Взаимодействия вода пептид

Таблица 4.9. Значения энтальпийных коэффициентов парных и тройных взаимодействий небольших пептидов с краун-эфирами в воде при 25 °С

По-видимому, низкочастотный (в радиодиапазоне) ЯМР-спектр связанной воды может дать уникальную информацию о взаимодействиях регуляторных пептидов с системой водородных связей воды. [c.100]

Взаимодействие твердых в-в под Д. резко усиливается, если реагенты подвергаются пластич. деформации сдвига. В этих условиях реализуются многие твердофазные хим. процессы полимеризация, нуклеоф. присоединение аммиака, воды, карбоксильной группы к связи С—С, синтез амидов и пептидов, разложение пероксидов, карбонилов и оксидов металлов, неорганич. солей, р-ции этерификации и др. Ароматич. соед. при деформации под Д. нередко претерпевают превращения, сопровождающиеся разрывом цикла [c.621]

Таблица 4.2. Энтальпийные коэффициенты взаимодействий пептидов в воде, рассчитанные по формализму МакМиллана-Майера

Аз, описывающих тройные взаимодействия, прямо пропорционально зависят от размера сольватной оболочки пептидов в воде, что подтверждает прямое влияние сольватации на молекулярное узнавание пептидов в воде. [c.201]

Характеристика взаимодействия пептид-краун в воде с помощью энтальпийных коэффициентов взаимодействий [c.212]

Характеристика взаимодействия пептид-краун в воде [c.214]

Объемные коэффициенты парных взаимодействий краун-эфиров в воде отрицательны и взаимодействие краун-краун осуществляется по гидрофобному механизму. Данные табл. 4.13 показывают, что комплексообразование 18-краун-б с аминокислотами и пептидами усиливает гидрофобное взаимодействие краун-краун. Присутствие диглицина незначительно влияет на коэффициент для 15-краун-5 и 12-краун-4. В случае 1,10-диаза-18-краун-б добавление глицина или дипептидов приводит к уменьшению отрицательных S . [c.220]

Т. 40, № 4. С. 53-59. п. Лаптев П.В. Термодинамические характеристики и закономерности взаимодействия аминокислот и пептидов с основаниями нуклеиновых кислот, их производными и р-циклодекстрином в воде Дис.. .. канд. хим. наук. Иваново, 1998. 151 с. [c.250]

Пептидами называют продукты взаимодействия между двумя или несколькими молекулами аминокислот за счет отщепления воды от карбоксильной группы одной кислоты и аминогруппы другой кислоты. При этом образуется так называемая пептидная связь. [c.125]

ФТОР-2,4-ДИНИТРОБЕНЗОЛ, Im 27 С, i 137 °С/2 мм рт. ст. раств. в аф., бензоле, ацетонитриле, не раств. в воде. Реагент для идентификации оксисоединений и концевых аминогрупп в белках и пептидах по т-рам плавления продуктов взаимодействия фотометрич. определения тиолов. аминов и фенолов с помощью р-ции Яновского и в УФ области (для производных тиолов Хмакс 480—570, производных аминов 450—580, производных фенолов 560—580), [c.638]

Совершенно не ясно, каким образом вообще осуществляется взаимодействие между набухающими в воде гелями и ароматическими соединениями. Этот эффект можно подавить, вводя в элюент различные добавки. Создавая в элюенте высокую концентрацию роданида или мочевины, удается почти полностью нормализовать элюирование пикриновой кислоты и триптофана [52]. На сефадексе 0-25 в водно-спиртовой среде полифенолы ведут себя в соответствии с их молекулярным весом, ВТО время как в чистой воде они сильно задерживаются гелем [53]. Возможные активные центры геля не удается насытить путем добавления к элюенту ароматических соединений (например, 0,2 н. салицилата натрия) [42], однако в 1 М пиридине ди-нитрофенильные производные аминокислот появляются в элюате раньше, чем свободные аминокислоты. По-видимому, при хроматографировании в системе фенол — уксусная кислота — вода (1 1 1) гель уже не имеет сродства к ароматическим соединениям [54], Карнеги [55], работая на сефадексе 0-25 в этой системе (которая позволяет избежать побочных эффектов), сумел на ряде пептидов подтвердить обычную зависимость между объемами выхода и молекулярным весом (табл. 26). Он предполагает, что при молекулярном весе выше 400 имеет место собственно гель-хроматография, поскольку здесь уже не должен действовать эффект распределения [63]. Однако до сих пор все же не доказано, одинаков ли состав растворителя в гранулах геля и между гранулами. [c.130]

Пептидами называют продукты взаимодействия между двумя или несколькими молекулами аминокислот за счет отщепления воды от карбоксильной группы одной кислоты и амино- [c.150]

Значения энтальпийных коэффициентов парных и тройных взаимодействий краун-пептид в воде представлены в табл. 4.9. Как видно из данных таблицы, для взаимодействия пептидов с 18-краун-б являются большими и отрицательными величинами, что говорит о преобладающем вкладе в них от экзотермического эффекта взаимодействия. Другие пары (за исключением 15-краун-5-диглицин) характеризуются положительными значениями А . Это говорит об отсутствии комплексообразования и значительном вкладе в А , от эндотермического эффекта дегидратации молекул. Как видно из рис. 4.12, смена знака от "+" к при взаимодействии с диглицином и диаланином происходит в следующей последовательности 1,10-диаза-18-краун-б > [c.212]

Белки - это сложные высокомолекулярные прирюдные соединения, построенные из о аминокислот. По (овременным представлениям, в белках ( -аминокислоты соединены между собой пептидными (амидными) связями (-N11-СО-) в пептидные цепи. Образование пептидных связей происходит в результате взаимодействия кар(5оксила одной аминокислоты с аминогруппой другой При этом из двух а-аминокислот образуются пептиды с выделением одной молекулы воды [c.417]

Помимо а- и е-аминогрупп дансилхлорид вступает в реакцию с ОН-группами тирозина, 5Н-группами цистеина и имидазольными кольцами гистидина (два последних соединения неустойчивы при щелочных значениях pH), а также с аммиаком, растворенным в воде. При взаимодействии ДНС—С1 с аммиаком образуется дансилсульфо-намид (ДНС-ЫНг). При щелочных значениях pH, дансилхлорид подвергается гидролизу с образованием дансилсульфоновой кислоты (ДНС—ОН). После окончания реакции дансилирования модифицированный белок или пептид подвергают кислотному гидролизу. Боль- [c.148]

При исследовании термодинамических характеристик взаимодействия биологических лигандов (краун-эфиров (КЭ), криптандов (КР), циклодекстринов (ЦД) и оснований нуклеиновых кислот (НО)) с аминокислотами (АК) и пептидами (П) в воде с использованием экспериментальных значений энтальпий растворения энтальпийные коэффициенты взаимодействий можно рассчитать с помощью уравнения [c.187]

Данные по величинам вкладов неполярных групп пептидов в А2 при различных температурах представлены в табл. 4.3 [32]. Как видно из этой таблицы, указанные значения возрастают (для метиленовой и валиновой групп) или практически постоянны (для лейциновой группы) в интервале от 298 до 308 К. Известно, что температурная зависимость теплоемкости воды имеет минимум при 308 К, что влияет на сеть водородных связей, определяющих структуру воды, а структура воды играет важную роль в гидрофобных взаимодействиях [33]. Можно заключить, что максимум на температурной зависимости вкладов неполярных боковых цепей в /12 объясняется изменениями в структуре воды. Гидрофобные взаимодействия между боковыми группами пептидов усиливаются в промежутке 298-308 К. Тем не менее, при рассмотрении температурных зависимостей гидрофобных взаимодействий есть указания на их линейное усиление [34], по крайней мере, до 333 К. Расхождение мнений можно объяснить следующим. При изучении температурной зависимости вкладов боковых цепей в Л2 необходимо, как минимум, учитывать два определяющих эффекта первый - усиление гидрофобных взаимодействий вследствие ослабления гидрофобной гидратации при увеличении температуры второй - ослабление гидрофобных взаимодействий за счет увеличения влияния цвиттерионных заряженных групп вследствие уменьшения диэлектрической константы воды. Влияние полярного растворителя, такого как вода, на межмолекулярные взаимодействия очень велико из-за диэлектрического экранирования зарядов на атомах. Благодаря понижению диэлектрической константы воды диэлектрическое экранирование зарядов будет уменьшаться при увеличении температуры. Таким образом, влияние гидрофильных (заряженных и полярных) групп будет сильно мешать гидрофобным взаимодействиям неполярных групп при высоких температурах. [c.198]

Таблица 4.4. Характеристики взаимодействия пептид-пептид в воде при различных температурах, рассчитанные по теории Кирквуда-Баффа

Рис. 4.10. Зависимость энтальпийных коэффициентов парных взаимодействий (Ь у) глицинсодержащих пептидов с 18-краун-б эфиром в воде от числа глицильных остатков

Рис. 4.11. Зависимость энтальпийных коэффициентов парных взаимодействий 18-краун-б с аланинсодержащими пептидами в воде от числа аланильных остатков (Лд

Как указывалось ранее, наклон (табл. 4.11,4.12) является объемным В1фиальным коэффициентом парного взаимодействия растворенных частиц одного типа и указывает, по какому механизму происходит взаимодействие. Положительные значения для описываемых аминокислот и пептидов в воде указывают, что молекулы взаимодействуют по гидрофильному механизму (диполь-дипольные силы, водородные связи). Присутствие 18-краун-б изменяет знак 5у для пептидов на отрицательный, т.е. комплексообразование пептид-краун препятствует гидрофильному взаимодействию пептид-пептид и делает его гидрофобным. Более слабое комплексообразование с 15-краун-5 несколько уменьшает положительные значения 5 для пептидов, но их знак не меняется. Присутствие 12-краун-4 в водных растворах диглицина и [c.219]

Рис. 4.23. Зависимость коэффициентов парных взаимодействий кДж кг моль" ) глицинсодержащих пептидов с основаниями нуклеиновых кислот в воде от числа глицильных остатков (п)

Другая серьезная проблема, возникающая при учете электростатических взаимодействий, связана с диэлектрической проницаемостью е. Выше отмечалось, что этот параметр характеризует макроскопическое свойство среды ослаблять взаимодействие зарядов, находящихся на большом расстоянии друг от друга. В конформационном анализе одной молекулы такая трактовка параметра е, строго говоря, теряет смысл. Тем не менее от использования диэлектрической проницаемости не отказались и вводят В расчет в виде эмпирического параметра, величина которого может существенно отличаться от величины известной физической константы. Определение е, используемой в конформационном анализе, связано с большими трудностями и вряд ли является однозначным. В отсутствие молекул растворителя в промежутке между близко расположенными атомами значение диэлектрической проницаемости определяется поляризуемостью взаимодействующих атомов и полем, создаваемым окружающими атомами и молекулами растворителя. Для неполярной среды Брант и Флори рекомендуют величину е = 3,5 [86]. Выбор был сделан при сопоставлении результатов конформационного анализа полипептидов с опытными данными. В работе Скотта и Шераги, посвященной конформационному анализу регулярных структур полипептидов, значение е варьируется от 1 до 4, что, однако, мало сказывается на профиле потенциальной поверхности [85]. Учитывая величину диэлектрической проницаемости в алкиламидах (е = 4), значения от 1 до 4 можно считать разумными при оценке электростатических взаимодействий атомов полипептидов в неполярных средах. В случае водных растворов значение зф должно быть больше, так как для самой воды е = 81 и, что весьма важно, вода при образовании водородных связей оттягивает на себя заряды атомов амидной группы. С. Кримм и Дж. Марк в расчете конформаций полипептидов с заряженными группами в водной среде использовали величину е, равную 10 [95]. В работе Е.М. Попова и соавт. [96] была рассмотрена возможность учета влияния растворителя на конформационное равновесие низкомолекулярных пептидов в рамках механической модели. Наилучшее совпадение с экспериментальными данными было получено при е = 4 для растворов в ССЦ, е = 6-7 - СНСЦ и е = 10 - Н2О. [c.119]

В рамках механической модели молекулы автором данной монографии и соавт. [83] была рассмотрена возможность учета влияния растворителя на конформационное равновесие пептидов соединений. Мы попытались это сделать путем различной параметризации потенциальных функций некоторых видов взаимодействий валентно-несвязанных атомов. Из энергетических вкладов различных видов взаимодействий в общую конформационную энергию молекулы составляющие i/ b. f- угл и i/mp -по-видимому, не будут претерпевать существенных изменений под влиянием растворителя. Они описывают такие взаимодействия между атомами и связями, которые являются значительными лишь при малых расстояниях (<2,5-3,0 А), Энергия же водородной связи сильно зависит от растворителя, Предложенный нами потенциал водородной связи [20] легко учитывает это влияние путем вариации параметра D энергии диссоциации водородной связи. По экспериментальным оценкам Дж, Шеллмана [84], Т. Клотца и И. Франзена [85] энергия димеризации N-метилацетамида в I4 составляет около 4,0, в H I3 - 2,0 и в воде - 0-1,0 ккал/моль Исходя из этого в конформационном анализе монопептидов в неполярной среде была принята величина D = 4,0 ккал/моль, а в слабо- и сильнополярной (водной) средах - 2,0 и 0,5 ккал/моль соответственно. [c.160]

Взаимодействуя с, терминирующим кодоном и рибосомой, факторы терминации (RF-1 и RF-2 прокариот или RF эукариот) как бы имитируют посадку аминоацил-тРНК в А-участок транслирующей рибосомы. Однако вместо последующей атаки сложноэфирной связи пептидил-тРНК аминогруппой аминоацил-тРНК имеет место атака той же связи молекулой воды. В обоих случаях реакцию переноса пептидильного остатка либо на аминогруппу, либо на воду катализирует пептидилтрансферазный центр рибосомы (см. ниже). [c.267]

Пептидный синтез. Пептиды можно синтезировать из N-защищенных аминокислот и эфиров аминокислот под действием Т. [П. Эгу реакцию сильно катализирует имидазол (II, 27—30 V, 208) в его присутствии взаимодействие осуществляется за 18 час при 40° (выход 85—99%) рацемизация незначительная. Наиболее подходящими растворителями является диоксан и ДМФА. Наилучшие результаты получены при использовании в качестве N-защитных групп карбобензокси- или / 1/ е/ 1-бутоксикарбонильной группы. Образующиеся в реакции дифенилфосфит и фенол легко удалить промыванием продукта водой и эфиром. [c.291]

Шульман н сотр. [ИЗ—115] исследовали активный центр карбоксипептидазы А путем измерения релаксации малых молекул, связанных с этим ферментом. Карбоксипептидаза является протео-литическим металлсодержащим ферментом, который катализирует расщепление С-концевой пептидной связи в пептидах и белках. Она имеет молекулярную массу 34600 и содержит 1 атом цинка на молекулу, который обусловливает каталитическую активность, но фермент остается активным при замене 20 + на ионы Мп + или Со2+ [116]. Кристаллическая структура фермента известна [117, 118]. С атомом металла координированы три белковых лиганда, и имеются свободные положения по меньшей мере еще для двух лигандов. Связывание растворителя (НгО) [ИЗ], ингибиторов [114] или фторид-иона [115] на активном центре Мп2+-фермента влияет на релаксацию связанных ядер не только потому, что белок имеет длинное время корреляции, но также вследствие наличия парамагнитного иона металла. Уширение резонансных сигналов растворителя было объяснено тем, что одна молекула воды связывается с ионом Мп2+. Как следует из измерения уширения пиков метильных или метиленовых протонов конкурирующих ингибиторов — индо-лилуксусной, г/7ег-бутилуксусной, бромуксусной и метоюсиуксус-ной кислот — и одновременного определения времен корреляции взаимодействия протонов ингибитора с металлом, релаксация определяется главным образом временем обмена комплекса белок — ингибитор. Используя известные константы Михаэлиса — Ментен и эти данные, можно определить константы скорости всех отдельных стадий реакции фермента с субстратом. [c.393]

Если парциальные заряды еще удается оценить, то гораздо хуже обстоит дело с оценкой диэлектрической проницаемости среды е. Вообще говоря, е определяется атомными поляризуемостями взаимодействующих атомов, влиянием окружающего поля и растворителем. При малых расстояниях е должно быть близко к единице, но непременно больше единицы. Действительно в этом случае силовые линии проходят в основном от атома к атому (в вакууме), однако часть их все же должна пересечь другие атомы пептида и молекулы растворителя с увеличением расстояния е должно увеличиваться, но неясно — до какого значения например, если растворитель — вода, то надо полагать, что и на больших расстояниях е не должно достигать макроскопического значения— 81. Брант и Флори [6, 7], как, впрочем, и другие авторы, считали е постоянным — не зависящим от расстояния между парой рассматриваемых атомов, и приняли для него значение 3,5, близкое к значению высокочастотной диэлектрической проницаемости пептида. В работах Шерага [15,41] значения е варьировались от 1 до 4. Рамачандран [19], ссылаясь на успешные расчеты энергии решетки ионных кристаллов с вакуумным значением диэлектрической постоянной, предлагает остановиться на 1. Вопрос о выборе е мы рассмотрим подробнее на примере аланинового дипептида. [c.107]

В работах 82, 83] было показано, что основной вклад в свободную энергию системы полипептид — растворитель вносят взаимодействия с ближайшими молекулами растворителя. Грубо говоря, если — диаметр молекулы воды, то при расстояниях между рассматриваемой парой атомов г-Сй + г (го —сумма их ван-дер-ваальсовых радиусов) молекулы воды вытесняются и вклад в свободную энергию, становится равным нулю. С другой стороны, если мы будем сближать один атом с другим, то он вытеснит определенное количество молекул растворителя, пропорциональное объему этого атома и, но если расстояние станет меньше й + Го, то количество вытесняемого растворителя практически не увеличится. Такого рода рассуждения привели Гибсона и Шерага [18] к поиску аналитических выражений для энергии гидратации. Мы не будем останавливаться на деталях, имеющихся в оригинальной работе. Отметим только, что расчеты конформаций циклических пептидов — окситоцина, вазопрессина и циклического окта-пептида рибопуклеазы показали [18], что вклад энергии гид- [c.112]

N-Meтилaцeтaмид Hз ONH Hз интересен как простейший представитель группировки КСОКНК, характерной для пептидов. Спектр ЯМР этого соединения при pH 5, кроме широкой линии КН и линии, обусловленной протонами С — СНз, содержит две линии, чувствительные к изменению pH а) дублет, обусловленный протонами N—СНз, расщепленный в результате спин-спинового взаимодействия с протонами КН, и б) одиночную линию, обусловленную водой. По мере увеличения или уменьшения значения pH пики N—СНз сливаются в синглет, что указывает на возрастание скорости обмена протонов КН линия воды уширяется вследствие обмена протонов между водой и NH. Время жизни т для обмена было определено по линии N — СНз, как и в случае метиламина (стр. 245). [c.249]

Способы получения. Формально можйо было бы представить образование простейшего пептида как взаимодействие двух амивокислот с отщеплением молекулы воды, например [c.800]

Белки — это сложные высокомолекулярные природные соединения, построенные из а-амиыокислот. По современным представлениям, в белках а-амннокислоты соединены между собой пептидными (амидными) связями (—NH—СО—) в пептидные цепи. Образование пептидных связей происходит в результате взаимодействия карбоксила одной аминокислоты с алпшогруппой другой. При этом из двух сс-аминокислот с выделением одной молекулы воды образуются пептиды — неполные ан- [c.380]

Первые S-пептиды получены нагреванием смеси хлоргидрата хлорангидрида аминокислоты и хлоргидрата цистамина при 70—110° [2527] или взаимодействием хлоргидрата тиофенилового эфира аминокислоты с хлоргидратом цистамина в метаноле, водном тетрагидрофуране или в воде [2528]. В частности, таким методом удалось осуществить ацилирование глутатиона [1893, 2528]. Фойе и Вердерам [753] для получения S-пептидов применили хлорангидридный метод, а Щукина и сотр. [2056] — карбодиимидный метод (в пиридине) в обоих случаях реакцию проводили при комнатной температуре. Поскольку в этих синтезах применяли N-защищенные производные, оказалось возможным перед дальнейшим построением пептидной цепи селективно удалить одну из защитных групп, конечно, при том условии, что в начале синтеза была выбрана соответствующая комбинация блокирующих группировок. Так, обработкой бромистым водородом в ледяной уксусной кислоте можно избирательно отщепить карбобензоксигруппу у S-( bo-Phe)-N-Form- ys-OH [753]. [c.367]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология