Нуклеиновые кислоты конформационные изменения

Измерение спектров дисперсии оптического вращения (ДОВ) и кругового дихроизма (КД) получило широкое распространение как метод конформационного анализа оптически активных соединений. Особенно методы ДОВ и КД используются в органической химии, биохимии, энзимологии и молекулярной биологии. Данными методами исследуются белки, аминокислоты, нуклеиновые кислоты, стероиды, углеводы и полисахариды, вирусы, митохондрии, рибосомы, фармакологические средства, синтетические полимеры, координационные соединения, неорганические и редкоземельные комплексы, кристаллы, суопензии и пленки и т. п. и решаются следующие задачи 1) определение по эмпирическим пра вилам конформации и ее изменений под действием различных физико-химических воздействий 2) изучение механизма и кинетики химических реакций (особенно ферментативных) 3) получение стереохимических характеристик 4) измерение концентраций оптически активных веществ 5) определение спиральности макромолекул 6) получение электронных характеристик молекул 7) исследование влияния низких температур на конформацию соединений 8) влияние фазовых переходов типа твердое тело — жидкость — газ на изменение структуры. [c.32]

Характерной особенностью конформационных переходов в молекулах белков и нуклеиновых кислот является их так называемая кооперативность. Это означает, что конформационное изменение в одном из сегментов макромолекулы вызывает аналогичные конформационные изменения соседних сегментов и в конечном итоге — всей макромолекулы в целом. Кооперативность растет с увеличением длины цепи макромолекулы. Превращения такого рода имеют огромное значение [c.638]

Хлоропласты представляют интерес в первую очередь в связи с их фотосинтетической функцией. Однако с более общей точки зрения фотосинтез — это лишь одна из многих важных биологических функций хлоропластов. Недавно было показано, что хлоропласты способны синтезировать белок, что опи изменяют свою форму и подвергаются конформационным изменениям в процессе переноса электронов [25] и что мембрана хлоропластов способна к накоплению ионов [30]. Генетическая автономность хлоропластов, связанная с наличием в них нуклеиновых кислот, способы самовоспроизведения хлоропластов и их метаболические функции, отличные от фотосинтеза, — вот интереснейшие вопросы, ждущие своего разрешения. Здесь будут рассмотрены некоторые из этих проблем. [c.81]

За последние годы стало все более очевидным, что ультрафиолетовая спектроскопия представляет также ценный метод изучения конформационных превращений в белках, нуклеиновых кислотах и их синтетических аналогах. Ультрафиолетовый спектр белков возникает главным образом за счет фенольных групп тирозина и индольных групп трипто-фановых остатков. Намного меньший вклад вносит фенилаланин. Поскольку фенольный гидроксил тирозина существенно не ионизуется при pH ниже 8, то следует ожидать, что спектр будет оставаться неизмененным при увеличении кислотности среды. Однако было обнаружено, что УФ-поглощение чувствительно к изменению pH даже в кислых растворах, а также к изменению ионной силы раствора нри добавлении таких денатурантов, как мочевина, или при частичном гидролизе белка [495, 496]. Следует отметить, что хотя изменение оптической плотности, вызванное этими переменными, и невелико, за ним можно легко наблюдать путем непосредственного сравнения спектров раствора белка в стандартном состоянии и при некоторых других условиях. Типичные результаты наблюдаемых эффектов представлены на рис. 58, на котором изображена зависимость от длины волны повышения оптической плотности раствора инсулина в результате каталитического гидролиза под действием трипсина. Многочисленные попытки истолкования таких данных [c.173]

Основу структурной организации живого составляют макромолекулы, прежде всего важнейшие биополимеры — белки и нуклеиновые кислоты. Специфика полимерных молекул в отличие от малых молекул определяется большим числом однотипных звеньев (мономеры), связанных в линейную цепь. Тепловое движение входяш их в полимерную цепь атомов и атомных групп, повороты и враш ение их вокруг единичных связей обусловливают большое число внутренних степеней свободы макромолекулы. Это заставляет рассматривать макромолекулы как макроскопическую систему, статистический характер поведения которой проявляется в наличии средних значений таких параметров, как размеры, форма, степень, свернутости макромолекулы. Вместе с тем суш ествуюш ие между атомами химические связи и взаимодействии ближнего и дальнего порядка накладывают определенные ограничения на число возможных конформаций макромолекул. Изменение конформации биополимеров, происходяш ие в процессах клеточного метаболизма и трансформации энергии, также носят вполне определенный характер и отражают внутримолекулярную динамическую организацию биополимеров. Таким образом, своеобразие биологической макромолекулы как физического объекта заключается в тесном сочетании статистических и детерминистских (механических) особенностей ее поведения с одной стороны, большое число взаимодействуюш их атомов и внутримолекулярных степеней свободы и, как следствие, возможность осуш ествления огромного числа разных конформаций, с другой — определенный химический характер и конформационные изменения при функционировании биополимеров. [c.168]

КД с успехом применяется еще в одной области — при изучении связывания белков и нуклеиновых кислот с малыми молекулами, причем наиболее удобны для таких исследований малые молекулы, которые поглощают видимый свет. КД оптически активных малых молекул может изменяться при связывании с макромолекулами либо в силу электронных взаимодействий с их центром связывания, либо из-за конформационных изменений, которые они претерпевают при связывании. Эти изменения легко обнаружить, поскольку большинство обычных биополимеров ие обладают КД в видимой области. [c.83]

Полезно сопоставить общие проблемы изучения конформационных состояний и их изменений для белков, рассмотренные в гл. 21, с аналогичными проблемами для нуклеиновых кислот. [c.239]

Одноцепочечные нуклеиновые кислоты представляют собой сравнительно регулярные спиральные структуры, в которых определенная доля оснований участвует в стэкинг-взаимодействии и которые постепенно плавятся при повышении температуры. Свойства динуклеотидов весьма близки к свойствам соответствующих полимеров. При изменении ионной силы спектральные свойства одиночных полинуклеотидных цепей почти не меняются. Эти наблюдения показывают, что, хотя одиночные цепи характеризуются значительной локальной упорядоченностью, они не образуют протяженных регулярных структур. Различия в конформационных свойствах между одноцепочечными РНК и ДНК сохраняются вплоть до динуклеотидов. [c.305]

Чтобы выяснить механизм того или иного биохимического процесса, почти всегда необходимо иметь представление о кинетике отдельных его стадий. Репликация и транскрипция ДНК, а также, вероятно, синтез белков и многочисленные процессы регуляции активности генов сопровождаются изменением вторичной структуры. Если бы скорость этих изменений была достаточно велика, биологические системы при своем функционировании могли бы просто выжидать, когда спонтанно возникнет необходимое состояние, и использовать его. В противном случае в биологических системах должны существовать специфические катализаторы (в большинстве случаев белки), которые взаимодействуют непосредственно с участками нуклеиновых кислот, имеющими невозмущенную вторичную структуру, и увеличивают скорость их перехода в нужное состояние. Эти два механизма соответствуют двум совершенно разным требованиям к организмам. Для того чтобы понять основные особенности функционирования нуклеиновых кислот, нужно оценить скорость конформационных перестроек в них. [c.332]

Кинетические процессы, соответствующие конформационным изменениям в нуклеиновых кислотах, характеризуются широким диапазоном времен релаксации. Образование изолированных пар оснований и стэкинга оснований происходит за время порядка наносекунд. Короткие двойные спирали могут образовываться с константой скорости около 10 М с При этом быстро образуется неустойчивый зародыш спирали, а лимитирующей стадией является, по-видимому, образование второй или третьей пары затем происходит быстрый рост спирали. Кинетика денатурации коротких спиралей оказывается очень быстрой и характеризуется высокой энергией активации. Напротив, кинетика плавления ДНК очень сложна и может быть очень медленной. Это связано с расплетанием частично денатурированной двойной спирали, которое лимитируется трением. [c.380]

Исследования биохимических процессов в перпод консолидации стали возможны благодаря углубленному изучению метаболизма нуклеиновых кислот при тренировках п обучении животных. Эти макромолекулы характеризуются широким диапазоном конформационных изменений структуры, в результате чего они обладают большой емкостью и способностью сохранять огромную информацию, поступающую нз внутренней и внешней среды организма. [c.245]

Применение ДОВ и КД для изучения структуры белков и полипептидов 467 Изучение конформационных изменений методом КД 470 Измерение ДОВ и КД в случае полинуклеотидов, нуклеиновых кислот и нуклеопротеидов 472 Примеры использования методов ДОВ и КД для изучения структуры полинуклеотидов 475 Список литературы 479 Задачи 479 [c.580]

Однако следует отметить, что фракционирование в градиенте плотности сахарозы зависит не только от молекулярного веса, но и от вторичной структуры нуклеиновых кислот. Например, для ДНК вируса полиомы обнаружены два компонента с одинаковым молекулярным весом, но с разным коэффициентом седиментации 208 и 168 [297, 820]. Первый из них обладает скрученной циркулярной формой, а второй — простой циркулярной формой, т. е. в данном случае конформационное изменение молекул ДНК сопровождается изменением ее седиментационных свойств. [c.177]

В настоящее время метод измерения оптического вращения широко используется при изучении переходов спираль — клубок в полинуклеотидах и нуклеиновых кислотах, вызванных изменением температуры [107, ПО] или состава смешанного растворителя [112—114]. Рис. 62а и 626 иллюстрируют изменения удельного оптического вращения [и1в ДНК тимуса теленка и сополимера адениловой и уридиловой кислот [поли-(А + У) 1 при изменении температуры. На этих рисунках для сравнения приведены гиперхромные эффекты при денатурации измерение этих эффектов является одним из наиболее чувствительных методов обнаружения конформационного перехода. Характер кривой зависимости а]ц от температуры для ДНК имеет две особенности, отличающие эту кривую от кривой, полученной для синтетических полинуклеотидов. Наличие на кривой впадины (соответствующей увеличению декстровращения) в области температур 30—80° свидетельствует о тонких изменениях конформации молекулы ДНК- Другой вопрос заключается в величине декстровращения ДНК, которая намного меньше, чем соответствующая величина для двутяжной спирали поли-(А Ь У). Причина этого до сих пор не выяснена. [c.119]

Рамановская спектроскопия все более интенсивно применяется для анализа биологических систем благодаря возможности изучения малых объемов и водных растворов. Конформационные изменения белков, нуклеиновых кислот и пептидов в липидах и мембранах можно легко отследить in situ (т. е. в естественном состоянии), поскольку вода почти неактивна в КР-спектре. Многие биологические образцы флуоресцируют, поэтому для получения КР-спектров следует применять КР-спектрометры с фурье-преобразованием (почему ). [c.197]

Если мономерной единицей нуклеиновых кислот считать нуклеотидное звено, то для описания его конформации следует учитывать возможность вращений вокруг шести связей (рис. 186). Кроме того, иадо принимать во внимание положение основания относительно углеводной части, которое определяется вращением вокруг N-гликoзиднoй связи, и конформационные изменения фу-ранозиого цикла. Все это делает конформационный анализ нуклеиновых кислот весьма сложным. [c.330]

Правило 2), как и аналогичное правило в случае полипептидной цепи, означает, что свободная энергия последовательности связанных мономерных единиц пропорциональна числу связанных единиц без учета влияния концов последовательности. которое учитывается правилами 3) и 4) и определяет кооперативность системы. Величина АН, определяющая температурную зависимость константы равновесия 5, включает в себя выигрыши энергии при замене водородных связей нуклеотид — растворитель на водородные связи нуклеотид— нуклеотид и растворитель — растворитель (ср. 23. стр. 299) и при укладывании пары связанных оснований над предыдущей парой за счет энергии их взаимодействия. С другой стороны, эта величина включает в себя проигрыш энергии за счет увеличения энергии отталкивания отрица-те 1ьг1ых Зарядов фосфатных групп ) при уменьшении расстояний между ними в результате скручивания цепей в двойную спираль. Величина Д5 включает в себя уменьшение энтропии при потере конформационных степеней свободы в паре связываемых мономерных единиц. Как показывает опыт, для всех нуклеиновых кислот з 1ачения АН и отрицательны. Отметим, что, поскольку молекулы нуклеиновых кислот практически всегда заряжены, то изменение состояния растворителя при переходе спираль — клубок (ср. 22) должно включать в себя изменение свободной энергии противоионов. В результате, константа равновесия для перехода спираль — клубок в нуклеиновых кислотах оказывается зависящей от ионной силы раствора. [c.359]

Реагенты, способные реагировать со свободными аминогруппами. В качестве такого реагента в химии нуклеиновых кислот часто используется формальдегид он реагирует со свободными аминогруппами цитозина, гуанина и аденина, образуя соответствующие оксиметильные производные (или — после дегидратации — шиффовы основания). Эта реакция сопровождается изменением спектра поглощения (смещением максимума в сторону длинных волн и усилением поглощения в области максимума) поэтому ее можно прослеживать спектрофотометрически. Все основания двухцепочечной ДНК в ее нативной конформации, а также больший или меньший процент оснований в других упорядоченных полинуклеотидах защищены от этой реакции, т. е. не реагируют с формальдегидом, если соблюдаются определенные меры предосторожности (нейтральное значение pH, низкая температура, низкая концентрация), сводящие к минимуму конформационные изменения, которые могут происходить даже в условиях, когда новые ковалентные связи не образуются. [c.145]

Фосфатные группы обусловливают большой отрицательный заряд молекул нуклеиновых кислот в области нейтральных значений pH. Электростатическое взаимодействие этих групп друг с другом и с низкомолекулярными ионами в растворе вносит вклад в разность свободных энергий между спиральным и клубкообразным состояниями молекул. Поэтому температура плавления спиральных конформаций оказывается зависящей от количества низкомолекулярных ионов в растворе. С ростом ионной силы электростатическая свободная энергия отталкивания заряженных групп убывает, и температура плавления двойных спиралей возрастает. Опыт показывает, что изменение температуры конформационного перехода примерно пропорционально логарифму концентрации низкомолекулярной соли в растворе. Отметим, что при отсутствии в растворе соли температура плавления ДНК оказывается ниже комнатной, так что ДНК в водном бессолевом растворе при комнатной температуре находится в конформации клубка. В то же время в 0,1—0,15 М растворе NaGl ДНК сохраняет нативную спиральную структуру вплоть до температур 70—90° С. Температура плавления ДНК в растворе заданной ионной силы зависит от состава ДНК, повышаясь с увеличением содержания пар Г—Ц. [c.29]

При другом подходе были изучены ультрафиолетовые спектры поглощения различных нуклеопротеидов до и после разделения их на белок и нуклеиновую кислоту обработкой додецилсульфатом натрия [367]. Были введены соответствующие поправки на светорассеяние, а экспериментальные условия были таковы, что нуклеиновая кислота при депротеинизации оставалась нативной, т. е. обладала гипохромизмом, а отсюда и любое уменьшение оптического поглощения могло бы показать, что нуклеиновая кислота в интактном нуклеопротеиде обладает меньшим гипохромным эффектом, что в свою очередь указывало бы на конформационные изменения, происходящие при освобождении нуклеиновой кислоты. При разрушении ДНК-содержащих вирусов типа бактериофага Тб и вируса папилломы Шоупа никаких изменений в оптическом поглощении не происходило (хотя ясно, что изолированная ДНК была определенным образом упакована внутри вируса), и в этом случае вторичная структура нуклеиновой кислоты внутри вируса и в изолированном виде, по-видимому, одна и та же. Аналогичным образом оптическое поглощение рибонуклеопротеидных частиц из дрожжей фактически то же самое, что у разрущенных частиц [367 . [c.630]

Все это показывает, как широко используется ультрацентрифугирование при изучении нуклеиновых кислот и биосинтеза белка. Ультрацентрифугирование незаменимо также при все более расширяющемся изучении смежных проблем — в частности при изучении механизмов регуляции ферментативных реакций. Метаболические потребности клетки удовлетворяются, как известно, благодаря тонкой согласованности скоростей различных биохимических последовательностей. Такая согласованность возможна благодаря чувствительности аллостерических ферментов к изменениям концентраций отдельных метаболитов, что в свою очередь зависит от конформационных изменений, вызываемых соответствующим метаболитом и, очевидно, передающихся путем взаимодействия субъединиц ферментного белка. Успехи, достигнутые в изучении свойств аллостериче-ского фермента — аспартат-карбамоилтрансферазы, хорошо иллюстрируют большое значение ультрацентрифугирования — особенно когда оно используется в сочетании с другими методами анализа. Так, Герхарт и Шахман [5] показали, что этот фермент, представляющий собой глобулярный белок с молекулярной массой около 3-10 , после обработки соединениями ртути распадается на субъединицы двух типов. Каталитической активностью обладают лишь субъединицы одного типа, в субъединицах же другого типа, не обладающих каталитической активностью, находится центр по которому происходит присоединение цитидинтрифосфата. С этой регуляторной субъединицей связывается 5-бромцитидин-трифосфат, о чем свидетельствует соответствующая картина седиментации. Позже Вебер [6] определил аминокислотный состав и Ы-концевые остатки субъединиц обоих типов и установил, что одна молекула фермента содержит четыре регуляторных и четыре каталитических субъединицы. [c.9]

Удельное и, следовательно, молярное вращение зависят от длины волны света. Это явление называется дисперсией оптического вращения. Его изучение позволило обнаружить конформащюнные изменения белков в процессе их денатурации. В последние годы для изучения конформационных изменений в белках, синтетических полипептидах и нуклеиновых кислотах применяют метод оптического кругового дихроизма. Этот метод основан на различии коэффициентов поглощения левого и правого циркулярно-поляризованного света в зависимости от длины волны. [c.205]

Эта проблема рассматривалась Райсом и Вада [370], Гиббсом и Ди-марцио [371], Хиллом [372], Зиммом [373] и Лифсоном и Зиммом [374]. Согласно их данным, характеристики конформационного перехода для достаточно длинных цепей не зависят от длины цепи, а переход с изменением температуры довольно резок. Однако, прежде чем сравнивать теоретические результаты с экспериментально наблюдаемыми переходами спираль — клубок в растворах ДНК, следует учесть два дополнительных фактора. Так как ДНК состоит из молекул с очень высокой плотностью ионных зарядов, то нарушение двойной спирали приведет к резкому уменьшению электростатической свободной энергии. Это заставляет предполагать, что добавление электролита, уменьшающего взаимодействие ионных зарядов, присоединенных к макромолекуле, приведет к стабилизации спиральной формы. Экспериментальные данные находятся в качественном согласии с этой точкой зрения, и Шильдкраутом и Лифсоном [347] была предложена количественная теория этого эффекта. Другое осложнение возникает вследствие того, что при спаривании оснований А — Т создается более слабая связь, чем при образовании пар оснований Г — Ц, а также вследствие возможного изменения состава оснований вдоль цепи. Указанные изменения должны привести к расширению интервала плавления. Лифсон [375] обсуждал математический подход к рассмотрению этого фактора, но применение такого подхода в настоящее время ограничивается тем, что нельзя точно доказать последовательность остатков оснований в данном образце нуклеиновой кислоты. [c.134]

Рассмотрим особенности химического строения ДНК, которые обеспечивают диапазон ее межмолекулярных взаимодействий с низкомолекулярными метаболитами. Макромолекула ДНК представляет собой полиэлектролит, сильно и неравномерно гидратированный. Аминогруппы нуклеиновых оснований являются хорошими акцепторами протонов и при установлении водородной связи в кислой области приобретают положительный заряд. Гидроксильные фуппы фосфата имеют рК ниже 2.0 и в физиологических условиях всегда отрицательно заряжены. Гидратация нуклеиновой кислоты играет важную роль в конформационной организации ДНК (А, В и С конформации) и в структуре растворителя вблизи поверхности макромолекулы, особенно со стороны ее большого желобка. В соответствии со своей ам-фолитной природой ДНК взаимодействует с ионами электролитов, так что при увеличении ионной силы раствора наблюдаются изменения как молекулярного объема и степени гидратации ДНК, так и спирализации (степени закручен-ности) ее цепей. Важное регуляторное значение имеет локальное взаимодействие ДНК с поливалентными или комплексообразующими металлами. Щелочноземельные и переходные металлы взаимодействуют с кетогруппами пиримидиновых оснований, комплексы платины способны образовывать внутримолекулярные сшивки с локальным нарушением двухспиральной структуры ДНК, кальций и магний взаимодействуют с гидроксильными фуппами фосфата. Все это многообразие взаимодействий лежит в основе нескольких подвижных уровней структурной организации ДНК в хроматине. Комплексообразование ДНК с соединениями платины лежит в основе цитостатической и проти- [c.140]

Поскольку в силу существования квантовомеханических и тепловых возмущений вероятность ошибки в элементарном акте присоединения мономера принципиально не может быть сделана сколь угодно малой, существуют объективные факторы, ограничивающие сверху длину носителя информации, при которой возможно еще достаточно достоверное воспроизведение. Это налагает ограничения на структурные и функциональные возможности, однако природа обходит их, используя разделение труда между отдельными макромолекулами [194]. Нуклеиновые кислоты играют роль носителя информации-, вся информация записана четверичным кодом в последовательности нуклеотидов. Нуклеиновые кислоты способны к репликации посредством разделения двойной спирали и последующей достройки каждой из нитей до полной спирали, благодаря чему возможно их самовоспроизведение. Случайно возникающие ошибки далее копируются и обусловливают появление все новых и новых последовательностей, вступающих в конкурентную бсфьбу. Эйген называет такой процесс самовоспроизведения самоинструктирующимся- и делает различие между ним и простым автокаталитическим процессом, в котором ошибки не повторяются. Дефект нуклеиновых кислот заключается в их недостаточной специфичности и многообразии взаимодействий так, например, нуклеиновые кислоты почти не обладают каталитическим действием. С другой стороны, белки обладают именно этими свойствами — огромным богатством структурных и функциональных возможностей, высокой специфичностью взаимодействий [131], основанной прежде всего на их третичной структуре и возможности конформационных изменений [201]. Помимо каталитического действия, отдельные белки связывают различные функциональные и информационные носители и таким образом обеспечивают цельность всей системы. [c.215]

В третьем томе показано, как благодаря совместному использованию различных экспе-рименталь.ных методов и теоретических подходов удается понять поведение и свойства биологических макромолекул. Главное внимание уделяется термодинамике и кинетике конформационных изменений и взаимодействию макромолекул с лигандами. При этом в случае необходимости описываются новые методы, а также подробно рассматривается история исследования некоторых вопросов. В гл. 15-17 обсуждаются проблемы взаимодействия молекул с лигандами, в гл. 18 и 19 излагаются теории и методы, используемые при изучении молекул, конформация которых носит статистический характер, гл. 20-24 посвящены конформационным изменениям в белках и нуклеиновых кислотах, гл. 25 — биологическим мембранам. [c.6]

Изменяются ли физические и химические свойства белков или нуклеиновых кислот при их объединении в нуклеопротеидный ансамбль Как правило, на этот вопрос можно ответить утвердительно, но во многих случаях неизвестно, происходят ли такие изменения благодаря просто конформационным перестройкам, вызванным одним компонентом в другом, или имеют место какие-то более прямые эффекты. К примеру, проявляются ли какие-либо особые свойства аминокислот или нуклеотидов при их иепосредствениом контакте Большинство нуклеиновых кислот существуют только в виде комплексов с белками, последние же могут находиться и в свободном состоянии. Интересно выяснить, обладают ли белки, связывающиеся с нуклеиновыми кислотами, какими-либо общими свойствами,отличными от свойств других растворимых белков. Есть указания на то, что многие белки, которые связаны с нуклеиновыми кислотами, менее глобулярны, чем обычные небольшие белки, но пока неясно, насколько универсально это свойство. [c.209]

В гл. 22—24 опять главным предметом обсуждения оказьшаются нуклеиновые кислоты. Здесь мы расмотрим взаимодействие их с лигандами, конформационные изменения и организацию третичной структуры некоторых нуклеиновых кислот. Часть этих, тем пересекается с темами предшествовавших глав, где основное внимание было уделено белкам и полипептидам. Книгу заключает гл. 25, посвященная в основном важной теме равновесий в системах, разделенных мембранами, а также структуре и функционированию липидных бислоев. [c.5]

Из соотнощения (23.53) можно определить мольную долю динуклеотилов со стэкингом Xs и затем найти константу равновесия для образования стэкинга в основном состоянии, = х,/(1 — Xs) = 9. Если бы константы скоростей для образования стэкинга в основном и возбужденном состояниях совпадали, то константа скорости разрушения стэкинга была бы равна А 5 = к /К = 1,9- 10 с . Тогда время релаксации, которое получалось бы в результате исследований метолом температурного скачка или каким-либо аналогичным методом (гл. 16), составило бы т = (к + к ) = 5,3 не. Это значительно меньше тех значений, которые обычно наблюдаются в релаксационных экспериментах. Следовательно, мы вполне можем пренебречь временем образования одноцепочечного стэкинга при анализе кинетики других конформационных изменений в нуклеиновых кислотах. Лимитирующие процессы или релаксационные процессы, наблюдаемые в двухцепочечных системах, должны соответствовать другим элементарным актам. [c.335]

Сверхвитки, которые мы рассматривали выше, относятся скорее к третичной структуре, чем к вторичной, хотя в состоянии конформационного равновесия они представлены на обоих структурных уровнях, между которыми происходит обмен сверхвитками. Имеются также надежные доказательства того, что третичная структура сушествует и у молекул различных РНК. Зпесь мы кратко рассмотрим ряд методов, с помошью которых была получена информация о структуре тРНК в растворе, которая изучена лучше, чем другие РНК. Особый интерес вызывает вопрос о том, как в нуклеиновых кислотах, обладающих третичной структурой, происходят конформационные изменения, такие, например, как развертывание цепи под воздействием тепла. [c.408]

Известно, что углеводфосфатный остов во многом определяет конформацию и физико-химические свойства нуклеиновых кислот. Естественно ожидать, что удаление или замена отдельных структурных элементов углеводного остова будет приводить к измененной конформационной подвижности его химических группировок и тем самым нарушать каноническую конформацию нуклеотидной последовательности. Таким образом, осуществляя модификации остова, можно оценить взаимосвязь между конформацией ДНК и функционированием рестриктаз. С целью выявления значимости отдельных структурных элементов углеводфосфатного остова участка узнавания были изучены субстратные свойства олигодуплексов с модифицированными фосфодиэфирными связями в виде разрыва фосфодиэфирных связей [30, 407] 2) или отсутствия фосфатной группы [30, 408, 419] в олигонуклеотидной цепи, а также с модифицированным углеводным остатком [12, 282]. [c.90]