Потенциалы вторичных структур

В работах Птицына [147, 148] на основании статистического анализа аминокислотного состава и последовательности участков полипептидной цепи с различной вторичной структурой были предложены классификация аминокислот и метод предсказания вторичной структуры глобулярных белков по их первичной структуре. Оказалось возможным приписать каждой аминокислоте некоторую индивидуальную способность встраиваться в спиральные участки ( спиральный потенциал ), в первом приближении не зависящую от ее соседей в цепи. [c.250]

Для предсказания а- ( 3-, г1-) структуры остатка в каждом положении цепи рассчитывался потенциал а-( 3-, л/-) как средневзвешенное а-( 3-, л/-)-склонностей т ближайших по цепи остатков. Как только потенциал а-( 3-, г1-) превышал некоторое пороговое значение, для остатка предсказывалась а-( 3-, л/-)-конформация. Таким образом, такая потенциальная функция была предназначена для ответа на вопрос — да или нет . Схема определения средневзвешенного фиксировалась. Три пороговые величины, а также значение т были выбраны по наилучшему совпадению предсказанной и наблюдаемой вторичной структуры в исходном наборе. Оптималь- [c.131]

Склонности нонапептидов были использованы для нахождения потенциала центрального остатка встраиваться в спираль. При предсказаниях вторичной структуры Шерага и сотр. [31, 366] рассмотрели комбинации склонностей остатков от / — 4 до г -г 4 н применили их для расчета ак", е- и г/-потенциалов (см. определение в разд. 6.1) остатка I. Причина рассмотрения именно девяти остатков связана с тем обстоятельством, что, согласно более ранним энергетическим расчетам [367], нонапептид представляет как раз тот фрагмент, который сушественно определяет конформацию центрального остатка. Затем для всех сегментов, включаюш,их более четырех остатков, была предсказана конформация спирали ( = ак), если ак -потенциал был выше, чем е- и г/-потенциалы, а также больше порогового значения. Этот порог был определен как средневзвешенное по всем ак -потенциалам цепи. Таким же способом были сделаны - и г/-предсказания. [c.138]

Предсказание всех трех типов вторичной структуры должно производиться одновременно. Ни один из обсуждаемых показателей качества не учитывает а-, и г -структуры одновременно. Очевидно, что все три предсказания не независимы (никто не предсказывает р-структуру там, где обнаружен высокий а-потенциал) и что общий результат предсказания данным методом может быть надежно описан только объединенным показателем. Простым объединенным показателем может служить величина [c.150]

П. Льюис и Г. Шерага впервые предложили рассчитывать профили вероятности спирального содержания развернутой белковой цепи с помощью параметров 8 и а, найденных экспериментально из кривых плавления переходов спираль-клубок синтетических полипептидов [74]. Они полагали, что поиск корреляции между рассчитанными таким образом профилями вероятности содержания а-спиралей для денатурированных белков и экспериментально наблюдаемыми а-спиральными областями в нативной структуре окажется более перспективным по сравнению с попытками установить связь с помощью статистического анализа между аминокислотной последовательностью и вторичными структурами, а также между последними и третичной структурой. Предполагается следующая схема свертывания белковой цепи в глобулу. Первоначально на некоторых участках полностью развернутой белковой цепи возникают а-спирали. Регулярное свертывание цепи происходит не за счет кооперативных взаимодействий остатков, а в соответствии с потенцией отдельных аминокислот. Далее, флуктуация цепи в разделяющих спирали областях, специфика которых, согласно [c.251]

Собранный Каба и Ву экспериментальный материал позволяет заключить, что конформационное состояние аминокислотного остатка в гетерогенной цепи далеко не в полной мере определяется его собственной потенцией принимать определенное конформационное состояние и встраиваться в соответствующую вторичную структуру. Напротив, эксперимент показывает, что у большинства остатков отсутствует ярко выраженная потенция и они обладают по ближним взаимодействиям большой конформационной свободой и могут приблизительно с одинаковой вероятностью находиться в различных низкоэнергетических областях потенциальной поверхности и занимать в каждой области положения с весьма отличающимися значениями геометрических параметров. Это никак не согласуется с гипотезой о доминантной роли в образовании вторичных структур взаимодействий атомов в пределах одного остатка. Алгоритм предсказания Каба и Ву [c.253]

При определении трудновозбудимых элементов в металлах влияние молекулярной формы соединений примесей, а также структуры проб и эталонов особенно существенно. Для его устранения и улучшения воспроизводимости анализа применяют расплавление брикетов, изготовленных из образцов и эталонов, в угольных катодах [384, 697, 490, 696, 382, 492, 491], температура которых при разрядном токе - 1100 ма обеспечивает расплавление даже достаточно тугоплавких металлов (например, циркония [385]). При этом иногда наблюдается заметное уменьшение интенсивности атомных линий трудновозбудимых элементов. Это объясняется вторичными реакциями, протекающими с образованием прочных летучих соединений определяемых элементов с легкоионизуемым элементом основы, поступление которого в разряд приводит к понижению его температуры [384, 382, 385]. В результате предел обнаружения фтора в цирконии по атомным линиям составляет всего ЫО-2% [382], в бериллии — ЫО- % [385] хлор, имеющий значительно более высокий потенциал возбуждения, определяется в бериллии по линии С1 I 4794 А лишь при содержании 1-10-1% [385]. [c.200]

Во многих случаях, например в топливных элементах и первичных или вторичных источниках тока, для увеличения площади, на которой протекает электрохимическая реакция, используются пористые электроды. В таких электродах конвекция может отсутствовать, однако при этом обычно приходится рассматривать омическое падение потенциала, концентрационные изменения и кинетику электродных процессов. В большинстве теорий принимается макроскопическая модель, в которой не учитывается детальная геометрия случайной пористой структуры. В этом случае результаты теории потенциала не применимы, поскольку не выполняется уравнение Лапласа. Поэтому задачи о пористых электродах нельзя рассматривать в числе задач теории конвективной диффузии или считать приложением теории потенциала, и здесь они не обсуждаются. [c.333]

Металл и окисная пленка, а также отдельные участки поверхности металла при погружении образца в травильный раствор образуют гальванические пары, оказывающие влияние на процесс растворения металла и окалины. Скорость растворения металла и окалины зависит от соотношения потенциалов металла и окалины в данном растворе, структуры и химического состава самого металла. Поэтому при выяснении механизма воздействия ультразвука на процесс травления нельзя ограничиться исследованием процесса механического разрушения металла и окалины. Следует обязательно изучить влияние вторичных эффектов ультразвукового поля на величину статического потенциала образца с окисной пленкой и без нее, а также определить, как изменяется по сравнению с химическим травлением скорость коррозии металла без окалины при наложении внешнего электрического поля. [c.276]

При синтезе катализаторов, в которых в качестве матрицы взята окись алюминия (или алюмосиликат), необходимо, чтобы количество транспортных пор было оптимальным. Только в этом случае будет использован весь потенциал активности цеолита. В случае использования гранулированных цеолитов большое значение имеет вторичная пористая структура, т. е. свободные промежутки между кристаллами в их агрегатах. Вторичные поры могут иметь самые различные размеры радиусов — от нескольких десятков до сотен тысяч ангстрем [54]. [c.103]

Трудность состоит в том, что такая минимизация может привести в любую стационарную точку, в минимум или в максимум. Это показано на рис. 2.8 для двумерного случая [45] (иногда минимизация может даже привести в нестационарные точки [44]). Следовательно, если есть вторичные минимумы в непосредственной близости от точки перевала, поиск может быть трудным. Иногда для оптимизации структуры интермедиата, когда есть уверенность, что она близка к переходной структуре, можно непосредственно использовать симметрию [46]. Как только найдена переходная структура или приближение к ней, можно переходить к прямому расчету пути скорейшего спуска, как это показано для простого случая в разд. 2.4. Для этого производится малое векторное перемещение вдоль градиента потенциала [c.49]

Под поверхностью белого слоя наблюдается зона металла с пониженной коррозионной стойкостью. Эта зона представляет собой мартенсит вторичной закалки, но с пониженным содержанием углерода, хрома и других карбидообразующих элементов. Электродный потенциал белых слоев более положителен, чем потенциал основного металла на 20—30 мВ, Опыты показали, что на образцах с нанесенным белым слоем торцы их (исходный металл) служат анодами и активно растворяются, поверхности же, обработанные на структуру белого слоя , являясь катодами, практически не корродируют., елые слои характеризуются повышенной коррозионной стойкостью как в нейтральных (3 %-й водный раствор Na l), так и в кислых (растворы серной и соляной кислот) средах. [c.113]

Наиболее четко вторичная периодичность проявляется в изменении суммарных ионизационных потенциалов, величины которых зависят от радиусов атомов чем больше радиус атома, тем меньше величина ионизационного потенциала (см. кривую 2, рис. 12). Это находит объяснение при рассмотрении структуры электронных уровней. Так, повышение ионизационного потенциала у германия связано с относительным сжатием его атома, вызванного заполнением внутреннего уровня десятью -электронами, в результате чего сила притяжения внешних электронов к ядру возрастает. Относительное сжатие атома наблюдается также у свинца, в котором 4/-подуровень заполнен четырнадцатью электронами ионизационный потенциал у свинца больше, чем у олова. [c.105]

Наиболее важные эффекты тестостерона у мужчин — участие в эмбриогенезе, стимуляция развития первичных половых структур (гонад и связанных с ними желёз и протоков, в совокупности образующих систему репродукции и транспортировки мужских зародышевых клеток) и вторичных половых признаков, активация либидо и потенции, опосредованное через ЦНС влияние на половое поведение. У женщин малые дозы стимулируют образование гонадотропных гормонов гипофиза, большие дозы блокируют его функцию. Длительное введение андрогенов приводит к снижению функций коры надпочечников. [c.387]

Предсказания остатков, прерывающих вторичную структуру. Воспользовавшись только одним типом дублетов, а именно парой I— 1, / + 1) двух соседних остатков анализируемого остатка I, Кабат и Ву [357—359] попытались развить метод отрицательного предсказания, с помощью которого можно было бы идентифицировать остатки, прерывающие а-спираль и 13-структуру. Склонности к а- и -нарушениям были получены из частот встречаемости в базовом наборе. Потенциал рассматривался как характеристика соответствующей склонности остатка. Пороги потенциалов подбирали по наилучшему совпадению с имеющимися экспериментальными данными. [c.135]

A. По самым скромным подсчетам удовлетворяющие таким требованиям структуры могут принимать от 3 до 3 различных форм основной цепи. Поэтому их предсказание на основе эмпирического подхода исключено. К этой же мысли подводит и недавно опубликованная работа С. Кинга и соавт. [180], в которой предпринята попытка классифицировать встречающиеся в белках П-петли. Результаты анализа Q-петель, проведенного Лещинским и Раузе, интересны, тем не менее, по ряду других причин. Во-первых, авторы [179] показали, что петли представляют собой высококомпактные участки белка, образование которых в процессе свертывания не менее выгодно, чем образование а-спиралей и -структур. Следовательно, широко распространенное мнение об исключительной энергетической выгодности регулярных вторичных структур и наибольшей скорости их формирования при свертывании белковой цепи лишено серьезных оснований. Во-вторых, было установлено, что в подавляющем большинстве случаев петли находятся на поверхности глобул, и играют определяющую роль в функционировании белков и их конформационной подвижности [181, 182]. В-третьих, анализ аминокислотного состава П-петель не выявил остатков, наделенных значительной потенцией встраиваться именно в данный вид нерегулярной вторичной структуры. Такое заключение с неизбежностью следует из сопоставления рассчитанных Лещинским и Раузе коэффициентов встречаемости аминокислот в П-петлях [179]. Из табл. II. 6 видно, что отклонения этих коэффициентов от 1 в положительную или отрицательную стороны так невелики, что хорошо корре-лируется с данными предшествующей таблицы. Если табл. II.5 демонстрирует индифферентность аминокислот по отношению к регуляр-ноц вторичной структуре, то табл. II.6 — по отношению к нерегулярной. И здесь можно прийти к выводу, что присутствие любого иного аминокислотного остатка в а-спирали, -структуре, -изгибе, П-петле не есть проявление его имманентных свойств. [c.277]

Изменения называются конфигурационными, когда их вторичные и третичные структуры белков способны принимать различные геометрические очертания в зависимости от изменения клеточной среды (pH, температура, окислительно-восстановительный потенциал, ионная сила и т. п.) [151]. Это можно проиллюстрировать на примере катехолоксидазы винограда Vitis vi-nifera), которая представлена разными множественными формами в зависимости от условий экстракции фермента [85]. [c.45]

Вторичная электронная эмиссия (ВЭЭ) — эмиссия электронов, вызываемая бомбардировкой тел электронами [7]. Электроны, бомбардирующие поверхность тела, называются первичными электроны, эмиттирован-ные телом, — вторичными. Вторичные электроны могут эмиттироваться как со стороны облучаемой первичным пучком поверхности тела (ВЭЭ на отражение ), так и — в тонкопленочных эмиттерах — со стороны поверхности, противоположной облучаемой (ВЭЭ на прострел ), Отношение числа электронов N2, испускаемых телом, к числу падающих на него за то же время первичных электронов N1 называется коэффициентом ВЭЭ о данного тела 0 = N 2 N1 = ИгОи /а — первичный и вторичный токи соответственно). Значение а зависит от свойств и структуры эмиттера, состояния его поверхности, энергии первичных электронов Ер и угла падения первичного пучка на поверхность эмиттера. В потоке вторичных электронов имеются две группы электронов истинно вторичные — электроны вещества, получившие от первичного пучка достаточно энергии для выхода в вакуум, и отраженные (упруго и неупруго) — часть первичного пучка, отразившаяся от поверхности эмиттера. При малых Ер (Ер < < 0,1 кэв) основную долю вторичных электронов составляют упруго отраженные электроны. С ростом Ер доля упруго отраженных электронов быстро уменьшается и при Ер > 0,1 кав составляет лишь несколько процентов всей ВЭЭ. Истинно первичные электроны имеют энергии от О до 50 эе. Наиболее вероятная энергия истинно вторичных электронов составляет 1,5—3,5 эв и при Ер > > 20 эв практически не зависит от Ер. Неупруго отраженными условно принято считать электроны вторичного пучка, энергия которых превышает 50 эв. Отношение числа неупруго отраженных электронов к числу первичных электронов Т] = N2 (Е2 > 50 эв)Иг называется коэффициентом неупругого отражения (в /2 входят и упруго отраженные электроны, но число их мало и на величинеТ1 не сказывается). В металлах и полупроводниках максимальное значение ст лежит в пределах 0,5—1,8. В некоторых диэлектриках (MgO, щелочногалоидные кристаллы) о значительно больше (10—20). Это обусловлено тем, что в таких материалах запрещенная зона велика Eg 6-Н12 эв), сродство к электрону мало (х < 1 эв), вследствие чего медленные электроны с энергией, лежащей между % и Eg, могут из большой глубины без потерь энергии подходить к поверхности тела и выходить в вакуум. При наложении на диэлектрик сильного электрического поля, направленного от эмиттирующей поверхности вглубь слоя (т. е. ускоряющего вторичные электроны к поверхности), о значительно возрастает. Обычно сильное поле создается бомбардировкой тонкого слоя диэлектрика на металлической подложке электронами с Ер, при котором о > 1. В результате поверхность диэлектрика заряжается положительно относительно металлической подложки до потенциала, близкого к потенциалу коллектора, на который отсасывается ток ВЭЭ. Ток ВЭЭ, возникающий в присутствии сильного электрического поля в эмиттере, состоит из двух компонент малоинерционной, быстро следующей за изменениями первичного тока (эта часть ВЭЭ называется вторичной электронной эмиссией, усиленной полем, ее инерционность <10 сек), и само-поддерживающейся, существующей и при отсутствии первичного пучка, после того как осуществлена первоначальная зарядка слоя. В некоторых случаях ВЭЭ с электродов вакуумных приборов, подвергающихся бомбардировке электронами, является нежелательным паразитным эффектом. Для его устранения электроды покрывают веществами с малым а углерод (сажа, ак-вадаг), титан, цирконий, дисилициды переходных ме- [c.457]

Образование на электроде поверхностных окислов, что приводит К качественному изменению структуры поверхности, а также к уменьшению эффективното потенциала в плоскости локализации реакционного центра окисляющихся частиц при выяснении механизма реакций рассматриваемого класса поэтому на первый план выдвигаются вопросы о влиянии гетерогенных факторов на скорость и направление электродных процессов, о природе окислителя, окисляющейся частицы и промежуточных соединений. Для кииетичеокого анализа необходимо также в каждом конкретном случае установить, какие стадии гомогенны или гетерогенны и какие из них определяют скорость реакции следует учитывать также высокую чувствительность вторичных эффектов к величине потенциала электрода. [c.275]

Таким образом, для полного описания кристаллизации макромолекул необходимы измерения суммарной скорости кристаллизации и детальный анализ процессов образования зародышей кристаллизации, морфологии кристаллов, вторичной кристаллизации и совершенствования кристаллов и изменений в структуре аморфных обрастей, остающихся после частичной кристаллизации. Если образец кристаллизуется не в условиях малых скоростей роста, при которых тепловыми эффектами можно пренебречь, необходимо анализировать действительную температуру вблизи поверхности роста. Кроме того, если образец химически неоднороден (т.е. если он не представляет собой достаточно узкую фракцию гомополимера с пренебрежимо малым количеством несовершенств в форме некристаллизующихся повторяющихся звеньев), необходимо детальное исследование процессов фракционирования и диффузии и их влияния на химический потенциал и скорость кристаллизации. Даже для описанных в разд. 6.3.1.1 - 6.3.1.5 примеров эти условия одновременно не выполнены ни для одного из образцов. [c.317]

Результаты этих опытов оказались не вполне убедительными. Хотя в кривых зависимости силы тока вторичной эмиссии от потенциала и наблюдались перегибы,,из которых некоторые соответство-ваяи уже известным резонансным и ионизационным потенциалам металла, однако большинство этих перегибО В позднее было объяснено как следствие термической обработки и предшествующей истории жизни металлической поверхности и ее физической структуры, а не как отражение свойств металлических атомов. [c.74]

При оценке влияния режимов ВТМО на изменение коррозионных характеристик стали Х18Н10Т установлено (рис. 1), что в области активного растворения, вторичной пассивности и перепассивации степень деформации практически не влияет на скорость растворения стали. Увеличение степени обжатия, приводящее к росту плотности дефектов кристаллической структуры, затрудняет процесс перехода в область оптимальной запассивированности. При этом потенциал полной пассивности смещается в положительном направлении и область активного растворения немного расширяется. Значения плотностей коррозионных токов в пассивной области для степеней обжатия 10, 17 25% возраст на 14, 19 и 33% соответственно по сравнению с закаленной сталью. [c.174]

Кривые скорости газовыделения имеют сложный характер. Отрицательный дифференц-эффект, характерный для магния, проявляется у всех исследуемых сплавов. Рост скорости коррозионного процесса связан с изменением их структуры по мере увличения содержания ртути в сплаве. Причем количественные изменения скорости коррозии в сплаве обнаруживаются не с момента появления новой структурной составляющей, а при накоплении определенного ее количества, способного существенно изменить характер процессов, связанных с газовыделением. Потенциал магния и сплавов при анодной -поляризации (/) = = 150 ма см ) с повышением температуры несколько снижается (рис. 3). Газовыделение магния и сплава т.вердого раствора (0,5% Hg) с повышением температуры почти не изменяется (рис. 3, кр. I, 2). В тех же условиях для сплава, близкого по составу к MgзHg, с ростом темлературы наблюдается увеличение объема выделившегося газа по экспоненциальному закону (рис. 3, кр. <3). Это позволяет предполагать, что интенсивное растворение сплавов с образованием шламов обусловлено наличием в них интерметаллида MgзHg, который в сплавах выше 2— 4% Hg выделяется как вторичная фаза из пересыщенного твердого раствора, а при более высоком содержании ртути лри первичной кристаллизации. [c.115]

Если регулярные конформации являются действительно результатом дальних взаимодействий, которые практически нивелируют спиралеобразующие и спираленеобразующие потенции остатков (иными словами, теперь уже третичная структура создает набор вторичных), то, очевидно, теряется смысл в статистическом поиске корреляций между последовательностью аминокислот и трехмерной структурой. Именно такую точку зрения высказали Н.Г. Есипова и В.Г. Хуманян в [c.250]

Учет количества рассеянных в породах аллохтонных битумоидов показал, что эмиграционные потери жидких УВ составляют не менее 80%, потери газообразных УВ значительно выше. Последующие потери жидких УВ в процессе вторичной миграции не превышают 10%. Эмиграционные потери и значе-ния Ка зависят от следующих факторов 1) продуктивности нефтематеринской свиты, измеряемой плотностью эмиграционного потенциала Пэ, 2) качества коллектора, причем не столько от его емкостных, сколько фильтрационных свойств, 3) взаимоотношения нефтематеринских и коллекторских горизонтов, 4) расстояния от производящей толщи до главного флюидоупора, 5) общей структуры бассейна, 6) современной гидродинамической и геодинамической активности и др. [c.47]

По типу вызываемых медиатором процессов рецепторы делятся на две категории 1) быстродействующие, содержащие в своей структуре ионный канал, открьггие которого ведет к изменению потенциала мембраны 2) медленнодействующие, состоящие из компонентов, периодически связывающихся друг с другом, которые после взаимодействия с нейромедиатором запускают цепь реакций, образующих вторичные молекулы — посредники, циклические нуклеотиды, диацилглицерол, ино-зитолфосфаты и др. [c.295]

Подобные факты привели некоторых исследователей к мысли о том, что механизмы морфогенеза не только должны учитываться при анализе эволюционных процессов, но и они могут играть определяющую роль в эволюции (Но, Saunders, 1979). Такое заключение кажется неоправданным в силу неизбежного влияния отбора на все процессы генетической и морфологической дифференцировки, сами же морфогенетические процессы обязательно сопрягаются с генными программами, определяющими их преобразование. Пороговый характер многих онтогенетических процессов еще не доказывает, как нам кажется, что и в филогенезе переход от одной структуры к другой совершается путем онтогенетических сальтаций. Ткани цыпленка, например, способны к формированию как роговых чешуй, так и перьев, тогда как ткани лишенных оперения рептилийных предков птиц были способны к формированию лишь роговых чешуй. Для того чтобы сформировались перья, вероятно, недостаточно было изменить внутриклеточную концентрацию витамина А — это лишь вторичный пусковой механизм необходимы были также значительные преобразования и генетической программы развития, и морфогенных потенций тканей. Но как бы то ни было, нельзя не прийти к выводу, что механизмы морфогенеза могут играть существенную роль не только в канализации онтогенеза, но и в канализации филогенеза, придавая ему черты направленности. Не исключено, что морфогенетические механизмы могут придавать некоторым филогенетическим изменениям черты сальтаций. В обоих этих отношениях концепции синтетической теории эволюции нуждаются в дополнении из багажа биологии развития. [c.88]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология