учета последствий химической модификации на характер внутримолекулярных взаимодействий можно использовать теоретический конформационный анализ и методы кванто- [c.352]

Рассмотренные выше схемы, основанные на энергиях связей и инкрементах групп, хотя и могут быть доведены до высокой степени точности, не обладают гибкостью и широтой. Эти качества присущи схемам, включающим молекулярно-механические расчеты (иначе, расчеты, основанные на эмпирических силовых полях), которые в настоящее время широко используют в органической химии. В данном разделе обсуждение этих схем ограничено применением их для определения теплот образования, разницы энергий, энергий напряжения и молекулярной структуры насыщенных углеводородов. Однако достоинством подхода, основанного на молекулярной механике, является возможность его применения для функциональных групп, алкенов, ароматических и металлорганиче-ских соединений, конформаций полимеров и пептидов и для реакционноспособных интермедиатов. Подход на основе молекулярной механики был впервые развит Вестхаймером [68] и позднее расширен Хендриксоном [69] и Вайбергом [70]. В этом случае молекулу рассматривают как комбинацию частиц (атомов), удерживаемых вместе пружинками (связями), и проводят расчеты, применяя соответствующие типы молекулярных моделей. В этом случае электронную систему отдельно не рассматривают. Деформация модели растягиванием илн сгибанием пружинок или смещением частиц друг относительно друга приводит к изменениям энергии, которые можно рассчитать, если известны необходимые силовые [c.111]

Очевидным продолжением выщеописанной техники является комбинация газо-жидкостной хроматографии и масс-спектромет-рии для того, чтобы разделять и идентифицировать короткие пептиды, получаемые после гидролиза протеиназами. Например, дипептиды, получаемые гидролизом с помощью дипептидиламино-пептидазы (см. разд. 23.3.4), можно модифицировать, разделить с помощью ГЖХ и идентифицировать масс-спектрометрически. Аналогично можно обработать альтернативный набор дипептидов, получаемых после предварительной деградации по Эдману (один цикл). [c.278]

Реакции, используемые для образования пептидной связи и удаления защитных групп, могут повреждать ряд боковых функциональных групп. Поэтому использование защитных групп важно не только для о амино- и -карбоксильных групп, но и для многих боковых радикалов. Эти группы должны оставаться защищенными во время всего процесса образования полипептидной цепи и должны удаляться только по завершении процесса. В практике полипептидного синтеза используются различные комбинации этих групп. Они вводятся в мономеры в дополнение к группам, защищающим о-Мг- и о-СОО -группы. Мономеры, содержащие набор защитных групп и в ряде случаев активированные остатки, делающие возможным их непосредственное использование в процессе синтеза, обычно называют синтонами. В качестве примера, в табл. 7.6 приведены синтоны, использованные для синтеза 99-членного пептида, который представляет собой протеазу, кодированную вирусом ВЙЧ-1, вызывающим СПИД. Эта протеаза важна для протеолитического разрезания больших полипептидов, образовавшихся при трансляции вирусных мРНК. Огромный интерес к этой протеазе обусловлен надеждой найти специфические ингибиторы протеазы, которые позволят предотвратить созревание вирусных белков и, следовательно, размножение этого вируса. [c.288]

В 1906 г. сочетанием галогенацильного и дикетопиперазинового методов Э. Фишер получил первый крупный пептид, состоящий из 10 аминокислотных остатков Н—(0,Ь)-Ьеи — (С1у)нС1у—ОН. Несколько позже комбинацией различных методов ему удалось синтезировать оптически активный Г8-членный пептид следующего строения [c.126]

Примерами могут служить пептиды, полученные изменением направления аци/1ирования в пептидной цепи — так называемые ретро-изомеры (рис. 84, пара б—г), аналоги, образованные полным обращением конфигурации всех аминокислотных остатков (энантио-изомеры) (рис. 84, пара а — б), и особенно аналоги, сконструированные комбинацией этих двух приемов (ретро-энан-тио-изомеры) (рнс. 84, пара а — г или а — в, рис. 85). Такого рода модификации касаются как циклических, твк и линейных пептидов, однако в последнем случае для топохимического подобия аналогов необходимо, чтобы N- и С-концевые группы были соответствующим образом блокированы (рис. 86). [c.174]

Нельзя He отметить и твкой прием, как замена в природном пептиде амидных связей на близкие им в стереозлектроином отношении сложноэфирные в случае биологически активных депсипептидов возможна и обратная замена сложноэфирных связей на амидные, а также комбинации этих приемов. [c.175]

Под первичной структурой подразумевают определенную последовательность фрагментов аминокислот в полипептидной цепи Как отмечалось выше, в отличие от полисахаридов, составленных из фрагментов одного (иногда 2-3) моносахарида, полипептиды содержат фрагменты до 22 разных аминокислот Представление о возможных комбинациях фрагментов в полнпептидных цепях дают следующие примеры Так, если из остатков разных аминокислот составить комбинации, в которых при одинаковом конечном числе фрагментов меняется только порядок их расположения, то число комбинаций составит из 5 аминокислот — 20 комбинаций, из 8 — свыше 40 тысяч, из 12 — около 500 млн, для пептида, состоящего из 15 аминокислотных остатков 22 различных аминокислот, возможны 22 вариантов Общее число различных белков всех видов живых организмов на Земле составляет величину порядка 10 °-10 , то есть реализуются далеко не все возможные варианты [c.881]

Одной из важнейших возможностей применения ГЖХ в анализе пептидов является ее сочетание с масс-спектрометрией для последующёго анализа разделенных пептидов. Такая комбинация ГЖХ и масс-спектрометрии служит мощным средством [c.143]

В масс-спектре сильный фон, непосредственная комбинация методов ограничивается исследованиями низших пептидов и в меньшей степени пригодна для изучения более длинных пептидов при тех высоких температурах, которые необходимы для газохроматографического разделения. По этой причине метод улавливания соединений после колонки с целью дальнейшего масс-спектрометрического исследования кажется более удобным для высших пептидов, например три- и тетрапептидов. Недавно Байер и Кёниг [18] сообщили о применении комбинированного прибора газовый хроматограф — масс-спектрометр для разделения пептидных производных, но, вероятно, из-за обсуждавшихся выше трудностей приведенные масс-спектры сканировались с использованием системы прямого ввода прибора. [c.156]

В настоящее время наибольшее значение в анализе последовательности аминокислот приобрела комбинация методов газовой хроматографии и масс-спектрометрии (ГЖХ/МС) главным образом это произошло благодаря достижениям масс-спектрометрии пептидов. Метод ГЖХ/МС исключительно успешно применялся для выяснения структуры нескольких природных пептидов. Некоторые результаты будут обсуждаться на следующих страницах, дополняя таким обрзом гл. 4. [c.168]

На практике используют обычно комбинацию этих методов— блочный метод синтеза. Продукт разделяется на малые блоки, содержащие, скажем, до 15 аминокислотных остатков. Эти блош синтезируются часто линейным путем с использованием твердофазного синтеза разд. 14.7.2.3). Затем блоки соединяются и образуют заданный пептид. [c.328]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология