Фенилаланин связывание

Пример неконкурентного ингибирования дезаминирование аминокислот, например, аланина и фенилаланина. Вероятно, связывание этих АК будет происходить неконкурентно, в разных участках фермента, так как структура АК различна. В этом случае при взаимодействии субстрата и ингибитора с ферментом нет конкуренции за связывание, но образуется непродуктивный тройной комплекс фермент-субстрат-ингибитор, поэтому максимальная скорость реакции будет меньше, чем при нормальных условиях. Оба вида ингибирования представлены графически на рис. 10. [c.34]

С другой стороны, эти ферменты сильно различаются по специфичности их действия. Так, сериновые протеазы а-химотрипсин и эластаза осуществляют гидролиз пептидной связи, образованной аминокислотой, содержащей в положении гидрофобную боковую группу R при этом специфичность а-химотрипсина определяется объемным гидрофобным радикалом в молекуле субстрата (типа боковой группы фенилаланина, триптофана), а для эластазы — метильной группой аланина. Механизм наблюдаемой специфичности обусловлен весьма незначительными различиями в строении активных центров этих двух ферментов. По данным рентгеноструктурного анализа, в активном центре а-химотрипсина имеется довольно вместительный гидрофобный карман , где связывается ароматическая боковая группа гидролизуемого пептида (рис. И, а ср. с рис. 9). В активном центре эластазы размеры сорбционной области, где происходит связывание метильной группы субстрата (рис. 11, б), намного меньше, чем в случае а-химотрипсина. Это вызвано тем, что вместо Gly-216 и Ser-217 см. рис. 9) в соответствующих положениях эластазной пептидной цепи расположены более объемные остатки треонина и валина [3]. [c.35]

Растворимая ферментная система, ответственная за синтез этого антибиотика, состоит из крупного белка с мол. весом 280 000, который активирует аминокислоты в виде аминоациладенилатов и переносит их на тиоловые группы молекул 4 -фосфопантетеина, ковалентно связанные с ферментом [26, 27]. Таким образом, обеспечивается связывание четырех аминокислот, а именно пролина, валина, орнитина (орнитин см. на рис. 14-2) и лейцина. Активацию фенилаланина обеспечивает другой фермент (мол. вес. 100 000). Формирование полимера инициируется, вероятно, активированным фенилаланином ) и осуществляется аналогично тому, как это имеет место в процессе удлинения цепи жирных кислот (разд. Г,6). Инициация происходит в то время, когда аминогруппа активированного фенилаланина (на втором ферменте) атакует ацильную группу аминоацилтиоэфира, при помощи которой удерживается активированный пролин. Затем свободная иминогруппа пролина атакует активированный валин и т. д., в результате чего образуется пентапептид. После этого две молекулы пентапептида связываются друг с другом, и процесс образования антибиотика завершается замыканием цикла. Последовательность аминокислот в антибиотике строго специфична, и замечательным является тот факт, что эта сравнительно небольшая ферментная система оказывается способной осуществлять все стадии процесса в требуемой последовательности. Аналогичным путем синтезируются также и некоторые другие пептидные антибиотики — тироциди-ны и полимиксины. [c.491]

Иммобилизации фермента уреазы посвящено лишь несколько работ. Самнер и Грехем [443, 444] получили ферментативно активную нерастворимую в воде уреазу, добавляя небольшие количества хлористого натрия в нейтральный раствор уреазы в 30%-ном спирте. Водонерастворимый продукт, вероятно, состоит из молекул уреазы, связанных цепочками дисульфидов этот продукт удалось охарактеризовать лишь частично. Ризель и Качальски [445] сообщили о методе приготовления и свойствах водонерастворимых продуктов уреазы, полученных в результате химического связывания, уреазы диазоти-рованным сополимером и-амино-оь-фенилаланина с г-лейцином. Берн-фельд и Ван [446], а также Хикс и Апдайк [448] продемонстрировали возможность, иммобилизации ферментов в полиакриламидном геле. [c.153]

На рис. 4-14 показано более детально, как связываются между собой субъединицы в димере инсулина, если смотреть на молекулу примерно вдоль оси симметрии 2-го порядка (отмеченной крестиком в центре кольца фенилаланина-25). Видно, что С-концы В-цепей вытянуты. Две антипараллельные цепи образуют р-структуру с двумя парами водородных связей. Если бы связывание было строго изологическим, эти две лары связей были бы полностью эквивалентными и располагались бы симметрично одна относительно другой. Прямая, проведенная через определенную точку на одной цепи и через ось симметрии 2-го порядка, должна была бы пройти через соответствующую точку на другой цепи. Однако, как показывает тщательный анализ, структура далеко не симметрична. [c.293]

Распределение остатков внутри и снаружи молекулы согласуется с данными для других глобулярных белков. Гидрофобные остатки предпочтительнее располагаются внутри молекулы, а заряженные группы — снаружи [52]. Поскольку участок в р-форме находится главным образом внутри глобулы, в нем обнаружено много гидрофобных аминокислот, в том числе лейцина и фенилаланина. Всего в контакте с водой не принимают участия 78 остатков. Из них 22 могут образовывать водородную связь с атомами пептидной связи или близлежащих остатков, и, по-видимому, эта возможность почти во всех случаях реализуется [3, 52]. Два остатка триптофана (63 и 147) и один остаток тирозина (238) спрятаны внутри молекулы КПА. Остальные остатки этих аминокислот находятся в частичном контакте с растворителем. Существование водородной связи между ОН-группой Туг-238 и карбонильной группой Glu-270, вероятно, имеет некоторое значение для конформационного изменения с участием Glu-270 при связывании субстрата, как описано ниже. Четыре из десяти остатков пролина расположены у N-концов спиральных участков, а три —у концов наиболее длинных цепей в слое с р-структурой. Во внутренней части молекулы находятся три карбоксильные группы, принадлежащие остаткам 104, 108 и 292. Конечно, справедливость этого утверждения зависит от того, насколько правильно установлен тот факт, что они являются свободными и не участвуют в образовании амидных связей. Карбоксильная группа Glu-292 образует солевой мостик с Arg-272, так что ее заряд локально нейтрализован. Детальное изучение карт электронной плотности обнаружило неизвестный ранее факт внедрения в молекулу карбоксипептидазы десяти молекул воды [52]. [c.514]

Пиридиниевые комплексы с переносом заряда (КПЗ). Электроноакцепторные свойства NAD+ определяются высоким сродством никотинамидного кольца к электрону. Это свойство NAD+ определяет его участие в окислительно-восстановительных реакциях, связанных с образованием комплекса с переносом заряда. Ранее упоминался один из таких комплексов при внутримолекулярном переносе между никотинамидным кольцом и аденином в молекуле NAD+. В настоящее время получено много данных относительно участия NAD+ в образовании различных комплексов с переносом заряда. Наиболее важными из них являются соединения NAD+ и его производные с индолом, серотонином и в особенности с триптофаном [40—46]. Поскольку из четырех ароматических аминокислот — фенилаланина, тирозина, гистидина и триптофана, входящих в состав белков, наиболее сильным донором электронов является триптофан, существование такого рода КПЗ могут играть существенную роль в связывании пиридиннуклеотида с апо-ферментом. Возможность подобного типа связывания подробно рассмотрена на примере некоторых дегидрогеназ [47]. [c.134]

ВИЯ ФАП с рецепторами. В этом отношении вставка , как и полимер-носитель, должна играть активную роль, включая в себя необходимые структурные элементы. Так, поскольку п-толуидиды примерно на два порядка активнее, чем бутил-амиды, для связывания катехоламинов с полимерными пептидными носителями желательно использовать остатки п-амино-фенилаланина, а не лизина. [c.93]

Сорбция субстрата в активном центре а-Х, обеспечивается гвдрофобной полостью. Ее размеры 1,0x0, 5x0,4 нм оптимальны для связывания боковых цепей остатков гвдрофобных аминокислот (триптофан, фенилаланин, лейцин, тирозин), а конфигурация допускает лишь определенную ориентацию субстрата. Механизм каталитич. гвдролиза включает стадию сорбции субстрата, расщепления пептвдной связи с образованием ацилфермента и послед, переноса ацильной фуппы на нуклеоф. акцептор. [c.263]

По даииым Скоффоие и сотр. [222], синтезировавших большое число аналогов S-пептида, ои, будучи одии, образует статистический клубок. Спиральная конформация возникает лишь после соедннення с S-белком. Для связывания S-пептнда и S-белка существен остаток фенилаланина в положении 8. Для полного достижения биологической активности достаточно участка 1 — 14 S-пептнда. [c.404]

Рядом авторов [116—129] разработана методика ковалентного связывания аминокислот с силикагелем. Серия подобных силикагелевых сорбентов, содержащих аминокислоты в качестве фиксированных лигандов, изучена Гюбитцем и соавт. [121—123], которые обнаружили, что при образовании комплексов Си(П) и циклических аминокислот наблюдается более высокая энантиоселективность, чем при образовании аналогичных комплексов с алифатическими аминокислотами, и что с фенилаланином в качестве фиксированного леганда порядок элюирования энантиомеров всех изученных аминокислот (т. е. ь-энантиомер перед о-энантиомером) противоположен наблюдаемому с другими исследованными лигандами. [c.146]

Этот фермент [46] катализирует гидролиз пептидных амидных связей, особенно включающих такие аминокислотные остатки, как фенилаланин и триптофан, т. е. содержащих ароматические боковые группировки. Эта особенность химотрипсина связана с тем, что он содержит центр связывания, специфичный к таким группировкам (см. разд. 24.1.3.3). Фермент обладает довольно широкой специфичностью и может также катализировать гидролиз амидных и сложноэфирных связей многих более простых соединений, включая производные /У-толуол-и-сульфонилфенилаланина (Л -тозилфе-нилаланина). Реакция схематично представлена структурой (26) ароматический остаток связывается таким образом, что карбонильная группа амида располагается вблизи каталитической группы (или групп) активного центра. [c.482]

Есть еще одна возможность — повысить субстратную специфичность фермента. В одной из серий экспериментов с помощью сайт-специфического мутагенеза заменяли нуклеотиды, кодирующие одну или две аминокислоты ксилозо/глюкозоизомеразы термофильной бактерии lostridium thermosulfurogenes. Выбор сайтов для модификации основывался на данных об участии соответствующих аминокислот в связывании субстрата. Замена триптофана в положении 139 на фенилаланин или валина в положении 186 на треонин привела к повышению каталитической эффективности k JKy фермента в отношении глюкозы в 1,7 и 2,6 раза соответственно (табл. 13.6) и к ее уменьшению для ксилозы в 2 и 7 раз. При одновременной замене двух аминокислот каталитическая эффективность в отношении глюкозы повысилась в 5,7 раза, а в от- [c.291]

Восстановление. Азлактои а-беизоиламинокоричиой кислоты восстанавливаЕОт до фенилаланина кипячением с И. к., красным фоа зором и уксусным ангидридом [1 . Красный фосфор предназначен для связывания образующегося нода. [c.44]

Эти пептиды конкурируют с окрестностью /3-цепи вблизи валина-6 при связывании с участком соседнего тетрамера, прилежащим к фенилаланину-85 или лейцину-88, и в результате волокна из тетрамеров гемоглобина 8 не образуются. Наконец, авторами обзора [8] в качестве лекарства от серповидноклеточной анемии предложены бисалициллаты, которые при соединении с тетрамером гемоглобина 8 искажают его форму и, затрудняя слипание соседних тетрамеров, устраняют образование нитей гемоглобина 8. При этом серповидные эритроциты, которые у больных серповидноклеточной анемией забивают капилляры и затрудняют перенос кислорода, уже не возникают. [c.97]

Влияние времени инкубации (уравновешивания) на емкость N -(6-аминогексил)-5 -АМР — сефарозы при связывании лактатдегидрогеназы в статических условиях [21] показано на рис. 5.10,6. Связываемость фермента иммобилизованным нуклеотидом наиболее круто растет вначале, затем кривая становится более пологой 100% фермента связывается через 16 ч, а 50%-ное связывание достигается за 20 мин. Данные сорбции химотрипсина на КНг-сфе-роне с присоединенными карбобензокси-о-фенилаланином приведены на рис. 3.1 они указывают, что равновесие достигается быстрее. На рис. 10.4 показано, как на достижение равновесия влияет разбавление. [c.85]

Скорость освобождения п-нитрофенола может быть определена путем измерения оптической плотности раствора при 400 нм. Одновременно со связыванием аминокислот или белков на НФОМ-геле имеет место гидролиз п-нитрофениловых эфиров в водной среде в присутствии избытка гидроксил-ионов. На рис. 8.4 показано влияние pH на освобождение п-нитрофенола при связывании фенилаланина на НФОМ-геле. Зависимость от pH эффективности связывания фенилаланина и сывороточного альбумина на НФОМ-гелях иллюстрируется данными табл. 8.6. Очевидно, что наибольшие количества фенилаланина связываются при pH 9. Этот выра- [c.206]

В табл. 8.6 показана кроме того зависимость количества связанного сывороточного альбумина от pH. Наибольшее количество связывается также при pH 9. При более высоких pH в случае белка наряду с возрастанием концентрации гидроксильных ионов растет и число ННг-групп, способных связываться (для е-амино-групп лизина р/С 9,4—10,6). Из характера зависимости количества фенилаланина, связанного с НФОМ-гелем, от концентрации фенилаланина, взятого для связывания, установлено, что для каилучшего связывания необходима относительно высокая кон [c.207]

Продукт присоединения X устойчив к нагреванию (100° С, 15 мин) и к действию кислот (6 н. соляная кислота), но расщепляется при обработке 0,1 н. раствором NaOH. 5-Цистеин включается при облучении в поли-U и РНК, в меньшей степени — в поли-С, поли-dT и ДНК. Включение резко уменьшается в случае двухспиральных полинуклеотидов. Урацил при облучении (253,7 ммк) способен также связываться с глицином, серином, фенилаланином, тирозином, триптофаном, цистином, метионином, гистидином, аргинином и лизином. Наибольший процент связывания обнаружен для цистеина, тирозина и фенилаланина Характер связи (за исключением цис. -еина) не установлен. [c.637]

Ренгеноструктурное определение трехмерной структуры одного из альбуминов карпа было выполнено при разрешении 200 пм [287, 288]. Белок представляет собой единственную полипептид-ную цепь, содержащую 108 аминокислот, и состоит из четырех основных а-спиральных участков. Они ограничены остатками 40—51, 60—70, 79—88 и 99—107. Из первоначальных данных рентгеноструктурного анализа [287] сферическая область высокой электронной плотности с центром, находящимся на расстоянии около 250 пм от атомов кислорода карбоксильных групп аспар-тата-94, аспартата-90, аспартата-92и глутамата-101 и карбонильной группы лизина-96, была интерпретирована как связанный ион Са(11). Более поздние исследования [288, 289] показали, что второй центр связывания локализован между карбоксильными группами аспартата-51, аспартата-53, глутамата-62 и карбонильными группами серина-55 и фенилаланина-57. Ко времени написания данного обзора второй центр связывания не был охарактеризован достаточно подробно и поэтому здесь не обсуждается. [c.113]

Однако -нитрофенильную группу удалось заместить только на L-фенилаланин-п-нитроанилид или -лейцин-п-нитроанилид. Амидные связи в боковой цепи, которые образуются за счет специфической -аминокислоты, могут быть разрушены с помош,ью химо-трипсина как in vivo, так и in vitro. Платэ и Валуев [136] описали синтез афинных адсорбентов для биоспецифической хроматографии. Химическими методами осуществляется иммобилизация полимерных носителей путем связывания специфических лигандов с матрицей. После активации бромцианом протеин может быть связан с имидокарбонильной группой [c.101]

Достоверные результаты получили Исода и др. [764], которые нашли, что гидрогенизация диэтилового эфира а-кетоглутаровой кислоты на № в присутствии (1-камфоры, (1- и 1-борнеола также протекает асимметрически. Полагая, что этот эффект обязан образованию асимметрического каталитического комплекса, авторы использовали метод Акабори для получения асимметрических ката лизаторов путем связывания в комплекс с палладием индивидуальных оптически активных аминокислот. На Р(1-катализаторе, полученном восстановлением комплекса Р(1 — тирозин, осуществлена асимметрическая гидрогенизация ХХХПТ и XXXIV с образованием оптически активных 0-( —)-глутаминовой кислоты и В-(- -)-фенилаланина с асимметрическими выходами 15 и 66% [c.234]

Оба гормона обладают высоким сродством к Си(II) [24, 25], образуя при pH 8 комплекс розового цвета с единственной полосой поглощения в видимой области при 525 нм. Титрование Си(II)-комплексов окситоцина (рис. 7.3) и вазопрессина [25] показывает, что связывание иона меди сопровождается выделением четырех протонов — одного из а-КНг-лруппы (положение 1) и трех протонов из других групп, которые при pH 8 обычно протонированы. Участие а-ЫНг-группы в овязьпвании подтверждается тем, что Си(II) не образует никакого комплекса с дезаминированным окситоцином, в котором la-NHj-rpynna замещена водородом, а также с N-ацетиллизинвазопреосином, в котором a-NHg-группа ацетилирована [25]. То, что фенольные гидроксилы не участвуют в связывании, было доказано тем, что замена тирозина на фенилаланин никак не влияла па комплексообразование (рис. 7.3). Три дополнительные группы, депротонируемые u(II), были идентифицированы как атомы азота из пептидных связей [c.285]

Рентгеноструктурному анализу при разрешении 6 А были поД вергнуты комплексы фермента с несколькими ингибиторами [70]. В результате не было получено детального описания взаимодействий, возникающих при связывании. Тем не менее совмещение разностных карт с картами белка, построенными при высоком разрешении, дало некоторую положительную информацию. Три ингибитора — -иод-р-фенилпропионат, l-фенилаланин и l-лизил-L-тирозинамид — при pH 7,5 связываются вблизи атома цинка, причем в их поведении существуют интересные различия. Проще всего обстоит дело с ь-фенилаланином. Положительная плотность обнаруживается на разностных картах в том месте полости, которое на разностных картах с низким разрешением соответствует молекуле глицилтирозина. Эта плотность происходит от молекулы L-фенилаланина, причем свободная группа СОО остатка взаимодействует с остатком Arg-145. Кроме того, обнаруживаются участки с положительной и отрицательной плотностью, возникающие [c.523]

Зеффрен и Ривилл [105] исследовали связывание N-трифтор-ацетил-1)1-фенилаланина. В присутствии а-химотрипсина в спектре ЯМР Р наблюдается смещение сигналов обоих энантиомеров в сторону слабого поля. [c.391]

Рис. 11.6. Максимальная эффективность связывания фенилаланина эквимолярными количествами различных фрагментов тРНК [4713]. Способность акцептировать фенилаланин выражена в процентах от этой способности у интактной тРНК > е

Изучение кинетики одновременного гидролиза и гид-роксиламинолиза ряда эфиров в присутствии химотрипсина позволило сделать вывод, что гидроксиламин (и по аналогии вода) связывается независимо от субстрата с активной областью фермента [381, 382]. Подобное же изучение кинетики одновременного гидролиза и мета-нолиза метилового эфира ацетил-1-фенилаланина также указало на независимую связь эфира и воды (или метанола) с поверхностью фермента [383]. Причиной связывания воды является образование водородных связей между молекулами воды и основными группами на поверхности фермента. Данные об увеличении скорости гидролиза п-нитрофенилацетата в водно-спиртовых растворах, аТализируемого а-химотрипсином, можно интерпретировать, исходя из различия в силе связывания разных спиртов [384]. Замечено, что увеличение скорости происходит в большей степени с увеличением длины боковой цепи и снижается с разветвлением цепи. Метанол ведет себя в этом отношении аномально, так как способен увеличивать скорость в большей степени, чем этанол этот факт объясняют большей способностью метанола к образованию водородных связей вследствие его большей кислотности. Общее увеличение скорости с удлинением бо1ковой цепи связывают с увеличением ван-дер ваальсова притяжения [384]. Возможной областью для образования водородных связей с косубстратами является любая основная группа на поверхности фермента, апример имидазольная группа гистидина, а также карбоксильная группа остатка аспарагиновой кислоты, причем, как было отмечено ранее, обе эти группы, по-видимому, связаны с активной областью фермента. Имидазол, связанный водородной связью с нуклеофильным [c.141]

В частности, по их мнению, даже в условиях примитивной Земли первичное, абиогенное, связывание аминокислот в по-липептидные цепи происходило ие беспорядочно, но отражало некую тенденцию, определяющую, к примеру, то, что глицин соединяется с другой молекулой глицина гораздо быстрее, чем,, скажем, с молекулой фенилаланина. При этом оказывается, что частота ближайших соседей, определенная для дипептидов, образующихся в модельных опытах, имеет большое сходство с частотой ближайших соседей в современных белках. [c.6]

Б. В гл. V мы привели многочисленные данные, свидетельст-вуюнще о том, что связывание аминокислот происходит отнюдь не беспорядочным образом и что существуют явные ограничения, вынуждающие их предпочтительно образовывать онределенные последовательности. Независимо от того, отражают ли частные методы синтеза, описанные в предыдущих главах, наиболее распространенные процессы, происходившие на первобытной Земле, эти исследования позволяют выявить тенденцию к самоорганизации, несомненно присущую простым биологическим соединениям. Так, например, глицин соединяется с другой молекулой глицииа с образованием диглицина гораздо легче, чем с молекулой фенилаланина с образованием глицилфенилаланина. [c.305]

Избыток хинонов ведет к связыванию их с аминогруппами лизина и аспарагиновой кислоты ферментов, что вызывает подавление ферментативной активности. Фенольные соединения, легко взаимодействуя с белками, могут быть аллостерическими эффекторами ферментных процессов. Показано, что конкурентоспособное взаимодействие белков и флавоноидов сильно зависит от свободного фонда фенилаланина, являющегося общим источником синтеза белков и фенолов [Маргиа, [c.48]

После всех этих рассуждений у читателя может возникнуть вполне закохлшй вопрос какой смысл измерять /См. если ее нельзя использовать как характеристику прочности связывания субстрата В действительности же измерять /См целесообразно по целому ряду причин. Во-первых, обычно при анализе какого-либо сложного механизма стремятся выразить сложные кинетические эффекты через простые величины, для этого исследуют изменение основных кинетических параметров (/См> V и VlKn) с изменением условий эксперимента. Во-вторых, Км полезна как параметр, обладающий предсказательной силой и позволяющий корректно поставить опыт по определению активности ферментов. При постановке таких опытов желательно, чтобы измеряемая скорость зависела только от концентрации фермента и была нечувствительна к небольшим отклонениям в концентрациях субстратов. В идеальном случае каждый субстрат поэтому должен испытываться в насыщающей (т.е. бесконечно большой) концентрации, однако на практике, чтобы скорость была нечувствительной к ошибкам в концентрации субстрата, достаточна концентрация, соответствующая 10 /См- Наконец, если /См рассматривается в совокупности с данными по измерению констант связывания для аналогов субстрата, выступающих в роли ингибитора (эти константы часто являются истинными термодинамическими величинами см. разд. 3.7 и 4.2), она в некоторых случаях может интерпретироваться (конечно, с известной осторожностью) как мера /С . Например, все три стереоизомера субстрата пепсина, ацетил-Ь-фенилаланил-Ь-фенилаланина, характеризуются константами конкурентного ингибирования (/С ), сходными по величине с /См для этого субстрата [92], и в этом случае было бы неразумно настаивать на том, что Кы но является характеристикой /С. Конечно, полученный результат нельзя рассматривать как доказательство того, что С i он скорее означает, что неверно обратное соотношение, -i- м> по-видимому, равна /С также в тех случаях, когда она остается неизменной при [c.39]

Аналогичный по замыслу подход к конструированию ФАП положен в основу исследований Гудмена по полимерным производным изопротеренола. Описанные выше работы по связыванию изопротеренола с полимером с помощью азосочетания в ароматическом кольце показали принципиальную возможность замещения в кольце без потери активности. Однако синтез 6-амино- и 6-ацетамидоизопротеренола как функциональных производных изопротеренола для связывания с полимером, а также 2-, 5- и 6-пропилизопротеренолов [18] как моделей 3-гидроксипропилизопротеренола, пригодного для тех же целей, привел к получению мало активных соединений. Более того, совсем недавно было показано, что полимерные производные изопротеренола, в которых ранее предполагалась азосвязь между ФАВ и полимером, по-видимому, представляют собой продукты арилирования изопротеренола по С(2) или С(6> по реакции Гомберга, т. е. с непосредственной связью между фениль-ными ядрами фенилаланина в полимере и изопротеренола [32]. Модельные низкомолекулярные соединения такого типа проявляли биологическую активность, свойственную описанным ранее полимерам. [c.91]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология