Шераги параметр

Основная проблема при использовании потенциальных функций заключается в выборе эмпирических параметров, в наибольшей мере соответствующих исследуемым объектам, поскольку универсальных параметров нет. Равновесные расстояния берутся прямо из кристаллографических данных. Дж. Хендриксон [83] и Г. Шерага и соавт. [84] разработали два способа определения параметров А, В иС в функциях "6-ехр" и "6-12". Параметр А вычисляется по уравнению Слэтера-Кирквуда, а В - из условий минимума функции С/вцв при равновесном расстоянии. Другим возможным путем определения значений эмпирического параметра В является его оценка по данным рассеяния молекулярных пучков, а параметра Л - из условия (ЬU JЪr)r=r = О- Параметр С в функции Букингема во всех случаях предполагается одинаковым (4,6 А ). Наиболее обоснованными и хорошо себя зарекомендовавшими в расчетной практике пептидов следует признать значения параметров А к В, предложенные Р. Скоттом и Г. Шерагой [85] для потенциала Леннарда-Джонса. Для потенциала 114 [c.114]

Скотт и Шерага сначала использовали кривые 6-ехр [39], а затем перешли на 6-12 Флори и сотрудники, используя форму 6-ехр, фактически ограничились двумя эмпирическими параметрами, положив С в (2) равным 4,60. [c.103]

Важно отметить, что оптимальные конформации и их относительная стабильность зависят больше от отталкивания валентно не связанных атомов, чем от притяжения. Поэтому представляется более перспективным обратить особое внимание на параметры, описывающие именно отталкивание, а не притяжение (при выводе своих потенциалов как Флори, так и Скотт и Шерага за основу берут эмпирические величины, характеризующие притяжение). Уравнение (4), разумеется, очень приближенно, а главное, величины, входящие в него, не могут быть определены непосредственно из эксперимента. Следовательно, силы отталкивания, получаемые автоматически минимизацией (3), должны содержать значительные погрешности. [c.103]

Мы уже указывали, что энергия электростатических взаимодействий и водородных связей очень чувствительна к природе растворителя. Если мы будем стремиться оставаться в. рамках простых приближений — монопольного для электростатических взаимодействий и потенциала Морзе для водородной связи, то прежде всего имеет смысл варьировать эффективное значение диэлектрической проницаемости е и глубину ямы О потенциала Морзе. Липкинд, Архипова и Попов [861 попытались из общих соображений и из сравнения результатов расчетов с экспериментальными данными подобрать подходящие эффективные значения этих постоянных для различных растворителей, оставляя неизменными другие параметры потенциальных функций (потенциалы невалентных взаимодействий и упругие постоянные Дашевского, торсионные потенциалы и парциальные заряды Шерага). [c.121]

Одним из направлений развития метода атом-атомных потенциалов является подход, предложенный Шерагой с сотр. [84—86]. Эти авторы рассматривают взаимодействие электронов и ядер, полагая, что положительные заряды, равные 1, 4, 5 и 6 для атомов Н, С, N и О соответственно, локализованы на ядрах, а электроны располагаются на связях или направлениях, соответствующих неподеленным парам. Расстояния между электронами и ядрами являются параметрами модели. Потенциальная энергия складывается из кулоновских членов типа а1д,1гц, описывающих взаимодействия между электронами и ядрами, а также из членов, учитывающих притяжение и отталкивание между электронами и записанных в виде потенциала 6—ехр . Параметры этих потенциальных функций подобраны методом наименьших квадратов с учетом многих экспериментальных данных, характеризующих различные свойства молекул и молекулярных кристаллов — дипольных моментов, барьеров внутреннего вращения, разностей энергий конформе-ров, энергий и констант решетки и др. [c.159]

Противоположная точка зрения относительно упомянутого выше вопроса была выдвинута Шерагой и Манделькерном ". Эти авторы придерживаются той позиции, что даже жесткие макромолекулы в растворе никогда не могут рассматриваться в качестве частиц в том смысле, как описано выше. Гидродинамическая частица с объемом которая нам необходима, когда применяются уравнения Перрена, Симха и т. д., для объяснения измеренных величин коэффициента трения или вязкости, является, по их мнению, искусственно созданной и вообще не связанной с реальной молекулой. Следствием этой позиции является то, что Шерага и Манделькерн выступают противниками использования параметра б и уравнения (20-6). Дальнейшим следствием этого является запрещение всякого сравнения молекулярных размеров, рассчитанных на основании данных по процессам переноса и вязкости, с размерами реальной молекулы, которые получаются, например, из рентгено-структурного анализа или из угловой зависимости рассеяния света. С нашей точки зрения, такое сравнение обосновано при условии, что мы всегда помним, что имеем дело с [c.393]

Как мы видели на примере универсального потенциала (2.25), основную роль играет выбор равновесного расстояния Го- Если удастся его выбрать удачно, то останется найти два параметра для потенциала 6-ехр и один параметр —для потенциала 6—12. Учитывая, что в кристалле ближайшие атомы, принадлежащие разным молекулам, находятся, как правило, на расстояниях, меньших равновесных, Скотт и Шерага [ПО, 111], а также Флори с сотр. [133] нашли г о, увеличив на 0,2 А средние межмолекулярные контакты, полученные Бонди (вероятно, эта разница должна составлять 0,3—0,4 А). [c.110]

Второй необходимый для своих потенциалов параметр эти авторы получили из ряда экспериментальных данных, основываясь на теории дисперсионных сил. При этом использовалось приближение Слетера — Кирквуда (2.51). Величины поляризуемости атомов были взяты из таблицы, приведенной в [136, р. 91], а для N Скотт и Шерага нашли зависимость от атомного номера, используя данные для инертных газов и интерполируя их для других атомов. [c.110]

Важно отметить, что оптимальные конформации и их относительная стабильность зависят больше от отталкивания валентно не связанных атомов, чем от притяжения. Поэтому представляется более перспективным обратить особое внимание на параметры, описывающие отталкивание, а не притяжение (в то время как при выводе своих потенциалов Шерага и Флори берут за основу эмпирические величины, характеризующие притяжение). Уравнение (2.51), как указывалось в предыдущем разделе, выполняется не вполне точно, а главное, величины, входящие [c.110]

Существует еще один параметр, зависящий от формы молекул,— коэффициент вращательной диффузии. Эта величина аналогична коэффициенту поступательной диффузии, который зависит от скорости выравнивания первоначально существующего градиента концентраций и является мерой средней скорости движения молекул под влиянием броуновского движения. Точно так же коэффициент вращательной диффузии зависит от скорости, с которой система, первоначально включающая молекулы с упорядоченной ориентацией какой-либо оси, приходит в состояние со случайным распределением ориентаций, и является мерой средней скорости вращения молекул под влиянием броуновского движения. Отношения вращательных коэффициентов трения полностью аналогичны отношениям коэффициентов трения при прямолинейном движении. Вопросы, связанные с вращательной диффузией, обсуждаются в ряде работ [200, 201]. Шерага и Манделькерн [196] описали еще одну функцию, названную б и аналогичную функции Р, в которую вместо коэффициента седиментации входит коэффициент вращательной диффузии. В отличие от функции р функция б весьма чувствительна к отношению осей (вплоть до величины этого отношения, равной 15). Теоретически эта функция приводит к построению другого гидродинамически эквивалентного эллипсоида. Эти два эллипсоида не должны быть идентичны в одном примере (фибриноген) различие между ними достигало почти максимально возможного значения. Этот интересный случай будет обсуждаться ниже. Он выран<ает тот факт, что гидродинамически эквивалентный эллипсоид связан с гипотетической концепцией, предназначенной для оценки формы молекулы. Не следует думать, что он обязательно соответствует геометрической модели молекулы. [c.76]

П. Льюис и Г. Шерага впервые предложили рассчитывать профили вероятности спирального содержания развернутой белковой цепи с помощью параметров 8 и а, найденных экспериментально из кривых плавления переходов спираль-клубок синтетических полипептидов [74]. Они полагали, что поиск корреляции между рассчитанными таким образом профилями вероятности содержания а-спиралей для денатурированных белков и экспериментально наблюдаемыми а-спиральными областями в нативной структуре окажется более перспективным по сравнению с попытками установить связь с помощью статистического анализа между аминокислотной последовательностью и вторичными структурами, а также между последними и третичной структурой. Предполагается следующая схема свертывания белковой цепи в глобулу. Первоначально на некоторых участках полностью развернутой белковой цепи возникают а-спирали. Регулярное свертывание цепи происходит не за счет кооперативных взаимодействий остатков, а в соответствии с потенцией отдельных аминокислот. Далее, флуктуация цепи в разделяющих спирали областях, специфика которых, согласно [c.251]

На рис. 1.3 сопоставлены потенциальные кривые энергий невалентных взаимодействий атомов азота, отвечающих разным потенциалам, а при совпадении потенциалов - разным наборам эмпирических параметров. Тем не менее, как видно из рисунка, различия между кривыми невелики. Потенциал Букингема с параметрами Д. Бранта и П. Флори (Р) [86] по сравнению с потенциалом Леннарда-Джонса с параметрами Р. Скотта и Г. Шераги (5) [85] имеет более глубокий минимум и более крутой подъем энергии при г < гд. Минимум потенциала А.И. Китайгородского К) [75] отличается самым большим значением равновесного расстояния /д, а потенциал А. Ликвори и соавт. I) [87] - медленным подъемом энергии в [c.115]

Другая серьезная проблема, возникающая при учете электростатических взаимодействий, связана с диэлектрической проницаемостью е. Выше отмечалось, что этот параметр характеризует макроскопическое свойство среды ослаблять взаимодействие зарядов, находящихся на большом расстоянии друг от друга. В конформационном анализе одной молекулы такая трактовка параметра е, строго говоря, теряет смысл. Тем не менее от использования диэлектрической проницаемости не отказались и вводят В расчет в виде эмпирического параметра, величина которого может существенно отличаться от величины известной физической константы. Определение е, используемой в конформационном анализе, связано с большими трудностями и вряд ли является однозначным. В отсутствие молекул растворителя в промежутке между близко расположенными атомами значение диэлектрической проницаемости определяется поляризуемостью взаимодействующих атомов и полем, создаваемым окружающими атомами и молекулами растворителя. Для неполярной среды Брант и Флори рекомендуют величину е = 3,5 [86]. Выбор был сделан при сопоставлении результатов конформационного анализа полипептидов с опытными данными. В работе Скотта и Шераги, посвященной конформационному анализу регулярных структур полипептидов, значение е варьируется от 1 до 4, что, однако, мало сказывается на профиле потенциальной поверхности [85]. Учитывая величину диэлектрической проницаемости в алкиламидах (е = 4), значения от 1 до 4 можно считать разумными при оценке электростатических взаимодействий атомов полипептидов в неполярных средах. В случае водных растворов значение зф должно быть больше, так как для самой воды е = 81 и, что весьма важно, вода при образовании водородных связей оттягивает на себя заряды атомов амидной группы. С. Кримм и Дж. Марк в расчете конформаций полипептидов с заряженными группами в водной среде использовали величину е, равную 10 [95]. В работе Е.М. Попова и соавт. [96] была рассмотрена возможность учета влияния растворителя на конформационное равновесие низкомолекулярных пептидов в рамках механической модели. Наилучшее совпадение с экспериментальными данными было получено при е = 4 для растворов в ССЦ, е = 6-7 - СНСЦ и е = 10 - Н2О. [c.119]

Конформационная потенциальная энергия монопептидов Gly, Ala, Val и Pro была представлена в виде суммы независимых вкладов ван-дер-вааль-давых Увдв, электростатических и торсионных t/торс взаимодействий, а Также водородных связей i/ и деформаций валентных углов i/угл- Энергия ван-дер-ваальсовых взаимодействий описывалась потенциалом Букингема с параметрами Дашевского. Учет электростатических взаимодейст-Й1Й произведен в монопольном приближении по закону Кулона с парциальными зарядами атомов, предложенными Скоттом и Шерагой [65] в 1966 г. и диэлектрической проницаемостью е, меняющейся в пределах от [c.157]

В отличие от соединений IV и VIII у диметиламида М-ацетил-1-пролина (X) фиксация угла ф при —60° исключает реализацию формы у. Результаты конформационного анализа этого соединения, полученные В. Медисоном и Дж. Шеллманом [96], Г. Шерагой и соавт. [97], Б. Пульманом и соавт. [98] и автором данной монографии и соавт. [88, 89] показали, что при транс-конфигурации амидной группы предпочтительной является конформация 5 с параметрами ф —60°, у = 100-180°. Другая оптимальная форма R имеет резко очерченный потенциальный минимум, расположенный на 5-10 ккал/моль выше потенциального плато конформации 8. Наблюдаемый спектр КД соединения X в гептане не противоречит форме [c.172]

Выводы подобной направленности, предостерегающие от бесплодных поисков простых решений структурной проблемы белка, в литературе почти отсутствуют. Да и процитированное только что высказывание вскоре было дезавуировано одним из авторов в его работе с Немети, где написано о достоверности статистических предсказательных алгоритмов нечто противоположное "Приложение этих параметров к белкам с известными аминокислотными последовательностями дает вероятные конформационные состояния, которые могут быть использованы в качестве исходных для минимизации энергии.. ..Предсказательные схемы являются очень полезными как первый шаг в расчете конформационной энергии" [12. С. 340]. К сожалению, Немети и Шерага не поясняют, каким образом можно получить пригодную для уточнения белковую структуру, если все статистические алгоритмы (и тогда, и спустя двадцать лет) предсказывают неправильно конформационные состояния по крайней мере у половины остатков, причем в случае белка, неисследованного рентгеноструктурно, не известно, какой именно половины. [c.518]

Немети п Шерага произвели также теоретический расчет термодинамических параметров образования гидрофобной связи между тремя неполярными аминокислотными радикалами, а также оценили вклад гидрофобных взаимодействий в устойчивость глобулы в водной среде [10]. Хотя энергия гидрофобных взаимодействий невелика (0,2 —1,5 ккал [10]), высокое содержание неполярных аминокислот в белке может дать большую суммарную величину, вносяш ую заметный вклад в стабильность глобулы белка. [c.15]

В настоящее время в физико-химической литературе существует огромное число потенциалов, предложенных разными авторами. К сожалению, пока еще не представляется возможным выбрать лучшие из них. Дело в том, что в каждой конкретной работе исследуется обычно одно или два свойства определенного класса веществ. Например, потен-диалы Скотта и Шерага i[75] проверялись только расчетами барьеров внутреннего вращения в простых молекулах с одинарными связями и расчетами конформаций полипептидов 175—78] потенциалы Полтева и Сухорукова 79] — только расчетами теплот сублимации нескольких органических кристаллов потенциалы Вильямса [66] — только сопоставлением 70 рассчитанных и экспериментальных констант—параметров элементарных ячеек нескольких углеводородов и теплот сублимации (этот список можно увеличить примерно на порядок). [c.29]

Критический анализ непрерывных потенциальных кривых невалентных взаимодействий в применении к полипептидам и полисахаридам содержится в работах индийской школы [37, 38] и в обзоре [19]. В расчетах конформаций олиго- и полипептидов использовались потенциалы Ликвори [5], Флори [6, 7, 39], Скотта и Шерага [40—42], Китайгородского [43, 44, 37] и Дашевского [45]. Укажем кратко методы, которые легли в основу оценки параметров потенциалов. [c.101]

Для правильного предсказания оптимальных конформаций очень важен удачный выбор равновесных расстояний между атомами — расстояний, при которых каждая функция Цг) имеет минимум. Хотя го не входят в (2) и (3), в явном виде, очевидно, что набор значений для всех возможных взаимодействий уже уменьшает на единицу число независимых параметров, описывающих потенциальные кривые, ибо, дифференцируя (2) или (3) по г, подставляя го вместо г и приравнивая производные нулю, мы получим дополнительные соотношения, связывающие остальные параметры. Тогда для потенциалов 6-ехр останутся два параметра, а для 6-12 — один. Равновесные расстояния обычно определяются из известных кристаллических структур. Наиболее короткие контакты атомов, принадлежащих различным молекулам, близки к равновесным расстояниям, однако вследствие того, что молекулы, входя в кристалл, сжимаются [43], средние значения должны быть несколько больше, чем обычно встречающиеся ближайшие контакты. Поэтому Скотт и Шерага для получения г на 0,2 А увеличили средние межмолекулярные контакты, найденные Бонди [47] обработкой большого количества кристаллохимических данных подобным же образом поступил Флори с сихруднйками, Китаигородскки считает, что эта раз-ница должна составлять 0,3—0,4 А. [c.102]

Второй необходимый для своих потенциалов параметр как Скотт и Шерага, так и Брант и Флори получили из ряда экспериментальных данных, основываясь на теории дисперсионных сил. Вскоре после объяснения Лондоном [48] природы дисперсионных взаимодействий, Слетером и Кирквудом [49] было получено уравнение, связывающее дисперсионный член с эмпирическими и фундаментальными постоянными д (3/2)е( ]. от) га/ [c.102]

О природе водородной связи в прошлом было немало дискуссий, но, по-видимому, в последнее время стало уже общепринятым, что водородная связь является не электростатической, как считали прежде, а донорно-акцепторной, т. е. слабой химической связью [63, 64]. Впервые потенциал водородной связи был предложен Липпинкотом и Шредером [65, 66] и имел весьма сложную аналитическую форму. Шерага [41, 15], слегка видоизменив этот потенциал, оценил параметры необходимые для связи N—Н. .. О—С, часто возникающей в. пептидах [c.108]

Конформационные карты молекулы 1, рассчитанные с параметрами, предназначенными для неполярных растворителей, например СС14 (потенциалы Дащевского, торсионная энергия и парциальные заряды Шерага, е=4, потенциал водородной связи работы [56]), приведены на рис. 17 слева — транс-коя- фигурация амидных групп (С01 = С02=0°), справа — цис-конфигурация (С01 = 180°, С0г = 0°). Сравнение с картой соответствующего аланинового дипептида (рис. 10) показывает. [c.128]

Перейдем теперь к свернутым формам с водородными связями типа 3, характерным только для трипептидов. В работе [101] (а также и [99]) было показано, что если трипептид Ала-Ала замкнуть водородной связью типа 3, то он сможет существовать в одной из четырех выгодных конформаций, оптимальные геометрические параметры которых приведены в табл. 4 (потенциалы Дашевского, торсиоиная энергия и парциальные заряды Скотта и Шерага, е = 4, потенциал водородной связи работы [56], В=А). Последняя из этих конформаций менее вероятна из-за большой энергии отталкивания несвязанных атомов. [c.131]

Опубликованы уравнения и параметры для других взаимодействующих систем (например, М-.-Н, С1-ведены в работах Скотта и Шераги И201. Хилла II. 65], Мэзона и Кривого [92]. [c.67]

Метод Шераги — Манделькерна страдает тем недостатком, что зависимость параметра р от аксиального отношения очень мала. Это влечет за собой необходимость очень точного определения всех величин, используемых для вычисления этого параметра. Другая трудность метода заключается в несоответствии степени асимметрии статистических клубков с измеряемой для них величиной Р последняя отвечает аксиальному отношению стержней с р = 15. Прочие недостатки этого метода рассмотрены в работе [16]. Величину Уэ не следует путать с парциальным удельным объемом v. Если их отношение близко к единице, то это свидетельствует о компактности конформации молекулы [17]. Уэльс и Ван Холд [18] проанализировали связь между конформацией и величиной ks, где ks выражает зависимость 1/s от концентрации 1/s = l/s°(l + ks ). Величина этого отношения была определена для большого числа различных белков и некоторых органических полимеров (Крис и Найт [c.143]

Вернемся к обсуждению потенциальных кривых типа тех, которые представлены на рис. 2.1а. В настоящее время в конформационных расчетах чаще всего используются потенциалы Китайгородского [128], Хилла [2], Хендриксона [131], Ликвори [132], Скотта и Шерага [111], Флори [133], Аллинджера [134, 123] и Дашевского [122, 119]. Можно было бы указать еще с десяток независимых определений параметров потенциальных кривых, однако они мепее надежны и недостаточно проверены априорными расчетами геометрии. [c.108]

Теперь следует принять во внимахрие, что нельзя построить детальную модель молекулы на основании только гидродинамических данных. Это должно быть тем более справедливо, что число вариаций структуры существенно превышает число поддающихся измерению параметров. Чем больше данных можно получить, тем более близкое приближение к реальной частице становится достижимым. Сведения, полученные на основании ограниченных данных, всегда следует рассматривать как предварительные. В частности, для очень асимметричных молекул даже весьма 1езначительная гибкость способна исказить интерпретацию характеристической вязкости или какой-либо ее функции, производимую с помощью обычных вискозиметрических соотношений [198, 218], поскольку эти соотношения предполагают вполне жесткие частицы. Это обстоятельство было отмечено еще Шерагой и Ман-делькерном [196], но его, но-видимому, далеко не всегда принимают во внимание. [c.79]

Результаты работ Котельчука и Шераги соответствовали модели Полинга и Кори и, очевидно, в связи с этим не были критически восприняты многими исследователями, что способствовало распространению упрощенного представления о формировании структуры белковой молекулы. Однако данная работа содержит ряд серьезных недостатков и необоснованных заключений. Неудачен сам выбор расчетной модели, исследование которой в принципе не могло дать ответ на вопрос о взаимодействии смежных остатков при трех канонических формах основной цепи. Так, в случае -структурных параметров ф, ф боковые цепи Rj и R2 находятся по разные стороны от основной цепи, причем одна направлена вверх от средней плоскости складчатого листа, а другая - вниз, в результате боковые цепи ни при каких конформационных состояниях Rj и R2 не могут эффективно взаимодействовать между собой. В -структуре сближенными оказываются боковые цепи не смежных остатков, а разделенные одним остатком, т.е. Rj и R3, R2 и R4, взаимодействие между которыми может стабилизировать эту структуру. Следовательно, выбранная модель не отражает специфику взаимодействий боковых цепей в конформации складчатого листа. [c.247]

Развивая представление о важности индивидуальных вкладов остатков в формирование а-спиралей, Льюис и Шерага предложили использовать для их количественной оценки термодинамические параметры 8 и а феноменологической теории переходов спираль-клубок синтетических полимеров Б. Зимма и Дж. Брэгга. Параметр 8 представляет собой константу равновесия перехода мономерного звена из неупорядоченной клубковой формы (с) в упорядоченное а-спиральное состояние (Ь), которое включает по крайней мере три предшествующих остатка иными словами, параметр 8 описывает переход. ..Ь, Ь, Ь, с.... ..Ь, Ь, Ь, Ь.... Параметр а является константой равновесия перехода мономерного звена из состояния с, которому предшествуют три (или более) звена в этой же форме, в состояние Ь . ..с, с, с, с... —>. ..с, с, с, Ь.... Состояние Ь более выгодно энергетически, а состояние 8 более предпочтительно по энтропии. Поэтому свободная энергия таких состояний различным образом меняется в зависимости от внешних условий. Теория перехода спираль-клубок базируется на одномерной модели Изинга, которая неприменима непосредственно к трехмерной структуре белка, но может быть использована для описания его денатурированного состояния при отсутствии взаимодействий между остатками. [c.251]

Позднее А.И. Денисюк, О.Б. Птицын и A.B. Финкельштейн использовали для расчета вероятности спирального содержания белков подход Льюиса и Шераги, основанный на учете индивидуальных конформационных свойств аминокислотных остатков с помощью параметров S и а теории Зимма и Брэгга и одномерной модели Изинга [81]. В данном случае аминокислоты были разбиты не на три группы, а на шесть. Остаткам, отнесенным к спиралеобразующим (Glu, Leu, Phe, Ile, Met, Val, Lys, Ala, His, Arg), приписаны значения s от 1,3 до 1,1, спиралеразрушающим (Ser, Thr, Asp, Asn, Tyr, Gly, Pro, ys) - s = 0,75-0,6 и индифферентным (Gin, Тф) - s = 1,0. Вычисленные профили вероятности спирального состояния аминокислотных последовательностей сравнимы с профилями известных структур. [c.252]

Описанная схема использована Танакой и Шерагой для предсказания трехмерной структуры бычьего панкреатического трипсинового ингибитора. Первоначальная идентификация конформационного состояния каждого остатка символами h, , и с и, следовательно, определение ограниченной области возможных значений ф, ф выполнены на основе не предсказательных алгоритмов, а рентгеноструктурных данных. Конформации белка на разных стадиях процедуры Монте-Карло представлялись в виде контактных треугольников, отражающих взаимодействия между всеми парами остатков. Сопоставление контактных треугольников опытной структуры и конечной теоретической конформации молекулы трипсинового ингибитора обнаруживает существенные расхождения. В рассчитанном варианте отсутствует целый ряд контактов, присущих реальному белку, и в то же время имеется много лишних контактов. Неудовлетворительное совпадение при грубом, почти качественном способе сравнения имеет место даже в том случае, когда основная часть информации о структуре небольшого белка, а именно идентификация конформационных состояний всех остатков, была взята из эксперимента и использована в расчете на первом этапе. Помимо расчетной модели, не отражающей конформационной специфики белковой цепи, метод Танаки и Шераги ограничен также возможностями предсказательных алгоритмов. Особенно настораживает то обстоятельство, что в случае рассмотрения белка с неизвестной структурой выбранные на этапе А для остатков конформационные параметры далее не изменяются. Следовательно, допущенные при отнесении с помощью эмпирических корреляций ошибки (а они неизбежны и со-10 291 [c.291]

Среди работ рассматриваемого направления лишь в исследовании Танаки и Шераги сделана попытка создать общий метод количественной оценки энергии образования контактов между остатками и подойти к целенаправленному выделению наиболее актуальных для свертывания белковой цепи межостаточных взаимодействий [156]. По частотам контактов между 20 природными аминокислотами, реализуемых в кристаллографических структурах 25 белков, авторы рассчитали константы равновесия, а по ним нашли значения свободной энергии образования контактов. Последние и должны были служить эмпирическими параметрами для количественной характеристики межостаточных взаимодействий. По ряду причин, прежде всего из-за недостаточного для корректной статистической обработки объема опытных данных, метод оказался неэффективным. [c.295]

Справочник химика 21

Химия и химическая технология