ДНФ-пептиды, гидролиз

Белок или пептид гидролизуют, в 100-кратном избытке концентрированной НС1 при 37°С в течение 3—4 дней в запаянных ампулах, из которых откачан воздух. После гидролиза кислоту удаляют, как описано выше. [c.167]

Пептиды гидролизуются под действием кислот и оснований, [c.358]

Известно большое число методик, пригодных для точного количественного анализа аминокислот и пептидов (см. разд. 1.3). Обычно белки или пептиды гидролизуют до составляющих их аминокислот обработкой кислотой или щелочью при анализе биологических жидкостей белки предварительно отделяют. [c.8]

Карбоксипептидаза вызывает распад пептидов, гидролизуя пептидную связь, образованную концевой аминокислотой, имеющей свободную карбоксильную группу. Аминопептидаза катализирует гидролиз пептидной связи с того конца молекулы, который представлен остатком аминокислоты со свободной аминогруппой. [c.120]

Со СХОДНОЙ Трудностью МЫ сталкиваемся при рассмотрении модели пептидного синтеза в водной среде. Поскольку пептидные связи термодинамически неустойчивы, в особенности в присутствии воды, эти связи, казалось бы, не могут долго сохраняться в водном окружении. Необходимо, однако, четко различать кинетическое и термодинамическое поведение оказывается, что в нейтральном водном растворе и при невысокой температуре пептиды гидролизуются очень медленно. Мы вновь коснемся этого вопроса несколько позже. [c.238]

Гидролиз эфиров аминокислот, амидов и пептидов [c.351]

Первая скоростьлимитирующая стадия включает замещение координированной молекулы воды концевой ЫН2-группой пептида. Затем оставшийся ОН-ли-ганд действует как нуклеофил, инициирующий гидролиз. Такая внутримолекулярная атака координированной водой или гидроксогруппой очень распространена в координационной химии. [c.356]

Гидролиз пептидов (и белков) приводит к освобождению аминокислот, участвовавших в их построении. Расщепление проводят, как правило, кипячением с соляной или серной кислотами. При этом все аминокислоты выделяются в виде солей, например хлоргидратов. Исключение составляет триптофан, который разрушается в ходе гидролиза, и поэтому для его определения требуются иные способы. Щелочи также гидролизуют пептиды (и белки), но этот процесс протекает менее гладко и приводит к значительной рацемизации аминокислот. Гидролиз полипептидов до аминокислот можно проводить и при помощи ферментов (трипсин, эрепсин). [c.383]

Таблица 10 Гидролиз пептидов пепсином [42]

Наиб, обширную группу составляют К., содержащие в активном центре цистеин (тиоловые амидгидролазы). В эту группу входят К. В и С (дипептидилпептидаза), Н, L, N и S. Они имеют мол. м. от 25 тыс. до 35 тыс. нек-рые из них гликопротеины. Оптим. каталитич. активность К. В, С, Н и L при pH 4,0-6,0, К. N и S при pH 3,5. К. этой груш1ы катализируют наряду с гидролизом пептидов гидролиз амидов аминокислот. К. С обладает также сильно выраженной транспептидазной активностью-катализирует перенос олигопептидов на пептиды или аминокислоты. [c.352]

R"= 2H5, СНз, СНаСбНб, Na, К Карбоксильную группу второго компонента защищают путем этерификации или образованием солей. Чаще всего пользуются метиловыми и этиловым эфирами, в последнее время также бензиловыми эфирами. Метиловые и этиловые эфиры полученных пептидов гидролизуют обычно щелочью на холоду, бензиловые эфиры разрушают гидрированием ha палладии. [c.488]

Инграм предложил использовать для определения концевых аминных групп реакцию восстановительного метилирования по Бауману. При действии на пептиды формальдегидом и одновременном восстановлении над палладием образуются N-диметильные производные пептидов, гидролизующиеся до диметиламинокислоты и аминокислот. [c.511]

На следующей стадии ДНС-пептид гидролизуется (5,7 н. H I, 105 С, 12—16 ч) и освобождается N-концевая а-ДНС-амино-кислота. Кроме того, в результате дансилирования боковых групп остатков лизина и тирозина могут получаться ё-ДНС-лизин и О-ДНС-тирозин. [c.38]

Теоретически этот процесс можно проводить многократно до полного определения последовательности аминокислот. Однако многократное отщепление концевых аминокислотных остатков приводит к усиливающемуся повреждению оставшейся пептидной цепи, и обычно можно отделять максимум шесть или семь остатков. Для определения последовательности аминокислот необходим метод идентификации фенилтиогидантоинов, получаемых в результате ступенчатой деградации пептидов. Идентификация и определение фенилтиогидантоинов иногда трудно осуществимы, и следует использовать метод отщепления , примененный, например, при определении структуры рибонуклеазы. После удаления Ы-концевой аминокислоты в виде фенилтиогидантоина оставшийся пептид гидролизуют и анализируют. Последовательность аминокислот в этом пептиде определяют по аминокислотным остаткам, сохраняющимся в нем после каждого отщепления N-кoнцeвoй аминокислоты. [c.31]

Крахмал и другие полисахариды частично гидролизуются амилазой слюны в ротовой полости. Переваривание полисахаридов и дисахаридов завершается в тонком кишечнике под действием амилазы поджелудочной железы, а также лактазы, сахаразы и мальтазы, секретируемых эпителиальными клетками кишечника. Белки перевариваются в результате последовательного действия сначала пепсина в кислой среде желудка, а затем трипсина и химотрипсина в тонком кишечнике при pH от 7 до 8. Далее короткие пептиды гидролизуются до аминокислот под действием карбоксипептидазы и аминопептидазы. Триацилглицеролы перевариваются липазой поджелудочной железы, превращаясь в 2-мо-ноацилглицеролы и свободные жирные кислоты, которые эмульгируются при помощи желчных кислот и всасываются. Пепсин, трипсин, химотрипсин, карбок-сипептидаза и липаза секретируются в желудочно-кишечный тракт в виде неактивных зимогенов. [c.775]

В результате ферментативного воздействия, определяли последовательно после каждого отщепления Ы-концевого остатка по методу Эдмана (см. гл. 6). При изучении гемоглобина (Брауницер был удачно применен последовательный гидролиз белка разными про-теолитическими ферментами. В этом случае на белок действовали трипсином, а затем полученные пептиды гидролизовали пепсином, специфичность которого значительно повышали, ограничивая время реакции. Методические трудности, связанные с фракционированием сложных гидролизатов и определением полной структурной формулы белка, были преодолены в результате упорного труда нескольких групп ученых. Мы теперь знаем полную аминокислотную последовательность инсулина, глюкагона, рибонуклеазы, гемоглобина, белка вируса табачной мозаики, а также кортикотропина и других пептидных гормонов приближаются к завершению работы по установлению строения папаина, лизоцима, химотрипсиногена, трипсииогена, цитохрома с успешно продвигается изучение некоторых других белков. Изучение последовательности аминокислот проводилось на частичных кислотных гидролизатах или на гидролизатах, полученных при действии различных протеолитических ферментов. Чисто химические методы избирательного расщепления пептидных цепей не имели до сих пор значительного успеха, и эта область остается еще нерешенной задачей пептидно химии. [c.117]

Длинные химотриптические пептиды гидролизовали также при помощи эндопептидаз — трипсина и папаина. Полученные при этом более короткие пептиды выделяли и очищали их аминокислотные последовательности определяли при помощи описанных выше методов. Таким образом была установлена аминокислотная последовательность всех тринадцати химотриптических пептидов. [c.160]

Особую проблему представляет анализ пептидов на содержание триптофана, так как обычный кислотный гидролиз в этом случае не приемлем. Обычно эту задачу решают при помощи щелочного гидролиза [86, 99]. Пептиды гидролизуют в запаянных вакууми-рованных ампулах из пирекса 12%-ным раствором едкого натра в течение 22 час при 110°. Гидролизат подкисляют соляной кислотой до pH 2 и отфильтровывают кремневую кислоту, образующуюся при взаимодействии стекла со щелочью. Перед введением в аминокислотный анализатор образец разбавляют до концентрации натрия не более 0,2 М. Образования кремневой кислоты можно избежать, используя тефлоновую ампулу с завинчивающейся крышкой и проводя гидролиз 15%-ным раствором едкого натра в течение 16 час при 110° [90] правда, для подобных целей иногда требуется более надежная герметичность. Маршалл [64] показал, что в случае триптофа-ноБых пептидов наиболее надежные и воспроизводимые результаты можно получить, применяя полный ферментативный гидролиз. Новый метод быстрого и полного ферментативного гидролиза был разработан [c.113]

Гидролиз пептидов. После отшепления от полимера-носителя пептиды гидролизуют 6 н. соляной кислотой в запаянной ампуле (22 час при 110°) или в круглодонной колбе емкостью 50 мл при слабом нагревании на электроплитке (кипячение с обратным холодильником в течение ночи). В случае применения последней методики конечный объем гидролизата должен быть не менее 10 мл, так как при меньшем объеме гидролизата пептид может обуглиться. [c.123]

Протеолитические и фибринолитические ферменты. К числу гидролаз относятся также протеолитические ферменты грибов, которыми они снабжены весьма обильно (Андеркофлер, 1963а), так как они способны широко использовать для питания разнообразные белки и пептиды. Гидролизующие белки энзимы относят к категории протеиназ, гидролизующие пептиды — к категории пеп- [c.171]

Гидролиз белков может быть частичным (до пептидов) и полным (до аминокислот). При частичном (неполном) гидролизе в белковой молекуле распадаются лишь некоторые пептидные связи, как правило, по соседству со строго определенными аминокислотными радикалами. Этот процесс ускоряется специфическими ферментами—протеиназами (пептидил-пентидгидрола-зами). В свою очередь, пептиды гидролизуются до аминокислот, что происходит при участии ряда пептидаз. И химизм процесса гидролиза белков, и соответствующие ферменты, его ускоряющие, охарактеризованы ранее (см. гл. III). [c.262]

Известен широкий круг превращений ГАС, приводящих к продуктам, легко отделяемым, но не позволяющим точно реконструировать структуру исходных веществ. Это — процессы гидролиза эфиров и пептидов, каталитического гидрогенолитического элР1минпрования гетероатомов, термической, окислительной, азо-нолитической деструкции и т. д. Как правило, такие реакции проводят не для облегчения выделения отдельных групп соединений, а с целью структурного анализа продуктов фрагментации молекул, и потому они будут рассмотрены в разделе 1.2.5. [c.24]

Было высказано предположение о существовании химической связи порфирин — пептид [390]. Однако до недавнего времени единственным доводом в пользу этого было увеличение объема выхода металлокомплексов (УО, Ге) ископаемых порфиринов при гельхроматогфафии на полистироле после их гидролиза [389], [c.146]

Одна из серьезных проблем при создании лекарственных препаратов состоит в подборе условий лечения, при которых не повреждались бы здоровые ткани, но разрушались бы инфицированные клетки или бактерии. Согласно новому подходу, лекарство маскируют , т. е. так химически модифицируют, чтобы при проникновении в организм лекарство убивало вторгающиеся микроорганизмы, не затрагивая здоровых тканей. Такой подход основан на использовании обычного для многих микроорганизмов явления — транспорта пептидов. Соединение (1-19) через свою аминогруппу химически присоединяется к небольшому пептиду. Этот пептид содержит п-аминокислоты, поэтому он не гидролизуется обычными ферментами и проникает в ткани человеческого организма. Однако пептид с присоединенным к нему лекарственным препаратом проникает и в бактериальные клетки. Там он утилизируется и освобождает активный антибактериальный препарат, который убивает только чужеродные клетки. Такого рода подходы разрабатываются группой Стейнфельда. Транспорт лекарственных препаратов с помощью пептидов оказался весьма эффективным способом борьбы со многими болезнетворными организмами. [c.21]

В общем случае это достигается этерификацией карбоксильной группы, подлежащей защите. Для получения метилового или этилового эфира обрабатывают аминокислоту метанолом или этанолом, насыщенным НС1 (этерификация по Фищеру). Однако обычно предпочитают эфиры, гидролиз которых легко провести в мягких условиях. Хотя эфиры омыляются основаниями гораздо легче, чем пептиды (поскольку алкоксиды — лучщие уходящие группы), используемые для этого щелочные условия нельзя применять для деблокирования полипептидов. Использование бензи-ловых эфиров позволяет удалять защитные группы при нейтральных условиях с помощью каталитического гидрирования. Бензи-ловые эфиры синтезируют из кислоты и бензилового спирта в присутствии кислоты или тиоиилхлорида (который переводит спирт в сульфохлорид, и уже последний замещается кислотой), [c.77]

Рентгеноструктурные исследования показали, что помимо серина-195 в активный центр входят также остатки гистидина (Н1з-57) и аспарагиновой кислоты (А5р-102). Другой остаток гистидина (Н1з-40) не участвует в катализе. Фермент обладает специфичностью к ароматическим аминокислотам. Эфиры ароматических аминокислот — хорошие субстраты этого фермента, и для большинства кинетических исследований в качестве субстратов использовались такие эфиры. Фермент расщепляет пептиды, освобождая карбоксильную группу ароматических аминокислот. После образования комплекса Михаэлиса единственный реакционноспособный 5ег-195 вначале ацилируется, образуя ацилферментное промежуточное соединение с субстратом. Превращение комплекса Михаэлиса в ацилфермент происходит сначала путем образования тетраэдрического интермедиата (разд. 4.4.1), и наконец происходит гидролиз ацилфермента при атаке молекулой воды, так что ацилированный продукт обычно не накапливается. [c.220]

Получены данные о том, что в процессе гидролиза я-анилид-ных производных пептидов, катализируемом сериновой протеа-зой из Myxoba ter 495, которую называют а-литической протеа-зой, возникает тетраэдрический интермедиат и происходит согласованный переход протона от Ser-195 к His-57 и от His-57 к Asp-102. В этом ферменте присутствует только один остаток гистидина [82, 83]. Стадией, лимитирующей скорость гидролиза, является разложение тетраэдрического интермедиата на ацилфермент и п-нитроанилин. Экспериментальные данные говорят в пользу того, что два перехода протонов осуществляются согласованно, а не последовательно. [c.221]

За последние годы наблюдается быстрое развитие представлений о механизме функционирования металлоферментов, а именно удалось установить место и последовательность протекания реакций в активном центре, а также найти ключи к пониманию некоторых механизмов. Важное место занимает гидролиз (или гидратация) субстратов карбонильного и фосфорильного типа, таких, как СО2, эфиры карбоновых кислот, эфиры и ангидриды фосфорной кислоты и пептиды. По-видимому, не вызывает удивления тот факт, что для функционирования большинства таких систем требуется ион двухвалентного металла. Гораздо удивительнее то, что такими ионами обычно оказываются 2п(П) или Мд(11) (в ферментах действующих на ДНК, РНК, сАМР или сОМР). Так, например, цинк по своему содержанию в организмах млекопитающих (в организме человека 2,4 г на 70 кг) уступает лишь железу (5,4 г на 70 кг), и большая часть его необходима для функщганирования ферментов [215]. [c.343]

Основываясь на своих собственных исследованиях модельных соединений, Бреслоу предложил второй механизм гидролиза пептидов карбоксипептидазой А, не включающий образования ацил-ферментного промежуточного соединения [221, 222]. По существу, в гидролизе пептидной связи участвуют ион цинка, карбоксильный ион и гидроксильная группа тирозина. 2п(П) ио-прежнему играет роль кислоты Льюиса, координируя карбонильный кислород, а карбоксильная группа действует скорее как общее основание. Это мож но утверждать, поскольку в присутствии СН3ОН (вместо воды) метанолиз пептидного субстрата не наблюдался из-за неблагоприятной константы равновесия. Таким образом, фермент не может включать метанол в переходное состояние (в реакции, катализируемой в обоих направлениях) ни в случае эфирных, ни в случае пептидных субстратов. Это означает, что для протекания гидролиза необходимо удаление в переходном состоянии обоих протонов молекулы воды. [c.348]

Фермент благодаря своей жесткой трехмерной структуре образует каталитический центр, в котором и осуществляется каталитическая реакция. В то же время небольшой по размеру пептид имеет слабожесткую структуру и не обладает каталитическими свойствами. Интересно, что если ион металла связан с пептидом, то можег происходить гидролиз амидной связи, аналогичный гидролизу, наблюдаемому в присутствии гидролитических ферментов. Таким образом, гидролиз амидов (и эфиров) подвержен каталитическому действию различных ионов металлов, поскольку а-ами-ногруппа и кислород карбонильной группы — два хороших потенциальных лиганда при комплексообразовании. Другими словами, координированные лиганды (пептид) приобретают удивительную активность благодаря эффекту оттягивания электронной плотности положительно заряженными ионами металла. [c.352]

В общем для пептида, не имеющего полярных боковых цепей, возможны два механизма гидролиза металлсубстратным комплексом. Молекула воды извне активирует карбонил амидной группы или прилегающая координированная ОН-группа действует на амидную группу как нуклеофил. Этот процесс соответствует внутримолекулярному гидролизу комплексом металл — лиганд. Другими словами, процесс а включает промежуточную координацию карбонильной группы, а в процессе б происходит атака карбонила координированным гидроксилом. За протеканием обоих процессов можно следить с помощью воды, обогащенной изотопом 0. [c.357]

Эти данные были использованы для ступенчатого последовательного гидролиза и анализа пептидов с N-конца, что сравнимо с действием аминонептидазы. Для большинства аминокислот выход реакции гидролиза составляет 30—50%. Для иовышения выхода предложен другой подход с использованием твердофазного носителя. В щелочном буфере при 60°С только N-концевой остаток остается связанным с твердофазным носителем, а остальные ненрореагировавшие вещества могут быть отмыты и использованы вновь [230]. [c.358]

При полном гидролизе белки и пептиды распадаются иа а-амино-карбоновые кислоты, H2N— HR—СООН. К настоящему времени из гидролизатов белков удалось выделить более 20 так называемых природных аминокислот , которые по конфигурации асимметрического атома углерода принадлежат к одному и тому же стернческому ряду (L), отличаясь друг от друга лишь остатками R. Помимо природных аминокислот, выделяемых из белков, известны также редкие аминокислоты (см. ниже). Все а.минокислоты можно рассматривать как С-замещенные производные аминоуксусиой кислоты. Их строение может быть установлено окислительным расщеплением, в результате которого боковая цепь вместе с а-углеродным атомом превращается в альдегид [c.349]

С другой стороны, эти ферменты сильно различаются по специфичности их действия. Так, сериновые протеазы а-химотрипсин и эластаза осуществляют гидролиз пептидной связи, образованной аминокислотой, содержащей в положении гидрофобную боковую группу R при этом специфичность а-химотрипсина определяется объемным гидрофобным радикалом в молекуле субстрата (типа боковой группы фенилаланина, триптофана), а для эластазы — метильной группой аланина. Механизм наблюдаемой специфичности обусловлен весьма незначительными различиями в строении активных центров этих двух ферментов. По данным рентгеноструктурного анализа, в активном центре а-химотрипсина имеется довольно вместительный гидрофобный карман , где связывается ароматическая боковая группа гидролизуемого пептида (рис. И, а ср. с рис. 9). В активном центре эластазы размеры сорбционной области, где происходит связывание метильной группы субстрата (рис. 11, б), намного меньше, чем в случае а-химотрипсина. Это вызвано тем, что вместо Gly-216 и Ser-217 см. рис. 9) в соответствующих положениях эластазной пептидной цепи расположены более объемные остатки треонина и валина [3]. [c.35]